¾ Phòng thanh tra thuế số 1
- Chức năng: giúp Cục trưởng Cục thuế triển khai thực hiện công tác thanh tra cá nhân, tổ chức (gọi tắt là doanh nghiệp) trong việc chấp hành pháp luật thuế; giải quyết tố cáo về hành vi trốn lậu thuế, gian lận thuế liên quan đến các doanh nghiệp FDI (doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài), doanh nghiệp liên doanh với nước ngoài, các Tập đoàn - Tổng Công ty thuộc phạm vi Cục Thuế quản lý.
- Nhiệm vụ cụ thể:
+ Lập kế hoạch thanh tra hàng năm trình Cục trưởng và Tổng Cục trưởng phê duyệt. + Thực hiện tổ chức thanh tra thuế theo kế hoạch đã duyệt, thanh tra đối với những trường hợp phòng kiểm tra, Chi cục Thuế chuyển hồ sơ và các trường hợp được chỉ đạo từ cơ quan thuế cấp trên.
+ Xử lý hoặc kiến nghi xử lý theo quy định đối với những trường hợp sai phạm qua thanh tra.
+ Lập hồ sơ đề nghị cơ quan có thẩm quyền khởi tố các tổ chức, cá nhân vi phạm pháp luật về thuế.
+ Cung cấp thông tin, kết luận sau thanh tra cho các bộ phận chức năng có liên quan để phối hợp quản lý thuế.
+ Tổng hợp, báo cáo, đánh giá chất lượng công tác thanh tra thuế, tổng hợp kết quả giải quyết khiếu nại, tố cáo liên quan đến người nộp thuế trong phạm vi toàn Cục Thuế.
+ Thực hiện các nhiệm vụ khác do Cục trưởng Cục Thuế giao.
¾ Phòng thanh tra thuế số 2
- Chức năng:
Phòng thanh tra thuế số 2 có chức năng và nhiệm vụ tương tự như Phòng thanh tra thuế số 1, nhưng khác ở điểm là được phân cấp thanh tra các doanh nghiệp có vốn Nhà nước, Công ty Cổ phần, Doanh nghiệp tư nhân, hợp tác xã thuộc phạm vi Cục Thuế quản lý.