Theo thống kê hiện nay cả nước có 700 TAND cấp huyện, 63 TAND cấp tỉnh và TANDTC; tổng biên chế của TAND cấp tỉnh là 4.088 người, trong đó có 1.170 Thẩm phán trung cấp; tổng biên chế TAND cấp huyện là 10.427 người, trong đó có 4.865 Thẩm phán trung cấp và sơ cấp [31]. Hệ thống TAND được tổ chức theo tiêu chí địa giới hành chính và có ba cấp, theo đó hệ thống Tòa án gồm: TAND cấp huyện, TAND cấp tỉnh, TANDTC. Hệ thống Tòa án quân sự về cơ bản, được tổ chức theo địa bàn quân khu, hiện nay hệ thống Tòa án quân sự gồm có: Tòa án quân sự trung ương; 9 Tòa án quân sự cấp quân khu và 17 Tòa án cấp khu vực. Tòa án quân sự được tổ chức theo 3 cấp, và thẩm quyền xét xử chủ yếu là xét xử các vụ án hình sự mà bị cáo là quân nhân tại ngũ [61].
Việc tổ chức hệ thống Tòa án theo địa hạt hành chính như hiện nay có ưu điểm là công tác xét xử bám sát với nhiệm vụ chính trị của các địa phương, bám sát cơ sở, đồng bộ với các cơ quan tiến hành tố tụng và bổ trợ tư pháp của địa phương, đáp ứng các yêu cầu đòi hỏi của thực tiễn xét xử các loại vụ án, đảm bảo sự phối hợp giữa các cơ quan tiến hành tố tụng, các cơ quan bổ trợ tư pháp với Tòa án. Tuy nhiên, việc tổ chức hệ thống Tòa án theo tiêu chí trên đã bộc lộ nhiều hạn chế khiến cho sự độc lập của Tòa án khó được bảo đảm đặc biệt là những áp lực của các cơ quan hành chính địa phương, hệ thống chính trị địa phương vào hoạt động xét xử của Tòa án. Những hạn chế này được thể hiện ở những phân tích dưới đây: