Bên cạnh những thành tựu và ưu điểm thì Trung tâm cũng còn những thiếu sót và nhược điểm.
Mặc dù được đầu tư về cơ sở vật chất nhưng hiện tại Trung tâm chưa vận dụng hết công năng của nó. Cụ thể là hiện nay phòng Lab của Trung tâm được trang bị đầy đủ tiện nghi để phục vụ cho việc giảng dạy môn ngoại ngữ nhưng hàng ngày việc sử dụng chưa được thường xuyên lắm. Thiếu sót này xuất phát từ khâu quản lý chưa chặt chẽ, kiểm tra, giám sát mới dừng lại ở
mức độ nhắc nhở chưa phê bình, rút kinh nghiệm, có thể mạnh hơn nữa là đánh vào xếp loại.
Hiện nay Trung tâm còn thiếu hẳn bộ phận thu thập thông tin dự báo nhu cầu của các doanh nghiệp, các đơn vị.
Trưởng Trung tâm vẫn còn e dè, chưa mạnh dạn trong việc đầu tư vốn, khả năng tài chính từ việc cổ đông hóa Trung tâm. Việc này là đòn bẩy thúc đẩy trách nhiệm của mỗi cá nhân với Trung tâm, tạo động cơ kích thích, thúc đẩy Trung tâm phát triển hơn nữa.
Nhân lực của Trung tâm eo hẹp dẫn đến việc thiếu sót trong quản lý các lớp học tại Viện hay việc tuyển sinh các lớp học có doanh thu với các doanh nghiệp chưa được chặt chẽ, hạn hẹp.
Đội ngũ giáo viên chưa được đồng bộ, một số giáo viên chưa theo kịp được với tình hình thực tiễn hiện nay.
Tính năng động và sáng tạo của Trung tâm hoạt động có hiệu quả chỉ đối với những năm trước, còn hiện nay bị trì trệ lại, nếu thời gian tới mà không linh hoạt thì sẽ không theo kịp được các yêu cầu phát triển của thị trường và xã hội.