Trong quản trị tài chính, vấn đề đại diện luôn chưa đứng mâu thuẫn tiềm tàng vềlợi ích giữa người tài trợ với người quản lý doanh nghiệp. Jenshen và Meckling (1976) cho rằng có hai dạng mâu thuẫn về đại diện: mâu thuẫn giữa người chủ sở hữu với nhà quản lý doanh nghiệp và mâu thuẫn giữa người chủ sở hữu với người chủ nợ.
Đối với mâu thuẫn giữa người chủ và người quản lý doanh nghiệp, vấn đề đại diện phát sinh khi người quản lý sở hữu ít hơn 100% phần vốn chủ sở hữu. Kết quả là người chủ sở hữu không giành được toàn bộ khoản lợi từ các hoạt động nâng cao lợi nhuận của doanh nghiệp mình, nhưng họ phải gánh chịu toàn bộ chi phí cho những hoạt động này. Để giảm thấp mâu thuẫn đại diện, người chủ sở hữu chấp nhận b ra chi phí đại diện, như các khoản chi để giám sát hoạt động (hoạt động kiểm toán), chi để cấu trúc lại tổ chức nhằm hạn chế các hành vi không mong muốn, và các chi phí cơ hội khi các cổ đông áp đặt các giới hạn cho ban quản lý.
Mâu thuẫn giữa người chủ nợ và người chủ doanh nghiệp xuất hiện trong các hợp đồng vay nợ, khi cân nhắc các mức vay nợ cho các khoản đầu tư. Cụ thể là, nếu một khoản đầu tư có thu nhập cao hơn giá trị của khoản nợ, người chủ doanh nghiệp sẽ hưởng toàn bộ khoản thu nhập này. Tuy nhiên, nếu khoản đầu tư đó không thành công, người chủ doanh nghiệp sẽ gánh chịu khoản thua lỗ này ở mức nào đó do trách nhiệm hữu hạn của khoản đầu tư. Kết quả là người chủ doanh nghiệp có thể bất lợi từ đầu tư vào những dự án có rủi ro cao. Do vậy, các chủ nợ thường đưa ra cơ chế tự bảo vệ mình thông qua xây dựng các điều khoản hạn chế trong các hợp đồng vay. Những điều khoản này cản trở hoạt động của các doanh nghiệp ở một vài
khía cạnh nào đó. Các doanh nghiệp còn bị giám sát để đảm bảo rằng các điều khoản phải được tuân thủ. Các chi phí trong trường hợp này được chuyển sang người chủ dưới hình thức các khoản chi phí nợ vay cao hơn.
Đối với các doanh nghiệp có qui mô nh , vấn đề đại diện trở nên nghiêm trọng hơn so với các doanh nghiệp lớn vì các doanh nghiệp nh không được yêu cầu công khai thông tin, do vậy dẫn đến những chi phí đáng kể khi cung cấp thông tin cho người bên ngoài.
Những nghiên cứu về chi phí đại diện cho thấy, tương tự như trường hợp chi phí kiệt quệ về tài chính, chi phí đại diện làm giảm lợi ích do sử dụng nợ để tài trợ. Trong mô hình này, Jenshen và Meckling (1976) cho rằng một cấu trúc vốn tối ưu có thể đạt được bằng việc cân đối giữa chi phí đại diện với lợi ích do sử dụng nợ. Lý thuyết về chi phí đại diện là một vấn đề đáng quan tâm đối với các doanh nghiệp nh vì chi phí đại diện phát sinh lớn hơn từ những mâu thuẫn cơ bản về lợi ích giữa người chủ sở hữu và các chủ nợ. Vấn đề đại diện cũng liên quan đến uy tín của doanh nghiệp và đến lượt nó cũng ảnh hưởng đến lựa chọn cấu trúc tài chính. Diamond (1989) cho rằng nếu doanh nghiệp có lịch sử thanh toán nợ tốt, uy tín của doanh nghiệp sẽ tăng lên, và chi phí l i vay sẽ thấp hơn. Do vậy, các doanh nghiệp lâu năm thường tìm các dự án an toàn để tránh mất uy tín của mình. Các doanh nghiệp mới, non trẻ với ít uy tín có thể chọn các dự án mang nhiều rủi ro. Nếu các doanh nghiệp non trẻ tồn tại mà không có những thất bại nào, họ dần dần chuyển sang các dự án an toàn. Kết quả là các doanh nghiệp lâu năm sẽ có tỷ lệ thất bại ít hơn và chi phí vay cũng thấp hơn các doanh nghiệp non trẻ.Việc mở rộng mô hình này là các doanh nghiệp trẻ sử dụng ít nợ hơn các doanh nghiệp lâu năm, giả sử các nhân tố khác không xem xét đến.
Nhìn chung, việc đưa chi phí kiệt quệ tài chính và chi phí đại diện vào mô hình thuế MM dẫn đến lý thuyết đánh đổi về cấu trúc vốn. Những mô hình này đều thừa nhận tồn tại một cấu trúc vốn tối ưu. Cấu trúc vốn tối ưu của một doanh nghiệp liên quan đến cân bằng giữa ảnh hưởng thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế thu nhập cá nhân với chi phí đại diện và chi phí kiệt quệ tài chính.