Các đơn vị sử dụng hệ thống tài khoản kế toán theo Quyết định số 19/2006/QĐ-BTC, theo đánh giá của các đơn vị hệ thống này đáp ứng đầy đủ yêu cầu quản lý và kiểm soát; phản ánh được đầy đủ các hoạt động kinh tế, tài chính phát sinh cũng như đáp ứng yêu cầu xử lý thông tin bằng các phương tiện tính toán thủ công hoặc thông qua máy tính; đáp ứng được nhu cầu quản lý của đơn vị
và của cơ quan quản lý nhà nước, do đó không cần bổ sung thêm tài khoản kế toán vào hệ thống tài khoản hiện tại.
Trên cơ sở các tài khoản cấp 1 có sẵn, các đơn vị đã bổ sung thêm tài khoản chi tiết cấp 2, tuy nhiên tập trung chủ yếu ở các tài khoản doanh thu, chi phí, công nợ. Tuy nhiên, tài khoản doanh thu, chi phí còn chưa theo dõi chi tiết đến từng hoạt động mà mới chỉ dừng lại ở phí, lệ phí chung. Các đơn vị chưa theo dõi chi tiết đối với tài khoản 211, 213 nên còn gặp khó khăn trong vấn đề hạch toán và theo dõi tài sản cố định, khấu hao cũng như hao mòn TSCĐ. Đặc biệt là đối với quản lý TSCĐ, các đơn vị quản lý còn lỏng lẻo, không có hồ sơ theo dõi riêng TSCĐ, chỉ quản lý trên sổ sách dẫn đến không quản lý được hiệu quả sử dụng của thiết bị, không có sổ, thẻ TSCĐ. Đối với hạch toán hao mòn tài sản cố định, vì là hao mòn mất đi nên các đơn vị không quan tâm đến việc thu hồi giá trị để tái đầu tư TSCĐ.
Đối với các công cụ, dụng cụ văn phòng được cấp hoặc mua sắm, các đơn vị không hạch toán qua tài khoản 153 mà hạch toán trực tiếp vào chi phí (tài khoản 661) gây khó khăn cho việc quản lý và kiểm kê công cụ dụng cụ dẫn đến xảy ra thất thoát công cụ dụng cụ của đơn vị. Vì không quản lý chặt chẽ TSCĐ và công cụ nên đơn vị chưa phản ánh được chi tiết số hư hỏng, thanh lý TSCĐ vào BCTC. Có TSCĐ, công cụ dụng cụ bị hư hỏng nhưng không báo với phòng kế toán, không có quyết định thanh lý nên dẫn đến sai lệch giữa số liệu thực tế và số liệu kế toán mà không tìm được nguyên nhân sai lệch.
Các đơn vị đều có thuê giáo viên thỉnh giảng nhưng khi thanh toán tiền công giảng dạy chỉ đưa trực tiếp vào tài khoản chi phí và tài khoản tiền mặt hoặc tiền gửi, không thông qua tài khoản theo dõi riêng nên còn gặp khó khăn khi tổng hợp các khoản chi phí thuê ngoài.
Qua khảo sát cho thấy, hệ thống tài khoản kế toán được sử dụng hiện nay tại các đơn vị đã góp phần ghi nhận, phản ánh thường xuyên, liên tục về tình hình hoạt động của các trường. Tuy nhiên, hệ thống tài khoản này chủ yếu phục vụ cho mục đích báo cáo cấp trên và báo cáo hoạt động chung của toàn đơn vị, phục vụ
thông tin kế toán tài chính, chưa quan tâm đến nhu cầu cung cấp thông tin phục vụ cho quản lý nội bộ, đây là thông tin quan trọng khi đơn vị thực hiện tự chủ về tài chính theo Nghị định số 43/2006/NĐ-CP.