(Luận án tiến sĩ) nghiên cứu xây dựng mã vạch ADN của một số nguồn gen cây trồng có giá trị kinh tế nhằm phục vụ công tác bảo tồn và chọn tạo giống

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM NGUYỄN THỊ NGỌC LAN NGHIÊN CỨU XÂY DỰNG MÃ VẠCH ADN CỦA MỘT SỐ NGUỒN GEN CÂY TRỒNG CÓ GIÁ TRỊ KINH TẾ NHẰM PHỤC VỤ CÔNG TÁC BẢO TỒN VÀ CHỌN TẠO GIỐNG LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP Hà Nội - 2020 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM NGUYỄN THỊ NGỌC LAN NGHIÊN CỨU XÂY DỰNG MÃ VẠCH ADN CỦA MỘT SỐ NGUỒN GEN CÂY TRỒNG CÓ GIÁ TRỊ KINH TẾ NHẰM PHỤC VỤ CÔNG TÁC BẢO TỒN VÀ CHỌN TẠO GIỐNG LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP Chuyên ngành: Di truyền chọn giống trồng Mã số: 9620111 Người hướng dẫn khoa học: TS Nguyễn Thị Thanh Thủy PGS.TS Lã Tuấn Nghĩa Hà Nội - 2020 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan kết nghiên cứu trình bày luận án thực Các số liệu kết nghiên cứu trình trung thực, khách quan chưa dùng để bảo vệ lấy học vị Hà Nội, ngày… tháng… năm 2020 Tác giả luận án Nguyễn Thị Ngọc Lan i LỜI CẢM ƠN Trong suốt thời gian học tập, nghiên cứu hồn thành luận án, tơi nhận hướng dẫn, bảo tận tình thầy cô giáo, giúp đỡ, động viên bạn bè, đồng nghiệp gia đình Nhân dịp hồn thành luận án, cho phép tơi bày tỏ lịng kính trọng biết ơn sâu sắc tới Tiến sĩ Nguyễn Thị Thanh Thủy; Phó Giáo sư, Tiến Sĩ Lã Tuấn Nghĩa tận tình hướng dẫn, dành nhiều cơng sức, thời gian tạo điều kiện cho suốt trình học tập thực đề tài luận án Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn chân thành tới Ban Giám đốc, Ban Đào tạo Sau đại học - Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, Bộ môn Đa dạng sinh học - Trung tâm Tài nguyên thực vật, Bộ môn Đột biến ưu lai - Viện Di truyền nơng nghiệp tận tình giúp đỡ tơi trình học tập, thực đề tài hồn thành luận án Tơi xin chân thành cảm ơn nhóm tác giả thực đề tài “Xây dựng tiêu ADN (DNA barcode) cho trồng đặc hữu có giá trị kinh tế Việt Nam” đặc biệt Tiến sĩ Nguyễn Thị Lan Hoa - chủ nhiệm đề tài tạo điều kiện hướng dẫn cho phép tơi thực thí nghiệm sử dụng kết quả, số liệu đề tài luận án Tôi xin chân thành cảm ơn tập thể lãnh đạo, cán viên chức Viện Di truyền nông nghiệp giúp đỡ tạo điều kiện cho suốt trình thực đề tài Cuối cùng, tơi xin gửi lời cảm ơn tới gia đình, người thân, bạn bè, đồng nghiệp tạo điều kiện thuận lợi giúp đỡ mặt, động viên khuyến khích tơi hồn thành luận án Xin chân thành cảm ơn! Hà Nội, ngày tháng năm 2020 Nghiên cứu sinh Nguyễn Thị Ngọc Lan ii MỤC LỤC Mục Trang LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC iii DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT vii DANH MỤC BẢNG x DANH MỤC HÌNH xii MỞ ĐẦU 1 TÍNH CẤP THIẾT CỦA ĐỀ TÀI LUẬN ÁN MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU CỦA ĐỀ TÀI LUẬN ÁN PHẠM VI NGHIÊN CỨU NHỮNG ĐÓNG GÓP MỚI CỦA LUẬN ÁN Ý NGHĨA KHOA HỌC VÀ THỰC TIỄN CỦA LUẬN ÁN .3 CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 CÁC ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU VÀ CÔNG TÁC BẢO TỒN, CHỌN TẠO GIỐNG .4 1.1.1 Các đối tượng nghiên cứu 1.1.1.1 Cây bưởi 1.1.1.2 Cây chuối .6 1.1.1.3 Cây nhãn 10 1.1.1.4 Cây vải 12 1.1.2 Công tác bảo tồn chọn tạo giống 16 1.2 NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ 20 1.3 KHÁI NIỆM VỀ MÃ VẠCH ADN VÀ HỆ THỐNG GIẢI TRÌNH TỰ GEN THẾ HỆ MỚI 23 1.3.1 Khái niệm mã vạch ADN 23 1.3.2 Các gen sử dụng xây dựng hệ thống mã vạch ADN phổ biến .25 iii 1.3.3 Hệ thống giải trình tự gen hệ sử dụng cho mã vạch ADN mở rộng 27 1.4 TÌNH HÌNH NGHIÊN CỨU VÀ ỨNG DỤNG MÃ VẠCH ADN .30 1.4.1 Tình hình nghiên cứu ứng dụng mã vạch ADN giới 30 1.4.2 Tình hình nghiên cứu ứng dụng mã vạch ADN Việt Nam .34 1.4.3 Một số kết ứng dụng mã vạch ADN công tác bảo tồn chọn tạo giống 37 CHƯƠNG VẬT LIỆU, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 39 2.1 VẬT LIỆU NGHIÊN CỨU .39 2.1.1 Các nguồn gen nghiên cứu 39 2.1.2 Các thị phân tử 44 2.1.3 Các kit mồi dùng cho giải trình tự GBS 46 2.2 NỘI DUNG NGHIÊN CỨU 47 2.3 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 48 2.3.1 Phương pháp tách chiết ADN 48 2.3.2 Phương pháp đánh giá đa dạng di truyền thị EST-SSR, SCoT 48 2.3.3 Phương pháp xây dựng mã vạch ADN dựa trình tự vùng gen rbcL matK 49 2.3.4 Phương pháp xây dựng mã vạch ADN mở rộng dựa SNP công nghệ GBS 51 2.4 PHẦN MỀM XỬ LÝ SỐ LIỆU 53 2.5 ĐỊA ĐIỂM VÀ THỜI GIAN NGHIÊN CỨU 53 CHƯƠNG KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 54 3.1 ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN VÀ LỰA CHỌN MẪU ĐẠI DIỆN CÁC NGUỒN GEN NGHIÊN CỨU BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ 54 3.1.1 Đánh giá đa dạng di truyền lựa chọn mẫu đại diện giống bưởi thị EST-SSR 54 3.1.2 Đánh giá đa dạng di truyền lựa chọn mẫu đại diện nguồn gen chuối, nhãn, vải thị SCoT 58 iv 3.2 XÂY DỰNG MÃ VẠCH ADN DỰA TRÊN TRÌNH TỰ VÙNG GEN rbcL CHO MỘT SỐ NGUỒN GEN NGHIÊN CỨU 68 3.2.1 Xây dựng mã vạch ADN dựa trình tự vùng gen rbcL giống bưởi đại diện 72 3.2.2 Phân tích mã vạch ADN dựa trình tự vùng gen rbcL giống chuối đại diện 76 3.2.3 Phân tích mã vạch ADN dựa trình tự vùng gen rbcL giống nhãn đại diện 79 3.2.4 