* Nguyên nhân khách quan:
Một là, sản xuất NNS còn gặp nhiều khó khăn, thách thức, rủi ro khá cao
Sản xuất NNS có độ rủi ro khá cao, lợi nhuận thấp do nhiều yếu tố. NNS đòi hỏi đầu tư lớn về vốn, công nghệ cao hơn hẳn so với nông nghiệp truyền thống làm cho người nông dân, nhà đầu tư ngại đầu tư, phát triển. Nhận thức của người tiêu dùng về các sản phẩm NNS còn hạn chế, sản phẩm NNS đắt hơn sản phẩm cùng loại được sản xuất theo phương pháp truyền thống, cho nên khó tiêu thụ. Bên cạnh đó, sản xuất NNS của Thành phố còn manh mún, bấp bênh, còn chịu tác động nhiều của những biến đổi về thời tiết, khí hậu, kết cấu hạ tầng phục vụ nông nghiệp, nông thôn trong những năm gần đây tuy đà được tăng cường đầu tư, nhưng vẫn còn hạn chế nên hạn chế sự hấp dẫn các doanh nghiệp trong và ngoài nước đầu tư, phát triển phát triển NNS trên địa bàn Hà Nội.
Hai là, cơ chế chính sách chưa tạo ra động lực mạnh mẽ thúc đẩy NNS phát triển
Phát triển NNS là chủ trương chung của cả nước, nhưng thực tế cơ chế, chính sách hiện nay chưa thực sự tạo ra động lực mạnh mẽ cho doanh nghiệp và người dân tích cực sản xuất, phát triển. Vốn đầu tư tập trung cho nông nghiệp, nông thôn còn thấp. Các chính sách về đất đai chưa khuyến khích tích tụ, tập trung ruộng đất, chưa thực sự hấp dẫn các doanh nghiệp đầu tư vào nông nghiệp, nông thôn. Việc vay vốn tín dụng để chuyển đổi cơ cấu sản xuất và phát triển nông nghiệp còn vướng mắc và khó khăn.
Ba là, sự cạnh tranh gay gắt trong xu thế hội nhập kinh tế của Việt Nam,gây ảnh hưởng lớn đến sự phát triển nông nghiệp sạch
Nông nghiệp sạch đã được nhiều quốc gia chú trọng phát triển ở trình độ khá cao, nhất là các nước bạn hàng lớn đối với nước ta như: Trung Quốc, Nhật Bản, Mỹ, các nước EU,... Hiện nay, Việt Nam đã trở thành thành viên của Tổ chức Thương mại thế giới (WTO), ký kết Hiệp định đối tác xuyên Thái Bình Dương (TPP), Cộng đồng kinh tế ASEAN (AEC)... Chính vì vậy, sản phẩm của ngành thường xuyên bị cạnh tranh gay gắt từ các nước, với trình độ công nghệ chế biến còn hạn chế hiện nay, nếu không kịp thời được cải tiến, nâng cấp để hội nhập thì sẽ càng khó khăn cho nông sản của Thành phố có thể tồn tại được, ngay cả ở thị trường trong nước.
* Nguyên nhân chủ quan:
Một là, nhận thức của các cấp, các ngành, các địa phương, người dân trong Thành phố về vị trí, vai trò của nông nghiệp sạch còn hạn chế
Thực tế cho thấy, sự phát triển NNS của Thành phố ở nhiều nơi, nhiều thời điểm còn mang tính tự phát từ phía người nông dân, chưa thấy được vị trí, vai trò, tầm quan trọng của NNS, chưa có định hướng rõ nét và sự chỉ đạo của chính quyền địa phương. Nhất là sự chỉ đạo trong công tác quy hoạch, kế hoạch, thiếu những cơ sở khoa học cần thiết, thiếu phân tích các yếu tố tác động của môi trường, diện tích đất đai và phân tích những lợi thế so sánh để
lựa chọn cây trồng, vật nuôi phù hợp, từ đó lựa chọn những mặt hàng nông sản chủ lực để phát triển mang lại giá trị và hiệu quả kinh tế cao.
Hai là, chuyển dịch cơ cấu kinh tế trong nghiệp của Thành phố còn chậm, chưa tạo thuận lợi cho phát triển nông nghiệp sạch
Hà Nội đang đẩy mạnh chuyển dịch cơ cấu kinh tế trong tất cả các ngành, các lĩnh vực. Thời gian qua, chuyển dịch cơ cấu kinh tế và đổi mới cách thức sản xuất trong nông nghiệp còn chậm, chưa đáp ứng được yêu cầu của nền sản xuất hàng hóa. Ruộng đất còn bị manh mún nên việc áp dụng các tiến bộ khoa học vào sản xuất còn hạn chế và thiếu đồng bộ. Chuyển dịch cơ cấu kinh tế là chủ trương chung, việc chuyển dịch cơ cấu nông nghiệp còn hạn chế ảnh hưởng đến tốc độ phát triển NNS của Thành phố Hà Nội.
Ba là, trình độ tổ chức sản xuất, tiếp cận thị trường trong phát triển nông nghiệp sạch còn hạn chế
Kiến thức về sản xuất NNS của người lao động trực tiếp còn hạn chế, việc áp dụng quy trình VietGAP chưa rộng rãi, nhiều địa bàn mới dừng lại ở các mô hình. Công tác xúc tiến thương mại, tìm kiếm thị trường, xây dựng chiến lược sản xuất, phát triển còn hạn chế, ảnh hưởng lớn đến việc chiếm lĩnh, mở rộng thị trường tiêu thụ sản phẩm. Sản xuất NNS Hà Nội chưa quan tâm đúng mức đến xây dựng thương hiệu, bảo hộ sở hữu, VSATTP và áp dụng hệ thống quản lý chất lượng, các tiêu chuẩn quốc tế như GMP (Good Manufacturing Practice), nhất là hệ thống HACCP. Công tác quản lý VSATTP, bảo vệ môi trường, sức khỏe người dân còn nhiều bất cập, việc phối kết hợp giữa các ngành, địa phương trong công tác quản lý chưa đồng bộ, còn chồng chéo, ảnh hưởng đến sản xuất NNS.
Sự liên kết giữa “bốn nhà”: nhà nước, nhà khoa học, nhà nông, nhà doanh nghiệp chưa chặt chẽ, hiệu quả chưa cao, chưa phát huy được vai trò của từng chủ thể nên hoạt động sản xuất kinh doanh, sản xuất NNS còn bấp bênh do thiếu vốn, giống, công nghệ và thị trường tiêu thụ. Sản xuất NNS còn nhỏ lẻ, manh mún nên quy mô phát triển chậm, chất lượng chưa cao.
Bốn là, chưa tạo được cơ chế kiểm soát chất lượng sản phẩm NNS bảo đảm niềm tin cho nười tiêu dùng
Cơ chế kiểm soát ảnh hưởng rất lớn đến chất lượng, cũng như niềm tin của người tiêu dùng với các sản phẩm NNS. Cơ chế kiểm soát được tiến hành ở tất cả các khâu từ khâu sản xuất, chế biến, vận chuyển, bảo quản, đén tiêu dùng của người dân. Hiện nay, ở Hà Nội đã có các cơ chế kiểm soát chất lượng các sản phẩm NNS bằng các biện pháp áp dụng như: công văn, văn bản, chính sách, pháp luật, kỹ thuật,… Tuy nhiên, việc ban hành, thực hiện còn nhiều bất cập, chưa đáp ứng được yêu cầu thực tiễn đòi hỏi trong quá trình phát triển NNS của Thành phố. Chưa tạo được cơ chế kiểm soát chất lượng NNS một cách hiệu quả, cho nên vẫn còn tình trạng sử dụng chất cấm trong quá trình sản xuất, bảo quản vẫn còn, nhiều cơ sở sản xuất NNS vẫn bán kèm các sản phẩm không rõ nguồn gốc, cơ chế nhận biết sản phẩm NNS (truy xuất nguồn gốc) cho người tiêu dùng còn kém; kể cả các sản phẩm khi đã rán tem nhãn cũng chưa bảo đảm đã sạch vì công tác quản lý còn kém. Do đó, niềm tin của người tiêu dùng đối với các sản phẩm NNS hiện nay chưa cao.
Bên cạnh việc xây dựng cơ chế đảm bảo chất lượng trong sản xuất và tiêu thụ các sản phẩm NNS. Việc ban hành cơ chế, chế tài xử lý đối với các tổ chức, cá nhân vi phạm trong sản xuất NNS chưa rõ ràng, cụ thể và tính răn đe chưa cao. Do đó, những vi phạm trong quá trình sản xuất NNS vẫn diễn ra ở nhiều địa phương của Thành phố; làm cho lợi ích, tác dụng, hiệu quả NNS thời gian qua chưa được phát huy.