Chùa Lân, tên chữ là Long Động tự. Tên nôm của chùa được đặt với lý do là cạnh đó có hòn núi như hình con Lân. Đây là nơi Trúc Lâm đệ nhất Tổ Trần Nhân Tông làm nơi giảng đạo và là nơi tu hành hoằng pháp của Tam Tổ Trúc Lâm trước khi vào Chùa Hoa Yên.
Chùa Lân xưa vốn “sơn son thiếp vàng, nguy nga tráng lệ không tả xiết” (theo văn bia tháp mộ trong chùa). Dân gian đã có câu “ngõ Chùa Lân, sân
Chùa Muống, ruộng Chùa Quỳnh” để nói lên sự bề thế phần nào của ngôi chùa
này.
Chùa được xây dựng từ thời Trần, sang thời Lê - Nguyễn, chùa được xây dựng lại trên nền chùa cũ, nhưng được tôn tạo cao hơn, xung quanh chùa có 25 ngọn tháp gạch và đá. Trong đó còn lưu giữ ba ngôi tháp cổ, hai ngôi trước chùa là tháp Viên Minh và tháp Viên Quang, tháp còn lại ở phía sau (sau nhà thờ Tổ hiện nay) xưa nhất và đẹp nhất là Tịch Quang Kim tháp, quàn xá lợi Tuệ Đăng Thượng Tổ Chân Nguyên đệ nhất Tổ chùa này, ông là một bậc Đại Tuệ, được nhà Lê sắc phong là Tăng Thống Chính Giác Hòa Thượng, tháp xây bằng đá có bia ghi rõ năm Bảo Thái thứ 8 (tức năm 1727).
Cách đây không lâu, chùa đã được Hòa thượng Thích Thanh Từ cho khởi công xây dựng lại ngày 15/8/2002 và tổ chức lễ khánh thành ngày
14/12/2002.
Sải bước trên những bậc đá được kè ngay ngắn, chắc chắn, dọc hai bên là những ngôi tháp cổ, cùng với hai hàng thông cổ thụ tới cổng Tam Quan, phía trước có đặt hai con sư tử đá dáng đứng khỏe khoắn, dũng mãnh, uy nghiêm. Trên cổng Tam Quan có đề chữ “Thiền Viện Trúc Lâm”. Phía sau
cổng là toàn bộ khu chùa bề thế:
Trước sân Thiền viện có đặt một quả cầu Như Ý Báo Ân Phật bằng đá hoa cương đỏ (Rubi), đường kính 1.590mm, trọng lượng 6,5 tấn được lấy từ
mỏ đá An Nhơn (Quy Nhơn). Quả cầu đặt trên một bệ đá granít có tiết diện vuông, nặng 4 tấn, bọc bên ngoài là bể nước hình bát giác với tám bồn hình cánh hoa bao quanh tượng trưng cho Bát chính đạo. Đây được coi là quả cầu
Như Ý lớn nhất Việt Nam.
Bên phải quả cầu Như Ý là Lầu trống: phía trong đặt một cái trống, trống dài gần 2m, đường kính tang trống chừng 1m, được tạo nên bởi một thân
gỗ liền khoét rỗng. Bên trái quả cầu Như Ý là Lầu chuông: phía trong có treo một quả chuông đồng nặng gần 1,4 tấn.
Phía sau quả cầu Như Ý Báo Ân Phật là tòa Chính điện uy nghi, trên đề bốn chữ “Đại Hùng Bảo Điện”, trên bậc thềm hoa trưng bày dấu tích nền móng chùa thời Trần. Chính điện thờ Phật Tổ Thích Ca Mâu Ni tay nâng đóa sen vàng mới nở, tượng Văn Thù, Phổ Hiền Bồ Tát ở hai bên. Ba pho tượng đồng được đúc từ làng nghề ở Huế, pho tượng Thích Ca Mâu Ni nặng gần 4 tấn. Trên tường bên trong tòa Chính điện có chín bức phù điêu mô tả quá trình: trụ thế, xuất gia, tu tập, giác ngộ, thuyết pháp, độ sinh, nhập diệt Niết Bàn của Phật Tổ Thích Ca Mâu Ni. Tính từ trái sang phải:
Bức thứ nhất: Biểu tượng lúc Thích Ca sinh ra.
Bức thứ hai: Có nghĩa sau khi sinh ra Ngài đi dạo qua bốn cổng, thấy và
chứng kiến cảnh nhân gian nơi thì có người sinh, nơi thì có người già yếu, nơi
thì có người ốm đau bệnh tật, nơi thì có người chết - “nhất thích thế gian, sinh,
lão, bệnh, tử”.
Bức thứ ba: Có nghĩa sau khi thấy cảnh nhân gian sinh, lão, bệnh, tử,
Ngài xin vua cha cho đi tu để tìm chân lý.
Bức thứ tư và năm: Tả lại tích chuyện về Ngài đi tu.
Bức thứ sáu: Là cảnh Ngài giảng đạo cho đệ tử A Nan và Ca Diếp. Bức thứ bảy và tám: Là cảnh Ngài giảng đạo cho chúng sinh. Bức thứ chín: Là cảnh Ngài nhập Niết Bàn.
Sau ngôi Chính điện có tôn trí pho tượng Tổ Bồ Đề Đạt Ma bằng gỗ quý dáng hương ở Nam Mỹ. Tượng có chiều cao 3,2m, nặng khoảng 3,2 tấn, với nét chạm khắc tinh tế và thiền vị. Kế sau là nhà thờ Tam Tổ, nơi phụng thờ Tam Tổ Trúc Lâm. Ba pho tượng bằng đồng ngự chính vị tôn nghiêm. Tường hồi bên phải trong nhà Tổ trưng bày bộ tranh khảm trai “thập mục ngưu đồ” diễn tả bằng tranh quá trình hành giả tu tập tìm chân lý.
Phía sau nhà thờ Tam Tổ là Thiền Đường, nơi để cho các sư, tăng ni hàng ngày đến tọa thiền.
Chùa còn có: Tòa nhà trưng bày - nơi đang lưu giữ và trưng bày hàng ngàn di vật cổ như tượng, mảnh sành, mảnh sứ, tranh ảnh, tư liệu… trong đó có nhiêu di vật cổ của Chùa Lân được tìm thấy trong quá trình trùng tu xây dựng lại chùa; có phòng kinh sách - trưng bày hàng trăm tác phẩm kinh Phật; có La Hán Đường - trưng bày tượng La Hán; có Trai Đường, phòng khách…
Thiền viện Trúc Lâm là công trình Thiền viện lớn nhất nước, có nhiều công trình với kiến trúc đẹp và hoành tráng, uy nghi, điểm tô chốn non thiêng Yên Tử thêm phần khang trang, bề thế, góp phần bảo tồn, nghiên cứu các thư tịch cổ, ấn phẩm văn hóa Phật giáo Việt Nam, tạo điều kiện cho tăng ni, phật tử Trúc Lâm trong cả nước đến giảng đạo và tu thiền.