Bảo đảm cho cho các quy hoạch, kế hoạch hóa đất đai được thống nhất trong cả nước, Luật đất đai 2003 quy định một cơ chế mới về lập, xét duyệt quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất theo hướng xác định rõ nhiệm vụ của từng cấp lập quy hoạch, không giao việc lập quy hoạch cho chính quyền phường, thị trấn cũng như đối với những xã thuộc khu vực phát triển đô thị. Nhằm gắn việc quản lý, sử dụng với việc lập quy hoạch và kế hoạch sử dụng đất, nâng cao trách nhiệm của các cơ quan quản lý Nhà nước về đất đai đồng thời có tính đến đặc thù của đất quốc phòng và an ninh, Điều 25 Luật đất đai 2003; Điều 15 Nghị định 181/2004/NĐ- CP của Chính phủ về thi hành luật đất đai; Điều 8 Nghị định 69/NĐ-CP ngày 13/08/2009 của Chính phủ về việc quy định bổ sung về quy hoạch sử dụng đất, giá đất, thu hồi đất, bồi thường, hỗ trợ và tái định cư đã quy định về trách nhiệm lập quy hoạch sử dụng đất cụ thể là:
Chính phủ tổ chức thực hiện việc lập quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất của cả nước. Bộ Tài nguyên và Môi trường có trách nhiệm giúp Chính phủ tổ chức thực hiện việc lập quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất của cả nước. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn có trách nhiệm đề xuất nhu cầu sử dụng đất lúa nước, đất rừng đặc dụng, đất rừng phòng hộ, đất khu bảo tồn thiên nhiên và phân bổ đến từng tỉnh,
thành phố trên cơ sở quy hoạch của ngành. Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương có trách nhiệm phối hợp với Bộ Tài nguyên và Môi trường trong việc xác định nhu cầu sử dụng đất của Bộ, ngành, địa phương. Bộ Quốc phòng, Bộ Công an có trách nhiệm phối hợp với Ủy ban nhân dân cấp tỉnh xác định nhu cầu sử dụng đất vào mục đích quốc phòng, an ninh trên địa bàn tỉnh, thành phố. Các Bộ, ngành khác có trách nhiệm đề xuất nhu cầu sử dụng đất các công trình có tầm quan trọng quốc gia phân bổ đến từng tỉnh trên cơ sở chiến lược, quy hoạch phát triển của Bộ, ngành mình. Bộ Công an tổ chức thực hiện việc lập quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất vào mục đích an ninh. Bộ Công an có trách nhiệm phối hợp với Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương xác định nhu cầu sử dụng đất vào mục đích an ninh tại địa phương. Việc lập quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất của cả nước do Chính phủ tổ chức thực hiện nhưng Chính phủ là cơ quan quản lý chung về mọi lĩnh vực, mọi ngành, khi cùng một lúc đảm nhận nhiều chức năng, nếu Chính phủ tự mình lập quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất của cả nước sẽ không phát huy được hiệu quả. Do đó việc Luật đất đai 2003 giao cho Bộ Tài nguyên và Môi trường giúp Chính phủ lập quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất của cả nước đồng thời hướng dẫn việc lập quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất các cấp là rất thiết thực. Bên cạnh đó, trách nhiệm lập quy hoạch sử dụng đất vào mục đích quốc phòng, an ninh cũng được giao cho Bộ quốc phòng và Bộ công an, quy định này phù hợp với điều kiện thực tế, giúp các Bộ chủ động hơn trong việc sử dụng đất phục vụ cho nhu cầu của ngành.
Uỷ ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương tổ chức thực hiện việc lập quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất của địa phương. Sở Tài nguyên và Môi trường có trách nhiệm giúp Ủy ban nhân dân cùng cấp thực hiện nhiệm vụ lập quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất. Sở, ban, ngành của tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương và Uỷ ban nhân dân huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh có trách nhiệm
phối hợp với Sở Tài nguyên và Môi trường trong việc xác định nhu cầu sử dụng đất của ngành, địa phương.