Phân tích mã vạch ADN dựa trình tự vùng gen rbcL giống vải đại diện 82 3.3 XÂY DỰNG MÃ VẠCH ADN DỰA TRÊN VÙNG GEN MATK CHO MỘT SỐ NGUỒN GEN NGHIÊN CỨU 85 3.3.1 Phân tích mã vạch ADN dựa trình tự vùng gen matK giống bưởi đại diện 88 3.3.2 Phân tích mã vạch ADN dựa trình tự vùng gen matK giống chuối đại diện 92 3.3.3 Phân tích mã vạch ADN dựa trình tự vùng gen matK giống nhãn đại diện 95 3.3.4 Phân tích mã vạch ADN dựa trình tự vùng gen matK giống vải đại diện 99 3.4 XÂY DỰNG MÃ VẠCH ADN MỞ RỘNG DỰA TRÊN SNP BẰNG CÔNG NGHỆ GBS CHO MỘT SỐ NGUỒN GEN NGHIÊN CỨU .102 3.4.1 Xây dựng mã vạch ADN mở rộng dựa SNP công nghệ GBS cho giống bưởi nghiên cứu 102 3.4.2 Xây dựng mã vạch ADN mở rộng dựa SNP công nghệ GBS cho giống nhãn nghiên cứu 113 3.4.3 Xây dựng mã vạch ADN mở rộng dựa SNP công nghệ GBS cho giống vải nghiên cứu .122 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 134 KẾT LUẬN 134 v ĐỀ NGHỊ 135 DANH MỤC CÁC CƠNG TRÌNH CƠNG BỐ 136 LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN 136 TÀI LIỆU THAM KHẢO 137 I Tài liệu tham khảo Tiếng Việt 137 II Tài liệu tham khảo Tiếng Anh 145 III Các website tham khảo 160 PHỤ LỤC BẢNG SỐ LIỆU 162 PHỤ LỤC HÌNH 213 vi DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Từ viết tắt Nghĩa tiếng Anh A, C, G, T Adenine, Cytosine, Guanine, Nghĩa tiếng Việt Thyamine ADN Acid Deoxyribo Nucleic Axít Deoxyribonucleic ARN Acid Ribonucleic Axít ribonucleic Barcode Barcode Mã vạch BOLD Barcode of life data system Tổ chức hệ thống liệu mã vạch sống bp Base pair Cặp bazơ Cây ăn miền Nam CAQMN cDNA Complementary DNA ADN bổ trợ CIAT The International Center for Trung tâm Nghiên cứu Nông Tropical Agriculture nghiệp Nhiệt đới Quốc tế cpDNA Chloroplast DNA ADN lục lạp CO1 Cytochrome C oxidase CO1 cs DDBJ Cộng DNA Data bank of Japan Ngân hàng sở liệu ADN Nhật Bản DHT Dị hợp tử The European Molecular Biology Cơ sở liệu Châu Âu Laboratory sinh học phân tử enzyme ennzyme enzym EST Expressed Sequence Tag Đoạn trình tự biểu (là EMBL đoạn trình tự ngắn chuỗi cDNA) FAO FAOSTAT Food and Agriculture Organization Tổ chức Nông lương Liên Hiệp of the United Nations Quốc FAO’s statistical Số liệu thống kê Tổ chức vii Nông lương Liên hiệp quốc GBS Genotyping By Sequencing Phân tích kiểu gen giải trình tự GDP Gross Domestic Product Tổng sản phẩm quốc nội IBPGR International Board for Plant Ủy ban Quốc tế nguồn gen Genetic Resources trồng ID Identification Nhận dạng ISSR Internal Simple Senquence Repeats Chuỗi lặp lại đơn giản ITS Internal Transcribed Spacer Vùng đệm mã KHKT NLN Khoa học kỹ thuật