Bất cập lớn nhất của TANDTC hiện nay là tình trạng quá tải về xem xét giải quyết đơn đề nghị theo thủ tục giám đốc thẩm, tái thẩm. Một trong những nguyên nhân của tình trạng nêu trên là do pháp luật hiện hành quy định về thẩm quyền, và cơ cấu tổ chức của TANDTC chưa hợp lý. Thể hiện ở chỗ TANDTC vừa có thẩm quyền xét xử giám đốc thẩm, tái thẩm lại vừa có thẩm quyền xét xử phúc thẩm, nên phải dàn trải nguồn lực để thực hiện 2 nhiệm vụ này, trong khi không thể phân cấp cho Tòa án cấp dưới thực hiện.
Luật quy định Hội đồng Thẩm phán TANDTC khi mở phiên họp để xét xử giám đốc thẩm, tái thẩm phải có ít nhất 2/3 tổng số thành viên tham gia, quyết định của Hội đồng phải được quá nửa tổng số thành viên tán thành nghĩa là thành viên Hội đồng Thẩm phán phải tham gia đầy đủ các phiên họp, trong khi các thành viên Hội đồng Thẩm phán TANDTC đều giữ các chức vụ chủ chốt của TANDTC, phụ trách các bộ phận thuộc TANDTC nên việc tham gia được đầy đủ, thường xuyên các phiên họp là rất khó, hoặc nếu tham gia được cũng sẽ ảnh hưởng đến công việc mà họ đang đảm nhiệm tại các đơn vị được giao phụ trách.
Đối với các đơn vị giúp việc của TANDTC hiện nay chủ yếu là giúp việc để lãnh đạo TANDTC điều hành các hoạt động của ngành TAND, chưa được tổ chức theo hướng thực hiện các chức năng nhiệm vụ của TANDTC.
Hiện nay đơn vị giúp việc cho Hội đồng Thẩm phán TANDTC là Ban Thư ký, nhưng với điều kiện như hiện nay chưa đáp ứng được yêu cầu, chức năng nhiệm vụ của Hội đồng Thẩm phán TANDTC theo quy định. Trên thực tế Ban Thư ký mới chỉ giúp Hội đồng Thẩm phán thực hiện nhiệm vụ xét xử giám đốc thẩm, tái thẩm là chủ yếu. Đối với Chánh án TANDTC, theo quy định của Điều 25 Luật Tổ chức TAND thì Chánh án TANDTC có 12 nhóm nhiệm vụ, trong khi đó chưa có đơn vị nào trực tiếp giúp Chánh án TANDTC cập nhật, theo dõi, điều phối 12 nhóm nhiệm vụ đó, mà công việc này được phân công cho các đơn vị giúp việc của TANDTC, nên rất phân tán, khó khăn trong việc điều hành của Chánh án TANDTC.
Như vậy, với tổ chức bộ máy, nhiệm vụ và thẩm quyền của hệ thống TAND hiện nay đã bộc lộ nhiều bất cập, chưa tương xứng với chức năng, nhiệm vụ, vị trí, vai trò là cơ quan cao nhất của hệ thống cơ quan được giao thực hiện quyền tư pháp - một trong ba nhánh quyền lực cơ bản của Nhà nước, chưa đáp ứng được yêu cầu của công cuộc CCTP mà Nghị quyết 49 của Bộ Chính trị đã đề ra. Vì vậy, nghiên cứu đánh giá về thực trạng hệ thống tổ chức TAND hiện nay là vô cùng cần thiết, thông qua đó có những đề xuất kiến nghị những nội dung cần sửa đổi bổ sung về tổ chức bộ máy, nhiệm vụ và thẩm quyền của TAND để phát huy được tối đa vai trò bảo vệ quyền con người của Tòa án trong giai đoạn hiện nay.