Uỷ ban nhân dân huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh tổ chức thực hiện việc lập quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất của địa phương, quy hoạch sử dụng đất chi tiết, kế hoạch sử dụng đất chi tiết của phường, thị trấn và xã thuộc khu vực quy hoạch phát triển đô thị. Phòng Tài nguyên và Môi trường có trách nhiệm giúp Uỷ ban nhân dân cùng cấp thực hiện nhiệm vụ lập quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất. Phòng, ban của huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh và Uỷ ban nhân dân phường, thị trấn, Uỷ ban nhân dân xã thuộc khu vực quy hoạch phát triển đô thị có trách nhiệm phối hợp với Phòng Tài nguyên và Môi trường trong việc xác định nhu cầu sử dụng đất của ngành, địa phương.
Uỷ ban nhân dân xã không thuộc khu vực quy hoạch phát triển đô thị trong kỳ quy hoạch sử dụng đất tổ chức thực hiện việc lập quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất của địa phương. Trước đây, Luật đất đai 1993 chưa có sự phân cấp rõ ràng về trách nhiệm lập quy hoạch sử dụng đất, nhiệm vụ lập quy hoạch sử dụng đất được giao cho Ủy ban nhân dân các cấp, theo đó Ủy ban nhân dân các phường, thị trấn cũng có thẩm quyền lập quy hoạch sử dụng đất. Khoản 2 Điều 16 Luật đất đai 1993 quy định : “Uỷ ban nhân dân các cấp lập quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất trong địa
phương mình trình Hội đồng nhân dân thông qua trước khi trình cơ quan Nhà nước có thẩm quyền xét duyệt”. Khác với Luật đất đai 1993, Luật đất đai 2003
không cho phép Ủy ban nhân dân các phường, thị trấn được phép lập quy hoạch và kế hoạch sử dụng đất mà tập trung mà tập trung thẩm quyền này cho cơ quan hành chính cấp trên để quy về một mối trong việc lập quy hoạch và nâng cao tính khả thi của các quy hoạch trừ trường hợp đối với các xã không thuộc khu vực không phát triển đô thị.
Ban quản lý khu công nghệ cao có trách nhiệm tổ chức lập quy hoạch sử dụng đất chi tiết, kế hoạch sử dụng đất chi tiết cho toàn khu công nghệ cao. Ban quản lý khu kinh tế có trách nhiệm tổ chức lập quy hoạch sử dụng đất chi tiết, kế hoạch sử dụng đất chi tiết đối với phần diện tích đất giao cho Ban quản lý khu kinh tế được xác định trong quy hoạch sử dụng đất của tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; việc lập quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất đối với phần diện tích đất còn lại được thể hiện trong quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất của huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh và quy hoạch sử dụng đất chi tiết, kế hoạch sử dụng đất chi tiết của xã, phường, thị trấn. Trước đây, Luật đất đai năm 1993 không dự liệu được tính chiến lược của sự hình thành các khu công nghiệp, khu kinh tế nên chưa đề cập đến trách nhiệm lập quy hoạch sử dụng đất đối với diện tích ở các khu công nghiệp, khu kinh tế đó. Nghị định 181/2004/NĐ-CP của Chính phủ về thi hành luật đất đai đã có quy định điều chỉnh, tạo điều kiện để ban quản lý khu công nghệ cao, khu kinh tế chủ động lập quy hoạch sử dụng đất đối với phần diện tích đất được giao phù hợp với điều kiện thực tế, đảm bảo hiệu quả sử dụng đất.
Một điểm mới về trách nhiệm lập quy hoạch sử dụng đất được quy định tại Điều 18 Nghị định 181/2004/NĐ-CP của Chính phủ về thi hành luật đất đai là việc quy định trong quá trình lập quy hoạch sử dụng đất chi tiết, cơ quan tổ chức thực hiện việc lập quy hoạch sử dụng đất phải lấy ý kiến đóng góp của nhân dân. Đây là quy định thể hiện tính dân chủ, công khai trong hoạt động quy hoạch sử dụng đất cũng như sự quan tâm của Nhà nước đối với quyền lợi của người sử dụng đất.