Chùa Bí Thượng mang tên làng Bí Thượng, thuộc tổng Bí Giàng xưa
(nay thuộc thị xã Uông Bí).
Chùa vốn không phải là di tích được xây dựng từ thời Trần, không nằm trên con đường lên Yên Tử của Trần Nhân Tông, nhưng nằm trên con đường
hành hương quen thuộc của đời sau.
Sau khi vua Trần Nhân Tông về Yên Tử tu hành, sáng lập ra Thiền phái Trúc Lâm thì các phật tử, tín đồ đổ về đây an cư, cầu đạo. Vì vậy, cần thiết phải xây dựng một ngôi chùa ở cửa ngõ Yên Sơn để làm trạm dừng chân cho khách giữa độ đường và Chùa Bí Thượng đã được xây dựng lên để đáp ứng
nhu cầu đó với tư cách là Chùa Trình.
Qua nhiều lần bị cháy rồi cuối cùng bị giặc Pháp san bằng trong cuộc kháng chiến chống Pháp, di tích chùa này chỉ còn là bãi bằng và ngọn tháp
gạch hai tầng.
Năm Đinh Sửu (1997) chùa được xây dựng lại là một ngôi nhà cấp bốn.
Năm Kỷ Mão 1999 chùa tiếp tục được tu sửa, nâng cấp.
Hiện nay, chùa mới được trùng tu xây dựng lại vào năm 2006 với quy mô rộng rãi, to đẹp, khang trang, kiến trúc hình chữ “quốc” gồm: phía trước là lầu chuông, tiếp đến tòa chính điện nơi đặt nhiều tượng Phật, phía sau là nhà thờ Tam Tổ, hai bên là hai dãy nhà đặt các tượng Phật La Hán, mỗi bên 9 vị La Hán. Không gian chùa được mở rộng, khuôn viên bố trí hài hòa, trồng nhiều cây trái… tạo nên một không gian khoáng đạt, yên tĩnh, trong lành. Ngoài cổng chùa có khu vực sân khấu được thiết kế xây dựng rộng rãi, có sức chứa hai đến ba nghìn người. Là nơi để tổ chức và diễn ra các hoạt động lễ hội, các hoạt động giao lưu sinh hoạt văn hóa giữa các đoàn thể, tổ chức đến thăm quan với nhà chùa…