Vật liệu di truyền của vi rút cúm A bao gồm 8 phân đoạn gen, tuy nhiên trong nghiên cứu của chúng tôi tập trung vào 6 phân đoạn gen: HA, NA, M, NS, PB1 và PB2. Dựa trên vai trò, chức năng của từng phân đoạn gen và protein tƣơng ứng trong hoạt động chức năng của vi rút cúm A, chúng tôi lựa chọn 6 phân đoạn gen tƣơng đƣơng 8 protein nghiên cứu với mục đích:
- Tìm hiểu sự thay đổi của kháng nguyên bề mặt (HA1, HA2, NA) liên quan đến sự tiến hóa của vi rút cúm.
- Tìm hiểu sự thay đổi của một số axit amin liên quan đến khả năng làm giảm sự cảm nhiễm (độ nhạy) của vi rút với thuốc kháng vi rút oseltamivir trên protein NA.
- So sánh trình tự axit amin phát hiện các “dấu ấn” tại các vị trí đặc biệt trên protein PB1, PB2, M1, M2 và NS để phân biệt giữa vi rút cúm ngƣời và vi rút cúm gia cầm hoặc động vật khác đƣợc ghi nhận là các dấu hiệu của hiện tƣợng trao đổi và tích hợp của vi rút cúm A, căn nguyên tiềm tàng cho sự xuất hiện một vi rút cúm mới có khả năng gây dịch hoặc đại dịch.
Kết quả chúng tôi đã tiến hành phân tích đƣợc trình tự gen của 75 protein HA, 52 protein NA và 50 protein M, 47 protein NS, 36 protein PB1 và 45 protein PB2 từ 75 chủng vi rút sử dụng trong nghiên cứu. Sự thành công trong việc phân tách, khuếch đại và giải trình tự các phân đoạn gen của vi rút cúm bằng phƣơng pháp RT- PCR phụ thuộc vào độ dài, tính ổn định, bản chất protein của từng phân đoạn gen và điều kiện thực hiện kỹ thuật. Tuy số lƣợng các phân đoạn gen đƣợc phân tích trong nghiên cứu khác nhau, nhƣng cũng đảm bảo chất lƣợng của nghiên cứu khi kết quả phân tích của từng phân đoạn gen đều có đại diện vi rút lƣu hành trong các năm nghiên cứu (Bảng 3.2).