Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Kinh tế Page 107 cạnh một số mặt tích cực đã bộc lộ một số tồn tại hạn chế: tổ chức và biên chế của các cơ quan quản lý hành chính không những không giảm, mà ngược lại luôn có xu hướng mở rộng và tăng biên chế; việc xác định và sử dụng kinh phí giao tự chủ trên cơ sở biên chế được cấp có thẩm quyền giao và định mức phân bổ ngân sách nhà nước tính trên biên chế, các khoản chi hoạt động nghiệp vụ đặc thù theo chế độ quy định. Do biên chế được giao còn mang tính chủ quan, chưa chính xác, mặt khác định mức chi chưa được điều chỉnh kịp thời nên việc phân bổ kinh phí giao thực hiện tự chủ còn chưa thật sự phù hợp, thiếu cơ sở. Nghị định còn quy định một số nội dung chi được giao khoán như văn phòng phẩm, điện thoại… nhưng vẫn phải có hóa đơn để hợp thức hóa chứng từ quyết toán; ngoài ra việc sử dụng một phần kinh phí tiết kiệm để chi tăng thu nhập cho CBCC nên dễ dẫn đến chất lượng, hiệu quả của hoạt động hành chính công bị hạn chế; phạm vi sử dụng kinh phí tiết kiệm để chi cho các hoạt động phúc lợi chưa quy định rõ…. Tuy Thủ tướng Chính phủ đã sửa đổi, bổ sung một số quy định trong Nghị định số 130/2005/NĐ-CP tại Nghị định số 117/2013/NĐ-CP ngày 07/10/2013 song xuất phát từ yêu cầu, thực tiễn nêu trên, kiến nghị với Thủ tướng Chính phủ tiếp tục sửa đổi, bổ sung Nghị định số 130/2005/NĐ-CP theo xu hướng phát triển và đặt ra yêu cầu cao hơn đối với cơ chế quản lý, cung cấp hàng hóa, dịch vụ công.
Xuất phát từ tính chất đặc thù của hoạt động DTQG: phải bảo quản an toàn tuyệt đối hàng DTQG được giao quản lý, xuất cấp kịp thời hàng đảm bảo tiêu chuẩn chất lượng như khi nhập kho theo các yêu cầu đột xuất, cấp bách của các cấp có thẩm quyền nhằm chủ động đáp ứng yêu cầu đột xuất, cấp bách về phòng, chống, khắc phục hậu quả thiên tai, thảm họa, hỏa hoạn, dịch bệnh; phục vụ quốc phòng, an ninh. Tuy nhiên, hàng năm, Bộ Tài chính chưa có kế hoạch ngân sách mua bù, mua tăng hàng DTQG luân phiên đổi hàng, xuất hàng cứu trợ dẫn đến Tổng cục DTNN chưa chủ động trong việc mua hàng, thường phải trình Bộ, trình Thủ tướng Chính phủ theo cơ chế xin cho khi có nhu cầu vốn, phí. Đồng thời, để đưa Luật DTQG vào cuộc sống, để đảm bảo thực hiện tốt các mục tiêu, nhiệm vụ để ra trong Chiến lược phát triển DTQG đến năm 2020 và tạo tính bền vững trong công tác quản lý tài chính, đề nghị Chính phủ ban hành
Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Kinh tế Page 108 cơ chế quản lý tài chính đặc thù riêng đối với hoạt động của Tổng cục DTNN trong năm 2015 để thực hiện cho giai đoạn 5 năm 2016- 2020 như đối với Kho bạc Nhà nước, Tổng cục Thuế, Tổng cục Hải quan, Ủy ban Chứng khoán Nhà nước, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam…