Tiến hành tổng vệ sinh là giai đoạn thực hiện sau khi các nhân viên đã nắm bắt đƣợc các tiêu chuẩn mà Uỷ ban kiểm soát đƣa ra. Trong lần tổng vệ sinh đầu tiên công ty sẽ tiến hành nhƣ sau:
- Công ty dành một ngày chủ nhật đầu tiên ( 1/9/2013) tổ chức thật sôi nổi, hào hứng nhiệt tình để không khí phấn khởi cho mọi ngƣời khi thực hiện chƣơng trình này. Ngƣời ta thƣờng nói vạn sự khởi đầu nan.
- Lập sơ đồ mô phỏng mặt bằng của công ty, phân chia từng khu vực. Uỷ ban kiểm soát sẽ bổ nhiệm các đội trƣởng cho mỗi khu vực thực hiện. Phân chia nhỏ công việc ra cho các nhóm trƣởng ở mỗi khu vực đó. Hoạt động này giúp xây dựng và ý thức trách nhiệm và tinh thần tập thể cho các thành viên.
- Ủy ban kiểm soát phải hƣớng dẫn mọi ngƣời thực hiện vệ sinh, quy định các tiêu chuẩn cần làm của 5S. Nêu rõ quy định từng khu vực để mọi ngƣời thực hiện.
- Ban lãnh đạo phải tích cực tham gia để khuyến khích mọi thành viên tham gia nhiệt tình và hăng hái hơn. Việc này giúp cho mọi ngƣời hòa đồng và hiểu nhau hơn, thắt chặt tình đoàn kết giữa lãnh đạo và công nhân viên. Tạo mối quan hệ mật thiết hơn cho mọi ngƣời.
- Cần trang bị đầy đủ các trang thiết bị, dụng cụ: chổi, giẻ lau, các chất lỏng dùng để vệ sinh máy móc thiết bị.... Tiến hành treo các khẩu hiệu, hình ảnh minh họa cổ động giúp mọi ngƣời dễ dàng hiểu và tham gia nhiệt tình hơn. “ Nhiệt liệt hƣởng ứng phong trào 5S tại công ty”.
- Đồng thời chuẩn bị máy ảnh để ghi lại những hình ảnh của hoạt động này để giúp mọi ngƣời thích thú với công việc hơn. Bên cạnh đó, còn có thể giúp cho công ty nhận ra những khuyết điểm nhỏ còn thiếu sót để rút kinh nghiệm cho các hoạt động cải tiến sau này nhất là chƣơng trình áp dụng HACCP của công ty đƣợc hoàn thiện tốt hơn.