Cho đến nay, kỹ thuật điện di hai chiều (2-DE) đã trở thành một trong những công cụ phân tách protein được dùng rộng rãi trong các nghiên cứu về hệ protein. Kỹ thuật 2-DE cho phép phân tách các protein khác nhau 0,1 đơn vị pI (isoelectric point) và 1kDa về khối lượng phân tử [37]. Protein trong dịch chiết mô gan bình thường và mô gan ung thư cùng được phân tách bằng điện di hai chiều. Trên bản gel điện di, các protein trong mẫu được phân tách thành các spot protein riêng rẽ hoặc các dãy spot của một loại protein, đây là kết quả của việc cải biến protein, có thể do sự sắp xếp ARN hay biến đổi sau dịch mã, tạo ra các đồng phân có khối lượng phân tử tương tự nhau và điểm đẳng điện gần nhau.
Tuy hệ protein mô gan rất phức tạp, song hàm lượng của các protein trong gan khá đồng đều, do đó, các protein được phân tách khá tốt trên bản gel 2-DE (hình 6). Khi phân tách protein mô gan trên bản gel 2-DE sử dụng thanh strip dài 17cm trong khoảng pH 3 - 10 (hình 6A1, B1), kết quả điện di cho thấy các protein đã được phân tách rõ ràng thành các spot riêng rẽ nằm trải khắp bản gel và ít có những vùng tập trung các spot protein có hàm lượng cao bao trùm lên các spot protein
35
khác. Tuy nhiên, ở vùng giữa bản gel trong khoảng pH 4 - 7, mật độ các spot protein cao, do đó, chúng tôi tiếp tục tiến hành điện di hai chiều sử dụng thanh strip 7cm, pH 4 - 7 để phân tách protein trong khoảng pH này rõ ràng hơn (hình 6A2, B2).
A - Mô gan bình thường B - Mô gan ung thư
Hình 6. Phân tách protein mô gan của bệnh nhân 8460 trên bản gel điện di hai chiều
Chiều 1: Điện di đẳng điện sử dụng thanh IPG strip dài 17cm, pH 3 - 10 (A1 và B1); IPG strip dài 7cm, pH 4 - 7 (A2 và B2); Chiều 2: Điện di SDS-PAGE trên gel polyacrylamide 10%.
Trong nghiên cứu này, chúng tôi đã phân tách được hệ protein mô gan ung thư và mô gan bình thường của 6 bệnh nhân HCC trên cả bản gel 2-DE sử dụng thanh strip dài 17cm, pH 3 - 10 và thanh strip dài 7cm, pH 4 - 7. Kết quả điện di phân tách protein mô gan của bệnh nhân HCC trên bản gel 2-DE được thể hiện trong hình 6 và phụ lục 2.
36
Bước đầu sử dụng phần mềm chuyên dụng phân tích hình ảnh bản gel điện di hai chiều - Phoretix, chúng tôi đã xác định được tổng số spot được phân tách trên các bản gel 2-DE (bảng 5).
Bảng 5. Tổng số spot trên mỗi bản gel điện di hai chiều Mã bệnh
nhân
Bản gel 17cm Bản gel 7cm
Mô bình thường Mô ung thư Mô bình thường Mô ung thư
8261 272 spot 171 spot 75 spot 136 spot
8460 329 spot 288 spot 139 spot 123 spot
8935 258 spot 291 spot 53 spot 61 spot
8977 229 spot 254 spot 72 spot 91 spot
9242 275 spot 334 spot 108 spot 155 spot
10480 220 spot 268 spot 145 spot 141 spot