Bên cạnh những thành công thì hoạt động giáo dục BSVHDT cho học sinh cũng có những hạn chế nhất định.
Đa số CB-GV-NV và HS đều có nhận thức đúng về ý nghĩa và tầm quan trọng của giáo dục bản sắc văn hóa dân tộc cho học sinh. Bên cạnh đó vẫn có số ít cán bộ, giáo viên chưa quan tâm sâu sát đến việc quản lý hoạt động giáo dục bản sắc văn hóa dân tộc của học sinh trong nhà trường. Có nhiều em việc nhận thức cơ bản là đúng nhưng trong hành động nhiều khi lại bộc lộ những hạn chế nhất định.
Đội ngũ lãnh đạo nhà trường chưa thường xuyên tăng cường kiểm tra, đánh giá, giám sát việc thực hiện quản lý hoạt động giáo dục bản sắc văn hóa dân tộc cho học sinh để từ đó có những biện pháp điều chỉnh phù hợp đối với đội ngũ CBGV và học sinh.
Đội ngũ giáo viên thông thạo tiếng dân tộc, hiểu về phong tục tập quán của các em học sinh dân tộc đang theo học tại nhà trường còn hạn chế. Chưa có biện pháp tích cực trong giao lưu với học sinh để các em dần bộc lộ, chia sẻ những suy nghĩ, những phong tục tập quán của dân tộc các em.
Những hạn chế trên là do:
Đối với ban lãnh đạo trường: có giai đoạn không chú trọng đến việc xây dựng kế hoạch để triển khai công tác quản lý giáo dục bản sắc văn hóa dân tộc cho học sinh, có giai đoạn đã xây dựng kế hoạch và chỉ đạo hoạt động quản lý giáo dục bản sắc văn hóa dân tộc cho học sinh nhưng kế hoạch chưa cụ thể, các biện pháp đưa ra quản lý chưa hiệu quả, không tác động tích cực đến đội ngũ và
học sinh vì vậy hiệu quả không cao. Chưa xây dựng được chuẩn đánh giá đối với các nội dung quản lý giáo dục bản sắc văn hóa dân tộc cho học sinh. Chưa tổ chức bồi dưỡng kiến thức, kỹ năng về giáo dục bản sắc văn hóa dân tộc cho đội ngũ giáo viên.
Đối với đội ngũ CBGV: đã có nhận thức đúng nhưng cách thức tổ chức hoạt động còn đơn lẻ, tự phát. Giáo viên còn lúng túng trong việc xây dựng, thực hiện các nội dung quản lý giáo dục bản sắc văn hóa dân tộc cho học sinh lồng ghép với các môn học và các hoạt động.
Đối với học sinh: Nhiều em còn tự ti khi mình là người dân tộc. Không muốn cho người khác biết mình là người dân tộc. Dễ bị chi phối, tác động của mặt trái môi trường sống có ảnh hưởng không tốt đến việc giữ gìn và phát huy bản sắc văn hóa dân tộc. Nhiều lúc trong cuộc sống thường khép mình, ít giao lưu với các bạn là người dân tộc khác. Bên cạnh đó có một số ít em có biểu hiện chuộng lối sống phương Tây, có tư tưởng “sùng ngoại”, tiếp thu không chọn lọc những giá trị văn hoá từ nước ngoài làm ảnh hưởng mai một các giá trị văn hoá truyền thống, bản sắc văn hoá của các dân tộc thiểu số ở tỉnh Điện Biên.