Xây dựng một bộ máy quản lý giáo dục đại học hoạt động có hiệu lực và hiệu quả là cơ sở vững chắc cho việc cải cách thể chế của Nhà nước trong lĩnh vực giáo dục, bởi lẽ cải cách thể chế không đơn thuần chỉ là việc thực hiện đổi mới một hay một số khâu nào, mà cần phải có sự đổi mới toàn diện, từ nâng cao năng lực ban hành thể chế đến việc tổ chức thực thi thể chế đó và bộ máy quản lý chính là cầu nối trung gian nhưng đóng vai trò quyết định cho thắng lợi của cả quá trình đổi mới này.
công chức; thực hiện công tác tham mưu, tư vấn cho Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo những chính sách phù hợp trong lĩnh vực giáo dục đại học.
+ Củng cố bộ máy tổ chức của Vụ Pháp chế. Đây cơ quan mới được thành lập vào năm 2003 theo Nghị định số 85/2003/NĐ-CP của Chính phủ ngày 18/7/2003 quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Giáo dục và Đào tạo. Vụ Pháp chế có nhiệm vụ chủ yếu là giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước bằng pháp luật trong lĩnh vực giáo dục và đào tạo. Có thể nói, Vụ Pháp chế là đầu mối phối hợp các đơn vị trong Bộ có nhiệm vụ giúp Bộ truởng đảm bảo việc chấp hành pháp luật nghiêm chỉnh, thống nhất và triệt để trong toàn hệ thống giáo dục đại học; định kỳ sơ kết, tổng kết tình hình và báo cáo Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo, Bộ trưởng Bộ Tư pháp theo quy định. Cơ quan này cần tích cực và chủ động trong việc phối hợp với các đơn vị của Bộ Giáo dục và Đào tạo, với hệ thống các trường đại học trong toàn quốc trong việc thực hiện kiểm tra văn bản quy phạm pháp luật của Bộ ban hành và tăng cường kiểm tra các văn bản quy phạm pháp luật do các Bộ, ngành, các cơ quan nhà nước khác có nội dung liên quan đến quản lý nhà nước về giáo dục đại học.
+ Hoàn thiện cơ cấu nhân sự và hoạt động của Thanh tra Bộ, tạo cơ sở quan trọng cho việc nâng cao hiệu quả công tác pháp chế trong ngành giáo dục, đào tạo nói chung và lĩnh vực giáo dục đại học nói riêng. Thanh tra Bộ cần phối hợp với Vụ Pháp chế và các đơn vị liên quan tổ chức kiểm tra, thanh tra, xử lý những vấn đề bức xúc đang được dư luận xã hội quan tâm như gian dối trong việc tuyển sinh, cấp phát và sử dụng văn bằng, chứng chỉ giáo dục đại học và những hiện tượng tiêu cực khác trong môi trường giáo dục đại học khiến chất lượng đào tạo trong các trường đại học không được đảm bảo.
+ Các vụ chức năng của Bộ Giáo dục và Đào tạo như Vụ Đại học và Sau Đại học, Vụ Pháp chế, Thanh tra,... cần phối kết hợp với nhau trong công tác, tăng cường theo dõi, đôn đốc, kiểm tra việc thực hiện pháp luật và tổng kết thực tiễn thi hành pháp luật trong lĩnh vực giáo dục đại học. Kịp thời phát hiện các hành vi vi phạm pháp luật để xử lý theo thẩm quyền và kiến nghị xử lý, bảo đảm các quy định của pháp luật được thực hiện trong thực tế.
+ Đẩy mạnh hoạt động của cơ quan kiểm định chất lượng giáo dục đại học: xây dựng cơ cấu tổ chức hợp lý, tăng thêm thẩm quyền cho cơ quan này, cấp giấy chứng nhận đạt tiêu chuẩn chất lượng kiểm định cho các cơ sở giáo dục đại học trong nước. Những kết quả kiểm định chất lượng giáo dục đại học do cơ quan kiểm định tiến hành cần được công khai trên các phương tiện truyền thông để toàn xã hội được biết.
+ Ngoài ra, Bộ Giáo dục và Đào tạo cần chú trọng công tác đào tạo nâng cao năng lực cán bộ quản lý giáo dục đại học, cả về nghiệp vụ quản lý và kiến thức pháp luật. Đội ngũ quản lý giáo dục đại học có vai trò hết sức quan trọng trong công tác QLNN ở lĩnh vực này, thể hiện trong các mảng công việc cụ thể như tổ chức, quản lý, điều hành các hoạt động giáo dục. Không ngừng học tập, rèn luyện, nâng cao phẩm chất đạo đức, trình độ chuyên môn, năng lực quản lý và trách nhiệm cá nhân là một đòi hỏi không thể thiếu đối với mọi cán bộ quản lý giáo dục ở bất kỳ bộ phận nào của hệ thống giáo dục quốc dân, trong đó có cán bộ quản lý giáo dục đại học. Nhưng đó không phải là nỗ lực một chiều từ phía các cán bộ quản lý, mà nhà nước cũng phải có kế hoạch xây dựng và nâng cao chất lượng đội ngũ cán bộ quản lý giáo dục nói chung và đội ngũ cán bộ quản lý giáo dục đại học nói riêng nhằm phát huy vai trò cũng như trách nhiệm của họ, bảo đảm phát triển hơn nữa sự nghiệp giáo dục nước nhà. Bộ Giáo dục và Đào tạo cần triển khai
cũng như đội ngũ cán bộ quản lý giáo dục đại học, cử đi đào tạo nâng cao trình độ chuyên môn ở nước ngoài.