Kiểm tra trong quá trình làm thủ tục hải quan bao gồm: kiểm tra hồ sơ hải quan, kiểm tra thuế và kiểm tra thực tế hàng hoá.
Nội dung kiểm tra trong quá trình làm thủ tục hải quan bao gồm:
a) Kiểm tra tên hàng, mã số hàng hoá theo quy định tại Thông tư của Bộ Tài chính hướng dẫn phân loại hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu.
b) Kiểm tra về lượng hàng hoá. Đối với những mặt hàng mà bằng phương pháp thủ công hoặc thiết bị của cơ quan hải quan không xác định
được lượng hàng (như hàng lỏng, hàng rời, lô hàng có lượng hàng lớn...) thì cơ quan hải quan căn cứ vào kết quả giám định của thương nhân kinh doanh dịch vụ giám định (dưới đây gọi tắt là thương nhân giám định) để xác định.
c) Kiểm tra về chất lượng hàng hoá (bao gồm cả kiểm tra vệ sinh an toàn thực phẩm), cụ thể:
c.1) Hàng hoá thuộc Danh mục hàng hoá phải kiểm tra chất lượng
c.1.1) Đối với hàng hoá nhập khẩu: cơ quan hải quan căn cứ giấy đăng ký kiểm tra chất lượng hoặc giấy thông báo miễn kiểm tra lô hàng hoặc giấy thông báo kết luận lô hàng đạt chất lượng hàng nhập khẩu của cơ quan kiểm tra để làm thủ tục hải quan.
c.1.2) Đối với hàng hoá xuất khẩu: cơ quan hải quan căn cứ giấy thông báo kết luận lô hàng đạt chất lượng hàng xuất khẩu của cơ quan kiểm tra để làm thủ tục hải quan.
c.2) Hàng hoá không thuộc Danh mục hàng hoá phải kiểm tra chất lượng
c.2.1) Trường hợp bằng phương tiện và thiết bị của mình, cơ quan hải quan không xác định được chất lượng hàng hoá để thực hiện quản lý xuất khẩu, nhập khẩu hàng hoá thì cùng với chủ hàng lấy mẫu hoặc yêu cầu chủ hàng cung cấp tài liệu kỹ thuật (catalogue…), thống nhất lựa chọn thương nhân giám định thực hiện giám định. Kết luận của thương nhân giám định có giá trị để các bên thực hiện.
c.2.2) Trường hợp người khai hải quan và cơ quan hải quan không thống nhất được trong việc lựa chọn thương nhân giám định thì cơ quan hải quan lựa chọn tổ chức kỹ thuật được chỉ định kiểm tra phục vụ quản lý nhà nước hoặc thương nhân giám định (đối với trường hợp tổ chức kỹ thuật được chỉ định kiểm tra có văn bản từ chối). Kết luận của tổ chức kỹ thuật được chỉ định kiểm tra phục vụ quản lý nhà nước hoặc thương nhân giám định có giá
trị để các bên thực hiện. Nếu người khai hải quan không đồng ý với kết luận này thì thực hiện khiếu nại theo quy định của pháp luật.
d) Kiểm tra xuất xứ hàng hoá căn cứ vào thực tế hàng hoá, hồ sơ hải quan, những thông tin có liên quan đến hàng hoá và quy định tại Điều 15 Nghị định số 19/2006/NĐ-CP ngày 20/02/2006 của Chính phủ, các văn bản hướng dẫn có liên quan.
Kết quả kiểm tra xử lý như sau:
d.1) Trường hợp xuất xứ thực tế của hàng hoá nhập khẩu khác với xuất xứ khai báo của người khai hải quan, nhưng vẫn thuộc nước, vùng lãnh thổ thực hiện đối xử tối huệ quốc với Việt Nam thì cơ quan hải quan vẫn áp dụng thuế suất ưu đãi theo quy định, nhưng sẽ tuỳ tính chất, mức độ vi phạm để xem xét xử lý theo quy định của pháp luật;
d.2) Trong trường hợp có nghi ngờ về xuất xứ hàng hoá, cơ quan Hải quan yêu cầu người khai hải quan cung cấp thêm các chứng từ để chứng minh hoặc đề nghị cơ quan có thẩm quyền của nước xuất khẩu xác nhận. Việc kiểm tra xác minh xuất xứ hàng hoá phải được hoàn thành trong vòng một trăm năm mươi ngày, kể từ ngày người khai hải quan nộp bộ hồ sơ đầy đủ và hợp lệ. Trong khi chờ kết quả kiểm tra, hàng hoá không được hưởng ưu đãi thuế quan nhưng vẫn được thông quan theo thủ tục hải quan thông thường;
Thời gian xem xét giải quyết các vướng mắc về xuất xứ hàng hoá, xem xét chấp nhận C/O không quá ba trăm sáu mươi lăm ngày kể từ ngày C/O được nộp cho cơ quan hải quan hoặc kể từ ngày cơ quan hải quan nghi ngờ có sự gian lận vi phạm về xuất xứ hàng hoá.
Trường hợp người khai hải quan nộp C/O cấp cho cả lô hàng nhưng chỉ nhập khẩu một phần của lô hàng thì cơ quan hải quan chấp nhận C/O đó đối với phần hàng hoá thực nhập.
e.1) Kiểm tra điều kiện để áp dụng biện pháp cưỡng chế, thời hạn nộp thuế theo quy định;
e.2) Kiểm tra các căn cứ để xác định hàng hoá không thuộc đối tượng chịu thuế trong trường hợp người khai hải quan khai hàng hoá không thuộc đối tượng chịu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, hoặc thuế giá trị gia tăng, hoặc thuế tiêu thụ đặc biệt;
e.3) Kiểm tra các căn cứ để xác định hàng hoá thuộc đối tượng miễn thuế, xét miễn thuế, giảm thuế trong trường hợp người khai hải quan khai hàng hoá thuộc đối tượng miễn thuế, xét miễn thuế, giảm thuế;
e.4) Kiểm tra các căn cứ tính thuế để xác định số tiền thuế phải nộp, việc tính toán số tiền thuế phải nộp trong trường hợp hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng chịu thuế trên cơ sở kết quả kiểm tra nêu tại điểm a, b, c, d Khoản này, kết quả kiểm tra, xác định trị giá tính thuế theo hướng dẫn tại Thông tư số 40/2008/TT-BTC ngày 21 tháng 5 năm 2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn Nghị định số 40/2007/NĐ-CP ngày 16 tháng 3 năm 2007 của Chính phủ quy định về việc xác định trị giá hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu và các căn cứ khác có liên quan.
Thẩm quyền quyết định hình thức và mức độ kiểm tra do Lãnh đạo Cục Hải quan, Lãnh đạo Chi cục Hải quan nơi tiếp nhận và xử lý hồ sơ hải quan quyết định.
Trong quá trình làm thủ tục hải quan cho lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu, căn cứ vào tình hình thực tế của lô hàng và thông tin mới thu nhận được, Lãnh đạo Cục Hải quan, Lãnh đạo Chi cục Hải quan quyết định thay đổi hình thức, mức độ kiểm tra đã quyết định trước đó; chịu trách nhiệm về việc thay đổi quyết định hình thức, mức độ kiểm tra. Kết thúc kiểm tra thực tế hàng hoá, công chức hải quan thực hiện kiểm tra ghi kết quả kiểm tra theo hướng dẫn của Tổng cục Hải quan.
Hiện nay, nhằm giải quyết được thách thức giữa khối lượng công việc không ngừng tăng lên với yêu cầu quản lý hiệu quả, Hải quan Việt Nam đã áp dụng quản lý rủi ro vào hoạt động hải quan. Quản lý rủi ro là phương pháp quản lý tiên tiến đã được Hải quan nhiều nước trên thế giới nghiên cứu, áp dụng và đã đạt được những thành quả to lớn. Hầu hết Hải quan các nước trên thế giới và trong khu vực đã áp dụng phương pháp quản lý rủi ro trong quản lý hải quan và đã chứng minh được tính khoa học của phương pháp này. Để giải quyết khối lượng công việc ngày càng tăng lên nhanh chóng với nguồn nhân lực, vật lực có hạn, đồng thời không được tạo ra các rào cản đối với hoạt động xuất nhập khẩu thì cơ quan hải quan phải giới hạn việc kiểm tra trong một phạm vi nhất định thông qua việc xác định các trường hợp có khả năng vi phạm pháp luật.
