Sau khi đã xây dựng hoàn thành, nghiệm thu bàn giao công trình đƣa vào sử dụng, thì công tác quyết toán vốn đầu tƣ là khâu cuối cùng trong công tác quản lý vốn đầu tƣ. Quá trình quyết toán phải rà soát toàn bộ quá trình đầu tƣ từ thủ tục pháp lý thực hiện dự án, kiểm tra chi phí vốn đầu tƣ đã thực hiện của dự án đến việc xác định đƣợc giá trị tài sản hình thành sau đầu tƣ bàn giao cho đơn vị quản lý, sử dụng. Trong giai đoạn này cần phải chú trọng đúng mức đối với công tác thẩm định quyết toán vốn đầu tƣ. Đây là công việc có tính tổng hợp, đòi hỏi cán bộ chuyên môn phải am hiểu kiến thức về kinh tế xây dựng, chế độ định mức đơn giá chuyên ngành và tổng hợp các chế độ chính sách qua các thời kỳ thực hiện đầu tƣ và xây dựng dự án.
Hoàn thiện các quy định liên quan tới cấp phát, thanh toán chi phí ĐTXD theo hƣớng đơn giản, rõ ràng, dễ hiểu, dễ kiểm tra, dễ thực hiện nhằm tạo điều kiện tốt nhất cho việc giải ngân vốn cho các dự án, hạn chế thấp nhất tình trạng công trình chờ vốn, công trình xây xong chờ quyết toán. Quy định rõ trách nhiệm quyết toán chi phí xây dựng của chủ đầu tƣ với nhà thầu và của chủ đầu tƣ với nhà nƣớc.
Bổ sung quy định về xử phạt hành chính trong lĩnh vực đầu tƣ xây dựng đối với hành vi vi phạm trong việc lập và phê duyệt báo cáo quyết toán vốn đầu tƣ hoàn thành.
Khi nghiệm thu bàn giao các chủ đầu tƣ phải hƣớng dẫn đơn vị đƣợc giao quản lý công trình về quản lý vận hành, khai thác theo đúng năng lực kỹ thuật của dự án, đảm bảo dự án phát huy hiệu quả chất lƣợng lâu dài của công trình.