Ở mỗi quốc gia khác nhau, trong mỗi thời kỳ khác nhau, tổ chức bộ máy hành chính nhà nƣớc cũng khác nhau.
Ở Việt Nam hiện nay: Thẩm quyền của cơ quan hành chính nhà nƣớc là thực thi quyền hành pháp của cơ quan HCNN: Hành pháp là một trong ba quyền của quyền lực nhà nƣớc thống nhất, mang tính quyền lực chính trị; là quyền tổ chức ra các bộ máy cai quản, sắp xếp nhân sự, điều hành công việc quốc gia, sử dụng nguồn tài chính và công sản để thực hiện những chính sách của đất nƣớc. Đó là quyền tổ chức, điều hành các hoạt động kinh tế - xã hội, đƣa pháp luật vào đời sống nhằm giữ gìn trật tự an ninh xã hội, phục vụ lợi ích của công dân, bảo đảm dân sinh và giải quyết các vấn đề xã hội và sử dụng có hiệu quả nguồn tài chính và công sản để phát triển đất nƣớc một cách có hiệu quả.
Các cơ quan hành chính Nhà nƣớc đƣợc thành lập để thực hiện chức năng quản lý hành chính nhà nƣớc, nghĩa là hoạt động chấp hành và điều hành. Hoạt động chấp hành và điều hành là hoạt động mang tính dƣới luật, đƣợc tiến hành trên cơ sở Hiến pháp, Luật, Pháp lệnh và để thực hiện văn bản luật. Việc quản lý tài chính tại các cơ quan HCNN cũng nhằm thực hiện các
29
chức năng quản lý nhà nƣớc với việc chấp hành và tiến hành hoạt động theo chế độ, chính sách tài chính mà Nhà nƣớc ban hành.
Hoạt động của các cơ quan hành chính Nhà nƣớc mang tính thƣờng xuyên, liên tục, và tƣơng đối ổn định, là cầu nối trực tiếp nhất đƣa đƣờng lối, chính sách của Đảng và pháp luật của Nhà nƣớc vào cuộc sống. Thẩm quyền của cơ quan hành chính Nhà nƣớc chỉ giới hạn trong phạm vi hoạt động chấp hành và điều hành. Thẩm quyền của cơ quan hành chính Nhà nƣớc chủ yếu đƣợc quy định trong các văn bản pháp luật về tổ chức bộ máy Nhà nƣớc hoặc trong những quy chế. Việc quản lý tài chính ở cơ quan HCNN cũng phải giới hạn trong phạm vi hoạt động chấp hành và điều hành của cơ quan HCNN.
Mỗi cơ quan nhà nƣớc trong bộ máy hành chính nhà nƣớc có thẩm quyền cụ thể. Trong đó, Chính phủ là cơ quan chấp hành của Quốc hội, cơ quan hành chính nhà nƣớc cao nhất của nƣớc Cộng hòa XHCN Việt Nam, thực hiện chức năng quản lý nhà nƣớc đối với tất cả các ngành, lĩnh vực trên phạm vi cả nƣớc; Ủy ban nhân dân các cấp là cơ quan hành chính nhà nƣớc ở địa phƣơng, cơ quan chấp hành của Hội đồng nhân dân, quản lý nhà nƣớc đối với các ngành, lĩnh vực trong phạm vi địa phƣơng; Các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ quản lý nhà nƣớc một, một số ngành, lĩnh vực trên phạm vi cả nƣớc; Các cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân các cấp quản lý nhà nƣớc đối với một, một số ngành, lĩnh vực trong phạm vi địa phƣơng.
Mặt khác, mỗi ngành, lĩnh vực, địa bàn khác nhau trong nền kinh tế - xã hội lại có những tính chất, đặc điểm khác nhau. Do vậy, mỗi cơ quan quản lý hành chính nhà nƣớc trong các ngành, lĩnh vực và phạm vi khác nhau phải có những thẩm quyền đặc thù bên cạnh những thẩm quyền chung. Chẳng hạn, Bộ Y tế có những thẩm quyền khác với Bộ Khoa học công nghệ, Cục Vệ sinh an toàn thực phẩm có những thẩm quyền khác Cục sở hữu trí tuệ;…Từ đó mà cơ chế quản lý tài chính ở mỗi loại cơ quan hành chính nhà nƣớc lại có những
30
điểm đặc thù bên cạnh những quy định chung. Cục An toàn vệ sinh thực phẩm trong hoạt động của mình cũng có những thẩm quyền riêng khác với các cơ quan hành chính khác. Do vậy, quản lý tài chính tại Cục An toàn vệ sinh thực phẩm cũng cần phải quan tâm đến đặc thù của chính cơ quan đó và chịu ảnh hƣởng của chính thẩm quyền của cơ quan đó.