Một là, sự gia tăng về cả quy mô, giá trị sản xuất NNS ở Thành phố Hà Nội còn chậm
Thực tế cho thấy, việc đầu tư phát triển NNS chưa thực sự mạnh mẽ, các dự án NNS còn chưa nhiều so với mục tiêu, yêu cầu phát triển NNS mà Thành phố đặt ra. Số lượng các dự án NNS có sự tăng lên trong những năm qua, nhưng tốc độ tăng còn chậm; năm 2011 có 34 dự án, đến năm 2016 tăng lên 47 dự án, tốc độ tăng hành năm chỉ đạt 7,6%/năm. Quy mô các cơ sở sản xuất, dự án NNS còn nhỏ bé, bên cạnh một số dự án lớn thì phát triển NNS của Hà Nội chủ yếu là của các hộ gia đình, kết hợp xen kẽ các loại hình nông nghiệp khác tùy theo mùa vụ. Giá trị sản xuất của NNS chiếm tỷ trọng nhỏ so với toàn ngành nông nghiệp Thành phố (2012 chiếm 16,5%; 2013 chiếm 21,2%; 2014 chiếm 26,4%; 2015 chiếm 30,3%) [51, tr.6]. Chưa có nhiều các dự án được đầu tư bởi các tập đoàn, doanh nghiệp, nhất là các doanh nghiệp đầu tư từ nước ngoài vào phát triển NNS ở Thành phố Hà
Nội, vẫn chủ yếu là sản xuất theo hộ gia đình, được khuyến khích theo hướng phát triển NNS.
Tốc độ tăng trưởng chưa được theo kỳ vọng, giá trị sản xuất của NNS có sự gia tăng liên tục về số lượng tuyệt đối (2011 là 7.658 tỷ đồng, năm 2015 là 14.581 tỷ đồng); tuy nhiên, tốc độ gia tăng của NNS vẫn còn chậm giai đoạn 2011 đến 2016 tăng 16,01%, với tốc độ tăng trưởng như vậy việc thực hiện chủ trương phát triển NNS chiếm tỷ trọng lớn trong cơ cấu nông nghiệp của Thành phố gặp nhiều khó khăn, khó thực hiện. Tốc độ tăng trưởng những năm gần đây có xu hướng giảm dần (2011-2012 là 19,4%, 2012-2013 là 23,8%, 2013-2014 là 13,5%, 2014 - 2015 là 13,4%) [51, tr.8].
Quy hoạch các vùng, các dự án phát triển NNS vẫn còn manh mún, nhỏ lẻ, chưa đáp ứng được quá trình sản xuất quy mô lớn. Tình trạng quy hoạch bỏ dở, chưa “đến nơi đến chốn”, chậm tiến độ còn diễn ra phổ biến ở hầu hết các địa phương trên địa bàn Thành phố. Điều này ảnh hưởng tới quy mô, số lượng và giá trị sản xuất NNS của Hà Nội.
Là lĩnh vực có nhiều thế mạnh để phát triển, được quan tâm và có sự ưu tiên trong phát triển những năm qua, nhưng giá trị sản xuất NNS năm 2016 mới chỉ chiếm khoảng 35% giá trị toàn ngành [57, tr.9]. Thu nhập bình quân của người lao động mới chỉ ở mức trung bình (khoảng 33,5 triệu đồng/năm), chưa tạo được nhiều việc làm mới cho người lao động, nhất là lao động nông thôn.
Hai là, chất lượng phát triển nông nghiệp sạch còn một số mặt hạn chế, cụ thể:
Quá trình sản xuất chưa đồng bộ, chủ yếu phát triển NNS còn nhỏ lẻ, theo mô hình hộ gia đình là chủ yếu, việc kiểm soát quy trình sản xuất còn gặp nhiều khó khăn, cơ sở hạ tầng, cơ sở vật chất kỹ thuật phục vụ sản xuất còn thiếu đồng bộ. Quá trình sản xuất sử dụng hệ thống máy móc, thiết bị cũ, công cụ thô sơ, công nghệ sơ chế, bảo quản truyền thống. Việc ứng dụng KH - CN, thay đổi cơ cấu giống mới, dịch vụ bảo vệ cây trồng… nói chung có mặt chưa đáp ứng được yêu cầu của người sản xuất, đặc biệt là việc thay đổi cơ
cấu giống mới ở một số cây trồng chưa đồng bộ làm cho chất lượng đầu ra của nông sản không thực sự yên tâm, nhiều sản phẩm chưa thực sự sạch, an toàn, chưa đáp ứng được yêu cầu sản xuất và tiêu dùng.
Chất lượng các sản phẩm NNS sản xuất ra vẫn đa số ở dạng sơ chế, chế biến thô. Tỷ lệ các sản phẩm chế chế biến sâu, chế biến theo quy trình công nghiệp vẫn còn hạn chế trong cơ cấu sản phẩm. Theo báo cáo của Sở Công thương Thành phố Hà Nội về kết quả phát triển NNS hiện nay, có tới hơn 80% các sản phẩm NNS mới qua khâu sơ chế, chỉ có khoảng 20% số lượng sản phẩm hoàn chỉnh được chế biến tinh và chế biến sâu [49, tr.11].
