Các chuyên gia thuế của Bộ Tài chính cho biết, hai sắc thuế gián thu quan trọng là thuế VAT và thuế TTĐB đã được sửa đổ, bổ sung, đảm bảo không vi phạm các nguyên tắc và quy định của WTO. Tuy nhiên, Bộ Tài chính vẫn có những văn bản hướng dẫn dưới luật nhằm đảm bảo sự rõ ràng, minh bạch hơn, tạo điều kiện thuận lợi hơn cho người nộp thuế và giải quyết một cách triệt để những vướng mắc cụ thể mà thực tiễn đặt ra.
Chính phủ ban hành các Nghị định hướng dẫn thi hành Luật thuế TNDN áp dụng cho năm tính thuế 2007 trở đi nhằm tạo điều kiện thuận lợi tối đa cho các DN, khuyến khích đầu tư, đảm bảo môi trường kinh doanh bình đẳng, thông thoáng, hấp dẫn tương thích và đồng bộ với những cam kết gia nhập WTO. Những hướng dẫn mới về thuế TNDN giảm nhẹ điều kiện ưu đãi thuế. Theo chuyên gia Bộ Tài chính, trước đây việc ưu đãi thuế TNDN theo pháp luật về đầu tư cần có 3 điều kiện (về ngành nghề, địa bàn và số lượng lao động sử dụng bình quân trong năm).Theo huớng dẫn mới, quy định bỏ điều kiện về số luợng lao động, để tạo thuận lợi cho DN dễ dàng đạt được ưu đãi, nhất là DN nhỏ và vừa, khi họ đầu tư vào lĩnh vực hoặc địa bàn cần thu hút. Những DN sử dụng trên 500 lao động thì được hưởng ưu đãi theo tiêu chuẩn lĩnh vực khuyễn khích đầu tư. Dự án sử dụng lao động nhiều hơn ( từ 5000 người trở lên) sẽ được hưởng ưu đãi theo tiêu chuẩn lĩnh vực đặt biệt khuyễn khích đầu tư.Các quy định mới cũng đã bổ sung thêm những trường hợp đầu tư mở rộng, đầu tư chiều sâu vào danh mục hưởng ưu đãi thuế.
Nghị định mới sử dụng các khái niệm danh mục lĩnh vực đặc biệt ưu đãi đầu tư, danh mục lĩnh vực ưu đãi đầu tư, danh mục địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội khó khăn và danh mục địa bàn có điều kiện đặc biệt khó khăn, thay cho các danh mục A, B, C; đồng thời thống nhất sử dụng các danh mục này khi xác định các ưu đãi thuế khác.Các sửa đổi làm tăng tính hấp dẫn, tính khả thi của cả mức ưu đãi thuế. Theo đó, ưu đãi cho dự án thành lập mới cơ sở kinh doanh tại địa bàn có điều kiện đặc biệt khó khăn được nâng lên bằng với mức ưu đãi mà dự án đầu tư vào lĩnh vực đặc biệt khuyến khích đầu tư đang được hưởng và áp dụng thống nhất với cá loại hình DN, không phân biệt DN trong nước, nước ngoài. Các chuyên gia này cho rằng, thực tế 10 năm qua các dự án đầu tư vàp vùng đặc biệt khó khăn chủ yếu là do các DN trong nước. Sửa theo hướng này sẽ có tác động mạnh đến thu hút đầu tư vào các vùng, miền cần định hướng phát triển, vừa tạo thêm cơ hội hỗ trợ cho các DN trong nước một cách hợp pháp.
Việc ưu đãi thuế đối với các khu công nghiệp, khu kinh tế và các trường hợp đặc biệt khuyến khích đầu tư vẫn được ưu đãi như trước, nhưng cách làm sẽ được minh bạch hơn. Những trường hợp này được đưa ngay vào danh mục ưu đãi đương nhiên, như các DN đáp ứng điều kiện về lĩnh vực và địa bàn ưu đãi đầu tư. Các trường hợp thật đặc biệt, vẫn được áp dụng như cũ.
Các vấn đề ưu đãi của Luật thuế TNDN liên quan đến hoạt động xuất khẩu, trái với quy định của WTO cũng được bãi bỏ và sắp xếp lại cho phù hợp. Các khoản ưu đãi mang tính chất trợ cấp XK (ưu đãi bổ sung về thuế TNDN gắn với thành tích xuất khẩu, hoặc khuyến khích sử dụng trong nước...) đều được bãi bỏ. Nghị định quy định cụ thể việc bảo lưu trong thời hạn 5 năm, đối với các DN chế xuất đang hưởng ưu đãi thuế gắn với điều kiện xuất khẩu (trừ dệt may); đồng thời chuyển những dự án thuộc diện này sang áp dụng ưu đãi thuế theo tiêu chuẩn ưu đãi về lĩnh vực, địa bàn.
Một số vấn đề khác (ví dụ các khoản chi phí hợp lý được phép trừ, khi xác định doanh thu chịu thuế, theo hướng tiếp cận chuẩn mực quốc tế) sẽ được thông tư hướng dẫn Nghị định này, quy định một cách cụ thể hơn. Các khoản phí, lệ phí nội địa cũng đã được sửa đổi cơ bản. Cũng theo kế hoạch, trong năm 2007, các dự án
Luật về thuế đã, đang và sẽ tiếp tục được khởi động nghiên cứu, trình Quốc hội như: Luật thuế Thu nhập cá nhân; Luật thuế sử dụng đất nông nghiệp, Pháp lệnh thuế nhà đất; nguyên cứu về thuế tài sản; Luật phí và lệ phí.