Hải quan là một cơ quan Nhà nước ra đời nhằm thực hiện chức năng của mình theo luật định. Tuỳ từng quốc gia mà nhiệm vụ của cơ quan Hải quan có thể nhiều hay ít và khác nhau đôi chút, song tất cả đều có nét cơ bản giống nhau là: Kiểm soát hàng hoá xuất nhập khẩu, người và phương tiện vận tải xuất nhập cảnh, quá cảnh,
mượn đường..; thi hành Luật Hải quan, luật thuế quan và tất cả các luật lệ cũng như quy định khác có liên quan đến hoạt động của Hải quan và thuế quan; ngăn chặn, trấn áp buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hoá qua biên giới và thẩm quyền xử lý đối với hành vi vi phạm và tội phạm Hải quan.
Cơ quan Hải quan đảm bảo thực hiện chức năng, nhiệm vụ trong quản lý doanh nghiệp kinh doanh xuất nhập khẩu, cụ thể là:
+Quản lý nhà nước về hải quan đối với doanh nghiệp kinh doanh xuất nhập khẩu bằng hoạt động kiểm tra, giám sát hàng hóa xuất nhập khẩu, quá cảnh, phương tiện vận tải xuất nhập cảnh, quá cảnh qua biến giới Việt Nam. Đây là một trong những nhiệm vụ cơ bản, chủ yếu nhất, nói lên bản chất, vai trò của Hải quan trong nền kinh tế nói chung, kinh tế đối ngoại nói riêng. Nhiệm vụ này được nhà nước khẳng định ghi nhận vào pháp luật, thể hiện ý nghĩa sâu sắc: Hải quan là công cụ "gác cửa", "mở cửa" ngăn chặn, đẩy lùi "làn gió độc" để đến với thế giới, đón thế giới đến với Việt Nam, là "tuyến đầu" trên mặt trận an ninh kinh tế, an ninh quốc gia, trật tự an toàn xã hội, bảo hộ sản xuất trong nước, góp phần giữ vững ổn đinh chính trị, định hướng xã hội chủ nghĩa ở Việt Nam.
+ Đấu tranh phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa, tiền tệ qua biên giới. Thực tiễn lịch sử đã chứng tỏ rằng, không chỉ thòi đại ngày nay mới có buôn lậu, vận chuyển trái pháp hàng hóa qua biên giới, mà hoạt động này đã phát sinh cùng với sự phát triển của nền sản xuất hàng hóa của xã hội loài người. Nhiệm vụ phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giói đã được Nhà nước trao cho Hải quan Việt Nam cùng với thời điểm ra đòi, phát triển xuyên suốt 60 năm qua.
+ Thực hiện chính sách thuế đối vói hàng hóa xuất nhập khẩu. Nhiệm vụ này được hình thành ngay từ khi Nhà nước thành lập Sở Thuế quan và Thuế gián thu (ngày 10/9/1945), và được kế thừa phát triển cho đến ngày nay. Nhiệm vụ này đảm bảo một phần nguồn thu cho quốc khố từ nguồn thuế và thu khác từ các hoạt động xuất nhập khẩu, quá cảnh hàng hóa, hàng năm nguồn thu này đảm bảo từ 25-30% trong tổng số thu vào ngân sách nhà nước. Chính từ nguồn thu này mà Nhà nước điều chỉnh kịp thời chính sách kinh tế đối ngoại, bảo hộ sản xuất trong nước, đáp ứng nhu cầu tiêu dùng hàng hóa của nhân dân.
Trong điều kiện của kinh tế thị trường, toàn cầu hóa vai trò là công cụ quản lý của pháp luật trong quản lý nhà nước về hải quan đối với doanh nghiệp kinh doanh xuất nhập khẩu lại càng đặc biệt quan trọng. Thực tiễn chỉ ra rằng ngày nay hầu hết các quốc gia có chủ quyền hoặc lãnh thổ tự trị dù đã gia nhập hoặc chưa gia nhập các liên minh hải quan đều phải ban hành pháp luật hải quan, thiết lập tổ chức Hải quan của mình để kiểm soát hàng hóa, phương tiện xuất nhập khẩu, xuất nhập cảnh, quá cảnh qua biên giới, thu thuế và thu khác cho ngân khố của quốc gia, lãnh thổ tự trị đó. Hệ thống luật lệ của các nước đều xác định vị trí, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, nội dung hoạt
Căn cứ Luật Hải quan (Quốc Hội, 2014) có hiệu lực từ ngày 01/01/2015 thì cơ quan Hải quan có những nhiệm vụ cơ bản sau đây:
- Tổ chức giám sát và quản lý việc thực hiện chính sách, chế độ, quy trình, thủ tục đối với các đối tượng chịu sự giám sát quản lý về Hải quan theo quy định của pháp luật.
- Tổ chức chỉ đạo, kiểm tra các đơn vị trực thuộc thực hiện thu thuế và các khoản thu khác đối với hàng hóa xuất nhập khẩu theo đúng quy định của pháp luật, đảm bảo thu đúng, thu đủ, nộp kịp thời vào Ngân sách Nhà nước và chống thất thu thuế xuất nhập khẩu.
- Tổ chức đấu tranh chống buôn lậu hoặc vận chuyển trái phép qua biên giới thuộc địa bàn phụ trách và xử lý các vi phạm về hải quan đối với các trường hợp chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự theo quy định của pháp luật về xử phạt vi phạm hành chính.
- Thực hiện thống kê Nhà nước về hải quan và ứng dụng công nghệ thông tin để hiện đại hoá, tự động hoá các hoạt động nghiệp vụ và quản lý hải quan.
Công tác quản trị của cơ quan Hải quan đối với hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu đối với hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp thể hiện qua các mặt:
+ Hoạch định chính sách + Công tác tổ chức
+ Công tác triển khai thực hiện + Công tác kiểm tra
Hiện nay, để đảm bảo tính hiệu quả trong việc triển khai thực hiện, cơ quan Hải quan áp dụng quản lý rủi ro đối với việc lựa chọn đối tượng và biện pháp kiểm tra kiểm tra ở hầu hết các khâu nghiệp vụ nhằm tăng hiệu suất kiểm soát hải quan đồng thời tạo thuận lợi, thông thoáng trong thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu.
Quan điểm về quản trị của cơ quan Hải quan đối với hoạt động xuất nhập của doanh nghiệp là tạo mọi điều kiện để thủ tục hải quan được thông thoáng, thủ tục hải quan minh bạch, đơn giản, phù hợp với thông lệ quốc tế. Mặt khác, cơ quan hải quan vẫn phải đảm bảo về mắt quản lý nhà nước trong việc kiểm soát, chống buôn lâu, gian lận thương mại, đảm bảo chủ quyền quốc gia trong linh vực xuất khẩu, nhập khẩu.