Nghiên cứu xây dựng quy trình chẩn đoán helicobacter pylori bằng nested PCR từ dịch dạ dày

ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TRẦN NGỌC ANH NGHIÊN CỨU XÂY DỰNG QUY TRÌNH CHẨN ĐỐN HELICOBACTER PYLORI BẰNG NESTED PCR TỪ DỊCH DẠ DÀY LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC ỨNG DỤNG THÁI NGUYÊN - 2019 Số hóa Trung tâm Học liệu Cơng nghệ thông tin – ĐHTN http://lrc.tnu.edu.vn iii ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TRẦN NGỌC ANH NGHIÊN CỨU XÂY DỰNG QUY TRÌNH CHẨN ĐỐN HELICOBACTER PYLORI BẰNG NESTED PCR TỪ DỊCH DẠ DÀY Ngành: Công nghệ Sinh học Mã số: 84 20 201 LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC ỨNG DỤNG Người hướng dẫn khoa học: TS NGUYỄN PHÚ HÙNG THÁI NGUYÊN - 2019 Số hóa Trung tâm Học liệu Công nghệ thông tin – ĐHTN http://lrc.tnu.edu.vn iii LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan số liệu kết trình bày luận văn trung thực chưa công bố cơng trình Mọi kết thu không chỉnh sửa, chép từ nghiên cứu khác Mọi trích dẫn luận văn ghi rõ nguồn gốc Tác giả Trần Ngọc Anh Số hóa Trung tâm Học liệu Công nghệ thông tin – ĐHTN http://lrc.tnu.edu.vn iii LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành luận văn em xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành tới: Ban Giám hiệu, phòng Đào tạo, trường Đại học Khoa học - Đại học Thái Nguyên Các thầy cô cán Khoa Công nghệ Sinh học tận tình dạy dỗ, truyền dạy kiến thức kinh nghiệm nghiên cứu khoa học cho chúng em năm qua Em xin chân thành cảm ơn thầy giáo TS Nguyễn Phú Hùng, người thầy định hướng nghiên cứu tận tình hướng dẫn, bảo cho em suốt thời gian em thực hồn thành luận văn Trong suốt q trình thực đề tài, em nhận nhiều quan tâm giúp đỡ từ gia đình, bạn bè, đồng nghiệp anh, chị nhóm nghiên cứu, người ln động viên, khích lệ em, tạo cho em động lực niềm say mê nghiên cứu khoa học Em vơ biết ơn tất tình cảm tốt đẹp mà người dành cho em Thái Nguyên, tháng 11 năm 2019 Tác giả Trần Ngọc Anh Số hóa Trung tâm Học liệu Cơng nghệ thông tin – ĐHTN http://lrc.tnu.edu.vn MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i MỤC LỤC III DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT V DANH MỤC CÁC BẢNG VI DANH MỤC CÁC HÌNH VII MỞ ĐẦU 1 Đặt vấn đề Mục tiêu nghiên cứu Nội dung nghiên cứu gồm CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Vi khuẩn Helicobacter pylori 1.1.1 Lịch sử nghiên cứu H pylori 1.1.2 Đặc điểm hình thái học H pylori 1.1.3 Cơ chế gây bệnh H pylori 1.2 Gen mã hoá CagA (cytotoxine associated gene A) 1.3 Các phương pháp chẩn đoán vi khuẩn H pylori 1.3.1 Các xét nghiệm xâm hại qua nội soi dày tá tràng (invasive test) 1.3.2 Các thử nghiệm không xâm lấn 19 1.4 Nested PCR chẩn đoán H pylori 23 1.4.1 Khái niệm Nested PCR 23 1.4.2 Ứng dụng Nested PCR chẩn đoán H pylori 24 CHƯƠNG VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 26 2.1 Vật liệu nghiên cứu 26 Số hóa Trung tâm Học liệu Công nghệ thông tin – ĐHTN http://lrc.tnu.edu.vn 2.1.1 Mẫu bệnh phẩm 26 2.1.2 Hóa chất, dụng cụ thiết bị 26 2.2 Địa điểm thời gian 27 Số hóa Trung tâm Học liệu Cơng nghệ thông tin – ĐHTN http://lrc.tnu.edu.vn 2.3 Phương pháp nghiên cứu 27 2.3.1 Phương pháp thu nhận mẫu bệnh phẩm dịch dày 27 2.3.2 Phương pháp tách chiết DNA tổng số từ mẫu bệnh phẩm 27 2.3.3 Phương pháp tách chiết DNA tổng số từ mẫu chủng vi khuẩn 28 2.3.4 Phương pháp đo DNA tổng số 29 2.3.5 Phương pháp Nested PCR 29 2.3.6 Phương pháp điện di DNA gel agarose 33 2.3.7 Phương pháp xử lý số liệu 34 CHƯƠNG KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 35 3.1 Kết tách DNA từ chủng vi khuẩn Helicobacter pylori dịch dày 35 3.2 Khuếch đại DNA đặc trưng genome H pylori kỹ thuật Nested PCR 36 3.3 Xác định độ nhạy kỹ thuật Nested PCR phát H pylori 38 3.3 Xác định gen CagA vi khuẩn H pylori Nested PCR 39 3.4 Áp dụng kỹ thuật Nested PCR để đánh giá mức độ nhiễm H pylori chủng H pylori mang gen CagA mẫu bệnh phẩm 41 3.5 Xây dựng quy trình chẩn đốn mức độ phòng thí nghiệm 44 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 46 TÀI LIỆU THAM KHẢO 47 Số hóa Trung tâm Học liệu Cơng nghệ thơng tin – ĐHTN http://lrc.tnu.edu.vn 55 DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT Campylobacter Like Organism test Clotest Cytotoxine associated gen A CagA Deoxyribonucleic acid DNA Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay ELISA Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay ELISA Heptose - bisphosphate HBP Immuno Globulin A IgA Immuno Globulin G IgG Immuno Globulin M IgM Nuclear factor kappa B NFkB Pathogenicity island PAI Ribonucleic acid RNA Urea Breath Test UBT Vacuolating toxin gene A VacA Số hóa Trung tâm Học liệu Công nghệ thông tin – ĐHTN http://lrc.tnu.edu.vn 66 DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 2.1 Các cặp mồi sử dụng cho phản ứng Nested PCR 31 Bảng 2.2 Thành phần phản ứng PCR vòng 31 Bảng 2.3 Thành phần phản ứng cho vòng 31 Bảng 2.4 Chu kì nhiệt cho vòng phản ứng Nested- PCR 32 Bảng 2.5 Các cặp mồi sử dụng cho phản ứng Nested PCR phát gen CagA 32 Bảng 2.6 Thành phần phản ứng PCR cho vòng 33 Bảng 2.7 Chu kì nhiệt cho vòng phản ứng Nested- PCR 33 Bảng 3.1 Nồng độ DNA tổng số tách chiết từ mẫu bệnh phẩm chủng H pylori đối chứng 35 Bảng 3.2 Kết phân tích từ mẫu bệnh phẩm bệnh nhân 41 Số hóa Trung tâm Học liệu Cơng nghệ thơng tin – ĐHTN http://lrc.tnu.edu.vn 7 DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 1.1 Vi khuẩn H pylori Hình 1.2 Mẫu thử Clotest Hình 1.3 Vi khuẩn H pylori đĩa nuôi cấy phân lập 11 Hình 1.4 Viêm dày lympho 14 Hình 1.5 Viêm dày hạt 16 