a) Sự không đồng tình của một số nhân viên có thái độ tiêu cực đối với 5S
Đây là một vấn đề rất dễ gặp trong hầu hết các trƣờng hợp ứng dụng 5S. Đối với một số nhân viên có thái độ tiêu cực thì việc thực hiện 5S đồng nghĩa với việc họ phải từ bỏ các thói quen của họ: hút thuốc trong giờ làm việc hay để các vật dụng nhƣ ly uống nƣớc, giẻ lau … ngay tại nơi làm việc. Tuy nhiên để cho công nhân thay đổi đƣợc các thói quen đó quả là một việc làm rất khó khăn. Điều đó phụ thuộc vào sự đào tạo nhận thức cho công nhân và sự gƣơng mẫu của nhà quản lý.
b) Sự xung đột về thời gian với các công việc khác
Quá trình ứng dụng 5S phải đi song song với các công việc hàng ngày trong công ty. Chính vì vậy, nếu việc triển khai 5S không đƣợc tổ chức và kiểm soát tốt thì sẽ gây ra xung đột với các công việc khác.
c) Hoạch định sai nguồn lực cần thiết
Trong quá trình triển khai 5S hiện tƣợng phân bổ thời gian, nhân lực, chi phí vào một công việc nào đó quá nhiều sẽ dẫn đến sự lãng phí không cần thiết.
d) Sự ủng hộ không hết mình của lãnh đạo
Các nhà lãnh đạo nếu không có cái nhìn thống nhất về 5S sẽ gây ra sự mâu thuẫn trong quá trình triển khai. Sự lãnh đạo không tốt thì nhân viên cũng sẽ thực hiện không tốt.
e) Quá trình huấn luyện và đào tạo không tốt
Ngƣời công nhân vốn đã quen với công việc chân tay nay phải trải qua khóa huấn luyện thƣờng khó thích nghi. Nếu kiến thức của họ hạn chế hay chƣơng trình đào tạo không đƣợc chuẩn bị kỹ lƣỡng và không phù hợp thì sẽ gây ra khó khăn trong việc tiếp thu kiến thức đào tạo. Từ đó làm cho kết quả đào tạo không đạt đƣợc nhƣ mong muốn.
f) Sự duy trì 5S
Có rất nhiều trƣờng hợp các công ty sau khi áp dụng chƣơng trình 5S một cách rầm rộ, đạt đƣợc nhiều kết quả khả quan, nhƣng sau một thời gian thì mọi việc trở lại nhƣ cũ, các kết quả trở lại là 0. Vì vậy đòi hỏi công ty phải quyết tâm thực hiện 5S và duy trì nó đến cùng.