Nông lâm MNPB nghiệp miền núi phía Bắc MatK Maturase K MatK NCBI National Center for Biotechnology Trung tâm thông tin Công nghệ Information Sinh học Quốc gia NC Nghiên cứu ăn miền CAQMN Nam NCRQ Nghiên cứu rau nDNA Nuclear DNA ADN nằm nhân NGS Next Generation Sequencing Giải trình tự gen hệ NHGRI National Human Genome Research Viện nghiên cứu hệ gen người Institute Quốc gia NN&PTNT Nông nghiệp Phát triển nông thôn NST Nhiễm sắc thể PIC Polymorphism Information content Hệ số đa dạng gen PCR Polymerase Chain Reaction Phản ứng chuỗi trung hợp RAPD Random amplified polymorphic ADN đa hình nhân DNA ngẫu nhiên Ribulose-1,5-bisphosphate rbcL RbcL viii Binh Khe chin som U hong la van Nguyen Hong Xuan Dinh Thieu Khai Xuan SNP Luc Ngan chin som alen Luc Ngan chinh vu SNPs Phu Dong chua chinsom ID Kiểu Thach Binh Vị trí Thieu Thanh Ha STT Catalog L2 L3 L4 L5 L6 L7 L10 L11 L12 L14 95 5410 61,G>C C;G G G G/C C/G G G G G G G/C 96 5513 1,T>A A;T T T A T/A A/T T T T T T 97 5538 63,A>G A;G A A A G/A G/A A A A 98 5574 22,T>C C;T T T C C T/C T/C T T C C 99 5575 11,G>A A;G G G G G G G G G G G/A 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 14360 14463 14479 14570 14659 14708 14713 14753 14797 14911 14919 14946 14949 15056 15231 15408 15450 15497 15548 15646 15719 15757 15797 48,T>C 61,G>A 89,G>T 35,G>A 39,T>C 15,A>G 84,A>G 43,C>T 62,C>G 27,C>T 63,G>A 22,G>A 4,A>G 47,G>A 68,C>G 19,T>A 62,T>C 24,G>A 80,A>G 34,C>T 52,A>G 30,G>A 49,C>T C;T A;G G;T A;G C;T A;G A;G C;T C;G C;T A;G A;G A;G A;G C;G A;T C;T A;G A;G C;T A;G A;G C;T T G G A T A G/A C C C G G A G/A C A T/C G A T/C A A/G C T G G A T A A C C C G G A A C A T/C G A T/C A G C C A T G C G G C G T A A G G G A T A G T G G T C A T G C G G C G T A G G G G A T A A T G G T C G/A T/G A/G T/C G/A G C G/C T/C G/A G/A G/A A/G G/C A T/C G/A G/A T/C G/A G T/C C/T A T/G G/A C G/A G C G/C C G/A A G/A G G/C A T/C A G/A T/C G/A G C C G G A T A G C G T A G G G G A T G A T/C A G T C A T G C G G C G/C T/C G/A G/A G/A A/G G/C A T/C A G T G G T T G G A T A G T/C C C G G A G C T/A T G A T A G C C G T G/A T A G C C T G A G G G A T G G T G G/A C G/A G/A 206 C G C A C T A G/A G G T C G G/A G C T G T G/A G C A T T C C G Thieu Khai Xuan T A/C A C A C/T C/T A/G G G C/G T C A/G G G C T G C/T G G C A/C T T C C/T G Xuan Dinh T Nguyen Hong L3 U hong la van C;T A;C A;G C;T A;G C;T C;T A;G A;G A;G C;G C;T A;C A;G A;G A;G C;T C;T A;G C;T A;G C;G C;G A;C G;T G;T C;T C;T A;G L2 Binh Khe chin som 85,T>C 82,A>C 20,G>A 12,T>C 27,G>A 57,C>T 38,T>C 5,A>G 73,A>G 20,A>G 6,G>C 52,C>T 32,C>A 52,G>A 55,G>A 49,G>A 24,C>T 16,T>C 72,G>A 84,T>C 29,A>G 20,G>C 88,C>G 65,A>C 73,T>G 40,T>G 28,C>T 63,C>T 73,G>A SNP Luc Ngan chin som 15835 15877 15904 15905 15922 15934 15978 16071 16135 16247 16269 16278 16340 16419 16501 16566 16630 16669 16684 16728 16800 16826 16846 16964 17027 17040 17102 17111 17149 alen Luc Ngan chinh vu SNPs Phu Dong chua chinsom ID Kiểu Thach Binh 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 Vị trí Thieu Thanh Ha STT Catalog L4 L5 L6 L7 L10 L11 L12 L14 C C A A A A C T/C G G T T C C G G G G G/A G/A C G/C T T A A A A G G G/A A T T T T A A C C G G C C C C A A G G G G T T T T G G C/T A/C G/A C G C/T C/T A/G G G G/C T C/A A/G A/G G/A T T/C A C/T G G/C G/C A G/T G T/C C/T G C/T A A C A/G T C A/G G G C T C/A A G G/A C/T T A/G C G G/C C A G/T T/G T/C C/T C A A C A T C G G G/A G/C T A A G/A G/A T T A C/T G C C A G T C C/T G C A A C G C/T C/T A/G G G G/C T C/A A/G G A T T A C G C C A G/T G T T G T A G C G C T A A G G C C G G G C T G T G G C A T T C C G T/C A A C G C C G G G C T C A G A T C G C G G C A T/G T/G C T G A/G 207 Binh Khe chin som U hong la van Nguyen Hong Xuan Dinh Thieu Khai Xuan SNP Luc Ngan chin som alen Luc Ngan chinh vu SNPs Phu Dong chua chinsom ID Kiểu Thach Binh Vị trí Thieu Thanh Ha STT Catalog L2 L3 L4 L5 L6 L7 L10 L11 L12 L14 T A G G G T T T A C 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 17244 17316 17332 17386 17389 17416 17543 17721 17782 17805 17813 17818 17833 64,C>T 24,A>G 41,A>G 32,T>G 89,G>C 52,G>T 50,G>T 60,G>T 85,A>G 19,C>T 82,C>T 24,G>A 16,G>A C;T A;G A;G G;T C;G G;T G;T G;T A;G C;T C;T A;G A;G T A A T G G G G A C C A G T A A T G G G G A C C A A T A G G G/C T T G G C C G/A G T/C A G G C T T G G C C G G T G/A G/A T/G G/C T/G T/G G G C/T C A G/A T G/A G T G/C T/G T G A/G C C G/A G/A T A A G G G G G A C C G G T A G G G G G G A C C A G/A T A A T G G G G A T/C C A G T G/A G 320 17993 4,A>G A;G G/A G G G G G G G G G 321 18000 14,G>T G;T G G T T T G/T T T G T 322 18010 51,G>T G;T G T T T T T G T G T 323 18033 8,A>T A;T T/A A A T/A T/A T/A A T/A A T 324 18125 58,C>T C;T C C/T C C C T/C C C C C 325 18139 71,G>C C;G G/C G/C G G G/C G/C G G G G 326 18170 39,T>C C;T T/C C C C C/T C C C T C 327 18197 10,G>A A;G G C/G G G G G/C G G G A 328 18212 79,C>T C;T G G A A G/A G/A G A G G/A 329 18274 27,A>G A;G A A/G G A A/G G G A A G 330 18359 76,G>A A;G G A/G G G G G/A G G G A 331 18390 60,C>T C;T C C T T T/C T/C C T C C 332 18506 13,A>G A;G A A G G G/A G G G A A 333 18518 53,C>T C;T T T C C C/T C/T C C T T/C 334 18550 66,G>A A;G G A/G A A A/G A A A/G G A 335 18606 23,G>A