Nghiên cứu một số chất nguồn gốc thực vật ức chế protease của HIV type 1

Nghiên cứu một số bài toán vật lý và cơ học bằng phương pháp đạo hàm trung bình tích phân và phương pháp hỗn hợp Nghiên cứu một số bài toán vật lý và cơ học bằng phương pháp đạo hàm trung bình tích phân và phương pháp hỗn hợp Nghiên cứu một số bài toán vật lý và cơ học bằng phương pháp đạo hàm trung bình tích phân và phương pháp hỗn hợp Nghiên cứu một số bài toán vật lý và cơ học bằng phương pháp đạo hàm trung bình tích phân và phương pháp hỗn hợp Nghiên cứu một số bài toán vật lý và cơ học bằng phương pháp đạo hàm trung bình tích phân và phương pháp hỗn hợp

IH TR QU GI H N I Ọ Ọ T Nguyễn Văn Dũng NGHIÊN CỨU MỘT SỐ CHẤT NGUỒN GỐC TH C VẬT ỨC CHẾ PROTEASE CỦA HIV TYPE LUẬN ÁN TIẾ SĨ S Hà Nội, 2019 ỌC IH TR QU GI H N I Ọ Ọ T Nguyễn Văn Dũng NGHIÊN CỨU MỘT SỐ CHẤT NGUỒN GỐC TH C VẬT ỨC CHẾ PROTEASE CỦA HIV TYPE Chuyên ngành: Hóa sinh học Mã số: 62420116 LUẬN ÁN TIẾ SĨ S ỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA H C: GS.TS Phan Tuấn Nghĩa PGS.TS Bùi Phương Thuận Hà Nội, 2019 T i xin a an y ng nh nghi n ứu i hực hướng dẫn GS.TS Phan Tuấn Nghĩa v PGS.TS Bùi Phương Thuận iệu ng ấ uả n u ng ng uận n nh n ung hự v hưa ng h Nghiên cứu sinh Nguyễn Văn Dũng i ng L Lời đầu tiên, xin bày tỏ lịng kính trọng biết ơn sâu sắc đến GS.TS Phan Tuấn Nghĩa, PGS.TS Bùi Phương Thuận, thầy, cô tận tình dìu dắt, hướng dẫn, động viên khích lệ tạo điều kiện tốt cho suốt trình làm luận án nghiên cứu sinh Tơi xin chân thành cảm ơn đến tồn thể thầy, Bộ mơn Hóa sinh Sinh học phân tử, Khoa Sinh học, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên truyền đạt cho kiến thức quý báu suốt thời gian học tập nghiên cứu Tôi xin chân thành cảm ơn giúp đỡ tạo điều kiện thuận lợi Ban Giám hiệu - Trường Đại học Tây Bắc, anh chị bạn bè đồng nghiệp Khoa Sinh Hóa - Trường Đại học Tây Bắc, TS Nguyễn Thị Hồng Loan thành viên nhóm nghiên cứu Phịng Protein tái tổ hợp thuộc Ph ng thí nghiệm trọng điểm ơng nghệ n ym v Protein, Trường Đại học hoa học Tự nhiên Tôi in gửi ời cảm ơn đến Ban Giám hiệu, Ph ng Sau Đại học, Ban lãnh đạo Khoa Sinh học v c c Ph ng chức Trường Đại học hoa học Tự nhiên, Đại học Quốc gia Hà Nội tạo điều iện cho học tập, ho n th nh c c thủ t c cần thiết nghiên cứu sinh Tôi xin chân thành cảm ơn đến PGS.TS Phương Thiện Thương, ThS Vũ Văn Tuấn cán nghiên cứu viên - Khoa Hóa Phân tích - Tiêu chuẩn, Viện Dược liệu Trung ương nhiệt tình giúp đỡ, cung cấp v chia s thơng tin q trình tinh phân tích cấu trúc chất Tơi xin chân thành cảm ơn đến PGS.TS Mạc Đình Hùng - Khoa Hóa học - Trường Đại học Khoa học Tự nhiên giúp kiểm tra kết đo v giải phổ chất Luận n thực với tài trợ kinh phí đề tài thuộc chương trình Độc lập cấp Nh nước mã số ĐTPTNTĐ.2012-G/02 kinh phí hỗ trợ Nghiên cứu sinh theo Dự án 911 Tôi xin chân thành bày tỏ lòng biết ơn tới bố, m , vợ, con, gia đình, người n bên tôi, cổ vũ, động viên v tạo điều iện thuận ợi cho tơi có thời gian học tập, nghiên cứu v ho n th nh uận n NCS Nguyễn Văn Dũng ii MỤC LỤC i L ii DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT .4 D Ụ D Ụ MỞ ẦU Tính cấp thi t ề tài Mục tiêu nghiên cứu ề tài 10 i ng nội dung nghiên cứu ề tài 11 ịa iểm thực ề tài 11 óng góp ới ề tài 12 Ứng dụng thực tiễn ề tài 12 TỔNG QUAN TÀI LIỆU 13 1.1 Giới thiệu chung virus gây suy giảm miễn dịch người type (HIV-1) protease HIV- 13 1.1.1 HIV-1 v hội chứng suy giảm miễn dịch mắc phải người IDS 13 1.1.2 Cấu trúc chức protease HIV-1 17 1.1.3 Phân tích hoạt độ protease HIV-1 27 1.2 Các chất ức chế protease HIV-1 ứng dụng điều trị AIDS 31 1.2.1 Chất ức chế protease HIV-1 có nguồn gốc hố học 31 1.2.2 Chất ức chế protease HIV-1 có nguồn gốc tự nhiên 32 1.2.3 Chất ức chế protease HIV-1 tổng hợp 38 1.2.4 ng d ng c c chất ức chế protease HIV-1 điều trị IDS c c chất ức chế protease HIV IDS 40 NGUYÊN LIỆU VÀ P P ÁP ỨU 43 2.1 Nguyên liệu 43 2.1.1 Mẫu thực vật 43 2.1.2 Các hoá chất, nguyên liệu khác 43 2.2 Máy móc trang thiết bị 43 2.3 Phương pháp nghiên cứu 44 2.3.1 Phân t ch c c hợp chất từ dịch chiết thực vật 44 2.3.2 X c định cấu trúc chất phân t ch 45 2.3.3 X c định hoạt tính ức chế pepsin phương ph p huếch tán đĩa thạch có chứa chất hemoglobin 45 2.3.4 X c định hoạt tính protease HIV-1 sử d ng chất peptide đặc hiệu 47 2.3.5 X c định hoạt độ protease HIV-1 chất hu nh quang 48 2.3.6 X c định c c số động học m, Vmax v protease HIV-1 có khơng có chất ức chế 50 2.3.7 Thử độc tính tế bào chất ức chế protease HIV-1 d ng tế bào HEK nuôi cấy 50 KẾT QU VÀ TH O LUẬN 52 3.1 Sàng lọc thuốc có tác dụng ức chế enzyme tương tự protease HIV - 52 3.1.1 Thiết lập phương ph p thử tác d ng ức chế en yme tương tự protease HIV-1 52 3.1.2 Thu nhận dịch chiết thực vật 53 3.1.3 Sàng lọc dịch chiết thực vật có tác d ng ức pepsin 54 3.2 Tinh chất ức chế protease HIV-1 từ thực vật sàng lọc 58 3.2.1 T ch phân đoạn tinh chất ức chế protease HIV-1 từ Gối hạc 58 3.2.2 T ch phân đoạn tinh hợp chất ức chế protease HIV-1 từ Lá Hồng 65 3.2.3 T ch phân đoạn tinh chất ức chế protease HIV-1 từ Rau gai thối 72 3.3 Nghiên cứu số tính chất chất ức chế protease HIV-1 90 3.3.1 X c định gi trị IC50 chất ức chế protease HIV-1 90 3.3.2 X c định iểu ức chế protease HIV-1 chất tinh 91 3.3.3 X c định độc t nh tế b o c c chất ức chế protease HIV-1 93 KẾT LUẬN 97 KIẾN NGHỊ 98 DANH MỤC CƠNG TRÌNH KHOA HỌC CỦA TÁC GI LIÊN QUAN ẾN LUẬN ÁN 99 TÀI LIỆU THAM KH O 100 DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT AIDS Hội hứng uy giả iễn dị h ắ phải (Acquired immunodefiency syndrome) ART Liệu ph p dùng hu CBB Coomassie brilliant blue DABCYL - [4 '- (dimetylamino) phenyl] azo acid-benzoic DEPT Detortionless enhancement by polarization transfer DMSO Dimethyl sulfoxide EDANS - [(2'aminoethyl) -amino] acid naphtalenesulfonic FDA ụ h ng e uản ý thự phẩ v dư vi u (Antiretroviral therapy) phẩ H aK (Food and Drug Administration) HIV Vi u g y uy giả iễn dị h người (Human immunodeficiency virus) HPLC Sắ í ỏng hiệu a (High performance liquid chromatography) IC Nồng ộ ứ kDa kilo Dalton MS Kh i phổ (Mass spectrometry) NMR Phổ ộng hưởng hạ nh n (Nu ea magnetic resonance) 13 C-NMR Phổ ộng hưởng hạ nh n a H-NMR Phổ ộng hưởng p h (Inhi i y concentration) n 13 n IR Phổ hồng ng ại (Infrared spectroscopy) COSY Phổ ương hiều ồng hạ nh n 1H -1H (Correlation spectroscopy) HMBC Phổ ương dị hạ nh n ua nhiều i n xa 1H -13C (Heteronuclear multiple bond connectivity) HSQC Phổ ương dị hạ nh n ua i n gần 1H -13C (Heteronuclear single-quantum coherence) ROESY Phổ ROESY ương h ng gian 1H -1H (Rotating frame nuclear overhauser effect spectroscopy) PI hấ ứ h p ea e (P ea e inhibitor) SDS -PAGE iện di ge p ya y a ide ó SDS (Sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis) TMS UNAIDS Tetramethyl silan hương nh HIV/ IDS Li n h p u (United Nations Programme on HIV/AIDS) UPLC Sắ í ỏng i u hiệu (U a performance liquid chromatography) D Ụ Bảng 1.1 Trình tự vị trí cắt protease HIV-1 protein gag gag-pol 22 Bảng 2.1 Thành phần phản ứng h ộp ea e HIV-1 dụng hấ pep ide ặc hiệu L6525 48 Bảng 2.2 Thành phần phản ứng hấ h ộp ea e HIV-1 dụng ặc hiệu hu nh uang peptide HF 49 Bảng 3.1 Danh sách 48 mẫu dịch chi t có hoạt tính ức ch pepsin 54 Bảng 3.2 S liệu phân tích phổ NMR 1H 13C h p chất GH 63 Bảng 3.3 S liệu phân tích phổ NMR 1H 13C h p chất LH 70 Bảng 3.4 S liệu phân tích phổ NMR 1H 13C h p chất RGT1, RGT2 RGT3 82 Bảng 3.5 S liệu phân tích phổ NMR 1H 13C h p chất RGT4 RGT5 83 60 La e and F Sa hi Y Lina d F Gia i R zen au W (2002) “Sexua dysfunction in 156 ambulatory HIV-infected men receiving highly active antiretrovira he apy ina i n wi h and wi h u p ea e inhi i ” J Acquir Immune Defic Syndr 30, pp 187-90 61 Lee D Y., Lee D G., Cho J G., Bang M H., Lyu H N., Lee Y H., Kim S.Y Bae N.I (2009) “Lignan f he f ui (Capsicum annuum L.) and hei an i xidan effe f he ed peppe ” Arch Pharm Res 32, 1345-1349 62 Liao H, Tee K.K., Hase S., Uenishi R., Li X.J., Kusagawa S., Thang P.H., Hien N.T., Pybus O.G., Takebe Y (2009), "Phylodynamic analysis of the dissemination of HIV-1 CRF01_AE in Vietnam", Virology 391, pp 51-56 63 Lin J N., Kuang Q T., Ye K H., Ye C L., Huang Y., Zhang X Q., Ye W C (2013), "Effects of triterpenoid from Psidium guajava leaves ursolic acid on proliferation, differentiation of 3T3-L1 preadipocyte and insulin resistance", Zhong Yao Cai 36, pp 1293-1297 64 Lin M C., Wang K C., Lee S S (2001), Transformation of Ginsenosides Rg1 and Rb1, and crude sanchi saponins by human intestinal microflora, J Chin Chem Soc., 48, pp 113-120 65 Louis J M., Mcdonald R A., Nashed N T., Wondraku E M., Jerina D M O zi an S M a P T (1991) “ u p e ing f he HIV-1 protease using purified wild-type and