Tổ chức phân cấp, phân công, phối hợp chặt chẽ, hợp lý. Cơ quan thuế các cấp cần phải phân công cán bộ quản lý đúng người đúng việc, dựa theo năng lực sở trường của mỗi cán bộ thuế trong đơn vị mạnh ởđiểm nào, yếu ởđiểm nào để bố trí công việc cho hợp lý. Nghĩa là phân công phải xuất phát từ yêu cầu của công việc để tìm người, tránh tình trạng căn cứ vào lượng người để bố trí vào các công việc gây ra sự chồng chéo trong quản lý thuếở cơ quan thuế các cấp.
Thực hiện phân cấp các doanh nghiệp khai thác tài nguyên với quy mô nhỏ và vừa để các huyện, thị xã, thành phố quản lý theo địa bàn nắm chắc được tình hình hoạt động sản xuất kinh doanh của các doanh nghiệp, từ đó tổ chức quản lý thu hiệu quả. Tránh tình trạng cơ quan thuế cấp tỉnh, Trung ương ôm đồm quá nhiều doanh nghiệp quản lý nhưng không nắm bắt kịp thời các diễn biến trong quá trình khai thác TNTN sẽ dẫn đến thất thu thuế, huỷ hoại môi trường.
Trong quản lý thuế cần phải phân cấp mạnh cho cấp dưới quyền xử lý vi phạm, quyền tuyển dụng, bổ nhiệm, miễn nhiệm các cán bộ vi phạm hoặc không hoàn thành nhiệm vụ để không ngừng nâng cao chất lượng đội ngũ cán bộ thuế thực thi chính sách.
Phối hợp chặt chẽ giữa cơ quan thuế các cấp trong chỉđạo điều hành thực thi chính sách, giữa các bộ phận trong cùng một đơn vị và giữa các cán bộ thuế với nhau để nâng cao hiệu quả, chất lượng công việc. Phối hợp chặt chẽ với các cơ quan chức năng, các cấp chính quyền địa phương trong quản lý thu thuế tài nguyên. Đối với quản lý thuế tài nguyên, việc phối hợp với các cấp chính quyền địa phương, với các ngành đặc biệt là ngành Tài nguyên và Môi trường là hết sức cần thiết, ảnh hưởng lớn tới việc thực thi chính sách thuế.
Phối hợp chặt chẽ với cơ quan quản lý các cấp trong việc cấp phép khai thác tài nguyên để quản lý thu ngay sau khi được cấp phép và đề nghị xử lý
Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Kinh tế Page 93 thu hồi giấy phép khai thác khi các đơn vị khai thác tài nguyên vi phạm pháp luật thuế. Đồng thời phải kết hợp chặt chẽ với các cấp chính quyền để tuyên truyền hướng dẫn, quản lý thu sát, đúng, đủ tiền thuế vào NSNN. Việc tăng cưòng phối hợp giữa cơ quan thuế với các cơ quan quản lý Nhà nước, các tổ chức, cá nhân nhằm nâng cao vai trò và thẩm quyền của cơ quan thuế trong việc kiểm tra, kiểm soát, thanh tra, cưỡng chế là điều kiện cần thiết để đảm bảo thực thi thuế tài nguyên một cách đồng bộ, hiệu quả.