Trong thời gian tới cần phát triển và nâng cấp hệ thống ứng dụng tin học thực hiện tự động hầu hết các chức năng quản lý thuế như: xử lý tờ khai, chứng từ, quản lý thu nợ, thanh tra thuế....; Xây dựng được hệ thống thông tin thuế tập trung, tạo lập cơ sở dữ liệu về mã số thuế và các doanh nghiệp trong phạm vi toàn quốc; Phối hợp kết nối mạng thông tin thu nộp thuế giữa các cơ quan: Thuế, Hải quan, Kho bạc, Tài chính và các cơ quan khác có liên quan; Nâng cấp và mở rộng hệ thống mạng và hạ tầng kỹ thuật CNTT toàn ngành thuế theo công nghệ mới để đảm bảo khả năng khai thác, chia sẻ, cung cấp thông tin theo đúng chức năng nhiệm vụ và thẩm quyền.
Cần triển khai áp dụng rộng rãi các ứng dụng tin học vào hoạt động thanh tra thuế. Lãnh đạo Cục và Lãnh đạo phòng Thanh tra phải quan tâm chỉ đạo sát sao việc nhập dữ liệu vào các ứng dụng tin học như TPR (ứng dụng phân tích rủi ro), TTR (hệ thống hỗ trợ thanh tra, kiểm tra) và BCTC để hoàn thiện hệ thống cơ sỡ dữ liệu NNT nhằm phục vụ cho việc đánh giá rủi ro để phân tích lựa chọn đối tượng thanh tra.
Học hỏi kinh nghiệm hoặc đề xuất mua một số phần mềm ứng dụng rà soát rủi ro từ hồ sơ khai thuế hàng tháng, hàng quý từ các tỉnh bạn như TP.Hồ Chí Minh, Hà Nội để từng bước chuyển đổi phương pháp thanh tra một cách khoa học hơn. Đồng thời, phát hiện và hỗ trợ doanh nghiệp trong các hoạt động nghiệp vụ thuế như: đăng ký thuế, khai thuế, nộp thuế, miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế.
Triển khai thực hiện và tuyên truyền nhanh chóng những quy định mới tại Luật 21/2012/QH13 sữa đổi, bổ sung Luật Quản lý thuế có hiệu lực từ 01/7/2013 về nghĩa vụ của người nộp thuế trong việc ứng dụng công nghệ thông tin để nâng cao quản trị doanh nghiệp cũng như phát triển phương thức quản trị thuế điện tử.