Cán bộ quản lý ở các trường trung học co sở quận 11, thành phố Hồ Chí Minh tuy có trình độ chuyên môn, nghiệp vụ và phẩm chất chính trị tốt nhưng hầu như rất ít trong số họ chưa được đào tạo, bồi dưỡng nghiệp vụ trong công tác thanh, kiểm tra nên việc vận dụng các văn bản hướng dẫn thực hiện công tác kiểm tra nội bộ trường học chưa có hiệu quả cao.
Hiệu trưởng ở các trường chưa mạnh dạn phân cấp quản lý cho các thành viên trong nhà trường cũng như các thành viên trong Ban kiểm tra nội bộ, dẫn đến việc Hiệu trưởng xây dựng nội dung kiêm tra chưa sát với thực tế,
trường. Kế hoạch hoạt động năm học còn chưa rõ nét, chưa thể hiện được đặt thù riêng của đơn vị, chưa có biện pháp, chỉ tiêu cụ thể, từ đó làm cho việc kiểm tra chưa xác định tiêu chuẩn kiếm tra rõ ràng đê đánh giá kết quả thực hiện.
Nội dung kiểm tra chưa rõ ràng, chưa thiết lập các quy chế hoạt động các cá nhân, bộ phận không đầy đủ, không có bảng mô tả công việc, không xây dựng quy trình các nghiệp vụ chủ yếu như quy trình quản lý hồ sơ học vụ, điếm số, tài chính, cũng như quy trình thành lập, tổ chức, thực hiện các hoạt động các hội đồng tư vấn trong nhà trường nên việc tiến hành kiểm tra cũng khó khăn hay dẫn đến kiểm tra sơ sài, bỏ sót, hạn chế rất lớn cho công tác tự kiếm tra.
Một số trường còn nhầm lẫn giữa vai trò, nhiệm vụ của chính quyền (Hiệu trưởng, Phó Hiệu trưởng) với vai trò, nhiệm vụ của Ban kiêm tra nội bộ do chưa xác định đúng vị trí của Ban kiểm tra nội bộ trường học trong hệ thống quản lý nhà trường; chưa quan tâm đúng mức đến việc sinh hoạt Ban kiểm tra nội bộ.
Tuy nhiên, nhìn chung công tác kiểm tra nội bộ ở các trường trung học cơ sở quận 11, thành phố Hồ Chí Minh cũng từng bước đi vào nề nếp; cán bộ quản lý, giáo viên, nhân viên trong nhà trường cũng đã nhận thức được kiểm tra là vai trò tất yếu của công tác quản lý nhà trường, góp phần nâng cao chất lượng giáo dục toàn diện trong nhà trường, đáp ứng được yêu cầu của xã hội trong thời kỳ mói.