Sản xuất NNS của Thành phố Hà Nội thời gian qua đã có sự chuyển mình, phát triển đa dạng trên các lĩnh vực, chăn nuôi nhiều loại gia súc, gia cầm, nhiều loại rau màu… Tuy nhiên, NNS Thành phố Hà Nội chưa có nhiều sản phẩm uy tín, chất lượng đưa ra thị trường đến với người tiêu dùng. Đặc biệt là các sản phẩm sản xuất theo quy trình, tiêu chuẩn VietGAP chưa thực sự nhiều, một số sản phẩm (Bưởi Diễn, gà Mía, chè Ba Vì…) nổi tiếng được người tiêu dùng ưa chuộng là nhờ danh tiếng hơn là các sản phẩm này sản xuất theo tiêu chuẩn NNS. Sức cạnh tranh của các sản phẩm NNS chưa cao sao với nhiều địa phương khác
Một số cơ sở sản xuất NNS còn thụ động về cả phương thức sản xuất và thị trường, năng lực nội sinh thấp, hiệu quả sản xuất, chất lượng khá bấp bênh. Việc chưa thu hút được nhiều các doanh nghiệp, các nhà đầu tư nước ngoài vào phát triển NNS làm cho chất lượng nông sản cũng chưa được nâng lên nhiều. Chất lượng nông sản giữa các cơ sở sản xuất cũng có sự chênh lệch, nhất là giữa các hộ sản xuất với doanh nghiệp, doanh nghiệp trong nước với doanh nghiệp nước ngoài.
Quá trình tiêu thụ sản phẩm NNS cũng gặp nhiều khó khăn, việc quảng bá sản phẩm, nắm bắt thông tin, tiếp cận, mở rộng thị trường còn nhiều hạn chế. Điều đó dẫn đến việc tiêu thụ các sản phẩm NNS còn chậm. Công tác
kiểm tra, kiểm dịch chưa chặt chẽ, chưa nghiêm túc làm cho quá trình sản xuất chưa bảo đảm, tiêu thụ sản phẩm còn gặp khó khăn do người tiêu dùng chưa yên tâm. Theo điều tra, có đến 47% số đoàn kiểm tra chưa chấp hành nghiêm các quy định trong quá trình kiểm tra. Đối với các cơ sở sản xuất NNS quá trình kiểm tra của các cơ quan chức năng, đã phát hiện 239 cơ sở có dấu hiệu vi phạm về VSATTP trong sản xuất NNS [57, tr.13].
Ba là, cơ cấu nông nghiệp sạch có mặt chưa hợp lý, chuyển dịch chậm
Cơ cấu ngành nông nghiệp của Thành phố có sự chuyển dịch chậm, tỷ trọng ngành trồng trọt cao, ngành chăn nuôi và dịch vụ nông nghiệp biến đổi chậm, thậm chí có năm giảm; điều này làm ảnh hưởng tới cơ cấu NNS của Thành phố. Năm 2015, trồng trọt chiếm 46,2% (năm 2014 là 45,6%), chăn nuôi chiếm 49,6% (năm 2014 là 49,9%), dịch vụ và các hoạt động khác chiếm 4,2% (năm 2014 là 4,5%) [14, tr.389]. Phát triển NNS ở Thành phố Hà Nội rất phong phú về chủng loại, nhưng số lượng nhỏ bé, lại không đồng đều giữa các loại nông sản, vì vậy NNS phát triển chưa toàn diện. Sản xuất tập trung chủ yếu những cây trồng vật nuôi truyền thống, chủ yếu như: lúa, bưởi, chè, nuôi lợn, gà,… Các sản phẩm NNS khi sản xuất ra chịu sự cạnh tranh rất lớn từ các sản phẩm cùng loại của nông nghiệp truyền thống địa phương, từ các địa phương khác trong cả nước và nông sản nước ngoài (nhất là Trưng Quốc, Thái Lan).Vì vậy, có tình trạng được mùa thì mất giá, thậm chí không bán được, người nông dân, người sản xuất NNS luôn trong tình trạng bế tắc, sản xuất NNS vì thế mà chậm phát triển.
Xây dựng, phát triển các vùng sản xuất NNS còn chậm, ngoài một số vùng đã được xây dựng, các vùng mới triển khai thời gian qua còn chậm. Các vùng NNS hình thành chưa rõ nét, chưa có sự khác biệt nhiều so với các vùng sản xuất khác.
Hiện nay, Hà Nội chưa phát triển mạnh những giống mới mang lại hiệu quả kinh tế và có giá trị xuất khẩu cao. Chưa đưa nhiều các loại giống
lúa mới, giống gia súc, gia cầm mới từ các viện, trung tâm nghiên cứu của Thành phố và quốc gia vào sản xuất. Các loại cây trồng được người tiêu dùng trong nước, ngoài nước ưa chuộng, có giá trị xuất khẩu cao chưa đưa vào sản xuất nhiều như: dưa vàng, thanh long ruột đỏ, bò sữa, bò lai Sin….
Trừ một số cơ sở liên doanh với nước ngoài và những cơ sở thuộc doanh nghiệp nhà nước, thì đại bộ phận phát triển NNS ở dạng tư nhân, hộ gia đình nhỏ lẻ, manh mún, từ khâu sản xuất, chế biến, cho đến tiêu thụ còn thô sơ, lạc hậu. Nhiều cơ sở thiếu vốn, thiếu điều kiện vật chất kỹ thuật đổi mới công nghệ, nâng cao chất lượng để tạo ra sản phẩm chất lượng cạnh tranh trên thị trường. Hiện nay, NNS Thành phố Hà Nội chưa có nhiều các doanh nghiệp trong nước đầu tư vào, việc thu hút đầu tư nước ngoài còn chậm. Sự gia tăng số lượng, tỷ trọng của các doanh nghiệp NNS, nhất là doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài còn chậm; sản xuất NNS chủ yếu do các hộ, HTX, tổ hợp tác thực hiện. Do đó, phát triển NNS Thành phố Hà Nội thời gian qua chưa được theo kỳ vọng.