Đặc điểm dịch tễ bệnh cúm gia cầm tại việt nam giai đoạn 2015 2018 luận văn thạc sĩ nông nghiệp

HỌC VIỆN NƠNG NGHIỆP VIỆT NAM HỒNG MẠNH TIẾN ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ BỆNH CÚM GIA CẦM TẠI VIỆT NAM GIAI ĐOẠN 2015 – 2018 Ngành: Dịch tễ học thú y Mã số: 8640101 Người hướng dẫn khoa học: PGS.TS Phạm Ngọc Thạch TS Phan Quang Minh NHÀ XUẤT BẢN HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP - 2019 LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng tôi, kết nghiên cứu trình bày luận văn trung thực, khách quan chưa dùng để bảo vệ lấy học vị Tôi xin cam đoan giúp đỡ cho việc thực luận văn cám ơn, thơng tin trích dẫn luận văn rõ nguồn gốc Hà Nội, ngày tháng năm 2019 Tác giả luận văn Hoàng Mạnh Tiến i LỜI CẢM ƠN Trong trình học tập, nghiên cứu hồn thành luận văn, tơi nhận hướng dẫn, bảo tận tình thầy cô giáo, giúp đỡ, động viên bạn bè, đồng nghiệp gia đình Tơi xin bày tỏ lịng kính trọng biết ơn sâu sắc đến PGS TS Phạm Ngọc Thạch TS Phan Quang Minh tận tình hướng dẫn, dành nhiều cơng sức, thời gian tạo điều kiện cho tơi suốt q trình học tập thực đề tài Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành tới Ban Giám đốc, Ban Quản lý đào tạo, Bộ môn Nội – Chẩn – Dược – Độc chất, Khoa Thú y, Học viện Nông nghiệp Việt Nam tận tình giúp đỡ tơi q trình học tập, thực đề tài hồn thành luận văn Tôi xin chân thành cảm ơn tập thể Lãnh đạo Cục Thú y, Lãnh đạo cán phòng Dịch tễ thú y - Cục Thú y, Trung tâm Chẩn đoán thú y Trung ương, Chi cục Thú y vùng tổ chức quốc tế (CDC, FAO) giúp đỡ, tạo điều kiện, chia sẻ thơng tin cho tơi suốt q trình thực đề tài Xin chân thành cảm ơn gia đình, người thân, bạn bè, đồng nghiệp tạo điều kiện thuận lợi giúp đỡ mặt, động viên khuyến khích tơi hồn thành luận văn./ Hà Nội, ngày tháng năm 2019 Tác giả luận văn Hoàng Mạnh Tiến ii MỤC LỤC Lời cam đoan i Lời cảm ơn ii Mục lục iii Danh mục chữ viết tắt vi Danh mục bảng vii Danh mục hình viii Trích yếu luận văn ix Thesis abstract x Phần Mở đầu 1.1 Tính cấp thiết đề tài 1.2 Mục tiêu nghiên cứu 1.3 Phạm vi nghiên cứu 1.4 Những đóng góp mới, ý nghĩa khoa học thực tiễn Phần Tổng quan tài liệu 2.1 Giới thiệu bệnh CGC 2.1.1 Khái niệm bệnh CGC 2.1.2 Lịch sử bệnh 2.2 Vi rút gây bệnh CGC 11 2.2.1 Hình thái, cấu trúc vi rút CGC 11 2.2.2 Cấu trúc vi rút cúm type A 11 2.2.3 Đặc tính kháng nguyên vi rút cúm type A 13 2.2.4 Thành phần hóa học 15 2.2.5 Quá trình nhân lên tác động gây bệnh vi rút 15 2.2.6 Độc lực vi rút 15 2.2.7 Danh pháp 17 2.2.8 Phân loại vi rút 17 2.2.9 Nuôi cấy lưu giữ vi rút cúm gà 18 2.2.10 Miễn dịch chống bệnh CGC 18 2.3 Dịch tễ học bệnh CGC 19 2.3.1 Phân bố dịch 19 iii 2.3.2 Động vật cảm nhiễm 19 2.3.3 Động vật mang vi rút 19 2.3.4 Sự truyền lây 20 2.3.5 Sức đề kháng vi rút cúm 21 2.4 Triệu chứng, bệnh tích bệnh CGC 21 2.4.1 Triệu chứng lâm sàng bệnh CGC 21 2.4.2 Bệnh tích đại thể, vi thể bệnh CGC 21 2.5 Chẩn đoán bệnh 22 2.6 Kiểm soát bệnh 23 2.7 Nghiên cứu nước bệnh CGC 24 2.8 Một số phương pháp nghiên cứu dịch tễ học 25 2.8.1 Nghiên cứu cắt ngang (Cross-sectional study) 25 2.8.2 Nghiên cứu tập (Cohort study) 26 Phần Vật liệu nội dung phƣơng pháp nghiên cứu 28 3.1 Địa điểm nghiên cứu 28 3.2 Thời gian nghiên cứu 28 3.3 Nội dung nghiên cứu 28 3.3.1 Nghiên cứu số đặc điểm dịch tễ bệnh CGC xảy Việt Nam giai đoạn 2015 - 2018 28 3.3.2 Xác định mức độ lưu hành vi rút CGC Việt Nam giai đoạn 2015 - 2018 28 3.4 Đối tượng vật liệu nghiên cứu 29 3.4.1 Đối tượng nghiên cứu 29 3.4.2 Vật liệu nghiên cứu 29 3.5 Phương pháp nghiên cứu 29 3.5.1 Nghiên cứu số đặc điểm dịch tễ bệnh CGC Việt Nam giai đoạn 2015 - 2018 29 3.5.2 Phương pháp xác định mức độ lưu hành chủng vi rút CGC A/H5 Việt Nam 30 3.5.3 Phương pháp xử lý số liệu 30 Phần Kết thảo luận 31 4.1 Một số đặc điểm dịch tễ mô tả bệnh CGC xảy Việt Nam giai đoạn 2015 – 2018 31 iv 4.1.1 Tình hình dịch CGC giai đoạn 2015-2018 31 4.1.2 Đặc điểm loài gia cầm mắc bệnh 32 4.1.3 Đặc điểm bệnh CGC theo thời gian giai đoạn 2015 - 2018 37 4.1.4 Đặc điểm bệnh CGC theo không gian giai đoạn 2015 - 2018 38 4.2 Dịch tễ học phân tử chủng vi rút CGC A/h5 lưu hành Việt Nam 42 4.2.1 Kết nghiên cứu lấy mẫu giám sát giải trình tự gen 42 Phần Kết luận kiến nghị 49 5.1 Kết luận 49 5.2 Kiến nghị 50 Tài liệu tham khảo 52 v DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Nghĩa tiếng Việt CDC (Centers for Disease Control and Prevention) Trung tâm kiểm soát phòng ngừa dịch bệnh CGC (Avian influenza) Cúm gia cầm CI (Confidence Interval) CS (Partner) Mức độ tin cậy Cộng DNA (Acid Deoxyribo Nucleic) Axit deoxyribonucleic EDR (Estimated Dissemination Ratio) Tỷ lệ phổ biến ước tính ELIsA (Enzyme Linked immunosorbent assay) Enzyme Liên kết xét nghiệm miễn dịch hấp thụ HA (Haemagglutination assay) Phản ứng ngưng kết hồng cầu HPAI (Highly pathogenic avian influenza) Highly pathogenic avian influenza IVPI Chỉ số gây bệnh tiêm qua đường tĩnh mạch FAO (The Food and Agriculture Organization of the United Nations ) Tổ chức Lương thực Nông nghiệp Liên Hợp Quốc LPAI (Low pathogenic avian influenza) Cúm gia cầm độc lực thấp NN&PTNT Nông nghiệp Phát triển nông thôn OIE (World Organisation for Animal Health) Tổ chức Thú y Thế giới RNA (Ribonucleic Acid) Axit Ribonucleic RT-PCR (Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction) Phản ứng chuỗi polymerase phiên mã ngược USD (US Dollar) Đô la Mỹ USAID (The United States Agency for International Development) Cơ quan phát triển quốc tế Hoa Kỳ WRL (World Reference Laboratory) Phịng thí nghiệm tham chiếu giới WHO (World Health Organization) WTO (World Trade Organization) Tổ chức Y tế Thế giớWorld Tổ chức thương mại vi DANH MỤC BẢNG Bảng 4.1 Tình hình dịch dịch CGC giai đoạn 2015 - 2018 31 Bảng 4.2 Số ổ dịch tỷ lệ mắc bệnh CGC loài gia cầm giai đoạn 2015 – 2018 32 Bảng 4.3 Bảng tổng hợp loài gia cầm bị chết tiêu hủy bệnh CGC giai đoạn 2015 – 2018 33 Bảng 4.4 Số ổ dịch