* Về cơ chế quản lý tài chính
Khi chuyển sang cơ chế tự chủ về tài chính, nguồn kinh phí thường xuyên do ngân sách cấp ngày càng có xu hướng giảm dần, nguồn thu học phí dần trở thành nguồn thu chủ yếu của đơn vị. Tuy nhiên, mức học phí áp dụng thu hiện nay phải thực hiện theo quy định của Bộ GD&ĐT, thêm vào đó Chính phủ cũng có những thông tư, nghị định mở rộng đối tượng miễn giảm học phí, điều này làm cho các trường ở vào thế bị động trong việc xác định nguồn thu, ảnh hưởng không nhỏ đến việc cân đối thu chi của đơn vị.
Một số trường chưa xây dựng được QCCTNB cho đơn vị mình. Một số trường đã có QCCTNB nhưng việc xây dựng và thực hiện QCCTNB của hầu hết các đơn vị hiện nay chưa thật sự triệt để, mới chỉ mang tính hình thức và chưa được cập nhật kịp thời khi có sự thay đổi định mức chi theo quy định của pháp luật. QCCTNB cũng chưa thực sự khuyến khích, động viên được sức lao động,
việc chi trả thu nhập tăng thêm vẫn còn mang tính bình quân, cơ chế thu hút người có năng lực còn chưa rõ ràng.
Việc xây dựng dự toán hàng năm còn cảm tính, chưa thực sự căn cứ trên nhu cầu thực tế, luôn mang tính xây dựng định mức ở mức cao nhất. Việc xây dựng dự toán kinh phí ổn định trong 3 năm còn gặp nhiều khó khăn khi hầu hết các trường cũng bị ảnh hưởng bởi tỷ lệ tăng trưởng kinh tế. Các chế độ, chính sách của Nhà nước thường xuyên thay đổi, định mức tiền lương nhà nước cũng thay đổi làm ảnh hưởng đến dự toán kinh phí.
Hầu hết các đơn vị đều là ĐVSN tự bảo đảm một phần chi phí hoạt động nên trên thực tế các đơn vị vẫn còn mang nặng tâm lý ỷ lại nên chưa có đơn vị nào chú trọng đến việc xây dựng hệ thống kế toán quản trị để đáp ứng nhu cầu quản lý của lãnh đạo đơn vị, tối thiểu hoá chi phí, gia tăng nguồn thu nhưng vẫn đảm bảo chất lượng đào tạo của đơn vị.
Chưa có đơn vị nào xây dựng được định mức chi thực tế theo từng ngành đào tạo tại đơn vị mình. Mức chi hiện nay vẫn thực hiện theo quy định, từ đó không có kế hoạch tiết kiệm chi phí cho đơn vị.
* Về tổ chức công tác kế toán
Bên cạnh những kết quả đạt được, công tác kế toán tại các trường trung cấp, cao đẳng trên địa bàn tỉnh Bình Phước vẫn còn tồn tại một số mặt hạn chế như sau:
Vẫn còn những tồn tại trong việc kê khai và quyết toán thuế được phát hiện qua thanh tra, kiểm tra. Có đơn vị không cập nhật kịp thời mức thuế suất khi nộp thuế theo tỷ lệ ấn định trên doanh thu dẫn đến mức nộp thực tế cao hơn mức phải nộp. Việc kê khai thuế vẫn còn chưa kịp thời, chủ yếu ước lượng theo hàng tháng để kê khai và nộp thuế, cuối năm mới quyết toán, dẫn đến phát sinh khoản phạt chậm nộp.
Nhiệm vụ của kế toán tại các đơn vị hiện nay chủ yếu là thực hiện công tác kế toán tài chính mà chưa quan tâm đến nội dung sử dụng thông tin kế toán để phân tích tình hình tài chính và thực hiện kế toán quản trị tại đơn vị. Các báo cáo
của đơn vị mới chỉ dừng lại ở việc thống kê số liệu, chưa phân tích được tình hình sử dụng nguồn kinh phí cũng như tình hình sử dụng chi phí, tiết kiệm chi phí. Bộ phận kế toán vẫn còn thụ động trong việc đề xuất các ý kiến để giúp lãnh đạo đơn vị nắm bắt thông tin và đưa ra các quyết định phù hợp mà chủ yếu là tạo lập hệ thống thông tin phục vụ chủ yếu cho việc lập báo cáo kế toán. Việc lập các báo cáo bộ phận, xây dựng hệ thống phân tích thông tin phục vụ ra quyết định không được coi là nhiệm vụ thường xuyên của bộ máy kế toán.
Các đơn vị vẫn chưa xây dựng cũng như ban hành các hướng dẫn về thủ tục thanh quyết toán áp dụng tại đơn vị mình gây khó khăn cho các bộ phận trong việc chuẩn bị các chứng từ kế toán khi muốn thanh quyết toán.
Việc thu học phí của các đơn vị chủ yếu vẫn thực hiện bằng tay do kế toán viên và thủ quỹ thực hiện tại phòng kế toán, chưa thực hiện thu qua ngân hàng, việc quản lý các khoản thu chưa chặt chẽ.
Hệ thống tài khoản kế toán được sử dụng vẫn còn nảy sinh một số vấn đề chưa hợp lý. Các đơn vị chưa theo dõi được kết quả của từng loại hoạt động tại đơn vị, vẫn còn hạch toán chung thu và chi của tất cả các hoạt động. Cuối kỳ, kết chuyển chi phí tính chênh lệch thu chi toàn trường chứ chưa xác định được chênh lệch thu chi của từng loại hoạt động.
Hệ thống báo cáo kế toán ở các đơn vị chỉ bao gồm báo cáo tài chính và quyết toán ngân sách nên mang tính pháp lệnh cao. Một số báo cáo như bảng cân đối kế toán, thuyết minh báo cáo tài chính chưa phát huy được hiệu quả cung cấp thông tin về tình hình hoạt động và tình hình tài chính của đơn vị.
Lãnh đạo đơn vị chưa thực sự quan tâm đến công tác quản lý tài chính, chưa thực sự thấu hiểu ý nghĩa của các số liệu tài chính nên các chưa đưa ra được các quyết định tài chính kịp thời.