Tội phạm chưa bị phát hiện (tội phạm ẩn) là số lượng tội phạm đã được thực hiện, nhưng chưa bị phát hiện vì lý do nào đó tức không có dấu vết, tin tức nào về tội phạm đang được nghiên cứu.
Tội phạm đã được thực hiện nhưng chưa bị phát hiện có thể: do trình độ điều tra, khám phá của các cơ quan bảo vệ pháp luật còn non kém; do các cơ quan bảo vệ pháp luật không nắm được thông báo về tội phạm; do trình độ che giấu tội phạm của người phạm tội và những người khác mà các cơ quan bảo vệ pháp luật không thể phát hiện được... Tình hình tội phạm ẩn chiếm một số lượng không nhỏ trong tình trạng phạm tội nói chung.
Tội phạm ẩn trong lĩnh vực hoàn thuế giá trị gia tăng đều thuộc ba loại: tội phạm ẩn tự nhiên, tội phạm ẩn nhân tạo và tội phạm ẩn thống kê.
a- Tội phạm ẩn tự nhiên là những tội phạm thực tế đã xảy ra nhưng các cơ quan
chức năng không nắm được, không có thông tin về chúng. Tội phạm ẩn tự nhiên không phải chịu bất kỳ một sự tác động nào từ phía Nhà nước và xã hội, không phải chịu hình thức xử lý nào và tất nhiên không có trong thống kê hình sự. Nguyên nhân người phạm tội hoặc những người khác không thông báo cho các cơ quan bảo vệ pháp luật. Ví dụ: doanh nghiệp A có giám đốc lừa đảo chiếm đoạt tiền hoàn thuế giá trị gia tăng. Nhân viên kế toán thấy có rất nhiều hoá đơn mua hàng của nhiều doanh nghiệp khác nhau được chuyển về mà không có hàng thực nhập vào kho. Người này biết rõ ràng giám đốc doanh nghiệp mua hoá đơn
để lập hồ sơ xin hoàn thuế, song vì sợ mất việc làm mà nhân viên kế toán không dám thông báo với cơ quan cấp trên hoặc với các cơ quan bảo vệ pháp luật.
b- Tội phạm ẩn nhân tạo là những tội phạm thực tế đã xảy ra, các cơ quan chức
năng đã nắm được nhưng vì các nguyên nhân khác nhau mà hành vi phạm tội đó không bị xử lý theo pháp luật. Việc hành vi phạm tội đã bị phát hiện nhưng không bị xử lý theo pháp luật là do một hành vi phạm tội khác che đậy, trong khoa học nghiên cứu tội phạm gọi là: “bội ẩn”. Hành vi tiếp tay của cán bộ Thuế, Hải quan không bị xử lý về hình sự, cũng có thể một phần do có sự vi phạm pháp luật tố tụng hình sự trong quá trình giải quyết vụ án hoặc người tiến hành tố tụng cố tình làm sai lệch hồ sơ vụ án để những cán bộ này không bị truy cứu trách nhiệm hình sự.
c- Tội phạm ẩn thống kê bao gồm những hành vi phạm tội đã bị xử lý bằng chế
tài hình sự, nhưng vì các lý do khác nhau mà số này bị lọt ra ngoài thống kê hình sự, làm cho việc đánh giá tình hình tội phạm trong thực tế không chính xác. Tác hại của tội phạm ẩn thống kê gây nên chủ yếu đưa ra các thông tin sai lệch về số liệu tình hình tội phạm đã bị phát hiện. Nguyên nhân là những qui định về thống kê, báo cáo cũng như việc thực hiện các qui định đặt ra không đồng nhất, nhất là những trường hợp thống kê một người phạm nhiều tội hoặc một người phạm tội nhiều lần. Ví dụ: trong vụ án lừa đảo chiếm đoạt tiền hoàn thuế, bị cáo A vừa phạm tội lừa đảo chiếm đoạt tài sản, vừa phạm tội tham ô, vừa phạm tội đưa hối lộ. Có toà án thống kê bị cáo A phạm tội lừa đảo chiếm đoạt tài sản, có toà án thống kê vào tội tham ô, có toà án thống kê vào tội đưa hối lộ. Không thống nhất được phương pháp thống kê thì sai số trong tội phạm ẩn thống kê còn nhiều.
Do đây là những tội phạm mới xuất hiện, đồng thời trong khuôn khổ luận văn thạc sỹ, chúng tôi không có điều kiện để thực hiện phương pháp điều tra xã hội học nên chưa thể có những kết luận chính xác mức độ tội phạm ẩn. Tuy nhiên, qua nghiên cứu, chúng tôi nhận thấy tội phạm ẩn trong lĩnh vực hoàn thuế giá trị gia tăng chiếm một tỉ lệ khá cao trong toàn bộ số lượng tội phạm ở lĩnh vực này.