Hình 1.6 Nguyên lý test thở 13C 14C 20 Hình 1.7 Nested PCR 24 Hình 3.1 Kết tách chiết DNA tổng số 35 Hình 3.2 Hình ảnh điện di sản phẩm PCR vòng khuếch đại DNA đặc trưng vi khuẩn H pylori 37 Hình 3.3 Hình ảnh điện di sản phẩm PCR vòng khuếch đại DNA đặc trưng vi khuẩn H.pylori 37 Hình 3.4 Độ nhạy phản ứng Nested PCR khuếch đại đoạn DNA đặc trưng genome H pylori 38 Hình 3.5 Hình ảnh điện di sản phẩm PCR gen CagA vòng 39 Hình 3.6 Hình ảnh điện di sản phẩm PCR gen CagA vòng .40 Hình 3.7 Hình ảnh điện di sản phẩm PCR khuếch đại DNA đặc trưng vi khuẩn H pylori 40 Hình 3.8 Hình ảnh điện di sản phẩm PCR khuếch đại DNA đặc trưng vi khuẩn H pylori 40 Hình 3.9 Quy trình chẩn đốn H pylori phương pháp Nested PCR áp dụng cho phòng thí nghiệm 45 Số hóa Trung tâm Học liệu Công nghệ thông tin – ĐHTN http://lrc.tnu.edu.vn 42 T T 2 2 3 3 3 Kết K M T ã Dươquả  D ết  uổ Bi ng mư m B v N B v N B v N B v N B v N B v N B v N B v N B N B v N B v N B v N B v N B N B v N B v N B v N B v N B v N B v N T ổ Phần 85 10 trăm ,7 Tín Gh h i Số hóa Trung tâm Học liệu Công nghệ thông tin – ĐHTN http://lrc.tnu.edu.vn 43 43 Kết phân tích 35 bệnh nhân lấy mẫu dịch dày qua nội soi cho thấy, tỷ lệ bệnh nhân dương tính với vi khuẩn H pylori chiếm 85,7%, tỷ lệ âm tính chiếm 14,3% Nhiều nghiên cứu có mối liên quan rõ rệt mức độ nhiễm H pylori mức độ tổn thương mô bệnh học, nhiễm H pylori nặng tổn thương viêm nặng mức độ hoạt động viêm mạnh đặc biệt bệnh lý dày tá tràng gây nên chủng CagA(+) Khi tải lượng vi khuẩn cao liên quan có ý nghĩa đến tăng tổn thương cấp tính tăng sinh niêm mạc biểu mô kéo dài thay đổi đáp ứng hàng rào bảo vệ dẫn đến loét loạn sản niêm mạc dày [52] Realtime-PCR sử dụng thông thường để định lượng DNA H pylori mẫu sinh thiết, Realtime-PCR khơng nhạy cảm Nested PCR thường dựa dụng cụ thương mại, đắt đặc biệt hai gen nhắm mục tiêu Phương pháp PCR vòng đơn thơng thường để phát H pylori đặc biệt sau điều trị tiệt trừ phát mầm bệnh thực Nested PCR phương pháp trước tương đối việc phát số lượng thấp Do đó, Nested PCR đề xuất theo tiêu chuẩn vàng với điều kiện PCR quan tâm Nested PCR thực Mishra cộng báo cáo 62,5% bệnh nhân dương tính với H pylori nhắm mục tiêu gen Hsp60 [39] Nested PCR nhắm mục tiêu gen Hsp60 dường phương pháp thay tốt phương pháp khơng xâm lấn để phát nhiễm H pylori mẫu phân xét nghiệm xâm lấn nội soi không khả thi Một số nghiên cứu thực để chẩn đoán H pylori nhắm mục tiêu 16S rRNA, kháng nguyên 26-kDa, Hsp60, ureA, glmM, VacA gen CagA Sự phát triển Số hóa Trung tâm Học liệu Công nghệ thông tin – ĐHTN http://lrc.tnu.edu.vn 44 44 thử nghiệm thương mại để phát H pylori chắn cung cấp phương pháp chẩn đoán xác thuận tiện Nghiên cứu Nguyễn Văn Số hóa Trung tâm Học liệu Cơng nghệ thông tin – ĐHTN http://lrc.tnu.edu.vn 45 