mutated fusion proteins expressed at hing level in Escherichia coli” Eur J Biochem 199, pp 361-369 66 Louis J M., Nashed N T., Parris K D., Kimmel A R., Jerina D M (1994) “Kine i and e hani f au p e ing f hu an immunodeficiency virus type protease from an analog of the gag-pol p ein” Proc Natl Acad Sci U S A 91, pp 7970-7974 107 67 Louis J M., Weber I T., Tözsér J., Clore G M and Gronenborn A M (2000), "HIV-1 protease: maturation, enzyme specificity, and drug resistance", Adv Pharmacol 49, pp 111 -146 68 Lozano-Mena G., Sánchez-Gonzalez M., Juan M E., Planas J M (2014) “Maslinic acid, a natural phytoalexin-type triterpen from olives a promising nu a eu i a ?” Molecules 19, pp 11538-11559 69 Lv Z Yuan Wang Y (2014) “HIV p e u a e e ivi y and ea e inhi i : a eview f xi i y” HIV AIDS (Auckl) 7, pp 95-104 70 Ma C M., Nakamura N., Hattori M (2000), "Chemical modification of oleanene type triterpenes and their inhibitory activity against HIV-1 protease dimerization", Chem Pharm Bull 48, pp 1681-1688 71 Ma C M., Nakamura N., Miyashiro H., Hattori M., Shimotohno K (1999) “Inhi i y effe f n i uen f and related triterpen derivatives on HIV-1 p Cynomorium songaricum ea e” Chem Pharm Bull 47, pp 141-145 72 Magadula J J., Tewtrakul S (2010), "Anti-HIV-1 protease activities of crude extracts of some Garcinia species growing in Tanzania", Afr J Biotechnol 9, pp 1848-1852 73 Malan D.R., Krantz E., David N., Wirtz V., Hammond J., McGrath D (2008) “Effi a y and afe y f a azanavi wi h wi h u i navi a pa f n e- daily highly active antiretroviral therapy regimens in antiretroviral-naive pa ien ” J Acquir Immune Defic Syndr 47, pp 161-167 74 Mansfeld H W., Schulz S., Grutz G., Baehr R V and Ansorge S (1992) “De e i n f inhi i i n f HIV p in ed i un ea e a ivi y y an enzym- en a ay (ELIS )” J Immunol Methods 161, pp 151-155 108 75 Maroyi A (2014), "Alternative medicines for HIV/AIDS in resourcepoor settings: insight from traditional medicines use in Sub- Saharan Africa", Trop J Pharm Res 13, pp 1527-1536 76 Merrill D.P., Manion D.J., Chou T.V., Hirsch M.S (1997), "Antagonism between human immunodeficiency virus type protease inhibitors indinavir and saquinavir in vitro", J Infect Dis 176, pp 265-268 77 Mildner A M., Rothrock D J., Leone J W., Bannow C A., Lull J M., Reardon I M., Sarcich J L., Howe W J., Tomich C C., Smith C W., Hein i n R L T a e i G (1994) “The HIV-1 protease as enzyme and substrate: mutagenesis of autolysis sites and generation of a stable of mutant wi h e ained ine i p pe ie ” Biochemistry 73, pp 1391-1396 78 Mi h a T Sh iva av P S (2014) “Va ida i n f i u ane u quantitative method of HIV protease inhibitors atazanavir, darunavir and ritonavir in human plasma by UPLC-MS/MS” Sci World J 3, pp 1-12 79 Miyase T., Ueno A., Takizawa N., Kobayashi H., Oguchi H (1989), Ionone and lignan glycosides from Epimedium diphyllum, Phytochemistry 28, pp 3483-3485 80 Nakatani M., Miyazaki Y., Iwashita T., Naoki H., Hase T (1989a), Triterpenes from Ilex rotunda fruits, Phytochemistry 28, pp 1479-1482 81 Nakatani M., Hatanaka S., Komura H., Kubota T., Hase T (1989b), The structure of Rotugenoside, a new bitter triterpene glucosie from Ilex rotunda, B Chem Soc Jpn 62, pp 469-473 82 Navia M A., Fitzgerald P M., McKeever B M., Leu C T., Heimback J He e W K Sig I S Da e P L Sp inge J P (1989) “Th eedimensional structure of aspartyl protease from human immunodefiency virus HIV-1” Nature 337, pp 615-620 109 83 Nie Z., Bren G D., Vlahakis S R., Schimnic A A., Brenchley J M., Trushin S A., Warren S., Schnepple D J., Kovacs C M., Loutfy M R., D ue D and Bad ey D (2007) “Hu an i ype p ea e eave p un defi ien y vi u apa e in viv ” J Virol 81, pp 6947- 6956 84 Nigam S K, Gopal M., Uddin R., Yoshikawa K., Kawamoto M., Arihara S (1997), Pithedulosides A-G, oleanane glycosides from Pithecellobium dulce, Phytochemistry 44, pp 1329-1334 85 Nijhuis M., Schuurman R., de Jong D., Erickson J., Gustchina E., Albert J., Schipper P., Gulnik S., Boucher C.A (1999), "Increased fitness of drug resistant HIV-1 protease as a result of acquisition of compensatory mutations during suboptimal therapy", AIDS 13, pp 2349-2359 86 Nguyen T H L., Nguyen T T., Vu T Q., Le T H., Pham Y., Trinh L P., Bui P T and Phan T N (2015) “ n effi ien p expression and purification of HIV-1 p ea e f edu e f in u i n he die ” Prot Expr Purif 116, pp 59-65 87 Nguyen T H L., Recordon-Pinson P., Pham V H., Nguyen T V U., Truong T X L., Huynh T T., Garrigue I., Schrive M H., Pellegrin I., Lafon M E., Aboulker J P., Barre'-Sinoussi F., Fleury H J (2003), "HIV type isolates from 200 untreated individuals in Ho Chi Minh City (Vietnam): ANRS 1257 study Large predominance of CRF01_AE and presence of major resistance mutations to antiretroviral drugs", AIDS Res Hum Retrovir 19, pp 925-928 88 Nguyen T H L Phan T N (2012) “S e new inhi i fp ea e f human immunodefficiency virus type (HIV-1)” VNU J Sci 28, pp 156-159 89 Nolan D (2003), "Metabolic complications associated with HIV protease inhibitor therapy", Drugs 63, pp 2555-2574 110 90 Ohtaka H., Schon A., Freire E (2003), "Multidrug resistance to HIV-1 protease inhibition requires cooperative coupling between distal mutations", Biochemistry 42, pp 13659-13666 91 Otake T., Mori H., Morimoto M., Ueba N., Sutardjo S., Kusumoto I T., Ha i M Na a T (1995) “S eening f Ind ne ian p an ex a f anti-human immunodeficiency virus- type (HIV-1) a ivi y” Phytother Res 9, pp 6-10 92 Pal M., Tewari S K., Chen X Q., Zhao Q S (2013), "Chemical constituents of Viburnum betulifolium", Chem Nat Comp 49, pp 390 93 Partaledis J A., Yamaguchi K., Tisdale M., Blair E E., Falcione C., Maschera B., Myers R E., Pazhanisamy S., Futer O., Cullinan A B., S uve M By n R Living n D J (1995) “In vitro selection and characterization of human immunodeficiency virus type (HIV-1) isolates with reduced sensitivity to hydroxyethylamino sulfonamide inhibitors of HIV-1 a pa y p 94 Pa i ea e” Virology 69, pp 5228-5235 K B i z i T J B L (1997) “ ivi ie f he hu an immunodeficiency virus type (HIV-1) protease inhibitor nelfinavir mesylate in combination with reverse transcriptase and protease inhibitors against acute HIV-1 infe i n in vi ” Antimicrob Agents Chemother 41, pp 2159-2164 95 Pengsuparp T., Cai L., Constant H., Fong H H., Lin L Z., Kinghorn A D., Pezzuto J M., Cordell G A., Ingolfsdóttir K., Wagner H (1995), “Me hani i eva ua i n f new p an -derived compounds that inhibit HIV-1 eve e an 96 Pe ez M ip a e” J Nat Prod 58, pp 1024-1031 S Fe nande P and Ra M J (2010) “Su pu a i na recognition in HIV-1 Protease: B 114, pp 2525-2532 111 ae udy” J Phys Chem 97 Phan T T C., Ishizaki A., Phung D C., Bi X., Oka S., Ichimura H (2010), "Characterization of HIV type genotypes and drug resistance mutations among drug-naive HIV type 1-infected patients in northern Vietnam", AIDS Res Hum Retrovir 26, pp 233-236 98 Phuong T T., Lee C H., Dao T T., Nguyen P H., Kim W G., Lee S J., Oh W K (2008) “T i e pen id f he eave f Diospyros kaki (persimmon) and their inhibitory effects on protein tyrosine phosphatase 1B” J Natur Prod 71, pp 1775-1778 99 Plantier J.C., Leoz M., Dickerson J.E., De Oliveira F., Cordonnier F., Lemée V Da i nd F R e n D.L Si un defi ien y vi u de ived f n F (2009) “ new hu an g i a ” Nat Med 15, pp 871-2 100 Rangwala S H., Finn R F., Smith C E., Berberich S A., Salsgiver W J S a ing W G ve G I O in P O (1992) “High-level production of active HIV-1 protease in Escherichia coli” Gene 122, pp 263-269 101 Rao M., Tanksale A., Ghatge M S., Deshpande V V (1998), “M e u a and i e hn gi a a pe f i ia p ea e ” Microbiol Mol Biol Rev 62, pp 600-601 102 Rege h wdha y (2014) “Eva ua i n f O i u Tinospora cordifolia as probable HIV-protease inhi i an u and ” Int J Pharm Sci Rev Res 25, pp 315-318 103 Richards A D., Phylip L H., Farmerie W G., Scarborough P E., Alvares A., Dunn B M., Hirel H., Konvalinka J., Strop P., Pavlickova L K a J Kay V (1990) “Sen i ive for HIV-1 p u e h genic substrates eina e” J Biol Chem 265, pp 7733-7736 104 Roberts N A., Martin J A., Kinchington D., Broadhurst A V., Craig J C., Duncan I B., Galpin S A., Handa B K., Kay J., Kröhn A., Lambert R W., Merett J H., Mills J S., Parkes K E B., Redshaw S., Ritchie A 112 J Tay D L Th peptide- a ed HIV p a G J Ma hin P J (1990) “Ra i na de ign f eina e inhi i ” Science 248, pp 358-361 105 Rose J R., Saltol R., Craik C S (1993), "Regulation of autoproteolysis of the HIV-1 and HIV-2 proteases with engineered amino acid substitutions", J Biol Chem 268, pp 11939-11945 106 Rozzelle J E., Dauber D.S., Todd S., Kelley R., Craiki C S (2000), "Macromolecular inhibitors of HIV-1 protease characterization of designed heterodimers", J Biol Chem 275, pp 7080-7086 107 Sakuraia N., Wua J H., Sashidab Y., Mimakib Y., Nikaidoc T., Koikec K., Itokawaa H., Lee K H (2004), "Anti-AIDS Agents Part 57: Actein, an anti-HIV principle from the rhizome of Cimicifuga racemosa (blackcohosh), and the anti-HIV activity of related saponins", Bioorg Med Chem Lett 14, pp 1329-1332 108 Sánchez-González M., Lozano-Mena G., Juan M E., García-Granados A., Planas J M (2013), "Liquid chromatography-mass spectrometry determination in plasma of maslinic acid, a bioactive compound from Olea europaea L.", Food Chem 141, pp 4375-4381 109 Schrooten W., Colebunders R., Youle M., Molenberghs G., Dedes N., Koitz G Finazzi R de Mey I F en e E D eezen (2001) “Sexua dysfunction associated with protease inhibitor containing highly active an i e vi a ea en ” AIDS 15, pp 1019-23 110 Seelmeier S., Schmidt H., Turk, V., Helm K V D (1988), "Human immunodeficiency virus has an aspartic-type protease that can be inhibited by pepstatin A", Proc Natl Acad Sci USA 85, pp 6612-6616 111 Seo Y, Hoch J, Abdel-Kader M, Malone S, Derveld I, Adams H, Werkhoven MC, Wisse JH, Mamber SW, Dalton JM, Kingston DG.(2002), Bioactive saponins from Acacia tenuifolia from the suriname rainforest, J Nat Prod 65, 170-174 113 112 Shedlock D J., Daniel H., Andy Y C., Christopher W C., Karuppiah M., David B W (2008), "HIV-1 viral gene and mitochondria apoptosis", Apoptosis 13, pp 1088-1099 113 Shukla P K., Khanna V K., Ali M M., Khan M Y., Srimal R C (2008), "Anti-ischemic effect of curcumin in rat brain", Neurochem Res 33, pp 1036-1043 114 Singh I P., Bharate S B., Bhutani K K (2005), "Anti-HIV natural p du ” Curr Sci 89, pp 269-290 115 Sinha B N., Bansal S K (2008), "A review of phytochemical and biological studies of Diospyros species used in folklore medicine of Jharkhand", J Nat Remed 8, pp 11-17 116 Srivastava K C., Bordia A., Verma S K (1995), "Curcumin, a major component of the food spice turmeric (Curcuma longa), inhibits aggregation and alters eicosanoid metabolism in human blood platelets", Prostaglandins Leukot Essent Fatty Acids 52, pp 223-227 117 Sui Z., Salto R., Li J., Craik C., Montellano P R O (1993), "Inhibition of the HIV-1 and HIV-2 proteases by curcumin and curcumin boron complexes", Bioorg Med Chem 1, pp 415-422 118 Sun I C., Chen C H., Kashiwada Y., Wu J H., Wang H K., Lee K H (2002) “ n i-AIDS agents 49 Synthesis, anti-HIV, and anti- fu i na ivi ie f I 9564 ana gue a ed n e u ini a id” J Med Chem 45, pp 4271-4275 119 Sun L., Zhang J., Lu X., Zhang L., Zhang Y (2011), "Evaluation to the antioxidant activity of total flavonoids extract from persimmon (Diospyros kaki L.) leaves", Food Chem Toxicol 49, pp 2689-2696 120 Sun Q Z., Chen D F., Ding P L., Ma C M., Kakuda H., Nakamura N., Ha i M (2006) “Th ee new ignan ngipedunin —C, from Kadsura longipedunculata and their inhibitory activity against HIV-1 p ea e” Chem Pharm Bull 54, pp 129-132 114 121 Takeda-Shitaka M., Takaya D., Chiba C., Tanaka H., Umeyama H (2004), "Protein structure prediction in structure based drug design", Curr Med Chem 11, pp 551-558 122 Teng R Li H assignment of gy hen J Wang D He Y Yang H and 13 (2002) “ pee C NMR data for nine protopanaxatriol ide ” Magn Reson Chem 40, pp.483-488 123 Tie Y (2006), Crystallographic analysis and kinetic studies of HIV-1 protease and drug-resistant mutants, Chemistry Dissertations, Department of Chemistry, Georgia State University, p 124 Tomasselli A G., Hui J O., Sawyer T K., Staples D J., Bannow C., Reardon I M., Howe W J., DeCamp D L., Craik C S., Heinrikson R L (1990), "Specificity and inhibition of proteases from human immunodeficiency viruses and 2", J Virol 64, pp 3157-3161 125 Tomaszek T A, Magaard V W., Bryan H G., Moore M L., Meek T D (1990) “ h of HIV-1 p ph i pep ide u ae f ph etric assay ea e” Biochem Biophys Res Commun 168, pp 274-80 126 T h M V Ma G R (1990) “ a ay f he pe HIV p i pe n inu u f u e i ea e” Int J Pept Protein Res 36, pp 544-550 127 Tözsér J., Bláha I., Copeland T D., Wondrak E M., Oroszlan S (1991), “ pa i n f he HIV-1 and HIV-2 proteinases using oligopeptide substrates representing cleavage sites in gag and gag-p p yp ein ” FEBS Lett 281, pp 77-80 128 Tyagi S Si n S R and a e (1994) “Effect of pH and nonphysiological