Về năng lực quản lý điều hành, Navibank chƣa cải tiến đƣợc cơ cấu tổ chức, quản lý và phân công phân nhiệm một cách khoa học, hệ thống, toàn diện và còn rất nhiều bất cập. Có nhiều vấn đề đƣợc giải quyết một cách tức thời, đối phó không có quy trình hƣớng dẫn cụ thể. Đặc biệt trong dịch vụ cho vay, việc giải quyết các hồ
sơ vay vốn còn rất chậm dẫn đến chất lƣợng dịch vụ kém. Ngoài ra, Navibank chƣa xây dựng đƣợc các phòng ban chuyên trách kiểm tra, giám sát, thu thập, xử lý thông tin và dự báo về những vấn đề quan trọng nhƣ tình hình lãi suất, nguy cơ,…cũng chính là nguyên nhân khiến cho việc quản lý, điều hành không chủ động, linh hoạt, không đƣa ra đƣợc các chính sách kịp thời, linh hoạt đáp ứng nhu cầu thị trƣờng, ngăn ngừa rủi ro.
Dịch vụ cung cấp còn đơn điệu do quy trình phát triển dịch vụ chƣa hoàn thiện, chƣa xác định đƣợc rõ ràng định hƣớng phát triển dịch vụ cũng nhƣ đối tƣợng khách hàng hƣớng đến. Tuy đã có bộ phận phát trển, nghiên cứu sản phẩm dịch vụ, nhƣng nguồn nhân lực ở bộ phận này trình độ nghiệp vụ còn kém, chƣa đủ năng lực đáp ứng công việc khiến cho Navibank gặp trở ngại trong việc phát triển sản phẩm dịch vụ mới.
Chất lƣợng cung cấp dịch vụ còn nhiều hạn chế do chƣa cải thiện đƣợc cơ sở vật chất, quy trình thủ tục giao dịch còn rƣờm rà, khách hàng phải ký quá nhiều giấy tờ khi thực hiện một giao dịch. Bên cạnh đó, đội ngũ nhân viên chƣa đƣợc đào tạo bài bản, chuyên nghiệp đáp ứng đúng nhu cầu công việc.
Về chính sách lãi suất, do cơ chế điều hành còn nhiều hạn chế nên chƣa tạo đƣợc tính cạnh tranh. Cụ thể đối với lãi suất huy động, vẫn còn điều chỉnh một cách thụ động theo xu hƣớng (tăng, giảm) và theo mức lãi suất tham khảo từ các ngân hàng khác. Đối với lãi suất cho vay, lãi suất cho vay của Navibank tƣơng đối cao so với các ngân hàng khác và việc điều chỉnh giảm lãi suất khi có sự thay đổi khung lãi suất cũng chậm hơn so với các ngân hàng khác.
Các chƣơng trình khuyến mãi đƣa ra hết sức nghèo nàn, đơn điệu, không có tính đột phá.
Về phát triển mạng lƣới hoạt động, do nguồn lực tài chính hiện nay còn hạn chế nên gây khó khăn trong việc đầu tƣ mở rộng về số lƣợng cũng nhƣ nâng cao chất lƣợng cơ sở hạ tầng tại các điểm giao dịch.
Hệ thống công nghệ thông tin chƣa đƣợc hoàn thiện triệt để do hạn chế về năng lực tài chính. Ngoài ra trình độ chuyên môn của đội ngũ sử dụng phần mềm cũng chƣa có sự đồng bộ, một số chƣa đạt tiêu chuẩn cần thiết nên chƣa phát huy hết hiệu quả hoạt động của chƣơng trình.
Thƣơng hiệu Navibank vẫn chƣa đƣợc biết đế rộng rãi do hệ thống Marketing hoạt động thiếu hiệu quả, khâu quảng bá chƣa đƣợc chú trọng. Đồng thời, Navibank chƣa có đặc thù riêng về dịch vụ để khách hàng có thể nhận biết so với các ngân hàng khác.