Kiểm tra sau thông quan được coi là khâu nghiệp vụ quan trọng của Hải quan hầu hết các nước. Tổ chức Hải quan thế giới đã tổng kết và khuyến nghị
phải duy trì và phát triển hệ thống kiểm tra sau thông quan đủ mạnh để có thể ngăn chặn và phát hiện gian lận thương mại, đặc biệt là gian lận về trị giá, dù hệ thống trị giá có được xác định theo bất cứ phương pháp nào. Kiểm tra sau thông quan là biện pháp quan trọng nhất để kiểm tra, bảo đảm tính tuân thủ pháp luật về thủ tục hải quan, nhất là trong bối cảnh áp dụng phương pháp quản lý rủi ro và xác định trị giá hải quan theo Hiệp định Trị giá GATT.
Kiểm tra sau thông quan được quy định tại Luật Hải quan đã được sửa đổi, bổ sung, Nghị định số 154/2005/NĐ-CP ngày 15/12/2005 của Chính phủ Quy định chi tiết một số điều của Luật Hải quan về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan và Thông tư số 79/2009/TT-BTC ngày 20/4/2009 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu.
Kiểm tra sau thông quan là hoạt động kiểm tra của cơ quan hải quan nhằm thẩm định tính chính xác, trung thực của việc khai hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu đã được thông quan và đánh giá mức độ tuân thủ pháp luật của người khai hải quan làm cơ sở xem xét mức độ ưu tiên trong khi làm thủ tục hải quan, kiểm tra giám sát hải quan.
Nội dung kiểm tra sau thông quan bao gồm: - Kiểm tra hồ sơ hải quan:
+ Kiểm tra tính hợp pháp, chính xác của các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan, sự phù hợp của các chứng từ kèm theo tờ khai với các nội dung khai trong tờ khai và các quy định của pháp luật về xuất khẩu, nhập khẩu hàng hoá;
+ Kiểm tra việc xác định trị giá; căn cứ tính thuế, cách tính số thuế và các khoản thu khác; việc tuân thủ các quy định về chính sách quản lý xuất
khẩu, nhập khẩu hàng hoá, thực thi quyền sở hữu trí tuệ, các Điều ước quốc tế quy định khác về quản lý xuất khẩu, nhập khẩu hàng hoá;
+ Kiểm tra chứng từ kế toán, sổ kế toán, báo cáo tài chính và các chứng từ khác có liên quan đến hàng hoá đã được thông quan tại doanh nghiệp.
- Kiểm tra thực tế hàng hoá nhập khẩu của đơn vị được kiểm tra trong trường hợp cần thiết và còn điều kiện. [13, tr.40-41]
Kiểm tra sau thông quan được thực hiện trong trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật hải quan hoặc xác định có khả năng vi phạm pháp luật hải quan dựa trên kết quả phân tích thông tin của cơ quan hải quan và kiểm tra theo kế hoạch để đánh giá mức độ tuân thủ pháp luật hải quan đối với các trường hợp khác (trong đó tập trung vào trường hợp đã được hưởng ưu tiên trong quá trình thông quan như miễn kiểm tra hải quan, miễn kiểm tra thực tế hàng hoá).
Kiểm tra sau thông quan được thực hiện trong phạm vi 5 năm kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đã được thông quan. Thời hạn kiểm tra đối với mỗi cuộc kiểm tra sau thông quan tối đa là 05 ngày làm việc đối với các trường hợp có dấu hiệu hoặc có khả năng vi phạm pháp luật hải quan và 15 ngày làm việc đối với các trường hợp kiểm tra theo kế hoạch. Đối với những trường hợp phức tạp, cơ quan hải quan được quyền gia hạn thời gian kiểm tra tối đa không quá 15 ngày làm việc. [13, tr.42]
Trong quá trình kiểm tra sau thông quan, công chức hải quan tiến hành đối chiếu, so sánh giữa sổ sách, chứng từ kế toán, báo cáo tài chính và các chứng từ khác có liên quan đến hàng hóa xuất nhập khẩu và nội dung khai hải quan; trong trường hợp cần thiết và đủ điều kiện thì kiểm tra thực tế hàng hóa đã thông quan. Kết thúc kiểm tra, công chức kiểm tra sau thông quan có trách nhiệm kết luận về kết quả kiểm tra. Nếu phát hiện có vi phạm, nhầm lẫn trong
quá trình thông quan thì tùy thuộc vào từng trường hợp cụ thể, có thể phải truy thu hay hoàn thuế và các khoản thu khác, xử lý vi phạm hành chính hoặc truy cứu trách nhiệm hình sự theo quy định của pháp luật về tố tụng hình sự.
Bên cạnh việc thực hiện thủ tục hải quan theo phương pháp thông thường, thủ tục hải quan điện tử cũng bước đầu được triển khai thực hiện. Các quy định về thủ tục hải quan điện tử được quy định trong Luật Hải quan 2001, được tiếp tục phát triển trong Luật Sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Hải quan và cụ thể hoá bởi Quyết định số 50/2005/QĐ-BTC và Quyết định số 52/2007/QĐ-BTC của Bộ trưởng Bộ Tài chính. Ngoài việc hồ sơ, giấy tờ được xử lý thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan, về cơ bản việc kiểm tra hải quan, xác định trị giá, tổ chức thu thuế và kiểm tra sau thông quan đối với thủ tục hải quan điện tử được thực hiện tương tự như thủ tục hải quan thông thường.
Như vậy, thực hiện định hướng hội nhập quốc tế về chính sách hải quan, pháp luật về thủ tục hải quan đã bước đầu nội luật hoá các chuẩn mực hải quan quy định tại các điều ước quốc tế mà Việt Nam có trách nhiệm tuân thủ hoặc điều ước quốc tế Việt Nam chuẩn bị gia nhập. Nhiều điều ước quốc tế đã được nội luật hoá trong pháp luật hải quan, điển hình là Công ước Kyoto, Hiệp định trị giá GATT, Công ước HS và Hiệp định TRIPS. Riêng đối với Công ước Kyoto, một số chuẩn mực của Công ước đã được chuyển hoá vào pháp luật về thủ tục hải quan ngay từ khi Việt Nam chưa có nghĩa vụ thực hiện Công ước. Đồng thời, pháp luật về thủ tục hải quan cũng tạo cơ sở pháp lý cho cải cách hành chính, tạo thuận lợi cho hoạt động xuất nhập khẩu, góp phần nâng cao năng lực quản lý của cơ quan hải quan.