Việc xác định trị giá hải quan và tổ chức thu thuế được thực hiện theo quy định tại Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, Luật Quản lý thuế, Luật Hải quan và các văn bản hướng dẫn thi hành. Hiện nay, các quy định về xác định trị giá hải quan tại Việt Nam đã phù hợp Hiệp định trị giá GATT. Việc việc xác định trị giá hải quan hoàn toàn phù hợp với Hiệp định trị giá GATT là một quá trình, bắt đầu từ khi Việt Nam chưa là thành viên Tổ chức Thương mại thế giới. Để thực hiện các cam kết với ASEAN và Mỹ, Chính phủ đã ban
hành Nghị định 60/2002/NĐ-CP ngày 6/6/2002 hướng dẫn việc xác định trị giá tính thuế hải quan, tuy nhiên nghị định này mới bước đầu tuân thủ Hiệp định trị giá GATT. Sau đó, Nghị định 155/2005/NĐ-CP và Nghị định 40/2007/NĐ-CP lần lượt được ban hành thay thế các quy định chưa phù hợp, hướng dẫn việc xác định trị giá tính thuế phù hợp hoàn toàn với những nguyên tắc và phương pháp xác định trị giá hải quan theo Hiệp định trị giá GATT.
Ngày 16/3/20007, Chính phủ ban hành Nghị định số 40/2007/NĐ-CP quy định về việc xác định trị giá hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu nhằm mục đích tính thuế và thống kê đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. So với các văn bản trước đây, Nghị định đã làm rõ hơn khái niệm quan trọng như trị giá giao dịch, giá thực tế đã thanh toán hay sẽ phải thanh toán, bán để xuất khẩu đến Việt Nam...nhằm tạo thuận lợi cho cơ quan Hải quan và doanh nghiệp khi áp dụng trong thực tế. Theo Nghị định số 40/2007/NĐ-CP, trị giá tính thuế đối với hàng hoá xuất khẩu là là giá bán tại cửa khẩu xuất (giá FOB, giá DAF), không bao gồm phí bảo hiểm (I) và phí vận tải (F). Đối với hàng hoá nhập khẩu, trị giá tính thuế là giá thực tế phải trả tính đến của khẩu nhập đầu tiên và được xác định theo 6 phương pháp bằng cách áp dụng tuần tự từng phương pháp và dừng ngay ở phương pháp xác định được trị giá tính thuế. Trong trường hợp người khai hải quan có văn bản đề nghị thì trình tự áp dụng các phương pháp trị giá khấu trừ và trị giá tính toán có thể thay đổi cho nhau. [8, tr.4-5]
Các phương pháp xác định trị giá tính thuế đối với hàng hoá nhập khẩu bao gồm:
- Phương pháp xác định trị giá tính thuế theo trị giá giao dịch của hàng nhập khẩu;
hoá nhập khẩu giống hệt;
- Phương pháp xác định trị giá tính thuế theo trị giá giao dịch của hàng hoá nhập khẩu tương tự;
- Phương pháp xác định trị giá tính thuế theo trị giá khấu trừ; - Phương pháp xác định trị giá tính thuế theo trị giá tính toán; - Phương pháp suy luận xác định trị giá tính thuế.
Trong các phương pháp trên, phương pháp xác định trị giá giao dịch của hàng nhập khẩu là phương pháp đầu tiên, quan trọng và được sử dụng nhiều nhất.
Điểm quan trọng của việc xác định trị giá hải quan theo Hiệp định trị giá GATT liên quan đến cơ sở dữ liệu giá. Đây là căn cứ quan trọng phục vụ đánh giá rủi ro. Cơ sở dữ liệu giá bao gồm tất cả các thông tin liên quan đến việc kiểm tra, xác định trị giá tính thuế do người khai hải quan cung cấp cho cơ quan hải quan hoặc do cơ quan hải quan thu thập được tính đến thời điểm kiểm tra, xác định trị giá tính thuế. Các thông tin này được lưu giữ tại cơ quan hải quan. Trách nhiệm và nghĩa vụ của người khai hải quan cũng như trách nhiệm và quyền hạn của cơ quan hải quan trong quá trình xác định trị giá tính thuế được quy định cụ thể. Trong quá trình này, nếu cần thiết phải trì hoãn việc ban hành quyết định cuối cùng về trị giá hải quan, người nhập khẩu hàng hoá vẫn được phép đưa hàng ra khỏi phạm vi quản lý của cơ quan hải quan nếu nộp một khoản bảo đảm dưới hình thức bảo lãnh, đặt tiền ký quỹ hoặc những biện pháp thích hợp khác ở mức đủ để bảo đảm cho việc nộp toàn bộ số thuế của hàng hoá đó [42, 75-76].
Việc thực hiện xác định trị giá hải quan theo Hiệp định trị giá GATT nhìn chung đã tạo nên một hệ thống xác định trị giá hải quan minh bạch, thống nhất phù hợp với chuẩn quốc tế. Toàn bộ hàng hoá nhập khẩu được xác định trị giá theo Hiệp định trị giá GATT, xoá bỏ bảng giá tối thiểu hoặc các
mức giá áp đặt khi xác định giá, đa số hàng nhập khẩu được xác định trị giá tính thuế theo phương pháp trị giá giao dịch (khoảng 98%), chỉ có khoảng 2% hàng hoá nhập khẩu bị cơ quan Hải quan bác bỏ trị giá giao dịch sau tham vấn và xác định lại giá theo trình tự, nguyên tắc và các phương pháp kế tiếp.
Việc áp dụng Hiệp định trị giá GATT trong xác định trị giá hải quan đã đánh dấu bước cái cách cơ bản của chính sách về giá tính thuế đối với hàng hoá xuất nhập khẩu của Việt Nam theo hướng minh bạch, công bằng, hiện đại, xoá bỏ dần sự áp đặt chủ quan của cơ quan quản lý.
Đối với tổ chức thu thuế, thời điểm tính thuế là ngày đăng ký tờ khai hải quan. Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu được tính theo thuế suất, trị giá tính thuế và tỷ giá tính thuế tại thời điểm tính thuế. Hàng hóa xuất nhập khẩu đăng ký tờ khai hải quan một lần để xuất nhập khẩu nhiều lần thì thuế xuất nhập khẩu được tính theo thuế suất, trị giá tính thuế và tỷ giá tính thuế theo ngày có hàng hóa xuất nhập khẩu trên cơ sở số lượng từng mặt hàng thực tế xuất nhập khẩu.
Thời hạn nộp thuế xuất khẩu đối với hàng hóa xuất khẩu là 30 ngày, kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan. Thời hạn nộp thuế đối với hàng hóa nhập khẩu là hàng tiêu dùng trong Danh mục hàng hóa do Bộ Thương mại công bố thì phải nộp thuế trước khi nhận hàng; riêng trường hợp người nộp thuế có bảo lãnh về số tiền thuế phải nộp hoặc hàng hóa phục vụ an ninh, quốc phòng, nghiên cứu khoa học và giáo dục đào tạo thuộc đối tượng được xét miễn thuế nhập khẩu thì được phép nộp thuế trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan. Nhằm khuyến khích sự tuân thủ pháp luật, người nộp thuế chấp hành tốt pháp luật được phép nộp thuế trong thời hạn 275 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan đối với hàng hóa nhập khẩu là vật tư, nguyên liệu để trực tiếp sản xuất hàng hóa xuất khẩu (bao gồm cả hàng hóa đồng thời
là hàng tiêu dùng trong Danh mục hàng hóa do Bộ Thương mại công bố); đối với hàng hóa nhập khẩu khác thì thời hạn nộp thuế là 30 ngày. [26, tr.30-33]
Người nộp thuế nộp tiền thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu trực tiếp vào kho bạc nhà nước hoặc thông qua ngân hàng thương mại, tổ chức tín dụng và các tổ chức dịch vụ khác.
Nhằm giảm nợ thuế và các khoản thu liên quan cho ngân sách nhà nước, việc thanh toán tiền thuế được thực hiện theo thứ tự: tiền thuế nợ, tiền thuế truy thu, tiền thuế phát sinh, tiền phạt trong trường hợp người nộp thuế vừa có tiền thuế nợ, tiền thuế truy thu, tiền thuế phát sinh, tiền phạt. [6, tr.18]
Với mục tiêu tiết kiệm thời gian và chi phí, đồng thời nâng cao trách nhiệm của người nộp thuế, pháp luật về thủ tục hải quan quy định người nộp thuế có trách nhiệm kê khai thuế đầy đủ, chính xác, minh bạch và chịu trách nhiệm trước pháp luật về nội dung kê khai. Bên cạnh đó, yếu tố tự giác của người nộp thuế được đề cao thông qua các quy định như: nếu tự phát hiện sai sót, nhầm lẫn và chủ động nộp số tiền thuế còn thiếu thì được miễn áp dụng các hình thức xử phạt. Trong trường hợp có sự nhầm lẫn trong việc kê khai, tính thuế thì người nộp thuế được hoàn trả số tiền nộp thừa nếu sự nhầm lẫn đó xảy ra trong thời hạn 365 ngày trở về trước kể từ ngày kiểm tra, phát hiện có sự nhầm lẫn. Thời hạn hoàn thuế là 15 ngày, kể từ ngày cơ quan có thẩm quyền hoàn thuế nhận đủ hồ sơ hoàn thuế. Nếu việc chậm hoàn thuế là do lỗi của cơ quan nhà nước có thẩm quyền xét hoàn thuế thì ngoài số tiền thuế phải hoàn còn phải trả tiền lãi kể từ ngày chậm hoàn thuế cho đến ngày được hoàn thuế theo mức lãi suất vay ngân hàng thương mại tại thời điểm phải hoàn thuế. [9, tr.16-17]