A;G G/A G/A G G G/A G G G/A G G 208 Binh Khe chin som U hong la van Nguyen Hong Xuan Dinh Thieu Khai Xuan SNP Luc Ngan chin som alen Luc Ngan chinh vu SNPs Phu Dong chua chinsom ID Kiểu Thach Binh Vị trí Thieu Thanh Ha STT Catalog L2 L3 L4 L5 L6 L7 L10 L11 L12 L14 336 18698 55,T>C C;T T T C C T/C T C T/C T T 337 18778 78,A>G A;G A A G G G A/G G G A A 338 18795 90,A>G A;G G G G G/A G G/A G/A G G G 339 18800 13,C>G C;G G/C G C C G/C C C G/C G/C C 340 18855 57,G>C C;G C G/C C C C C G/C C G/C C 341 19150 78,A>G A;G A A G G G/A G/A A G A G 342 19299 16,T>C C;T T T C C T/C T/C C C T C 343 19308 48,C>T C;T C C T/C T T/C T/C C T/C C C 344 19340 46,A>G A;G A A G/A A G G A G/A A A 345 19355 46,T>C C;T C C T/C C T C C T/C C C 346 19402 31,A>T A;T T/A A A A A A A A A A 347 19404 81,C>T C;T C C C C T/C T/C C T/C C C 348 19441 28,A>G A;G A A A G A A A A A A 349 19455 49,A>G A;G G/A G G G G/A G G G/A G/A G 239 26 30 10 25 64 29 18 12 21 Tổng số SNP đặc trưng 209 Bảng 26 Hệ số đa dạng locut SNP giống nhãn nghiên cứu Tần số Kiểu alen gen Tổng số mẫu No alen H.s đa dạng gen H.s dị hợp PIC TT Locut SNP SNP-N-120919 0,95 11 0,09 0,09 0,08 SNP-N-8934 0,91 11 0,17 - 0,15 SNP-N-253604 0,82 11 0,3 0,36 0,25 SNP-N-37851 0,73 11 0,4 0,55 0,32 SNP-N-29557 0,95 11 0,09 0,09 0,08 SNP-N-223933 0,82 11 0,3 0,36 0,25 SNP-N-24480 0,86 11 0,24 0,09 0,21 SNP-N-140148 0,86 11 0,24 0,09 0,23 SNP-N-87538 0,86 11 0,24 0,09 0,23 10 SNP-N-13149 0,82 11 0,31 - 0,29 11 SNP-N-251417 0,86 11 0,24 0,09 0,23 12 SNP-N-9047 0,82 11 0,31 - 0,29 13 SNP-N-117212 0,86 11 0,24 0,09 0,23 14 SNP-N-98759 0,86 11 0,24 0,09 0,23 15 SNP-N-93310 0,86 11 0,24 0,09 0,23 16 SNP-N-6367 0,82 11 0,31 - 0,29 17 SNP-N-56005 0,86 11 0,24 0,09 0,23 18 SNP-N-41894 0,86 11 0,24 0,09 0,21 19 SNP-N-37943 0,86 11 0,24 0,09 0,23 20 SNP-N-37593 0,82 11 0,31 - 0,29 21 SNP-N-37015 0,86 11 0,24 0,09 0,23 22 SNP-N-30030 0,86 11 0,24 0,09 0,23 23 SNP-N-250278 0,73 11 0,43 - 0,39 24 SNP-N-250261 0,86 11 0,24 0,09 0,23 25 SNP-N-218817 0,86 11 0,24 0,09 0,23 26 SNP-N-21760 0,86 11 0,24 0,09 0,23 27 SNP-N-199277 0,77 11 0,35 0,27 0,29 28 SNP-N-162297 0,86 11 0,24 0,09 0,23 29 SNP-N-160370 0,82 11 0,31 - 0,29 30 SNP-N-149140 0,86 11 0,24 0,09 0,23 31 SNP-N-139040 0,82 11 0,31 - 0,29 210 Tần số Kiểu alen gen Tổng số mẫu No alen H.s đa dạng gen H.s dị hợp PIC TT Locut SNP 32 SNP-N-13457 0,86 11 0,24 0,09 0,23 33 SNP-N-82856 0,86 11 0,24 0,09 0,23 34 SNP-N-130143 0,82 11 0,31 0,18 0,29 35 SNP-N-108297 0,64 11 0,51 - 0,44 36 SNP-N-250300 0,68 11 0,48 0,45 0,42 37 SNP-N-217947 0,86 11 0,24 0,09 0,23 38 SNP-N-37698 0,73 11 0,43 0,18 0,39 39 SNP-N-98526 0,86 11 0,24 0,09 0,23 40 SNP-N-59286 0,55 11 0,6 0,36 0,53 41 SNP-N-136398 0,73 11 0,43 0,18 0,39 42 SNP-N-199261 0,55 11 0,56 - 0,48 43 SNP-N-98623 0,68 11 0,48 0,45 0,42 44 SNP-N-93617 0,64 11 0,51 - 0,44 45 SNP-N-45308 0,55 11 0,56 - 0,48 46 SNP-N-228358 0,73 11 0,43 0,36 0,39 47 SNP-N-1938 0,82 11 0,31 - 0,29 48 SNP-N-83533 0,73 11 0,43 0,36 0,39 49 SNP-N-6963 0,77 11 0,38 0,27 0,34 50 SNP-N-56856 0,64 11 0,51 - 0,44 51 SNP-N-54868 0,45 11 0,58 - 0,49 52 SNP-N-41443 0,45 11 0,58 - 0,49 53 SNP-N-40998 0,45 11 0,58 - 0,49 54 SNP-N-4098 0,77 11 0,38 0,27 0,34 55 SNP-N-33568 0,73 11 0,43 - 0,39 56 SNP-N-24079 0,45 11 0,58 - 0,49 57 SNP-N-21004 0,55 11 0,56 - 0,48 58 SNP-N-209949 0,64 11 0,51 - 0,44 59 SNP-N-117056 0,77 11 0,38 0,27 0,34 60 SNP-N-19147 0,76 11 0,36 0,12 0,32 61 SNP-N-18720 0,59 11 0,54 0,45 0,46 62 SNP-N-223492 0,77 11 0,38 0,09 0,34 63 SNP-N-220728 0,73 11 0,43 0,18 0,39 64 SNP-N-19123 0,73 11 0,43 0,18 0,39 211 Tần số Kiểu alen gen Tổng số mẫu No alen H.s đa dạng gen H.s dị hợp PIC TT Locut SNP 65 SNP-N-172126 0,73 11 0,43 0,18 0,39 66 SNP-N-101352 0,68 11 0,48 0,09 0,42 67 SNP-N-8749 0,77 11 0,38 0,09 0,34 68 SNP-N-75344 0,5 11 0,57 0,09 0,48 Trung bình 0,76 11 0,36 0,12 0,32 212 PHỤ LỤC HÌNH Hình Khảo sát giống bưởi nghiên cứu thị EST-SSR 213 Hình Khảo sát giống chuối nghiên cứu thị SCoT 214 Hình Khảo sát giống nhãn nghiên cứu thị SCoT 215 Hình Khảo sát giống vải nghiên cứu thị SCoT 216 Hình BLAST trình tự gen rbcL giống bưởi Thanh Trà - G2 Hình BLAST trình tự gen rbcL giống chuối Tiêu Hồng - B2 Hình BLAST trình tự gen rbcL giống chuối Trăm Nải - B4 217 Hình BLAST trình tự gen rbcL giống vải Thiều Thanh Hà - L2 Thạch Bình - L3 218 Hình BLAST trình tự gen matK giống bưởi Da Xanh - G27 Hình 10 BLAST trình tự gen matK giống chuối Tiêu Hồng - B2 219 Hình 11 BLAST trình tự gen matK giống nhãn Long Gia Sần - N14 220 ... ? ?Nghiên cứu xây dựng mã vạch ADN số nguồn gen trồng có giá trị kinh tế nhằm phục vụ công tác bảo tồn chọn tạo giống? ?? MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU CỦA ĐỀ TÀI LUẬN ÁN Đề tài luận án ? ?Nghiên cứu xây dựng mã vạch. .. vạch ADN số nguồn gen trồng có giá trị kinh tế nhằm phục vụ cơng tác bảo tồn chọn tạo giống? ?? thực để xây dựng mã vạch ADN từ trợ giúp cho công tác phân loại, nhận dạng nguồn gen ăn có giá trị kinh. .. GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM NGUYỄN THỊ NGỌC LAN NGHIÊN CỨU XÂY DỰNG MÃ VẠCH ADN CỦA MỘT SỐ NGUỒN GEN CÂY TRỒNG CÓ GIÁ TRỊ KINH TẾ NHẰM PHỤC VỤ