Từ tháng 6/2002, NHNN đã thực hiện tự do hóa lãi suất. Theo đó NHTM có thể chủ động hơn trong việc quyết định lãi suất huy động và cho vay của mình, NHNN vẫn đưa ra các mức lãi suất chỉ đạo (lãi suất cơ bản, lãi suất tái cấp vốn, lãi suất chiết khấu) và các nghiệp vụ thị trường mở, mua bán ngoại tệ để tác động tới sự thay đổi lãi suất huy động và cho vay các NHTM.
Chính sách này được duy trì tiếp tục trong năm 2007, tuy nhiên việc sử dụng lãi suất chỉ đạo nhằm tác động tớ lãi suất TTLNH hiệu quả còn thấp. Trong suốt thời gian này, NHNN giữ cố định các mức lãi suất sơ bản 8,25%. Lãi suất tái cấp vốn và lãi suất chiết khấu cũng dc giữ cố định ở mức 6.5%và 4,5%.
Thực tế chỉ ra tằng đối với lãi suất cơ bản NHHN công bố đều đặn hàng tháng nhưng nó ít tác động đến lãi suất thị trường bởi vì nhu cầu vay vốn là rất lớn, khách hàng chấp nhận vay vốn với lãi suất cao, các TCTD đua nhau tăng lãi suất huy động vốn để cho
vay, các tổ chức tài chính phi ngân hàng cũng tham gia cạnh tranh tích cự trên thị trường vốn, lãi suất trái phiếu kho bạc được đẩy lên cao, lãi suất trái phiếu tăng vọt … điều đó làm cho TTTT nóng lên NHNN khó kiểm soát đươc lãi suất thị trường. Thực tế cuộc đua lãi suất giữa các NHNN đã chứng minh điều này.
Nói tóm lại, việc điều hành lãi suất giai đoạn này vẫn chưa có tác dụng. Các lãi suất chỉ đạo chưa thực sự phát huy được vai trò định hướng cho lãi suất thị trường, chưa phù hợp với yêu cầu điều tiết và kiểm soát tiền tệ một cách chặt chẽ. Việc điều hành lãi suất nói riêng và CSTT nói chung, thời gian và mức độ sử dụng các công cụ này là chưa thích hợp.