Kiểm toán Nhà nước (KTNN) là cơ quan chuyên môn về lĩnh vực kiểm tra tài chính nhà nước do Quốc hội thành lập, thực hiện kiểm tra việc quản lý, sử dụng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước. Vì vậy, KTNN kiểm tra việc quản lý và sử dụng các khoản nợ công là điều cần thiết, đảm bảo tính minh bạch trong quản lý và sử
dụng các khoản nợ công cũng như tính bền vững của NSNN. Cần quy định rõ nhiệm vụ kiểm toán nợ công của cơ quan này trong Luật Quản lý nợ công và Luật KTNN.
Tuy nhiên, trên thực tế do nợ công gồm nhiều loại hình khác nhau, mỗi loại nợ lại có đặc thù về quản lý đồng thời liên quan đến nhiều cơ quan quản lý, đối tượng sử dụng; do vậy, để kiểm toán nợ công có hiệu quả, hàng năm KTNN phải kiểm toán các báo cáo thường niên về nợ công; đồng thời tăng cường số lượng và chất lượng các cuộc kiểm toán chuyên đề về nợ công, như chuyên đề kiểm toán vay nợ nước ngoài của Chính phủ, vay nợ trong nước, các khoản nợ Chính phủ bảo lãnh, chi phí vay nợ...
Chính phủ nên xem xét thành lập một ủy ban kiểm toán nhà nước riêng biệt riêng để kiểm tra, giám sát độc lập nợ công của Việt Nam. Hiện nay công việc này do Bộ Tài chính đảm nhiệm nhưng chưa có một cơ quan chuyên trách nên việc quản lý còn nhiều bất cập, chậm trễ, gây nên những thất thoát, thiếu hiệu quả trong việc sử dụng kiểm soát nợ công.
Cơ quan chuyên trách này có đủ năng lực, uy tín như các công ty kiểm toán nước ngoài sẽ là cơ sở để Chính phủ nắm được tình hình vay và sử dụng nợ công. Lâu nay vẫn biết luôn có việc kiểm tra, đánh giá trong nghiệm thu các công trình, dự án sử dụng nợ công sau khi chúng được hoàn thành, và đa số các cuộc kiểm tra này đều cho ra kết quả là đạt yêu cầu về mặt chất lượng, tuy nhiên thực tế lại thấy chất lượng không được đảm bảo như yêu cầu. Phần lớn các công trình bị hư hại, xuống cấp nặng chỉ trong thời gian ngắn sử dụng hoặc phải tu bổ thường xuyên nếu muốn duy trì lâu hơn. Thực trạng này xuất hiện không chỉ ở các công trình do DNNN đảm nhiệm mà ngay cả các công trình do tư nhân thắng thầu thì chất lượng cũng không cao hơn là mấy. Hay như thông tin về nợ công của Việt Nam (nợ trong nước; nợ của các DNNN được bảo lãnh và không được bảo lãnh của Chính phủ), luôn được thông báo là các chỉ số vẫn nằm trong ngưỡng an toàn nhưng rất khó để
có thể biết rõ được chính xác là bao nhiêu.
Để làm tốt giải pháp này, trong giai đoạn đầu khi mà bộ phận kiểm toán nhà nước còn mới, có thể thuê các công ty kiểm toán nước ngoài có uy tín tiến hành kiểm tra, đánh giá lại toàn bộ các dự án của Chính phủ. Việc làm này một mặt sẽ
giúp Chính phủ phân loại được các dự án hoạt động hiệu quả hay không, từđó đưa ra giải pháp thực hiện trong những giai đoạn tiếp theo; mặt khác, thông qua hoạt
động này các nhân viên kiểm toán nhà nước sẽ có cơ hội học hỏi kinh nghiệm, nâng cao năng lực để đủ sức thực hiện nhiệm vụ sau này. Giai đoạn tiếp theo, tự bộ phận kiểm toán nhà nước sẽ tiếp tục kiểm tra theo định kỳ các dự án như đã phân loại theo từng vùng, từng lĩnh vực liên quan, tiến hành giám sát chặt chẽđể tránh các sai phạm.
4.7. Quy định rõ ràng, tách bạch phạm vi nợ của Chính phủ, nợ được Chính phủ bảo lãnh và nợ của doanh nghiệp