Sau hơn bốn năm thực hiện Luật Thuế giá trị gia tăng, ngành Thuế đã đạt được những thành tích nổi bật. Theo báo cáo của ngành Thuế, số thu ngân sách của thuế giá trị gia tăng sau khi trừ số thuế hoàn, chiếm khoảng 20% tổng thu Ngân sách Nhà nước. Đại bộ phận các tổ chức, cá nhân sản xuất kinh doanh có ý thức cao trong việc thực hiện nghĩa vụ thuế. Hiện nay, ngành Thuế đang quản lý thu những đối tượng nộp thuế giá trị gia tăng khoảng:
- 60.000 doanh nghiệp nhà nước.
- 1.800 doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài.
- 30.000 công ty trách nhiệm hữu hạn, công ty cổ phần, doanh nghiệp tư nhân và hợp tác xã có hoạt động sản xuất kinh doanh.
- 1.400.000 hộ kinh doanh cá thể.
Số thu thuế giá trị gia tăng cao hơn nhiều so với thuế doanh thu trước đây. Số thu thuế doanh thu năm 1998 là 13.000 tỉ đồng thì số thu thuế giá trị gia tăng năm 1999 là hơn 16.700 tỉ đồng, năm 2000 là 22.000 tỉ đồng. Mặc dù năm 2001, Nhà nước điều chỉnh giảm thuế suất từ 10% xuống 5% đối với một số nhóm mặt hàng như: đường, phần mềm máy tính... đồng thời mở rộng diện khấu trừ cho những trường hợp mua hàng không có hoá đơn giá trị gia tăng nhưng số thu vẫn đạt gần 19.000 tỉ đồng. Năm 1999 số thu từ thuế giá trị gia tăng đạt 112,9%, năm 2000 đạt 117%, năm 2001 đạt 120% và năm 2002 đạt 125% so với dự toán năm. Thuế giá trị gia tăng đã khuyến khích xuất khẩu tăng mạnh. Kim ngạch xuất khẩu nước ta năm 1998 là 9,3 tỉ đôla thì năm 1999 là 11,5 tỉ đô la, năm 2000 là 14,2 tỉ đô la, năm 2001 là 14,3 tỉ đô la, năm 2002 là 16 tỉ đô la [2,3-4]. Đồng thời, việc áp dụng thuế giá trị gia tăng đã làm cho các doanh nghiệp quan tâm
nhiều hơn tới việc sử dụng hoá đơn. Do thu thuế ở khâu sau còn kiểm tra được việc nộp thuế ở khâu trước nên chống thất thu thuế tốt hơn so với thuế doanh thu. Bên cạnh những ưu điểm trên, việc thực hiện thuế giá trị gia tăng còn bộc lộ một số nhược điểm sau:
Thứ nhất, diện thu còn khá rộng, việc kế thừa tư tưởng của thuế doanh thu qui định tới 26 nhóm mặt hàng, dịch vụ không chịu thuế là quá rộng, gây trở ngại cho sự vận hành của loại thuế này;
Thứ hai, do thuế giá trị gia tăng thu ở các khâu đều có liên quan tới nhau, ở khâu trước thu cao, khâu sau thu thấp thì phải hoàn thuế; ở khâu trước thu thấp, khâu sau thu cao thì người mua hàng vẫn phải trả tiền thuế cao chứ hoàn toàn không có ý nghĩa về mặt ưu đãi thuế. Mặt khác, điều quan trọng là khó có tiêu thức để phân biệt rạch ròi từng mặt hàng vào từng mức thuế suất khác nhau trong thực tế, do đó làm mất tính trung lập của sắc thuế này, tạo nên nhiều vướng mắc không đáng có trong quản lý thu thuế;
Thứ ba, việc mở rộng diện cho khấu trừ thuế đầu vào đối với hàng nông, lâm, thuỷ sản theo bảng kê cùng với việc buông lỏng qui chế quản lý hoá đơn bán hàng là nguyên nhân trực tiếp cho bọn người xấu lợi dụng chiếm đoạt tiền từ ngân sách Nhà nước;
Thứ tư, việc qui định hàng hoá, dịch vụ chịu thuế tiêu thụ đặc biệt ở khâu sản xuất khi bán ra không phải nộp thuế giá trị gia tăng đã làm gián đoạn việc thu thuế giá trị gia tăng, dẫn đến có khâu bị tăng thuế đột biến, không đúng với tính chất của loại thuế này.