Công việc đầu tiên và cấp bách của Đảng bộ Thanh Hoá đối với ngành giáo dục thời kỳ này là chỉ đạo công tác phòng không, sơ tán các trường học, đảm bảo an toàn cho thầy và trò, chăm lo sức khoẻ học sinh, đảm bảo việc giảng dạy và học tập và các hoạt động giáo dục khác của nhà trường. Đây là công việc to lớn, khó khăn và phức tạp. Với những chủ trương kịp thời của Đảng bộ tỉnh, nên mặc dù trong hoàn cảnh ác liệt của chiến tranh hay trong điều kiện khắc nghiệt của thời tiết (bão gió, lụt lội…) giáo dục Thanh Hoá vẫn từng bước phát triển và đạt được những thành tích to lớn có ý nghĩa quan trọng, đóng góp vào sự nghiệp cách mạng của tỉnh, của cả nước.
Nhằm đảm bảo an toàn tuyệt đối cho học sinh, giáo viên trong năm học chống Mỹ cứu nước đầu tiên, ngay từ năm học 1965-1966, các trường học tiến hành sơ tán triệt để. Trong nội thị, các trường cấp I được chuyển về học tại các hợp tác xã trong huyện Đông Sơn, Quảng Xương và ngoại tỉnh. Các trường thuộc các huyện xung quanh thị xã phải sẵn sàng tiếp nhận vô điều kiện số học sinh thị xã xin sơ tán về. Các trường cấp II được chia nhỏ về từng xã. Các xã có điều kiện thì
thành lập trường cấp II. Các xã chỉ có vài lớp đầu cấp thì gắn vào với trường cấp I. Mỗi huyện thí điểm 1-2 trường cấp I-II. Riêng trường cấp III dưới 9 lớp phân làm 2 chi, từ 9-10 lớp trở lên chia thành 3 chi đặt ở những khu vực trung độ để hạn chế bớt số học sinh phải đi trọ {14, tr.7}. Theo đó, học sinh sơ tán về địa phương nào thì tiếp tục được học tại đó. Tại nơi sơ tán, các Ban đại diện nhân dân được thành lập nhằm tạo nên sự gắn bó giữa chính quyền với nhân dân, đảm bảo mọi hoạt động có hiệu quả. Những khu vực đông học sinh sơ tán về, Ty giáo dục đã điều động giáo viên ở thị xã đến giảng dạy. Các nhà trường đã tranh thủ được sự giúp đỡ một phần của Nhà nước, đồng thời, dựa vào dân để đảm bảo đầy đủ trường lớp, bàn ghế, đồ dùng dạy học, sách giáo khoa, giấy bút, ánh sáng cho việc giảng dạy và học tập ngay trong thời chiến. Đặc biệt là học sinh sơ tán vẫn được hưởng những quyền lợi như cấp học bổng, miễn giảm học phí…như trước.
Các trường học nằm trong khu vực trọng điểm phòng không, sát trục giao thông quan trọng, kề bên các cầu phà nhất quyết không dùng. Các trường thuộc khu vực khác chỉ đặt mỗi buổi 2 lớp. Các lớp còn lại đặt ở nhà dân, trụ sở hợp tác xã… Các trường chủ động bám trụ đào hào giao thông, đắp hầm chữ A trên đường đi học. Học sinh đội mũ rơm, áo ngụy trang khi đến lớp. Trước sự đánh phá ngày càng ác liệt của đế quốc Mỹ, các buổi học đã được tổ chức vào ban đêm. UBND tỉnh yêu cầu kiểm tra lại nơi đặt lớp học, phải đảm bảo là nơi an toàn nhất, sơ tán dễ dàng nếu bị đánh phá. Những vùng bị đánh phá ác liệt chia lớp làm 2, giáo viên dạy 2 buổi. Cấp I chỉ học 2 môn văn-toán. Các lớp cấp II, cấp III cách nhau ít nhất 100m theo hướng “Trường tương đối tập trung, lớp triệt để phân tán”. Mỗi lớp tối đa 40 học sinh. ở những vùng trọng điểm, mỗi lớp chỉ có khoảng 30 học sinh. ở miền núi và vùng rẻo cao, số học sinh mỗi lớp của mỗi cấp được bố trí thích hợp với tình hình, đặc điểm của từng địa phương theo phương châm “Thầy tìm trò,
trường gần dân”. Vì vậy, có nơi dù ít học sinh nhưng vẫn mở lớp đảm bảo an toàn và sức khoẻ cho học sinh.
Tại các địa phương đã nhanh chóng tiếp nhận, tổ chức học tập, sinh hoạt cho học sinh sơ tán. Trong đó, Đông Sơn nhận 2430 học sinh; Quảng Xương: 800 học sinh; các huyện khác: 1000 học sinh. Tính đến năm 1968, về phổ thông cấp I, cấp II đạt 95% học sinh có nơi học tập. {98, tr.7}.
Nét đặc biệt của GDPT Thanh Hoá trong thời kỳ này là các lớp ở khu phố nông nghiệp do không tổ chức sơ tán nên vẫn tiếp tục học tập với nhiều hình thức độc đáo, trong đó nổi bật là hình thức học trong hang. Với các tỉnh vùng ven biển, mặc cho bom đạn giặc Mỹ trút xuống, đại bác của giặc Mỹ từ ngoài biển bắn vào, lớp vẫn học trong lòng đất, trong giao thông hào.
Với tinh thần lớp dù đặt ở đâu cũng phải có hầm hố bảo đảm, phải trồng thêm cây cối che phòng kín đáo, nếu học sinh nhỏ thì dân quân, thanh niên, phụ huynh đến đào hào hố và trồng cây bảo vệ các em, nếu vì vấn đề đào hào hố, trồng cây nguỵ trang mà ảnh hưởng đến đất tăng gia của dân thì hợp tác xã cần cắt đất tạm bù nơi khác, tuyệt đối không được vì tiếc một ít đất mà các em không có hào hố an toàn, các trường phổ thông Thanh Hoá đã thực hiện thắng lợi chủ trương phòng không, sơ tán của Đảng bộ tỉnh trong suốt hai cuộc chiến tranh phá hoại ngày càng ác liệt của đế quốc Mỹ.