Điều 12, Luật Hải quan 2014 quy định nhiệm vụ của Hải quan chia thành 5 nhóm lớn; trong đó nhóm thứ ba được nêu rõ là: “Tổ chức thực hiện pháp luật về thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu”. Thực hiện nhiệm vụ này, Hải quan trở thành một đầu mối thu NSNN và cấu thành một bộ phận trong bộ máy thu thuế của quốc gia.
Tuy nhiên do đặc thù về đối tượng chịu thuế và địa bàn hoạt động nên cơ quan Hải quan được tổ chức một cách tương đối độc lập, nằm bên cạnh cơ quan thuế nhưng cùng trong một cơ cấu tổ chức của ngành Tài chính tạo thành một thể thống nhất trong bộ máy thu thuế của quốc gia. Tính thống nhất và độc lập tương đối của Hải quan làm cho cơ quan này trở thành một đầu mối thu NSNN tại các cửa khẩu trên bộ, trên sông, biển và các điểm được coi như cửa khẩu bao gồm: Cảng hàng không quốc tế, khu chế xuất, kho ngoại quan, kho bảo thuế, khu vực ưu đãi hải quan, bưu điện quốc tế, các địa điểm làm thủ tục hải quan ngoài cửa khẩu, các điểm kiểm tra hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu trên lãnh thổ và vùng biển thực hiện chủ quyền của Việt Nam và tại doanh nghiệp khi tiến hành kiểm tra sau thông quan.
Trên địa bàn hoạt động, chức năng tổ chức thu thuế của Hải quan được thực hiện đồng bộ với chức năng kiểm tra, giám sát và kiểm soát đối với hàng hóa và phương tiện vận tải.
Để thực hiện nhiệm vụ này, Hải quan được tổ chức theo ngành dọc từ Trung ương đến địa phương: Tổng cục Hải quan là cơ quan trực thuộc Bộ Tài chính; ở cấp địa phương (tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương) sẽ được tổ chức thành Cục Hải quan. Ở mỗi Cục Hải quan, tùy theo địa bàn sẽ tổ chức thành các Chi cục Hải quan, Đội kiểm soát Hải quan và tương đương.