tỷ lệ mắc theo phương thức chăn nuôi 36 Bảng 4.5 Tổng hợp tình hình thiệt hại bệnh CGC theo vùng sinh thái 42 Bảng 4.6 Danh mục vi rút thu thập từ tháng đến tháng Việt Nam năm 2018 44 vii DANH MỤC HÌNH Hình 2.1 Bản đồ phân bố dịch CGC giới năm 2019 Hình 2.2 Cấu tạo vi rút CGC 14 Hình 4.1 So sánh tỷ lệ mắc bệnh CGC loài năm 2015 33 Hình 4.2 So sánh tỷ lệ mắc bệnh CGC loài năm 2016 34 Hình 4.3 So sánh tỷ lệ mắc bệnh CGC loài năm 2017 34 Hình 4.4 So sánh tỷ lệ mắc bệnh CGC loài năm 2018 35 Hình 4.5 So sánh tỷ lệ mắc bệnh CGC theo loài giai đoạn 2015 – 2018 35 Hình 4.6 Tần suất ổ dịch CGC theo thời gian từ năm 2015 đến năm 2019 37 Hình 4.7 Đồ thị diễn biến ổ dịch CGC theo thời gian từ năm 2015 đến ngày 01/01/2019 38 Hình 4.1 So sánh tỷ lệ mắc vi rút CGC A/H5N1 A/H5N6 qua năm 2015 đến 2018 43 Hình 4.9 Sự phân bố số lượng gia cầm bị tiêu hủy CGC A/H5N1 A/H5N6 giai đoạn 2015-2018 40 Hình 4.10 Cây phả hệ vi rút CGC subtype H5 lưu hành qua năm 20162018 Việt Nam 45 Hình 4.11 Cây phả hệ vi rút CGC subtype H5 2.3.2.1c lưu hành qua năm 2016-2018 Việt Nam 46 Hình 4.12 Cây phả hệ nhánh vi rút CGC subtype H5 2.3.4.4a 2.3.4.4b lưu hành qua năm 2016-2018 Việt Nam 47 viii TRÍCH YẾU LUẬN VĂN Tên tác giả: Hoàng Mạnh Tiến Tên Luận văn: Đặc điểm dịch tễ bệnh Cúm gia cầm Việt Nam giai đoạn 2015 - 2018 Ngành: Dịch tễ học thú y Mã số: 8640101 Tên sở đào tạo: Học viện Nơng nghiệp Việt Nam Mục đích nghiên cứu Phân tích đặc điểm dịch tễ học mơ tả (khơng gian, thời gian, đối tượng mắc bệnh) bệnh CGC Việt Nam giai đoạn 2015 -2018 xác định số đặc điểm dịch tễ học phân tử chủng nhánh (clade) vi rút CGC Phƣơng pháp nghiên cứu sử dụng phương pháp dịch tễ học hồi cứu (retrospective cohort study) để tổng hợp phân tích đặc điểm dịch tễ mô tả không gian, thời gian, đối tượng gia cầm mắc bệnh, phương thức chăn ni đơn ghép lồi ổ dịch CGC xảy từ năm 2015 - 2018 sở kết giải trình tự gen phịng thị nghiệm nước ngồi nước phân tích gây dựng phả hệ thể biến chủng vi rút CGC Việt Nam qua năm từ 2015 - 2018 Kết kết luận Dịch Cúm gia cầm xảy nhiều gà 69,3% (95% CI: 62,7 - 75,3), sau vịt 45,9% (95% CI: 39,1-52,7) ni ghép nhiều lồi gia cầm 10,1% (95% CI: 6,4 - 14,9); Dịch bệnh CGC xảy rác tháng năm liên tục năm (2015 - 2018), với tỷ lệ mắc CGC cao vào mùa Xuân (65%), mùa Đông 30,2%, mùa Hè 2,5% mùa Thu 2,3%; Dịch bệnh CGC phân bố dịch bệnh tập trung nhiều tỉnh quanh lưu vực sông Hồng đồng sơng Cửu Long nơi có mật độ chăn nuôi gia cầm cao Vi rút Cúm gia cầm lưu hành gây bệnh Việt Nam từ năm 2015 đến 2018 thuộc subtype H5N1, clade 2.3.2.1c subtype H5N6, clade 2.3.4.4a 2.3.4.4b ix Trong năm 2015, ổ dịch CGC xuất rải rác, tỉnh xuất 1-2 hộ có dịch,dịch CGC xảy hộ chăn ni gia cầm nhỏ lẻ có quy mơ từ vài trăm đến khoảng nghìn gia cầm Các ổ dịch CGC A/H5N6 chủ yếu xảy khu vực phía Bắc Bắc Trung bộ, ổ dịch CGC A/H5N1 xảy chủ yếu khu vực phía Nam Dịch CGC A/H5N1: xuất 54 xã, phường 27 huyện, thị xã thuộc 16 tỉnh, thành phố (Bà Rịa-Vũng Tàu, Cà Mau, Đắk Lắk, Đắk Nơng, Hà Tĩnh, Hải Phịng, Kon Tum, Long An, Nghệ An, Ninh Thuận, Sóc Trăng, Thanh Hóa, Thành phố Cần Thơ, Tiền Giang, Trà Vinh, Vĩnh Long) Dịch CGC A/H5N6: xuất 24 xã, phường 19 huyện, thị xã thuộc 13 tỉnh, thành phố (Đắk Nơng, Hà Nam, Hải Phịng, Lai châu, Lào Cai, Nam Định, Nghệ An, Quảng Nam, Quảng Ngãi, Quảng Ninh, Sơn La, Thái Bình, Tuyên Quang) Năm 2016: Các ổ CGC A/H5N6 xảy 11 xã, phường 10 huyện, thị xã thuộc 09 tỉnh, thành phố (Bắc Ninh, Khánh Hòa, Kon Tum, Lạng Sơn, Nghệ An, Quảng Ngãi, Quảng Ninh, Thái Bình, Tuyên Quang), chủ yếu khu vực phía Bắc Bắc Trung bộ, ổ dịch H5N1 xảy 28 xã, phường 20 huyện, thị xã thuộc 03 tỉnh, thành phố (Bến Tre, Bình Phước, Cà Mau, Đắk Lắk, Hà Nam, Kiên Giang, Nam Định, Nghệ An, Sóc Trăn,g Sơn La, Thành phố Cần Thơ, Tiền Giang, Trà Vinh), chủ yếu khu vực phía Nam Năm 2017, xảy 34 ổ dịch CGC A/H5N1 46 huyện thuộc 24 tỉnh, thành phố (An Giang, Bạc Liêu, Bắc Ninh, Bình Dương, Cao Bằng, Đắk Lắk, Đắk Nông, Đồng Nai, Hà Nam, Hà Tĩnh, Hậu Giang, Khánh Hịa, Nam Định, Nghệ An, Ninh Bình, Quảng Ninh, Sóc Trăng, Tây Ninh, Thái Bình, Thái Ngun, Thành phố Cần Thơ, Tiền Giang, Trà Vinh, Vĩnh Long) Và 13 ổ dịch CGC A/H5N6 tai 09 tỉnh (Cao Bằng, Đắk Lắk, Hà Tĩnh, Khánh Hòa, Kon Tum, Quảng Ngãi, Quảng Ninh, Quảng Trị, Thừa Thiên Huế) Năm 2018, nước xảy 17 ổ dịch CGC A/H5N6 12 tỉnh, thành phố (Cao Bằng, Đắk Lắk, Hải Phòng, Khánh Hòa, Lào Cai, Long An, Nam Định, Nghệ An, Ninh Bình, Phú n, Tiền Giang, Vĩnh Phúc); có 08 ổ dịch CGC A/H5N1 06 tỉnh (Hải Phòng, Kiên Giang, Long An, Quảng Ninh, Sóc Trăng, Vĩnh Long) Căn vào mức độ thiệt hại, từ năm 2015 đến năm 2018 nước xảy 41 186 ổ dịch số gia cầm mắc bệnh chết tiêu hủy 460,359 phần lớn phân bố tập chung chủ yếu khu Đồng Sông Cửu Long, Bắc Trung Bộ Nam Trung với số ổ dịch từ hộ nhỏ lẻ, phương thức chăn nuôi đơn giản bán chăn thả Tại Đông Nam Bộ số lượng ổ dịch xảy 05 ổ dịch số lượng tiêu gia cầm chết tiêu hủy lơn so với vùng khác 64,320 gia cầm, đa số hộ chăn nuôi, trang trại chăn nuôi với số lượng gia cầm lớn, chăn ni theo hướng cơng nghiệp, cơng tác phịng, chống dịch có phần đẩy cao nên ổ dịch xảy vùng khác Bảng 4.5 Tổng hợp tình hình thiệt hại bệnh CGC theo vùng sinh thái Vùng sinh thái Số tỉnh có dịch CGC Số xã có dịch CGC Số gia cầm mắc bệnh tiêu hủy Vùng núi trung du phía Bắc 24 43.996 Đồng sông Hồng 25 62.607 Bắc Trung 31 44.332 Nam Trung 16 72.320 Tây Nguyên 16 27.662 Đông Nam 5 64.320 Đồng sông Cửu Long 12 69 145.122 45 186 460.359 Tổng 4.2 DỊCH TỄ HỌC PHÂN TỬ CÁC CHỦNG VI RÚT CGC A/H5 LƢU HÀNH TẠI VIỆT NAM 4.2.1 Kết nghiên cứu lấy mẫu giám sát giải trình tự gen Căn theo kết xét nghiệm năm 2018 Trung tâm Chẩn đoán Cơ quan Thú y (RAHO1 ,2 ,3 , 6), dịch CGC A/H5N1 A/H5N6 phát tỉnh thành miền Bắc, miền Trung Ở Miền Nam có ổ dịch vi rút CGC A/H5N6 gây Theo thông tin qua phiếu gửi mẫu bệnh phẩm, ổ dịch CGC xảy gia cầm có qui mơ đàn từ vài trăm đến vài nghìn (