Cơ cấu sản xuất nông nghiệp mặc dù đã có những chuyển biến tích cực trong những năm gần đây nhưng chăn nuôi vẫn còn chiếm tỷ trọng thấp; chưa có các chính sách cụ thể khuyến khích phát triển cây, con theo các quy hoạch đã được phê duyệt nên việc chuyển dịch cơ cấu nông nghiệp nhiều nơi vẫn còn mang tính tự phát, làm theo phong trào dẫn đến hiệu quả kinh tế chưa cao.
Trình độ công nghệ trong sản xuất vẫn còn thấp, chất lượng nông sản chưa đồng đều, chưa đáp ứng được yêu cầu là nền sản xuất nông nghiệp hàng hóa có chất lượng cao.
Kết cấu hạ tầng phục vụ nông nghiệp, nông thôn vẫn còn yếu : chưa hình thành được các khu nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao vào sản xuất; hệ thống đường nội đồng ở một số nơi còn thiếu…
Hiện tượng nông dân bỏ ruộng đất hoang vẫn còn diễn ra, do hiệu quả sản xuất nông nghiệp thấp, do chi phí đầu vào lớn, có tâm lý chờ đợi các doanh nghiệp về mua đất hoặc thuê để hưởng tiền đền bù, trợ giúp… ở những vùng nằm trong dự án quy hoạch
Việc kết hợp giữa “bốn nhà ” (nhà nông, nhà doanh nghiệp (có cả ngân hàng), nhà nước và nhà khoa học) trong sản xuất, kinh doanh chưa tốt nên thị trường đầu ra, đầu vào của sản phẩm chưa được ổn định, so với các tỉnh lân cận và khu vực thì vẫn còn thấp. Vấn đề xây dựng thương hiệu cho nông sản phẩm còn nhiều vấn đề cần giải quyết.
Kinh nghiệm kinh doanh của nông dân, trang trại cán bộ nông nghiệp còn hạn chế, khả năng tiếp thị yếu. Các hộ nhỏ lẻ còn chậm trong tiếp cận tiến bộ kỹ thuật mới vào sản xuất.
Lực lượng lao động nông thôn đông, giá rẻ nhưng chất lượng chưa cao, nhất là về tay nghề, khả năng quản lý, tác phong công nghiệp.
Công tác quản lý vệ sinh an toàn thực phẩm chưa thực sự hiệu quả. Chưa xây dựng được quy trình, thủ tục quản lý, công nhận sản phẩm an toàn. Việc triển khai thực hiện quyết định 04/2007/QĐ-BNN của Bộ nông nghiệp và phát triển nông thôn về quản lý sản xuất và chứng nhận rau an toàn còn nhiều vướng mắc.
Giá cả biến động có xu hướng bất lợi cho người nông dân, giá đầu vào sản xuất nông nghiệp không giảm hoặc tăng nhanh, trong khi giá nông sản tăng ít, thậm chí còn giảm mạnh.
Vận dụng khoa học và công nghệ trong nông nghiệp chậm. Công tác nghiên cứu chuyển giao khoa học kỹ thuật còn nhiều bất cập. Hệ thống quản lý thủy nông, thú y, bảo vệ thực vật, giống cây trồng vật nuôi, vật tư nông nghiệp vẫn còn nhiều hạn chế.
Các thành phần kinh tế chưa đáp ứng được yêu cầu phát triển : Kinh tế tập thể hiệu quả chưa cao, chưa thực sự trở thành nền tảng cho sự phát triển kinh tế nông nghiệp, nông thôn; chưa có sự liên kết, liên doanh giữa doanh nghiệp và hộ nông dân; các thành phần kinh tế khác năng lực còn nhiều hạn chế.
Phát triển sản xuất, tăng trưởng kinh tế chưa gắn chặt với bảo vệ tài nguyên và môi trường.