Việc kiểm tra hải quan được thực hiện trên cơ sở phân tích thông tin, đánh giá việc chấp hành pháp luật của chủ hàng, mức độ rủi ro về vi phạm pháp luật hải quan đã tạo cơ sở pháp lý cho bước chuyển đổi căn bản về phương pháp quản lý từ phương pháp quản lý hải quan truyền thống sang phương pháp quản lý hải quan hiện đại dựa vào kỹ thuật quản lý rủi ro, giúp rút ngắn thời gian thông quan, tạo sự cân bằng giữa tăng cường thuận lợi và hiệu lực quản lý. Phương thức hoạt động theo mô hình hải quan hiện đại với nguyên tắc áp dụng kỹ thuật quản lý rủi ro bước đầu đã được thực hiện đối với hàng hoá xuất nhập khẩu thương mại trong quy trình thủ tục hải quan thông thường và nhiều loại hình xuất nhập khẩu trong quy trình thủ tục hải quan điện tử.
Phương pháp quản lý rủi ro được thực hiện dựa trên hệ thống thông tin hải quan là tập hợp những thông tin về hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu; về tổ chức, cá nhân trực tiếp hoặc gián tiếp thực hiện các hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu hàng hoá và các thông tin khác liên quan đến hoạt động hải quan. Thông
tin hải quan là cơ sở để đánh giá mức độ chấp hành pháp luật của người khai hải quan, mức độ rủi ro về vi phạm pháp luật hải quan phục vụ cho hoạt động thông quan, kiểm tra sau thông quan và phòng, chống các hành vi vi phạm pháp luật có liên quan đến hải quan.
Thực hiện phương pháp quản lý rủi ro, ngành Hải quan đã xây dựng bộ tiêu chí quản lý rủi ro gồm 75 tiêu chí, trong đó 56 tiêu chí đã có thông tin, được cập nhật thường xuyên. Hiện nay, bộ tiêu chí quản lý rủi ro đã được nâng cấp thành 276 tiêu chí và xây dựng bộ tiêu chí phân cấp đánh giá mức độ rủi ro cho các Cục Hải quan tỉnh, thành phố gồm 39 tiêu chí được dự kiến áp dụng trong thời gian tới. Tiến hành thu thập, nâng cấp hệ thống thông tin về trên 40.000 doanh nghiệp xuất nhập khẩu, các thông tin được chuẩn hoá theo các tiêu chí nhằm đáp ứng kịp thời cho công tác quản lý rủi ro. Về cơ bản, bộ tiêu chí đã phù hợp với tình hình thực tế, bước đầu bảo đảm yêu cầu quản lý.
Thông tin hải quan được thu thập, xử lý từ các nguồn: hồ sơ, tài liệu do Tổng cục Hải quan lưu giữ; hoạt động tiến hành thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan, phân tích, phân loại hàng hoá; kết quả hoạt động của các lực lượng kiểm soát hải quan; tố giác vi phạm pháp luật về hải quan của cơ quan, tổ chức, cá nhân; các cơ quan, đơn vị, tổ chức có liên quan đến hoạt động hải quan cung cấp; thông tin trên phương tiện thông tin đại chúng trong nước và nước ngoài thông tin do trao đổi với Hải quan các nước, Tổ chức Hải quan thế giới....
Như vậy, với phương pháp quản lý rủi ro,việc kiểm tra thực tế hàng hoá trở thành khâu nghiệp vụ không mang tính bắt buộc đối với tất cả hàng hoá mà tập trung vào hàng hoá trọng điểm, hàng hoá có thể được miễn kiểm tra thực tế hoặc phải kiểm tra thực tế tuỳ thuộc vào mức độ rủi ro của hàng hoá. Căn cứ để quyết định việc kiểm tra thực tế hàng hóa xuất nhập khẩu là quá
trình chấp hành pháp luật của chủ hàng, chính sách quản lý hàng hóa xuất nhập khẩu của nhà nước, tính chất, chủng loại, nguồn gốc hàng hóa, bộ hồ sơ hải quan và các thông tin khác có liên quan đến hàng hóa xuất nhập khẩu.