Trong những năm qua, ngành Kế hoạch và đầu tư gần như thả nổi doanh nghiệp. Doanh nghiệp sau khi được cấp đăng ký kinh doanh thì việc quản lý doanh nghiệp là của ngành Thuế, Ngân hàng và các cơ quan bảo vệ pháp luật. Ngành Kế hoạch và đầu tư hầu như không có trách nhiệm khi doanh nghiệp đi vào hoạt động. Doanh nghiệp hoạt động như thế nào, tồn tại ra sao, cơ quan cấp
đăng ký kinh doanh không nắm được. Cơ quan này cũng đứng bên ngoài mỗi khi doanh nghiệp có vi phạm pháp luật. Nguyên nhân là thiếu các văn bản điều chỉnh về lĩnh vực này. Luật Doanh nghiệp qui định doanh nghiệp phải nộp báo cáo tài chính cho Sở Kế hoạch và đầu tư nhưng tỉ lệ các doanh nghiệp làm việc này rất thấp hoặc có làm nhưng qua loa, đại khái. Các chế tài xử phạt những vi phạm trên không có nên ngành Kế hoạch và đầu tư không thực hiện được. Mặc dù ra đời muộn màng nhưng Nghị định số 37/2003/NĐ-CP ngày 10/4/2003 của Chính phủ qui định xử phạt vi phạm hành chính về đăng ký kinh doanh cũng đã bước đầu góp phần tích cực cho cuộc đấu tranh phòng, chống tội phạm trong lĩnh vực hoàn thuế. Nghị định này được áp dụng đối với cá nhân, tổ chức có hành vi vi phạm về đăng ký kinh doanh, đăng ký hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện của doanh nghiệp theo Luật Doanh nghiệp; đăng ký hộ kinh doanh cá thể theo Nghị định số 02/2000/NĐ-CP ngày 3/2/2000 của Chính phủ về đăng ký kinh doanh. Các hành vi bị xử phạt là các hành vi vi phạm các qui định quản lý Nhà nước. Theo đó, vi phạm các qui định về kê khai nhân thân người thành lập doanh nghiệp, người quản lý doanh nghiệp, kê khai trụ sở doanh nghiệp, thay đổi nội dung hồ sơ đăng ký kinh doanh, treo biển hiệu, đăng báo, gửi báo cáo tài chính... bị phạt đến 5 triệu đồng; vi phạm qui định về đăng ký góp vốn bị phạt tới 10 triệu đồng.
Qua quá trình thực hiện Nghị định này, cơ quan cấp đăng ký kinh doanh đã phát hiện ra một số vi phạm và tiêu cực sau: