Nghiên cứu đặc tính kháng kháng sinh và mối liên hệ kiểu gen của các chủng pseudomonas aeruginosa phân lập tại bệnh viện việt đức

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN Vũ Thị Thu Hiền NGHIÊN CỨU ĐẶC TÍNH KHÁNG KHÁNG SINH VÀ MỐI LIÊN HỆ KIỂU GEN CỦA CÁC CHỦNG Pseudomonas aeruginosa PHÂN LẬP TẠI BỆNH VIỆN VIỆT ĐỨC LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC HÀ NỘI - 2018 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN Vũ Thị Thu Hiền NGHIÊN CỨU ĐẶC TÍNH KHÁNG KHÁNG SINH VÀ MỐI LIÊN HỆ KIỂU GEN CỦA CÁC CHỦNG Pseudomonas aeruginosa PHÂN LẬP TẠI BỆNH VIỆN VIỆT ĐỨC Chuyên ngành: Vi sinh vật học Mã số: 8420101.07 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: TS.BS TRẦN HUY HOÀNG PGS.TS BÙI THỊ VIỆT HÀ HÀ NỘI - 2018 LỜI CẢM ƠN Lời đầu tiên, xin bày tỏ biết ơn chân thành sâu sắc tới TS.BS Trần Huy Hoàng, Trưởng Phịng Thí nghiệm Kháng sinh, Khoa Vi khuẩn, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương, người trực tiếp hướng dẫn tơi cơng việc thí nghiệm Thầy tận tình hướng dẫn, dạy bảo cho tơi hiểu biết lĩnh vực nghiên cứu chuyên sâu vi khuẩn tạo điều kiện thuận lợi để tiến hành cơng việc thí nghiệm cách tốt hồn thành luận văn Tơi xin chân thành cảm ơn tới PGS.TS Bùi Thị Việt Hà, Bộ môn Vi sinh vật học, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, giáo viên đồng hướng dẫn Cô dạy dỗ, giúp đỡ, đưa lời khuyên góp ý quan trọng cho tơi suốt q trình học tập để tơi hồn thành luận văn cách tốt Tôi xin chân thành cảm ơn đến thầy cô giáo Bộ môn Vi sinh vật học, Khoa Sinh học, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên dạy cho kiến thức sinh học để tơi hồn thành cơng việc nghiên cứu tốt Để hồn thành luận văn này, tơi xin gửi lời cảm ơn chân thành tới anh chị, bạn bè đồng nghiệp Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương giúp đỡ, dẫn, khuyên bảo suốt q trình học tập thực thí nghiệm để tơi hồn thành cơng việc cách thuận lợi Cuối muốn gửi lời biết ơn sâu sắc tới gia đình, anh chị, bạn bè sát cánh bên tôi, động viên tôi, tiếp thêm cho sức mạnh lúc tơi gặp khó khăn sống học tập để vững vàng bước đường chọn Hà Nội, ngày tháng 10 năm 2018 Tác giả Vũ Thị Thu Hiền MỤC LỤC MỞ ĐẦU CHƢƠNG 1: TỔNG QUAN 1.1 Tổng quan kháng sinh 1.1.1 Khái niệm kháng sinh 1.1.2 Sự kháng kháng sinh (đề kháng) vi khuẩn 1.1.2.1 Sự phát triển đặc tính kháng kháng sinh vi khuẩn 1.1.2.2 Phân loại đề kháng 1.1.3 Cơ chế kháng kháng sinh vi khuẩn 1.1.3.1 Thay đổi đích tác ̣ng 1.1.3.2 Tạo enzym 1.1.3.3 Giảm tính thấm màng nguyên sinh chất 1.1.4 Thực trạng kháng kháng sinh vi khuẩn Gram âm 1.2 Một số nét Pseudomonas aeruginosa 1.2.1 Đặc điểm vi sinh vật 1.2.2 Nhiễm trùng lâm sàng P aeruginosa gây 11 1.2.3 Khả gây bệnh 12 1.2.4 Độc lực 13 1.2.4.1 Các yếu tố hỗ trợ cho gắn kết P aeruginosa vào tế bào vật chủ 13 1.2.4.2 Các yếu tố hỗ trợ xâm nhập P aeruginosa vào mô ức chế đáp ứng miễn dịch vật chủ 13 1.2.5 Cơ chế kháng kháng sinh 16 1.2.5.1 Kháng trung gian qua porin màng 16 1.2.5.2 Kháng kháng sinh thông qua hệ thống bơm đẩy 17 1.2.5.3 Thay đổi đích tác động 21 1.2.5.4 Sản sinh enzym phân hủy kháng sinh 21 1.2.5.5 Cơ chế kháng việc hình thành màng sinh học-biofilm 24 1.2.6 Tình hình kháng kháng sinh P aeruginosa 24 1.2.6.1 Tình hình kháng kháng sinh P aeruginosa giới 24 1.2.6.2 Tình hình kháng kháng sinh P aeruginosa Việt Nam 26 1.2.7 Các kĩ thuật thử nghiệm tính nhạy cảm kháng sinh P aeruginosa 27 1.2.7.1 Kỹ thuật khoanh giấy kháng sinh khuếch tán thạch 27 1.2.7.2 Kỹ thuật xác định nồng độ ức chế tối thiểu (MIC) 28 1.2.7.3 Kỹ thuật E-test 28 1.2.8 Các kĩ thuật sinh học phân tử xác định kiểu gen P aeruginosa 28 1.2.8.1 Kĩ thuật RAPD-PCR (Random amplified polymorphic ADN fingerprinting) 28 1.2.8.2 Kĩ thuật điện di xung trường (PFGE) 29 1.2.8.3 Kĩ thuật phân loại trình tự đa vị trí (Multi Locus Sequence Typing-MLST) 29 1.2.8.4 Kĩ thuật giải trình tự gen 30 1.3 Tính mới, tính thời ý nghĩa khoa học nghiên cứu 30 CHƢƠNG 2: ĐỐI TƢỢNG, VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 33 2.1 ĐỐI TƯỢNG VÀ ĐỊA ĐIỂM NGHIÊN CỨU 33 2.1.1 Đối tượng nghiên cứu 33 2.1.2 Địa điểm nghiên cứu 33 2.2 THỜI GIAN VÀ ĐỊA ĐIỂM THỰC HIỆN 33 2.2.1 Thời gian thực 33 2.2.2 Địa điểm thực thí nghiệm 33 2.2.3 Thiết kế nghiên cứu 33 2.2.4 Vật liệu nghiên cứu – trang thiết bị sinh phẩm vật tư tiêu hao 33 2.3 Các phương pháp nghiên cứu 34 2.3.1 Kỹ thuật xác định nồng độ kháng sinh tối thiểu ức chế vi khuẩn (MIC) 34 2.3.1.1 Các bước tiến hành 35 2.3.1.2 Đọc phân tích kết 38 2.3.2 Kỹ thuật điện di xung trường (PFGE) 39 2.3.2.1 Quy trình tiến hành 39 2.3.2.2 Phân tích kết 41 CHƢƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN 43 3.1 Mức độ nhạy cảm kháng sinh P aeruginosa 43 3.1.1 Sự phân bố của P aeruginosa theo mẫu bệnh phẩm theo Khoa 43 3.1.2 Mức độ nhạy cảm kháng sinh P aeruginosa 44 KẾT LUẬN 58 TÀI LIỆU THAM KHẢO 60 PHỤ LỤC DANH MỤC BẢNG Bảng 1.1: Sự phát triển đề kháng kháng sinh vi khuẩn Bảng 1.2: Cơ chất gen điều hòa hệ thống bơm đẩy P aeruginosa 20 Bảng 2.1: Các kháng sinh thử nghiệm diễn giải MIC với 35 P aeruginosa 35 Bảng 2.2: Các hóa chất sử dụng kỹ thuật PFGE 40 Bảng 3.1: Mức độ nhạy cảm kháng sinh P aeruginosa loại kháng sinh 46 Bảng 3.2 Sự phân bố kiểu gen chủng P aeruginosa với nồng độ kháng sinh tối thiểu ức chế phát triển vi khuẩn 53 DANH MỤC HÌNH Hình 1.1: Cơ chế đề kháng kháng sinh vi khuẩn .6 Hình 1.2: Đặc điểm hình thái P aeruginosa mơi trường ni cấy 10 Hình 2.1: Cách pha loãng bậc cho 16 nồng độ kháng sinh từ dung dịch mẹ 36 Hình 2.2: Sơ đồ chấm chủng cấy 32 giếng 38 Hình 3.1: Tỉ lệ P aeruginosa phân lập mẫu bệnh phẩm 43 Hình 3.2: Tỉ lệ phân bố chủng P aeruginosa theo Khoa 44 Hình 3.3: Chủng mọc đĩa thạch khơng có kháng sinh có kháng sinh 45 Hình 3.4: Tỉ lệ P aeruginosa kháng hoàn toàn kháng trung gian với loại kháng sinh 47 Hình 3.5: Hình ảnh đại diện cho kiểu gen các s ố chủng P aeruginosa phân lập bệnh viện Việt Đức 49 Hình 3.6: Cây phân nhóm kiểu gen chủng P aeruginosa phân lập bệnh viện Việt Đức 50 DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT Ký hiệu Viết đầy đủ tiếng anh Viết giải nghĩa tiếng việt AND Acid Deoxyribonucleic Phân tử axit nucleic Bp Base pair CDC Trung tâm kiểm soát Control and Prevention phòng ngừa bệnh dịch Dynamics, Economics & Policy ESBL Ấn Độ phổ rộng beta lactam Multidrug- resistant WGS Kinh tế Chính sách lactamases MDR PFGE Biến động Bệnh dịch, Enzym kháng kháng sinh Metallo-beta-lactamase MLST Trung tâm Nghiên cứu Extended-spectrum beta- MBLs MIC phân tử DNA Centers for Disease Center for Disease CDDEF Đơn vị đo trọng lượng Minimal Inhibitory Concentration Enzym kháng kháng sinh nhóm beta lactam Đa kháng Nồng độ ức chế tối thiểu Multilocus Sequence Phân loại dựa đa Typing điểm trình tự gen Pulsed-field gel electrophoresis Whole Genome Sequence Điện di xung trường Giải trình tự tồn hệ gen vi khuẩn MỞ ĐẦU Việc phát minh kháng sinh kỷ 20 đóng vai trị quan trọng việc khống chế bệnh nhiễm trùng Cùng với việc cải thiện điều kiện vệ sinh, nhà ở, dinh dưỡng chương trình tiêm chủng mở rộng góp phần quan trọng làm giảm tỷ lệ tử vong bệnh nhiễm trùng tuổi thọ người nâng cao Tuy nhiên, thực trạng vi khuẩn kháng kháng sinh vấn đề nghiêm trọng mà nhân loại phải đối mặt kỷ 21 xác định đóng vai trị trọng tâm cơng tác chăm sóc sức khoẻ toàn cầu với chiến lược đánh giá tác động vi khuẩn kháng kháng sinh lên cộng đồng giai đoạn 2020-2025 Trên giới, vi khuẩn kháng lại kháng sinh mức độ nguy hiểm Các kháng sinh hệ không lựa chọn để điều trị nhiều trường hợp, kháng sinh hệ đắt tiền cephalosporin hệ 3, 4, đặc biệt kháng sinh nhóm carbapenem dần hiệu lực lây lan nhanh chóng chủng vi khuẩn kháng thuốc [35, 81] Trong khơng có kháng sinh phát để điều trị bệnh nhiễm trùng vi khuẩn gây ra, đặc biệt vi khuẩn Gram âm Theo dự báo GS Jim O’Neill đến năm 2050, năm vi khuẩn kháng kháng sinh gây tử vong khoảng 10 triệu người, cao tỷ lệ người tử vong nguyên nhân nào, kể ung thư (8,2 triệu) gây thiệt hại cho kinh tế bao gồm chi phí điều trị tạo sản phẩm lao động khoảng 100 nghìn tỷ USD toàn giới [89] Pseudomonas aeruginosa hay gọi trực khuẩn mủ xanh biết đến tác nhân hàng đầu gây nhiễm khuẩn bệnh viện, là viêm phổi, nhiễm trùng tiế t niê ̣u , viêm da viêm mô mềm [79] Các lựa chọn kháng sinh điề u tri ̣ P aeruginosa bị hạn chế vi khuẩn có xu hướng phát triển kháng lại với nhiều dòng kháng sinh nhờ chế kháng đa dạng biểu mức hệ thống bơm đẩy, giảm tính thẩm thấu màng ngồi (OM), sản sinh β-lactamase phân hủy kháng sinh nhóm β-lactama [54] Tính đa kháng P aeruginosa gây nhiều khó khăn trình điều trị, làm