Việc xác định đúng chủ trƣơng đầu tƣ có ý nghĩa rất quan trọng đối với hiệu quả sản xuất kinh tế, hiệu quả xã hội của dự án đầu tƣ. Xác định sai chủ trƣơng đầu tƣ dẫn đến hậu quả khó lƣờng, cản trở đến phát triển kinh tế của đất nƣớc nhƣ việc bố trí địa điểm xây dựng nhà máy đƣờng xa vùng nguyên liệu hoặc vùng nguyên liệu không đáp ứng đƣợc quy mô công suất thiết kế làm cho chi phí sản phẩm tăng cao, khi nhà máy đi vào hoạt động khai thác thì càng hoạt động càng lỗ và để khắc phục phải dỡ bỏ công trình, hoặc dời xa hàng ngàn Km đến nơi có vùng nguyên liệu nhƣng không có nhà máy...; xây chợ không có ngƣời họp, cảng cá không có tầu đến đậu, kênh mƣơng bỏ không vì không có tiền cho chạy máy bơm hoặc không có nguồn nƣớc, hệ thống cấp nƣớc chỉ phát triển nhà máy mà thiếu mạng đƣờng ống dẫn đến các hộ tiêu thụ; xác định quy mô đầu tƣ quá lớn, vƣợt quá nhu cầu, nội dung đầu tƣ không đồng bộ, lựa chọn công nghệ sản xuất không phù hợp hoặc quá lạc hậu... dẫn đến không sử dụng đƣợc hoặc sử dụng không đạt công suất gây thất
Cụ thể trong số 43 công trình xây dựng thất thoát, lãng phí của năm 2005 và 6 tháng đầu năm năm 2006 đƣợc Tổng hội xây dựng Việt Nam công bố đã cho thấy Nhà máy chế biến Cà chua 200 tấn/ngày của Tổng Công ty Xuất nhập khẩu rau quả (Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn) với tổng mức đầu tƣ 51,7 tỷ đồng hoàn thành từ năm 2001 nhƣng mỗi năm chỉ hoạt động 5-6 ngày (đạt 4,5% công suất) do không có nguyên liệu, tƣơng tự Nhà máy chế biến gạo sau thu hoạch ở huyện Đông Hƣng - Thái Bình xây dựng xong nhƣng do đặt trên địa bàn không có lúa nên nhà máy rơi vào tình trạng “đói” nguyên liệu, buộc phải cho đơn vị khác thuê lại nhà máy để dùng vào việc khác;
Nhà máy đƣờng Linh Cảm (Hà Tĩnh) với số vốn nhiều tỷ đồng xây dựng xong phải “nằm chờ” vì không có nguyên liệu đã phải tháo dỡ toàn bộ thiết bị để di chuyển vào Trà Vinh, hay nhà máy than Hòn Gai (công suất 2triệu tấn/năm, tổng mức đầu tƣ 200 tỷ đồng) đƣợc xây dựng xong năm 1996 đến nay không đủ nhiên liệu cũng đang đứng trƣớc nguy cơ bị di chuyển;
Chợ đầu mối Đền Lừ, chợ đầu mối Hải Bối (huyện Đông Anh), chợ Hoa Tây Tựu của Hà Nội đầu tƣ hàng chục tỷ đồng xong chỉ hoạt động đƣợc trong thời gian ngắn rồi rơi vào tình trạng mua bán cầm chừng hoặc buộc phải chuyển đổi mục đích vì không đƣợc tính toán kỹ lƣỡng nhiều yếu tố, kể cả tập quán kinh doanh;
Dự án xây dựng cảng cá Cà Mau, đƣợc đầu tƣ hơn 7 tỉ đồng để xây dựng hai hạng mục cầu tàu 300CV và 60CV, sau ba năm bàn giao không có tàu đánh bắt thủy hải sản cũng nhƣ các loại tàu khác có công suất 60-300CV cập cảng, chỉ có gần 2.000 lƣợt tàu thuyền thƣơng mại và du lịch nhỏ cập cảng để trung chuyển hàng hóa, bằng 1,21% công suất thiết kế, trong đó hàng thủy sản đạt 4,43% công suất do vị trí xây dựng không phù hợp nên cảng đã phải chuyển đổi hình thức từ cảng cá sang chợ cá;
Hoặc việc đầu tƣ thiết bị y tế cho bệnh viện đa khoa tỉnh Sóc Trăng không phù hợp với trình độ, năng lực và không thích hợp với điều kiện cơ sở vật chất sẵn có của bệnh viện nên đã phải “đắp chiếu”;
Các Dự án Cảng ở các vùng, địa phƣơng quá gần nhau mà chƣa tính đến sự liên kết trong việc khai thác có hiệu quả hạ tầng kỹ thuật hiện có, chƣa phù hợp với khả năng phát triển kinh tế nhƣ Hòn La (Quảng Bình), cách cảng Vúng Áng 25km, Cảng Chân Mây cách cảng Tiên Sa 30km, Cảng Dung Quất, cách cảng Kỳ Hà 10 km;
Dự án xây dựng hệ thống thoát nƣớc đƣờng Tân Kỳ - Tân Quý, Bình Tân, thành phố Hồ Chí Minh, do không gắn việc xây dựng dự án với quy hoạch giao thông nên khi dự án xây xong phải phá bỏ toàn bộ hệ thống gồm 216 hầm thu hố ga, 711 cống phi 400, gây lãng phí NSNN, số tiền lãng phí chiếm 3% tổng mức đầu tƣ của công trình;
Nhƣ vậy, chủ trƣơng đầu tƣ cần đƣợc đánh giá là khâu gây ra những thất thoát và lãng phí lớn. Nguyên nhân bởi việc tính toán các khía cạnh về hiệu quả kinh tế, hiệu quả xã hội, môi trƣờng đầu tƣ còn chƣa tốt, thiếu tầm nhìn lâu dài và thiếu cụ thể.