salt concentrations on human immunodeficiency virus1p ea e di e iza i n” Biochem Cell Biol 72, pp 175-181 129 Vajraguptaa O., Boonchoong P., Morrisc G M., Olsonc A I (2005), "Active site binding modes of curcumin in HIV-1 protease and integrase", Bioorg Med Chem Lett 15, pp 3364-3368 115 130 Van der Valk M., Kastelein J.J.P., Murphy R.L., van Leth F., Katlama C., Horband A., Glesbye M., Behrensf G., Clotetg B., Stellato R.K., Molhuizena H.O.F., Reiss P (2001), “Nevirapine-containing antiretroviral therapy in HIV-1 infected patients results in an antia he geni ipid p fi e” AIDS, 15, pp 2407-2414 131 Valer L., De Mendoza C., De Requena D.G., Labarga P., GarcíaHenarejos A., Barreiro P., Guerrero F., Vergara A., Soriano V (2002), "Impact of HIV genotyping and drug levels on the response to salvage therapy with saquinavir/ritonavir", AIDS 16, pp 1964-1966 132 Wan J.B., Chen Y., Li P., Huang W H., Zhang Q.W (2012), Saponins from Panax species: Chemistry, isolation and analysis, In: Koh R., Tay I., Saponins: Properties, applications and health benefits, Nova Science Publishers, New York, pp 51-98 133 Wang L Han Y Zh u S Guan X (2014) “Rea -time label-free measurement of HIV-1 p ea e a ivi y y nan p e ana y i ” Biosens Bioelectron 15, pp 158-162 134 Wang N Li Z S ng D Li W Pei Y Jing Y Hua H (2012) “Five new 3,4-secolanostane-type triterpenoids with antiproliferative activity in hu an eu e ia e i a ed f he f Kad u a inea” Planta Med 78, pp 1661-1666 135 Wei Y., Ma C M., Chen D Y., Hattori M (2008) "Anti-HIV-1 protease triterpenoids from Stauntonia obovatifoliola Hayata subsp intermedia" Phytochemistry 69, pp 1875-1879 136 Wensing A.M., Boucher C.A (2003), "Worldwide transmission of drugresistant HIV", AIDS Rev 5, pp 140-155 137 Wlodawer A., Vondrasek J (1998), "Inhibitors of HIV-1 protease:a major success of structure-assisted drug design", Annu Rev Biophys Biomol Struct 27, pp 249-284 116 138 Xiao W L , Wang R R., Zhao W., Tian R R., Shang S S., Yang L M., Zang J H., Pu J X., Zheng W T (2010), "Anti-HIV-1 activity of lignans from the fruits of Schisandra rubriflora", Arch Pharm Re 33, pp 697-701 139 Xu H X., Wan M., Loh B N., Kon O L., Chow P W and Sim K Y (1996a) “S eening f adi i na against HIV-1 p edi ine f hei inhi i y a ivi y ea e” Phytother Res 10, pp 207-210 140 Xu H.X., Zeng F.Q., Wan M., Sim K.Y (1996b) “ n i-HIV triterpen acids from Geum japonicum” J Natur Prod 59, pp 643-645 141 Yin R J., Xiao X F., XuY Y (2010), "Research information and review on the leaves of Diospyros kaki L.I Pharmacological activities of the extracts and main active ingredients of the leaves of Diospyros kaki L.", J Pharmacokinet Phar 10, pp 181-207 142 Yu Y B., Miyashiro H., Nakamura N., Hattori M., Park J C (2007), “Effe f i e pen id and f av n id i a ed f a nu fi a n HIV-1 vi a enzy e ” Arch Pharm Res 30, pp 820-826 143 Yu Y Wang J Sha Q Shi J Zhu W (2015) “Effe s of drugresistant mutation on the dynamic properties of HIV-1 protease and inhibition by amprenavir and da unavi ” Sci Rep 5, pp 10517 144 Yu Z., Kabashima T., Tang C., Shibata T., Kitazato K., Kobayashi N., Lee M Kai M (2010) “Se e ive and fa i e assay of human immunodeficiency vi u p ea e a ivi y y a n ve f u pp 197-201 117 geni ea i n” Anal Biochem 397, PHỤ LỤC Danh sách mẫu dịch chiết thực vật hoạt tính ức chế pepsin chúng TT T Ọ Eurycoma longifolia Jack Euodia lepta (Spreng) Merr Morinda officinalis How Naravelia laurifolia Wall Typhonium trilopatum L Terminalia catappa L Lagerstroemia speciosa L Persea americana Mill Persea americana Mill 10 Polygala aureocauda Dunn 11 Polygala karensium Kurz 12 Styrax tonkinensis Pierre 13 Uvaria microcarpa Champ 14 Litsea cubeba (Lour) Pers 15 Calotropis gigantea L 16 Plantago major L 17 Glycosmis pentaphylla (Retz.) 18 Solanum lyratum Thunb 19 Solanum diphyllum L T B T TÁC Ọ , NHÓM DỤ G ệnh ( L), + N1 (H3.2A) Ba hạ ( ), N1 Ba kích (CU), N1 (H3.2A) (H3.2A) Bạ h u u (CC), N1 (H3.2A) B n hạ na - (Cu), N1 (H3.2A) Bàng (VT), N1 Bằng ăng (L), N1 Bơ (H), N1 Bổ é ía (R), N1 Bổ é ắng (R), N1 (H3.2A) Bồ uả i nhỏ (CL), N1 + (H3.2A) +++ (H3.2A) - (H3.2A) + (CL), N1 - (H3.2A) Bồng ồng - hen (CL), N2 Bông M (H3.2A) (H3.2A) Bời ời nhớ ề (PTM ), N1 Bưởi ung (CC), N1 (H3.2A) ++ (H3.2A) (H3.2A) ắng ngọ ++ (Q), N1 (H3.2B) Cà hai - (PTM ), N1 80 81 Ọ T T Ọ , NHÓM Dracaena cambodiana Huy gi Pierre N1 Siegesbeckia orientalis L (L), N1 Smilax bracteata Presl 84 Smilax riparia A.DC h (H3.2E) Kim cang (T), (L), N1 Ki (H3.2B) 118 Smilax poilanei Gagnep ang ắ to (T), N1 87 Smilax megacarpa A.DC ỏng (T) (L), poilane (T), (L), Lạ Ham N1 Passiflora foetida L 89 Stephania longa Lour 90 Cinnamomum camphora L 91 Ephedra distachya L Annonamuricata L 93 Garcinia mangostana L 94 Garcinia mangostana L 95 Phyllanthus emblica L 96 Costus speciosus (Koenig) 97 Polygonum chinense L ang uả (R), N1 Astilbe rivularis Buch.- 88 92 Ki (H3.2E) - + (H3.2F) ), N1 (H3.2F) Lõi iền ( L), N1 + (H3.2F) Long não (L), N1 ++ (H3.2F) Ma hoàng (CC), N1 +++ (H3.2F) M ng ầu xi (CL), N1 Măng ụ (VQ) N2 (H3.2F) (H3.2F) Măng ụ (RQ) N2 (H3.2F) ng ( L), N1 (H3.2F) Mía giị (PTM ), N1 Thồ (H3.2E) (H3.2F) n phụ (R), Lạ i n ( Me (H3.2E) N1 86 (H3.2E) N1 85 - - (H3.2E) (PTM ), N1 Gagnep 83 DỤ (H3.2E) Khổ Smilax corbularia Kunth (T), Hy thiêm Croton tonkinensis 82 TÁC Kim cang - (H3.2A) Bồ ề ( L), N1 79 T Kim cang + (H3.2A) Bơ (RQ), N1 TT (PTM ), N1 (H3.2F) (H3.2F) nồng - (PTM ), N1 (H3.2B) 20 Solanum torvum Swartz 21 Limnocitrus littoralis Miq 22 Scoparia dulcis L 23 Areca catechu L Cau (H), N1 24 Areca catechu L Cau (Q),(L), N1 25 Uncariaacida (Hunt.) Roxb 26 Uncaria sinensis (Oliv.) Havil 27 Uncaria cordata (Lour.) Merr 28 Uncaria macrophylla Wall 29 30 31 32 33 Phyllanthus chamaepeuce Ridl Tetracera scandens (L.) Merr Artocarpus tonkinensis A Chev Ilex kaushue S.Y.Hu Phyllanthus urinaria L a ường (L), N1 (H3.2B) a ấ - (CC), N1 (H3.2B) + (H3.2B) u ằng ( L), N1 (H3.2B) (H3.2B) u ằng + (PTM ), N1 (H3.2B) u ằng h nh tim (CL), N1 u ằng ớn (CC), N1 ấu ời - h u ( L), N1 hè ắng (L), N1 - (CC), N1 hó Bắ (H3.2B) - 34 Costus tonkinensis Gagnep 35 Smilax perfoliata Lour 36 Rumex chinensis Campd 37 Sabal palmetto ọ (Q), N1 38 Sabal palmetto (Walt.) Lodd ọ (H), N1 39 Verbena officinalis L 40 Achyranthes aspera L 41 Curculigo capitulata Lour 42 Elaeocarpus nitidus Jack (H3.2B) ộ (CC), N1 Chông chông (T), (L), N2 Chút chít (CC), N1 (H3.2B) (H3.2C) (H3.2C) i ngựa (CC), N1 ỏ xướ n (H3.2C) + (H3.2C) (H3.2C) + (PTM ), N1 h a ầu (CC), N1 Côm láng (VT), Iodescirrhoza Turcz 99 Ammannia baccifera L 100 Mộ h ng (T), (H3.2F) Mùi chó (CC), (H3.2F) Zanthoxylumavicennae Muồng uổng (Lam.) DC (C), N1 Mướp ắng (Q), 102 Kadsura coccinea Lemaire Na Polygonum lanigerum Nghể ắng ( R.Br N1 Panax ginseng L 105 Morinda citrifolia L 106 Myristica fragransHoutt 107 Wikstroemia indica L 108 (H3.2F) Momordica charantia L 104 ++ N1 101 103 - N1 N1 (H3.2F) ng (T), N1 ), + (H3.2F) (H3.2G) Nhân sâm (R), N1 + (H3.2G) - Nhàu (Q), N1 Nhụ (H3.2G) ậu hấu (H), N1 + (H3.2G) Niệ dó (T) (L) N2 (H3.2G) Oroxylum indicum (L.) Núc nác (VT), Kurz N1 Psidium guajava L Ổi (L), N1 (H3.2G) +++ - (H3.2B) hó ẻ ăng ưa N1 (H3.2B) (H3.2B) Chay (VR), N1 ỏ (H3.2B) (PTM ), N1 hặ + (H3.2B) 98 (H3.2C) (H3.2C) ++ (H3.2C) 119 109 (H3.2G) 110 111 112 113 Alangium chinensis Lour Alangium kurzii Craib Cinnamomum iners Reinw Qu 116 Amomum villosum Lour Curculigo orchicides Gaertr 118 Syzygium sp 119 Nelumbo nucifera Gaertn Rhodomyrtus tomentosa Ait (H3.2G) ( ), (H3.2G) Rau gai h i (T), N1 Rau (H3.2G) (H3.2G) N1 N1 Chenopodium album L - - ng ( L), Quyển 115 ng (CL), N1 Spring Acacia pennata Wild 120 Quăng Selaginella uncinata 114 117 Quăng ( L), N1 +++ (H3.2G) u i ( L), N1 Sa nh n ắng (CC), N1 Sâm cau (R), N1 Sắn huyền (L), N1 Sen (L), N1 Sim (CL), N1 (H3.2G) (H3.2G) (H3.2G) (H3.2G) (H3.2G) (H3.2H) 43 Tagetes erecta L 44 Ficus nervosa Heyne ex Roth 45 Ficus elastica Roxb Ex Horn 46 Salvia miltiorrhiza Bunge 47 Campsis radicans L 48 Crescentia cujete L 49 Crescentia cujete L 50 Ampelopsis glandulosa Wall 51 Morus alba L 52 Tinospora sinensis Lour 53 Hemsleya chinensis Cogn 54 Tinospora crispa (L.) Miers 55 Polyscias fruticosa L 56 Aralia armata Wall 57 Excoecaria cochinchinensis Lour 58 Syzygium formosum Wall 59 Pandanus tectorius Sol 60 Stachytarpheta jamaicensis L 61 Angelica acutiloba (Siebold & Zucc.) Kitag 62 Testroemia japonica Thunb 63 Gynostemma pentaphyllum 64 Leea rubra L 65 Prunella vulgaris L Cúc vạn họ (HO), N1 a ắp è ( L), N1 (H3.2C) + (H3.2C) a úp ỏ (L), N1 + (H3.2C) an (R) N2 ăng i u ( L), N1 (H3.2C) (H3.2C) i n (RQ), N1 (H3.2C) i n (VQ), N1 (H3.2C) Dâu dây (CL), N1 (H3.2C) Dâu tằm (VT), N1 (H3.2C) D y au xương (T), N1 Dây hèm (PTM ), N1 Dây ký ninh (T), (C), N1 inh Lăng (L), N1 + (H3.2D) (H3.2D) + (H3.2D) (H3.2D) ơn h u hấu - (T), N1 (H3.2D) ơn ++ ặt trời (CC), N1 ơn ướng u n (CL), N1 Dứa dại (Q), N1 u i huột (CC), N1 ương ui Nhật Bản (R), N2 Giang núi Nhật (CL), N1 Giảo cổ lam (CL), N1 G i hạc (L), N1 (H3.2D) ++ (H3.2D) (H3.2D) (H3.2D) (H3.2D) (H3.2D) (H3.2D) +++ (H3.2D) Hạ khô thảo - (PTM ), N1 (H3.2D) 120 121 122 123 Chloranthus japonicus Sói nhậ (T) (L) Sieb N2 Sarcandra glabra Thunb Dischidia acuminata Cost 124 Nymphae arubra Roxb 125 Garcinia cowa Roxb 126 Taxillus chinensis Danser 127 Taxillus philippensis Ban Sói ng ( ), N1 (CC), N1 (Ho), N1 Tai chua (CL), N1 g i h (T) (C), (L), N1 Tầm g i mít (T), (C), (L), N1 Táo mèo (CL), Docynia indica Decne Táo mèo (Q), N1 Pyrenaria jonqueriana Thạch châu (L), Pierre N1 132 Acorus tatarinowii Schott 133 134 + (H3.2H) (H3.2H) (H3.2H) +++ (H3.2H) Thạch hộc (T), N1 ++ (H3.2H) Thạ h xương (CC), N2 (H3.2H) Thanh ngâm + (PTM ) N2 (H3.2H) Justicia gendarussa Burm Thanh táo (CC), f N1 136 Smilax glabra Roxb 137 Asarum caudigerum Hance 138 Polygonum sinense L Lygodium flexuosum L (CC), N1 Thổ phục linh (T), N2 Thổ t tân (CC), N1 Thồm lồm ++ (PTM ), N1 Th ng ng (CC), N1 (H3.2I) + (H3.2I) ++ (H3.2I) Trà cánh dẹt (L), N1 T (H3.2I) N1 Camellia dalatensis Luong (H3.2H) Thông tre (CC), 142 + (H3.2H) Don Camellia inusitata Orel (H3.2H) Thâu kén lông Podocarpus neriifolius D 141 143 (H3.2H) Merr Helicteres hirsuta Lour 140 N1 ++ Picria fel-terae (Lour.) 135 139 (H3.2H) 129 Dendrobium nobile Lindl ++ (H3.2H) Docynia indica Decne 131 (H3.2H) Súng ỏ (L) 128 130 (H3.2H) S ng y nhọn Tầ (H3.2H) (H3.2I) h a Lạt (L), N1 Combretum quadrangulare Trâm bầu (CC), Kurz N1 ++ (H3.2I) (H3.2I) 66 67 68 69 70 71 Fallopia multiflora Thunb Hà thủ ỏ - (Cu), N1 (H3.2D) Desmodium heterophyllum Hàn the (CC), (Willd.) DC N1 Sabal palmetto (Walt.) Lodd Hạt cọ (H), N1 Hemigraphis glaucescens C.B Hoàn ngọ Clarke (L), N1 Pseuderanthemum palatiferum Hoàn ngọc trắng (Nees) Radlk (L), N1 Phellodendron amurense Hoàng bá (CC), Rupr N2 (H3.2D) ỏ + (H3.2D) + (H3.2E) + (H3.2E) (H3.2E) Hoàng liên (TR), 72 Coptis teeta Wall 73 Mahonia nepalensis DC 74 Mahonia nepalensis DC 75 Foeniculum vulgare Mill H i (VT), N1 76 Diospyros kaki Thunb Hồng (L), N1 77 Clausena excavata Burm f 78 Coleus forskohlii Briq N1 + (H3.2E) Hồng liên rơ (L), N1 Hồng liên rơ (T), N1 Hồng bì r ng (CL), N1 (H3.2E) (H3.2E) (H3.2E) +++ (H3.2E) (H3.2E) Húng chanh Ấn - ộ (CC), N2 (H3.2E) Trang mẫu ơn 144 Ixora coccinea L 145 Vernicia montana Lour Trẩu (L), N1 146 Bambusa bambos L Tre (L), N1 Arundina graminifolia Trúc lan (CC), (D.Don) Hochr N1 Ancistrocladus wallichii Trung quân Planch (CL), N2 147 148 149 150 Vitex trifolia L N1 Vấn vương (R), Elmer N1 Phyllodium longipes Craib 152 Polygala tenuifolia Willd Cleistocalyx operculatus Roxb Vảy tê tê cu ng dài (TL), N1 Viễn chí nhỏ (T), N1 V i (HO), N1 Premna corymbosa Vọng cách (T), Burm.f (L), N1 155 Ficus heterophyllus L Vú chó (CL), N1 156 Paramignya trimera (Oliv.) 154 ++ (H3.2I) (H3.2I) - (H3.2I) (H3.2I) (H3.2I T bi biển (L), Rubia philippinensis 151 153 (CC), N1 (H3.2I) (H3.2I) ++ (H3.2I) ++ (H3.2I) + (H3.2I) (H3.2J) + (H3.2J) Xáo tam phân (T), N1 (H3.2J) Ghi chú: (CC): cây, (CL): cành lá, (CA): cành, (L): lá, (T): thân, (VT) vỏ thân, (PTM ): phần mặ ất, (R): rễ, (VR) vỏ rễ, (CU): củ, (HO): hoa, (Q): quả, (VQ): vỏ quả, (RQ): ruột quả, (H): hạt; N1: Nhóm 1, N2: Nhóm * Dấu (+) thể có hoạt tính ức ch ng ó (+): ó ức ch y u, (++): ức ch trung bình, (+++): ức ch mạnh; H3.2A: Hình 3.2 A, H3.2B: Hình 3.2 B, H3.2C: Hình 3.2 C, H3.2D: Hình 3.2 D, H3.2E: Hình 3.2 E, H3.2F: Hình 3.2 F, H3.2G: Hình 3.2 G, H3.2H: Hình 3.2 H, H3.2I: Hình 3.2 I, H3.1J: Hình 3.1 J 121 ... HIV- 1 17 1. 1.3 Phân tích hoạt độ protease HIV- 1 27 1. 2 Các chất ức chế protease HIV- 1 ứng dụng điều trị AIDS 31 1.2 .1 Chất ức chế protease HIV- 1 có nguồn gốc hố học 31 1.2.2 Chất ức. .. Chất ức chế protease HIV- 1 có nguồn gốc tự nhiên 32 1. 2.3 Chất ức chế protease HIV- 1 tổng hợp 38 1. 2.4 ng d ng c c chất ức chế protease HIV- 1 điều trị IDS c c chất ức chế protease HIV IDS... phân đoạn tinh chất ức chế protease HIV- 1 từ Rau gai thối 72 3.3 Nghiên cứu số tính chất chất ức chế protease HIV- 1 90 3.3 .1 X c định gi trị IC50 chất ức chế protease HIV- 1 90 3.3.2