Hiện nay, trong quá trình thực hiện đề án cơ cấu lại QTDND của NHNN Việt Nam có một số điểm đáng lưu ý. Đó là mô hình hoạt động bao gồm cả QTDND cộng đồng và QTDND ngành nghề. Đối với những QTDND cơ sở yếu kém sẽ tập trung xử lý nợ xấu; xử lý dứt điểm các yếu kém, vi phạm pháp luật (có thể thu hồi giấy phép, giải thể). Các quỹ khác đang hoạt động bình thường thì tập trung nâng cao chất lượng tín dụng, năng lực quản trị, điều hành, an toàn thanh khoản và tuân thủ đúng pháp luật. QTDND tập trung cho vay vốn đối với các thành viên của quỹ và người nghèo.
Đối với QTDND Trung ương chuyển đổi hoạt động sang mô hình Ngân hàng Hợp tác xã, ngày 1/7/2013 Ngân hàng Hợp tác xã đã được thành lập.
Để duy trì, phát triển hệ thống QTDND trên địa bàn, Chi nhánh NHNN tỉnh đã đề ra định hướng phát triển đến năm 2020 là tiếp tục “đồng hành cùng tam nông”, góp phần chuyển dịch cơ cấu kinh tế, thực hiện mục tiêu “xóa đói, giảm nghèo”. Tăng cường các thể chế an toàn, tạo điều kiện cho QTDND phát triển; đẩy mạnh chấn chỉnh, củng cố và nâng cao mức độ an toàn, hiệu quả các QTDND hiện có; đảm bảo QTDND tuân thủ đúng theo quy định của pháp luật, tôn trọng nguyên tắc tự nguyện, tự chủ, tự chịu trách nhiệm, cùng có lợi…
Để thực hiện có hiệu quả mục tiêu trên, Chi nhánh NHNN tỉnh cũng đề ra một số giải pháp cụ thể, như Chi nhánh NHNN tỉnh sẽ phối hợp với các sở, ban, ngành có liên quan tham mưu UBND tỉnh xem xét miễn, giảm thuế thu nhập DN đối với hệ thống QTDND trên địa bàn; đồng thời tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra, giám sát chặt chẽ hoạt động của các QTDND để kịp thời phát hiện và xử lý các tồn tại, giúp các QTDND hoạt động an toàn, hiệu quả…
Đối với các QTDND đang hoạt động tốt, yêu cầu mà Chi nhánh NHNN tỉnh đặt ra là: Tiếp tục phát triển về quy mô, nâng cao chất lượng, hiệu quả hoạt động, đồng thời chú trọng đến chất lượng tín dụng, năng lực quản trị, điều hành, an toàn thanh khoản và tuân thủ đúng pháp luật. Đồng thời, các QTDND phải từng bước nâng cao năng lực tài chính theo hướng tăng vốn điều lệ, thu hút thêm thành viên mới trên cơ sở gắn kết giữa mở rộng nguồn vốn với hỗ trợ cho vay thành viên. Bên cạnh đó, các
QTDND phải nâng cao năng lực quản trị, điều hành, nhất là hệ thống kiểm soát nội bộ, chuẩn hóa các quy trình nghiệp vụ, kế toán…