Bên cạnh những thành tựu đã đạt được trong thời gian qua, sự phát triển kinh
tế biển của tỉnh Bến Tre cũng còn những vấn đề cần được quan tâm, giải quyết
nhằm đạt được sự phát triển bền vững trong tương lai.
GDP kinh tế biển ngày càng tăng và có đóng góp ngày càng đáng kể trong cơ cấu GDP của tỉnh nhưng tỉ trọng còn thấp (35,4% năm 2010). Như vậy, sự đóng góp GDP của kinh tế biển chưa tương xứng với vai trò ngành kinh tế mũi nhọn của tỉnh.
Tăng trưởng kinh tế biển chủ yếu theo chiều rộng, thiếu chiều sâu. Kinh tế biển phần lớn khai thác nguồn tài nguyên nông – lâm – ngư nghiệp; công nghiệp và dịch vụ chưa phát triển mạnh. Công nghiệp – tiểu thủ công các huyện ven biển có quy mô nhỏ, năng suất, chất lượng, hiệu quả chưa cao, khả năng chế biến hàng nông thủy sản của các huyện còn thấp, sản phẩm chưa có hàm lượng công nghệ cao. Các
ngành dịch vụ phát triển còn chậm, nhỏ lẻ, phân tán, các loại hình dịch vụ cao cấp như tài chính tín dụng, vốn, tư vấn, khoa học công nghệ chưa phát triển mạnh.
Cơ cấu kinh tế các huyện ven biển thời kì 2001 – 2010 có sự chuyển biến đúng hướng tuy nhiên sự chuyển dịch còn chậm. Giá trị sản xuất và giá trị tăng thêm của ngành công nghiệp, dịch vụ chưa cao trong khi sản xuất nông – lâm – ngư nghiệp lại phụ thuộc nhiều vào điều kiện tự nhiên, thị trường, giá cả bấp bênh nên tính rủi ro của kinh tế cao, chưa phát triển bền vững. Điều này ảnh hưởng đến thu nhập bình quân đầu người của vùng ven biển và toàn tỉnh chậm được nâng cao; sự chênh lệch thu nhập/người giữa ba khu vực tăng lên, cản trở sự phát triển bền vững.
Các ngành kinh tế biển của tỉnh phát triển chưa đồng bộ và bền vững. Kinh tế thủy sản có vị trí quan trọng nhất trong cơ cấu kinh tế biển của tỉnh nhưng ngành thủy sản thời gian qua chưa phát triển ổn định. Lĩnh vực khai thác thủy hải sản chậm đổi mới công nghệ, phương tiện, sức ép đối với nguồn lợi ven bờ còn rất lớn; lĩnh vực nuôi trồng chưa bền vững do những năm gần đây phát triển một cách tự phát, không theo quy hoạch, không tuân thủ lịch thời vụ làm dịch bệnh dễ phát tsinh và lay lan, gây thiệt hại nghiêm trọng cho người nuôi; công nghiệp chế biến thủy hải sản chưa tương xứng với nguồn nguyên liệu. Trong khi đó, nghề muối còn nhiều bấp bênh do công nghệ sản xuất muối lạc hậu, chất lượng thấp, khó tiêu thụ, giá cả không cao. Tiềm năng ngành du lịch biển chưa được đầu tư khai thác hiệu quả.
Ngành giao thông vận tải biển của tỉnh chưa phát triển, chưa xây dựng cảng biển
trên địa bàn tỉnh nên khả năng phát triển kinh tế biển bị hạn chế.
Các cơ chế, chính sách của Trung Ương và của tỉnh về phát triển kinh tế biển chưa được triển khai hiệu quả và đầy đủ, chưa tạo được môi trường đầu tư hấp dẫn vào các huyện ven biển.
Tình hình đầu tư, phát triển kinh tế biển bị hạn chế do thiếu vốn, khoa học công nghệ, nguồn nhân lực có trình độ cao, cơ sở hạ tầng chưa hoàn thiện, giao thông cách trở.
Việc nghiên cứu, ứng dụng khoa học – công nghệ phục vụ phát triển kinh tế biển chưa nhiều. Tỉnh chưa có dự báo chính xác về nguồn lợi, diễn biến môi trường
và thiên tai trên biển. Từ đó, kinh tế biển phát triển nhưng còn chậm, hiệu quả chưa cao, chưa tương xứng với tiềm năng và yêu cầu.
Sự phát triển văn hóa – xã hội bên cạnh sự phát triển kinh tế vùng ven biển cũng còn nhiều vấn đề cần quan tâm. Công tác giáo dục - đào tạo của tỉnh còn yếu, chênh lệch lớn giữa thành thị và nông thôn. Công tác đào tạo nghề còn yếu về số lượng và chất lượng, thiếu đội ngũ lao động có trình độ cao, chuyên môn sâu. Vì thế chưa đáp ứng yêu cầu chuẩn bị nguồn nhân lực cho phát triển kinh tế biển nói riêng và kinh tế tỉnh Bến Tre nói chung.
Công tác xóa đói giảm nghèo, nâng cao đời sống người dân chưa vững chắc, nhất là bộ phận dân cư vùng sâu, vùng xa của các huyện ven biển. Mức thu nhập của dân cư gia tăng là một trở ngại rất lớn cho việc phát triển bền vững. Các cơ hội tìm kiếm và cải thiện điều kiện làm việc, nâng cao thu nhập, nâng cao mức sống của người dân chưa ổn định và chưa có giải pháp lâu dài.
Trình độ dân trí của ngư dân vùng biển chưa cao, ảnh hưởng đến khả năng tiếp thu khoa học – công nghệ bị hạn chế. Ý thức sản xuất cộng đồng chưa cao. Ngư dân còn sử dụng nhiều các công cụ, kĩ thuật khai thác có tính lạm sát cao ảnh hưởng đến khả năng tái tạo nguồn lợi thủy hải sản và môi trường sinh thái.
Tình hình an ninh trật tự trên địa bàn các huyện ven biển còn diễn biến phức tạp. Phạm pháp hình sự, tai nạn giao thông, tệ nạn xã hội còn nhiều đã ảnh hưởng không tốt đến việc ổn định xã hội để phát triển kinh tế.
Quan điểm phát triển bền vững trong chỉ đạo phát triển kinh tế biển của tỉnh chưa thể hiện rõ ràng, còn thiên về tăng trưởng kinh tế, ổn định xã hội, vấn đề bảo vệ môi trường chưa được quan tâm. Các cơ quan chức năng còn thiếu các kế hoạch, biện pháp hiệu quả để bảo vệ môi trường vùng biển, ven biển. Trong khi đó, môi trường sinh thái vùng biển, ven biển ngày càng bị ô nhiễm do nhiều nguyên nhân, ảnh hưởng trực tiếp đến hệ sinh thái và đa dạng sinh học gây khó khăn cho công tác nuôi trồng, khai thác hải sản và mục tiêu phát triển bền vững.
Ngoài ra, biến đổi khí hậu diễn biến phức tạp với việc gia tăng những sự cố bất thường như xâm nhập mặn ngày càng sâu vào nội đồng, triều cường, mưa bão,...đã gây không ít khó khăn cho sinh hoạt và sản xuất của người dân.
