Thanh tra, kiểm tra có vai trò rất quan trọng trong hoạt động quản trị thuế:
Thứ nhất: Thanh tra, kiểm tra người nộp thuế góp phần hoàn thiện cơ chế,
chính sách pháp luật về thuế.
Hệ thống thuế ở nước ta hiện nay bao gồm nhiều sắc thuế khác nhau. Mỗi sắc thuế điều tiết đến một số đối tượng xã hội nhất định và có những phương pháp quản lý thu thuế khác nhau. Về cơ bản mỗi sắc thuế khi được ban hành đều đã được nghiên cứu kỹ và chuẩn bị chu đáo nhưng do đặc điểm nền kinh tế nước ta đang ở thời kỳ
chuyển đổi và hội nhập ngày càng sâu vào nền kinh tế thế giới nên không trách khỏi những khiếm khuyết, bất cập. Chính vì vậy thanh tra, kiểm tra thuế là nơi cung cấp các căn cứ, các bằng chứng cụ thể phản ánh một cách chân thực, sống động các hoạt động diễn ra trong thực tế, để phục vụ cho việc hoàn thiện, bổ sung các chính sách cho phù hợp.
Thứ hai: Thanh tra, kiểm tra thuế là phương tiện phòng ngừa, răn đe các hành
vi vi phạm pháp luật thuế và tội phạm nảy sinh trong việc thực hiện pháp luật thuế. Hoạt động thanh tra, kiểm tra thuế trên cơ sở phân tích thông tin, dữ liệu liên quan đến người nộp thuế, đánh giá việc chấp hành pháp luật của người nộp thuế, xác minh và thu thập chứng cứ để xác định hành vi vi phạm pháp luật về thuế. Theo đó, vừa phòng ngừa các hành vi phạm pháp luật thuế có thể xảy ra; vừa sử dụng các biện pháp chế tài bằng mệnh lệnh hoặc các quyết định hành chính nhằm xử lý và răn đe hành vi vi phạm pháp luật của người nộp thuế.
Việc kịp thời phát hiện, ngăn ngừa và xử lý các hành vi vi phạm pháp luật thuế là biện pháp hữu hiệu nhất đối với việc phòng ngừa các loại tội phạm có thể phát sinh trong việc thực hiện pháp luật thuế.
Thứ ba: Thanh tra, kiểm tra người nộp thuế có vai trò quan trọng trong việc
cải cách thủ tục hành chính thuế.
Triển khai thực hiện pháp luật thuế, cũng đồng thời với việc triển khai thực hiện các thủ tục hành chính thuế. Qua hoạt động thanh tra, kiểm tra phát hiện những người nộp thuế thực hiện không đúng và không đủ các thủ tục hành chính thuế để kịp thời chấn chỉnh. Đồng thời phát hiện những khiếm khuyết, những thủ tục không phù hợp với thực tế để kiến nghị bổ sung hoàn thiện, nâng cao hiệu lực pháp luật thuế.