* Nguyên nhân khách quan
Là do vị trí tài nguyên không tập trung tỉnh Thanh Hóa tương đối giàu tài nguyên du lịch, cả tài nguyên du lịch tự nhiên và tài nguyên du lịch nhân văn, đây là điều kiện thuận lợi cho Thanh Hoá có thể phát triển ngành kinh tế
du lịch. Tuy nhiên, một khó khăn đối với sự phát triển ấy là tài nguyên du lịch không tập trung mà phân bố rải rác khắp nơi trong địa bàn tỉnh. Chẳng hạn, tài nguyên du lịch hang động nằm rải rác ở các huyện, các vùng khác nhau như huyện Nga Sơn có động Từ Thức, huyện Vĩnh Lộc có động Tiên Sơn, thành phố Thanh Hoá nổi tiếng với động Hàm Rồng… điều này gây cản trở lớn trong việc quy hoạch, đầu tư phát triển du lịch và đồng thời gây khó khăn trong việc đi lại của du khách.
* Nguyên nhân chủ quan
Một là, hoạt động du lịch mới thực sự được quan tâm trong vài năm trở lại đây nên nội lực cho phát triển du lịch chưa cao; nhận thức xã hội về du lịch còn hạn chế, thiếu kiến thức và kinh nghiệm, năng lực quản lý chưa theo kịp yêu cầu phát triển nhanh và bền vững.
Hai là, công tác quản lý và giám sát quy hoạch của cấp ủy Đảng và Chính quyền hiệu quả chưa cao, tiến độ triển khai các dự án đầu tư còn chậm, một số dự án đầu tư du lịch kéo dài chưa được giải quyết dứt điểm, như: Dự án Hiền Đức, dự án Tân Dân, dự án đảo Nghi Sơn huyện Tĩnh Gia; dự án khu du lịch sinh thái cửa Trường Lệ, Sầm Sơn; dự án khu du lịch Tiên Trang huyện Quảng Xương; dự án khu du lịch sinh thái biển Hải Tiến...
Ba là, công tác thanh tra, kiểm tra chưa thường xuyên, liên tục, chưa có trọng tâm, trọng điểm để phát hiện, xử lý các vi phạm liên quan đến hoạt động du lịch theo quy định của pháp luật Cụ thể như: Nội dung kiểm tra chưa tập trung vào việc xử lý các vấn đề nổi cộm trong hoạt động du lịch nghỉ dưỡng như: Đăng ký thẩm định, xếp hạng và treo biển hạng cơ sở lưu trú du lịch; minh bạch về giá cả, niêm yết công khai, bán đúng giá, không ép giá, ép khách....
Bốn là, công tác lãnh đạo, chỉ đạo, điều hành và sự phối hợp của một số Sở, ngành, địa phương, tổ chức nghề nghiệp có liên quan về phát triển du lịch chưa thực sự được quan tâm đúng mức; một số ngành, địa phương, đơn vị chưa tích cực, chủ động đấu mối để triển khai các nhiệm vụ được giao.
Bốn là, hoạt động liên kết, hợp tác giữa các địa phương trong và ngoài tỉnh, các ngành trong tỉnh, giữa các doanh nghiệp kinh doanh dịch vụ và chính quyền địa phương, ban quản lý các điểm đến chưa hiệu quả. Thật vậy, giữa các địa phương trong và ngoài Tỉnh chưa thiết lập được các tuor du lịch, liên kết giữa các doang nghiệp với nhau để tạo thành một quần thể du lịch. Chưa có sự mở cửa giao thoa về kinh tế du lịch để cùng nhau hợp tác phát triển.
2.2.3. Những vấn đề đặt ra cần tập trung giải quyết để phát triểnkinh tế du lịch của tỉnh Thanh Hóa thời gian tới