Ngoài rủi ro tín dụng, loại rủi ro thứ hai có khả năng ảnh hưởng nghiêm trọng không chỉ đến lợi nhuận mà còn ảnh hưởng đến hoạt động của các NHTM là rủi ro thanh khoản. Đây là dạng rủi ro xuất hiện khi NHTM thiếu khả năng chi trả và không đáp ứng đủ nhu cầu tiền mặt của khách hàng do yếu kém trong việc chuyển đổi tài sản khác ra tiền. Không riêng đối với từng NHTM, rủi ro thanh khoản ảnh hưởng nghiêm trọng đến hoạt động của toàn bộ hệ thống NHTM. Nếu hoạt động quản trị rủi ro thanh khoản không tốt thì rủi ro thanh khoản của một NHTM có thể gây ra sự đổ vỡ của toàn bộ hệ thống NHTM Việt Nam.
Tỷ lệ thanh khoản được sử dụng để đánh giá hành vi của các NHTM khi chuẩn bị để ứng phó với nhu cầu thanh khoản trong hoạt động. Theo Nguyễn Minh Kiều (2013), tỷ lệ thanh khoản được xác định bằng tỷ số giữa các tài sản dự trữ trên nợ phải trả. Tài
27 sản dự trữ được định nghĩa là các tài sản có tính thanh khoản cao nên tài sản dự trữ được xác định là: tiền, tiền gửi tại NHNN và tiền gửi tại các TCTD.
Chỉ tiêu này được xác định bởi công thức:
𝑇ỷ 𝑙ệ 𝑡ℎ𝑎𝑛ℎ 𝑘ℎ𝑜ả𝑛 = 𝑇𝑖ề𝑛 + 𝑇𝑖ề𝑛 𝑔ử𝑖 𝑁𝐻𝑁𝑁 + 𝑇𝑖ề𝑛 𝑔ử𝑖 𝑐á𝑐 𝑇𝐶𝑇𝐷
𝑁ợ 𝑛𝑔ắ𝑛 ℎạ𝑛 𝑝ℎả𝑖 𝑡𝑟ả × 100 Các loại tài sản dự trữ có tính thanh khoản cao thì khả năng sinh lời trên các tài sản đó thấp. Tiền mặt tại quỹ của các NHTM không những không phát sinh thu nhập cho NHTM mà còn gánh chịu chi phí lãi phải trả của nguồn vốn huy động. Các loại tiền gửi tại NHNN và các TCTD khác tuy có khả năng tạo ra thu nhập cho NHTM nhưng tỷ lệ sinh lời thấp, chỉ có thể bù đắp một phần chi phí huy động vốn. Do đó, việc dự trữ nhiều tài sản có tính thanh khoản cao để phục vụ cho nhu cầu thanh khoản trong quá trình hoạt động kinh doanh của NHTM là một chi phí cơ hội khi sử dụng vốn của NHTM đó. Vì vậy, các NHTM phải chấp nhận đánh đổi giữa lợi nhuận kỳ vọng và sự an toàn.
Theo phân tích như trên, tỷ lệ thanh khoản càng cao thì khả năng sinh lời của NHTM càng giảm, từ đó dẫn đến hiệu quả hoạt động của các NHTM đánh giá theo tiêu chí ROA cũng giảm theo.