tăng tỉ lệ bệnh tật, 32 Ewig S., Ruiz M., Mensa J., Marcos M.A., Martinez J.A., Arancibia F., Niederman M.S (1998), ''Severe community-acquired pneumonia: assessment of severity criteria'', American journal of respiratory and critical care medicine, 158(4), p 1102-1108 33 Fetar H., Gilmour C., Klinoski R., Daigle D.M., Dean C.R., and Poole K (2011), ''mexEF-oprN multidrug efflux operon of Pseudomonas aeruginosa: regulation by the MexT activator in response to nitrosative stress and chloramphenicol'', Antimicrobial agents and chemotherapy, 55(2), p 508514 34 Freitas A and Barth A.L (2004), ''Typing of Pseudomonas aeruginosa from hospitalized patients: a comparison of susceptibility and biochemical profiles with genotype'', Brazilian journal of medical and biological research, 37(1), p 77-82 35 Fuste E., López-Jiménez L., Segura C., Gainza E., Vinuesa T., and Vinas M (2013), ''Carbapenem-resistance mechanisms of multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa'', Journal of medical microbiology, 62(9), p 13171325 36 Gelband H., Molly Miller P., Pant S., Gandra S., Levinson J., Barter D., White A (2015), ''The state of the world's antibiotics 2015'', Wound Healing Southern Africa, 8(2), p 30-34 37 Gessard C (1984), ''On the blue and green coloration that appears on bandages'', Reviews of Infectious Diseases, 6(Supplement_3), p S775-S776 38 Gibb A.P., Tribuddharat C., Moore R.A., Louie T.J., Krulicki W., Livermore D.M., Palepou M.-F.I (2002), ''Nosocomial outbreak of carbapenemresistant Pseudomonas aeruginosa with a new blaIMP allele, blaIMP-7'', Antimicrobial agents and chemotherapy, 46(1), p 255-258 39 Girlich D., Naas T., Leelaporn A., Poirel L., Fennewald M., and Nordmann P (2002), ''Nosocomial Spread of the Integron-Located veb-1—Like 64 Cassette Encoding an Extended-Spectrum β-Lactamase in Pseudomonas aeruginosa in Thailand'', Clinical infectious diseases, 34(5), p 603-611 40 Gomila M., del Carmen Gallegos M., Fernández-Baca V., Pareja A., Pascual M., Díaz-Antolín P., García-Valdés E (2013), ''Genetic diversity of clinical Pseudomonas aeruginosa isolates in a public hospital in Spain'', BMC microbiology, 13(1), p 138 41 Hancock R.E (1998), ''Resistance mechanisms in Pseudomonas aeruginosa and other nonfermentative gram-negative bacteria'', Clinical Infectious Diseases, 27(Supplement_1), p S93-S99 42 Hansen F., Johansen H.K., Østergaard C., Arpi M., Hansen D.S., Littauer P., Holm A (2014), ''Characterization of carbapenem nonsusceptible Pseudomonas aeruginosa in Denmark: a nationwide, prospective study'', Microbial Drug Resistance, 20(1), p 22-29 43 Hauser A.R., Cobb E., Bodí M., Mariscal D., Vallés J., Engel J.N., and Rello J (2002), ''Type III protein secretion is associated with poor clinical outcomes in patients with ventilator-associated pneumonia caused by Pseudomonas aeruginosa'', Critical care medicine, 30(3), p 521-528 44 Hawkey P.M (1998), ''The origins and molecular basis of antibiotic resistance'', BMJ: British Medical Journal, 317(7159), p 657 45 Hay T., Fraud S., Lau C.H.-F., Gilmour C., and Poole K (2013), ''Antibiotic inducibility of the mexXY multidrug efflux operon of Pseudomonas aeruginosa: involvement of the MexZ anti-repressor ArmZ'', PLoS One, 8(2), p e56858 46 Henrichfreise B., Wiegand I., Pfister W., and Wiedemann B (2007), ''Resistance mechanisms of multiresistant Pseudomonas aeruginosa strains from Germany and correlation with hypermutation'', Antimicrobial agents and chemotherapy, 51(11), p 4062-4070 47 Heuer O., Magiorakos A., Gunell M., Economopoulou A., Blomquist P., and Brown D (2010), ''Antimicrobial resistance surveillance in Europe: annual 65 report of the European Antimicrobial Resistance Surveillance Network (EARS-Net)'', European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC) 48 Hoge R., Pelzer A., Rosenau F., and Wilhelm S (2010), ''Weapons of a pathogen: proteases and their role in virulence of Pseudomonas aeruginosa'', Current research, technology and education topics in applied microbiology and microbial biotechnology, 2, p 383-95 49 Kenneth T (2011), ''Todar's online textbook of bacteriology'', Bacterial Protein Toxins 50 King E.O., Ward M.K., and Raney D.E (1954), ''Two simple media for the demonstration of pyocyanin and fluorescin'', Translational Research, 44(2), p 301-307 51 Koh T.H., Wang G.C.Y., and Sng L.-H (2004), ''Clonal spread of IMP-1producing Pseudomonas aeruginosa in two hospitals in Singapore'', Journal of clinical microbiology, 42(11), p 5378-5380 52 Köhler T., Epp S.F., Curty L.K., and Pechère J.-C (1999), ''Characterization of MexT, the regulator of the MexE-MexF-OprN multidrug efflux system of Pseudomonas aeruginosa'', Journal of bacteriology, 181(20), p 6300-6305 53 Kung V.L., Ozer E.A., and Hauser A.R (2010), ''The accessory genome of Pseudomonas aeruginosa'', Microbiology and molecular biology reviews, 74(4), p 621-641 54 Lambert P (2002), ''Mechanisms of antibiotic resistance in Pseudomonas aeruginosa'', Journal of the royal society of medicine, 95(Suppl 41), p 22 55 Lee J.-Y and Ko K.S (2012), ''OprD mutations and inactivation, expression of efflux pumps and AmpC, and metallo-β-lactamases in carbapenemresistant Pseudomonas aeruginosa isolates from South Korea'', International journal of antimicrobial agents, 40(2), p 168-172 56 Li H., Luo Y.-F., Williams B.J., Blackwell T.S., and Xie C.-M (2012), ''Structure and function of OprD protein in Pseudomonas aeruginosa: from 66 antibiotic resistance to novel therapies'', International Journal of Medical Microbiology, 302(2), p 63-68 57 Li X.-Z., Barré N., and Poole K (2000), ''Influence of the MexA-MexBOprM multidrug efflux system on expression of the MexC-MexD-OprJ and MexE-MexF-OprN multidrug efflux systems in Pseudomonas aeruginosa'', Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 46(6), p 885-893 58 Li Y., Mima T., Komori Y., Morita Y., Kuroda T., Mizushima T., and Tsuchiya T (2003), ''A new member of the tripartite multidrug efflux pumps, MexVW–OprM, in Pseudomonas aeruginosa'', Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 52(4), p 572-575 59 Lister P.D., Wolter D.J., and Hanson N.D (2009), ''Antibacterial-resistant Pseudomonas aeruginosa: clinical impact and complex regulation of chromosomally encoded resistance mechanisms'', Clinical microbiology reviews, 22(4), p 582-610 60 Liu P.V (1974), ''Extracellular toxins of Pseudomonas aeruginosa'', Journal of Infectious Diseases, 130(Supplement), p S94-S99 61 Llanes C., Hocquet D., Vogne C., Benali-Baitich D., Neuwirth C., and Plésiat P (2004), ''Clinical strains of Pseudomonas aeruginosa overproducing MexAB-OprM and MexXY efflux pumps simultaneously'', Antimicrobial agents and chemotherapy, 48(5), p 1797-1802 62 Luzzaro F., Mantengoli E., Perilli M., Lombardi G., Orlandi V., Orsatti A., Amicosante G (2001), ''Dynamics of a nosocomial outbreak of multidrugresistant Pseudomonas aeruginosa producing the PER-1 extended-spectrum β-lactamase'', Journal of clinical microbiology, 39(5), p 1865-1870 63 Manian F.A., Meyer L., Jenne J., Owen A., and Taff T (1996), ''Loss of antimicrobial susceptibility in aerobic gram-negative bacilli repeatedly isolated from patients in intensive-care units'', Infection Control & Hospital Epidemiology, 17(4), p 222-226 67 64 Mao W., Warren M.S., Lee A., Mistry A., and Lomovskaya O (2001), ''MexXY-OprM efflux pump is required for antagonism of aminoglycosides by divalent cations inPseudomonas aeruginosa'', Antimicrobial agents and chemotherapy, 45(7) 65 Marchandin H., Jean-Pierre H., De Champs C., Sirot D., Darbas H., Perigault P.F., and Carriere C (2000), ''Production of a TEM-24 Plasmid-Mediated Extended-Spectrum β-Lactamase by a Clinical Isolate of Pseudomonas aeruginosa'', Antimicrobial agents and chemotherapy, 44(1), p 213-216 66 Masuda N and Ohya S (1992), ''Cross-resistance to meropenem, cephems, and quinolones in Pseudomonas aeruginosa'', Antimicrobial agents and chemotherapy, 36(9), p 1847-1851 67 Mendes R.E., Toleman M.A., Ribeiro J., Sader H.S., Jones R.N., and Walsh T.R (2004), ''Integron carrying a novel metallo-β-lactamase gene, blaIMP16, and a fused form of aminoglycoside-resistant gene aac (6′)-30/aac (6′)Ib′: report from the SENTRY Antimicrobial Surveillance Program'', Antimicrobial agents and chemotherapy, 48(12), p 4693-4702 68 Mima T., Joshi S., Gomez-Escalada M., and Schweizer H.P (2007), ''Identification and characterization of TriABC-OpmH, a triclosan efflux pump of Pseudomonas aeruginosa requiring two membrane fusion proteins'', Journal of bacteriology, 189(21), p 7600-7609 69 Mima T., Sekiya H., Mizushima T., Kuroda T., and Tsuchiya T (2005), ''Gene cloning and properties of the RND‐type multidrug efflux pumps MexPQ‐OpmE and MexMN‐OprM from Pseudomonas aeruginosa'', Microbiology and immunology, 49(11), p 999-1002 70 Morihara K (1964), ''Production of elastase and proteinase by Pseudomonas aeruginosa'', Journal of bacteriology, 88(3), p 745-757 71 Morita Y., Cao L., Gould V.C., Avison M.B., and Poole K (2006), ''nalD encodes a second repressor of the mexAB-oprM multidrug efflux operon of Pseudomonas aeruginosa'', Journal of bacteriology, 188(24), p 8649-8654 68 72 Mugnier P., Dubrous P., Casin I., Arlet G., and Collatz E (1996), ''A TEMderived extended-spectrum beta-lactamase in Pseudomonas aeruginosa'', Antimicrobial agents and chemotherapy, 40(11), p 2488-2493 73 Naas T., Poirel L., Karim A., and Nordmann P (1999), ''Molecular characterization of In50, a class integron encoding the gene for the extended-spectrum β-lactamase VEB-1 in Pseudomonas aeruginosa'', FEMS microbiology letters, 176(2), p 411-419 74 Nordmann P and Guibert M (1998), ''Extended-spectrum beta-lactamases in Pseudomonas aeruginosa'', The Journal of antimicrobial chemotherapy, 42(2), p 128-131 75 Nordmann P and Naas T (1994), ''Sequence analysis of PER-1 extendedspectrum beta-lactamase from Pseudomonas aeruginosa and comparison with class A beta-lactamases'', Antimicrobial agents and chemotherapy, 38(1), p 104-114 76 Ocampo-Sosa A.A., Cabot G., Rodríguez C., Roman E., Tubau F., Macia M.D., Moya B (2012), ''Alterations of OprD in carbapenem-intermediate and-susceptible strains of Pseudomonas aeruginosa isolated from patients with bacteremia in a Spanish multicenter study'', Antimicrobial agents and chemotherapy, 56(4), p 1703-1713 77 Pagani L., Colinon C., Migliavacca R., Labonia M., Docquier J.-D., Nucleo E., Spalla M (2005), ''Nosocomial outbreak caused by multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa producing IMP-13 metallo-β-lactamase'', Journal of clinical microbiology, 43(8), p 3824-3828 78 Palleroni N., Genus I Pseudomonas Migula 1894, 237 141–199 NR Krieg and JG Holt (ed.) Bergey’s manual of systematic bacteriology, vol 1984, Williams & Wilkins Baltimore 79 Peleg A.Y and Hooper D.C (2010), ''Hospital-acquired infections due to gram-negative bacteria'', New England Journal of Medicine, 362(19), p 1804-1813 69 80 Pirnay J.-P., De Vos D., Cochez C., Bilocq F., Pirson J., Struelens M., Duinslaeger L (2003), ''Molecular epidemiology of Pseudomonas aeruginosa colonization in a burn unit: persistence of a multidrug-resistant clone and a silver sulfadiazine-resistant clone'', Journal of clinical microbiology, 41(3), p 1192-1202 81 Pitout J.D and Laupland K.B (2008), ''Extended-spectrum β-lactamaseproducing Enterobacteriaceae: an emerging public-health concern'', The Lancet infectious diseases, 8(3), p 159-166 82 Pitt T., Sparrow M., Warner M., and Stefanidou M (2003), ''Survey of resistance of Pseudomonas aeruginosa from UK patients with cystic fibrosis to six commonly prescribed antimicrobial agents'', Thorax, 58(9), p 794796 83 Poirel L., Naas T., Nicolas D., Collet L., Bellais S., Cavallo J.-D., and Nordmann P (2000), ''Characterization of VIM-2, a carbapenem-hydrolyzing metallo-β-lactamase and its plasmid-and integron-borne gene from a Pseudomonas aeruginosa clinical isolate in France'', Antimicrobial agents and chemotherapy, 44(4), p 891-897 84 Poirel L., Ronco E., Naas T., and Nordmann P (1999), ''Extended-spectrum β-lactamase TEM-4 in Pseudomonas aeruginosa'', Clinical microbiology and infection, 5(10), p 651-652 85 Poirel L., Weldhagen G.F., De Champs C., and Nordmann P (2002), ''A nosocomial outbreak of Pseudomonas aeruginosa isolates expressing the extended-spectrum β-lactamase GES-2 in South Africa'', Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 49(3), p 561-565 86 Poole K., Gotoh N., Tsujimoto H., Zhao Q., Wada A., Yamasaki T., Neshat S (1996), ''Overexpression of the mexC–mexD–oprJ efflux operon in nfxB‐type multidrug‐resistant strains of Molecular microbiology, 21(4), p 713-725 70 Pseudomonas aeruginosa'', 87 Purssell A and Poole K (2013), ''Functional characterization of the NfxB repressor of the mexCD–oprJ multidrug efflux operon of Pseudomonas aeruginosa'', Microbiology, 159(10), p 2058-2073 88 Quintaes B.R., Leal N.C., Reis E.M., Fonseca E.L., and Hofer E (2002), ''Conventional and molecular typing of Salmonella Typhi strains from Brazil'', Revista Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, 44(6), p 315-319 89 Resistance R.o.A., Tackling drug-resistant infections globally: final report and recommendations 2016: Review on Antimicrobial Resistance 90 Rodríguez-Martínez J.-M., Poirel L., and Nordmann P (2009), ''Molecular epidemiology and mechanisms of carbapenem resistance in Pseudomonas aeruginosa'', Antimicrobial agents and chemotherapy, 53(11), p 4783-4788 91 Rossolini G and Mantengoli E (2005), ''Treatment and control of severe infections caused by multiresistant Pseudomonas aeruginosa'', Clinical Microbiology and Infection, 11(s4), p 17-32 92 Roy-Burman A., Savel R.H., Racine S., Swanson B.L., Revadigar N.S., Fujimoto J., Sawa T (2001), ''Type III protein secretion is associated with death in lower respiratory and systemic Pseudomonas aeruginosa infections'', The Journal of infectious diseases, 183(12), p 1767-1774 93 Samuelsen Ø., Toleman M.A., Sundsfjord A., Rydberg J., Leegaard T.M., Walder M., Lia A (2010), ''Molecular epidemiology of metallo-β-lactamaseproducing Pseudomonas aeruginosa isolates from Norway and Sweden shows import of international clones and local clonal expansion'', Antimicrobial agents and chemotherapy, 54(1), p 346-352 94 Schulert G.S., Feltman H., Rabin S.D., Martin C.G., Battle S.E., Rello J., and Hauser A.R (2003), ''Secretion of the toxin ExoU is a marker for highly virulent Pseudomonas aeruginosa isolates obtained from patients with hospital-acquired pneumonia'', The Journal of infectious diseases, 188(11), p 1695-1706 71 95 Selim S., El Kholy I., Hagagy N., El Alfay S., and Aziz M.A (2015), ''Rapid identification of Pseudomonas aeruginosa by pulsed-field gel electrophoresis'', Biotechnology & Biotechnological Equipment, 29(1), p 152-156 96 Senda K., Arakawa Y., Nakashima K., Ito H., Ichiyama S., Shimokata K., Kato N (1996), ''Multifocal outbreaks of metallo-beta-lactamase-producing Pseudomonas aeruginosa resistant to broad-spectrum beta-lactams, including carbapenems'', Antimicrobial agents and chemotherapy, 40(2), p 349-353 97 Shaaly A., Tellevik M.G., Langeland N., Høiby E.A., and Jureen R (2005), ''Comparison of serotyping, pulsed field gel electrophoresis and amplified fragment length polymorphism for typing of Streptococcus pneumoniae'', Journal of medical microbiology, 54(5), p 467-472 98 Sharma S and Srivastava P (2016), ''Resistance of antimicrobial in Pseudomonas aeruginosa'', Int J Curr Microbiol Appl Sci, 5, p 121-128 99 Sobel M.L., Hocquet D., Cao L., Plesiat P., and Poole K (2005), ''Mutations in PA3574 (nalD) lead to increased MexAB-OprM expression and multidrug resistance in laboratory and clinical isolates of Pseudomonas aeruginosa'', Antimicrobial agents and chemotherapy, 49(5), p 1782-1786 100 Solomon S., Horan T., Andrus M., Edwards J., Fridkin S., Koganti J., Peavy G (2003), ''National Nosocomial Infections Surveillance (NNIS) system report, data summary from January 1992 through June 2003, issued August 2003'', American Journal of Infection Control, 31(8), p 481-498 101 Srikumar R., Paul C.J., and Poole K (2000), ''Influence of mutations in the mexR repressor gene on expression of the MexA-MexB-oprM multidrug efflux system of Pseudomonas aeruginosa'', Journal of bacteriology, 182(5), p 1410-1414 102 Strateva T and Yordanov D (2009), ''Pseudomonas aeruginosa–a phenomenon of bacterial resistance'', Journal of medical microbiology, 58(9), p 1133-1148 72 103 Stryjewski M.E and Sexton D.J., Pseudomonas aeruginosa infections in specific types of patients and clinical settings, in Severe infections caused by Pseudomonas aeruginosa 2003, Springer p 1-15 104 System N.N.I.S (2004), ''National Nosocomial Infections Surveillance (NNIS) system report, data summary from January 1992 through June 2004, issued October 2004'', Am J Infect Control, 32, p 470-485 105 Tada T., Nhung P.H., Miyoshi-Akiyama T., Shimada K., Tsuchiya M., Phuong D.M., Anh N.Q (2016), ''Multidrug-resistant ST235 Pseudomonas aeruginosa clinical isolates producing IMP-26 with increased carbapenem hydrolyzing activities in Vietnam'', Antimicrobial agents and chemotherapy, p AAC 01177-16 106 Thuong M., Arvaniti K., Ruimy R., De la Salmoniere P., Scanvic-Hameg A., Lucet J., and Regnier B (2003), ''Epidemiology of Pseudomonas aeruginosa and risk factors for carriage acquisition in an intensive care unit'', Journal of hospital infection, 53(4), p 274-282 107 Tran D., Tran H., Matsui M., Suzuki M., Suzuki S., Shibayama K., Pham T (2017), ''Emergence of New Delhi metallo-beta-lactamase and other carbapenemase-producing Acinetobacter calcoaceticus-baumannii complex among patients in hospitals in Ha Noi, Viet Nam'', European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases, 36(2), p 219-225 108 Tsakris A., Poulou A., Kristo I., Pittaras T., Spanakis N., Pournaras S., and Markou F (2009), ''Large dissemination of VIM-2-metallo-β-lactamaseproducing Pseudomonas aeruginosa strains causing health care-associated community-onset infections'', Journal of clinical Microbiology, 47(11), p 3524-3529 109 Van Eldere J., Janssen P., Hoefnagels-Schuermans A., van Lierde S., and Peetermans W.E (1999), ''Amplified-Fragment Length Polymorphism Analysis versus Macro-Restriction Fragment Analysis for Molecular Typing 73 of Streptococcus pneumoniae Isolates'', Journal of clinical microbiology, 37(6), p 2053-2057 110 Vettoretti L., Floret N., Hocquet D., Dehecq B., Plesiat P., Talon D., and Bertrand X (2009), ''Emergence of extensive-drug-resistant Pseudomonas aeruginosa in a French university hospital'', European journal of clinical microbiology & infectious diseases, 28(10), p 1217-1222 111 Vogne C., Aires J.R., Bailly C., Hocquet D., and Plésiat P (2004), ''Role of the multidrug efflux system MexXY in the emergence of moderate resistance to aminoglycosides among Pseudomonas aeruginosa isolates from patients with cystic fibrosis'', Antimicrobial agents and chemotherapy, 48(5), p 1676-1680 112 Walsh C., Antibiotics: actions, origins, resistance 2003: American Society for Microbiology (ASM) 113 Weldhagen G.F., Poirel L., and Nordmann P (2003), ''Ambler class A extended-spectrum β-lactamases in Pseudomonas aeruginosa: novel developments and clinical impact'', Antimicrobial agents and chemotherapy, 47(8), p 2385-2392 114 Xiong J., Hynes M.F., Ye H., Chen H., Yang Y., M'Zali F., Hawkey P.M (2006), ''blaIMP-9 and its association with large plasmids carried by Pseudomonas aeruginosa isolates from the People's Republic of China'', Antimicrobial agents and chemotherapy, 50(1), p 355-358 115 Yokoyama K., Doi Y., Yamane K., Kurokawa H., Shibata N., Shibayama K., Yagi T (2003), ''Acquisition of 16S rRNA methylase gene in Pseudomonas aeruginosa'', The Lancet, 362(9399), p 1888-1893 116 Zhanel G.G., Hoban D.J., Schurek K., and Karlowsky J.A (2004), ''Role of efflux mechanisms on fluoroquinolone resistance in Streptococcus pneumoniae and Pseudomonas aeruginosa'', International journal of antimicrobial agents, 24(6), p 529-535 74 117 Ziha-Zarifi I., Llanes C., Köhler T., Pechere J.-C., and Plesiat P (1999), ''In Vivo Emergence of Multidrug-Resistant Mutants of Pseudomonas aeruginosa Overexpressing the Active Efflux System MexA-MexB-OprM'', Antimicrobial agents and chemotherapy, 43(2), p 287-291 118 Anderson K F L.D.R., Rasheed J K et al (2007), ''Evaluation of methods to identify the Klebsiella pneumoniae carbapenemase in Enterobacteriaceae'', J Clin Microbiol, 45, p 2723-2725 119 Kumarasamy K K T.M.A., Walsh T R., Bagaria J., Butt F., Balakrishnan R et al (2010), ''Emergence of a new antibiotic resistance mechanism in India, Pakistan, and the UK: a molecular, biological, and epidemiological study'', Lancet Infect Dis, 10(9), p 597-602 120 Nordmann P D.L., Poirel L (2012), ''Carbapenem resistance in Enterobacteriaceae: here is the storm'', Trends in Molecular Medicine, 18 (5), p 263-272 121 Yokoe D S M.L.A., Anderson D J et al (2008), '' A compendium of strategies to prevent healthcare-associated infections in acute care hospitals'', Infect Control Hosp Epidemiol, 29, p 12-21 122 Yong D T.M.A., Giske C G., Cho H S., Sundman K., Lee K., Walsh T R (2009), ''Characterization of a new metallo-beta-lactamase gene, bla (NDM-1), and a novel erythromycin esterase gene carried on a unique genetic structure in Klebsiella pneumoniae sequence type 14 from India'', Antimicrob Agents Chemother, 53 (12), p 5046-5054 75 PHỤ LỤC STT Mã chủng Chủng Khoa Năm Loại mẫu 641 P aeruginosa Hồi sức sau mổ 2012 Dịch phế quản 661 P aeruginosa Chấ n thương 2012 Dịch 703 P aeruginosa Hồi sức sau mổ 2012 Dịch phế quản 734 P aeruginosa Hồi sức sau mổ 2012 Dịch phế quản 741 P aeruginosa Hồi sức sau mổ 2012 Mủ 742 P aeruginosa PTTK 2012 Mủ 743 P aeruginosa Chấ n thương 2012 Mủ 749 P aeruginosa PTTK 2012 Máu 753 P aeruginosa Hồi sức sau mổ 2012 Đờm 10 757 P aeruginosa Hồi sức sau mổ 2012 Dịch phế quản 11 795 P aeruginosa Hồi sức sau mổ 2012 Dịch phế quản 12 797 P aeruginosa Hồi sức sau mổ 2012 Dịch phế quản 13 802 P aeruginosa Hồi sức sau mổ 2012 Đờm 14 803 P aeruginosa Hồi sức sau mổ 2012 Dịch phế quản 15 809 P aeruginosa Hồi sức sau mổ 2012 Máu 16 828 P aeruginosa Hồi sức tích cực 2012 Đờm 17 829 P aeruginosa Hồi sức tích cực 2012 Dịch phế quản 18 880 P aeruginosa Điều trị tự nguyện 2012 Nước Tiểu 19 892 P aeruginosa Hồi sức sau mổ 2012 Dịch phế quản 20 910 P aeruginosa Gan mật 2012 Dịch mổ 21 925 P aeruginosa Tiết niệu 2012 Nước Tiểu 22 926 P aeruginosa Hồi sức sau mổ 2012 Dịch phế quản 23 935 P aeruginosa Phẫu thuật nhiễm khuẩn 2012 Dịch phế quản 24 994 P aeruginosa Hồi sức tích cực 2012 Dịch phế quản 25 1006 P aeruginosa Hồi sức sau mổ 2012 Dịch phế quản 26 1014 P aeruginosa Gan mật 2012 Dịch mổ 27 1015 P aeruginosa Hồi tỉnh 2012 Đờm 28 1019 P aeruginosa Hồi sức 2012 Dịch phế quản 29 1055 P aeruginosa Nhi 2012 DNT-đoạn DL 30 1085 P aeruginosa Hồi sức 2012 Dịch phế quản 31 1131 P aeruginosa Hồi sức 2013 Dịch phế quản 32 1183 P aeruginosa Hồi sức 2013 Dịch phế quản 33 1187 P aeruginosa Tim mạch 2013 Đờm 34 1198 P aeruginosa Hồi sức 2013 Dịch phế quản 1219 P aeruginosa Tiết niệu 2013 Nước Tiểu 36 1222 P aeruginosa Thận lọc máu 2013 Dịch vết mổ 37 1226 P aeruginosa Hồi sức 2013 Dịch phế quản 38 1250 P aeruginosa Hồi sức 2013 Dịch phế quản 39 1256 P aeruginosa Hồi sức 2013 Dịch ổ bụng 40 1257 P aeruginosa Tim mạch 2013 Dịch màng phổi 41 1258 P aeruginosa Hồi sức 2013 Dịch phế quản 42 1272 P aeruginosa Hồi sức 2013 Dịch phế quản 43 1274 P aeruginosa Hồi sức 2013 Dịch phế quản 44 1415 P aeruginosa Hồi sức 2013 Dịch phế quản 45 1556 P aeruginosa Hồi sức 2014 Dịch phế quản 46 1557 P aeruginosa Hồi sức 2014 DOB 47 1558 P aeruginosa Chấn thương 2014 Dịch vết mổ 48 1578 P aeruginosa Phẫu thuật sọ não 2014 Dịch nhiễm trùng 49 1579 P aeruginosa Hồi sức 2014 Dịch phế quản 50 1581 P aeruginosa Chấ n thương 2014 Mủ 51 1582 P aeruginosa Phẫu thuật sọ não 2014 Dịch nhiễm trùng 52 1586 P aeruginosa Hồi sức 2014 Dịch phế quản 35 53 1623 P aeruginosa Phẫu thuật sọ não 2014 Mủ 54 1624 P aeruginosa Hồi sức 2014 Dịch phế quản 55 1671 P aeruginosa Hồi sức 2014 Dịch phế quản 56 1672 P aeruginosa Hồi sức 2014 Dịch phế quản 57 1673 P aeruginosa Hồi sức 2014 Dịch phế quản 58 1674 P aeruginosa Hồi sức 2014 Dịch phế quản 59 1675 P aeruginosa Hồi sức sau mổ 2014 Dịch phế quản 60 1676 P aeruginosa Hồi sức 2014 Dịch phế quản 61 1745 P aeruginosa Hồi sức 2014 Dịch phế quản 62 1746 P aeruginosa 1B 2014 Giác mạc 63 1747 P aeruginosa Hồi sứ 2014 Dịch phế quản 64 1748 P aeruginosa Hồi sức 2014 Dịch phể quản 65 1749 P aeruginosa Hồi sức 2014 Dịch phế quản 66 1750 P aeruginosa Phẫu thuật gan mật 2014 Dịch mổ 67 1751 P aeruginosa Hồi sức 2014 Dịch vết mổ 68 1812 P aeruginosa Phẫu thuật sọ não 2014 Dịch 69 1813 P aeruginosa 2014 Dịch ổ bụng 70 1877 P aeruginosa 2014 Nước tiểu c Phẫu thuật cấp cứu bụng Thận lọc máu ... thể tính kháng kháng sinh để đánh giá mối liên hệ kiểu gen, lưu hành chủng P aeruginosa gây bệnh bệnh viện, tiến hành thực đề tài: ? ?Nghiên cứu đặc tính kháng kháng sinh mối liên hệ kiểu gen chủng. .. NHIÊN Vũ Thị Thu Hiền NGHIÊN CỨU ĐẶC TÍNH KHÁNG KHÁNG SINH VÀ MỐI LIÊN HỆ KIỂU GEN CỦA CÁC CHỦNG Pseudomonas aeruginosa PHÂN LẬP TẠI BỆNH VIỆN VIỆT ĐỨC Chuyên ngành: Vi sinh vật học Mã số: 8420101.07... chủng Pseudomonas aeruginosa phân lập Bệnh viện Việt Đức? ?? với mục tiêu sau: Xác định tính nhạy cảm kháng sinh chủng Pseudomonas aeruginosa phân lập Bệnh viện Việt Đức Xác định mối liên hệ kiểu gen