45 Ngoan nhiễm H pylori mức độ nhẹ chiếm 44,3%, vừa 32,9% nặng 23,1% [4] Theo Nguyễn Thị Việt Hà nghiên cứu 143 trẻ viêm dày có nhiễm H pylori, có 11,2% bệnh nhân có nhiễm H pylori (+++), 31,5% bệnh nhân nhiễm H pylori (++) 57,3% nhiễm H pylori (+) [1] Theo Nguyễn Hoài Chân cộng sự, tỉ lệ bệnh nhân nhiễm H pylori (++) chiếm tỉ lệ cao 55,1%, nhiễm H pylori (+) chiếm 20,5% 24,4% bệnh nhân nhiễm H pylori (+++) [5] Tỷ lệ mang gen CagA chiếm 90%, tỷ lệ âm tính chiếm 10% Gần đây, số nghiên cứu khác Việt Nam cho thấy gen CagA có tỷ lệ từ 7192% người bị nhiễm H pylori [2] Tỷ lệ CagA(+) bệnh nhân ung thư dày Kumar S, Kumar A, Trần Ngọc Ánh 100%; 80,9% [1] Tỷ lệ vi khuẩn mang gen CagA H pylori báo cáo từ vùng khác giới từ 50 - 70% nước châu Âu chiếm > 90% châu Á [5] 3.5 Xây dựng quy trình chẩn đốn mức độ phòng thí nghiệm Quy trình thực phản ứng Nested PCR áp dụng chẩn đoán mức phòng thí nghiệm Bước đầu chúng tơi ứng dụng thành cơng kỹ thuật để chẩn đốn 35 mẫu bệnh phẩm dịch dày bệnh nhân Trên sở đó, chúng tơi đề xuất quy trình chung để chẩn đoán cho mẫu bệnh phẩm dịch dày mức độ phòng thí nghiệm gồm bước sau: - Bước 1: Thu nhận mẫu bệnh phẩm đưa phòng xét nghiệm - Bước 2: Ly tâm thu cặn tế bào Tách chiết DNA trực tiếp bệnh phẩm bệnh nhân theo quy trình hướng dẫn nhà sản xuất Qiagen - Bước 3: Đo DNA mát quang phổ Nanodrop Số hóa Trung tâm Học liệu Công nghệ thông tin – ĐHTN http://lrc.tnu.edu.vn 46 46 - Bước 4: Với mẫu bệnh phẩm, tiến hành kiểm tra chạy vòng PCR với thành phần phản ứng chu trình nhiệt - Bước 5: Điện di kiểm tra gel agarose 1,5% với marker Đọc kết máy phát tia UV Dựa kết điện di thu được, tiến hành phân Số hóa Trung tâm Học liệu Cơng nghệ thơng tin – ĐHTN http://lrc.tnu.edu.vn 47 47 tích băng DNA xuất để xác định xem mẫu bệnh phẩm có dương tính với vi khuẩn H pylori hay khơng, dương tính có mang gen CagA hay khơng Tồn quy trình chẩn đốn thực sơ đồ hóa sau: Lấy mẫu bệnh phẩm dịch dày thông qua nội soi từ bệnh nhân Ly tâm thu cặn tế bào, Tách chiết DNA kit Qiagen mini Đo DNA máy quang phổ Nanodrop Số hóa Trung tâm Học liệu Công nghệ thông tin – ĐHTN http://lrc.tnu.edu.vn 48 48 PCR lần (cho đoạn DNA đặc trưng H pylori gen CagA) PCR lần (cho đoạn DNA đặc trưng H pylori gen CagA) Điện di kiểm tra gel agarose 2% Phân tích kết điện di đưa kết luận Hình 3.9 Quy trình chẩn đoán H pylori phương pháp Nested PCR áp dụng cho phòng thí nghiệm Số hóa Trung tâm Học liệu Công nghệ thông tin – ĐHTN http://lrc.tnu.edu.vn KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ Kết luận Đã tách chiết DNA tổng số từ mẫu bệnh phẩm từ chủng đối chứng, đó, mẫu bệnh phẩm thu hàm lượng DNA thấp, độ tinh thấp (tỷ số 260/280 từ 0,87-0,94) Đã xác định có mặt vi khuẩn H pylori mẫu bệnh phẩm phản ứng Nested-PCR Đã xác định có mặt gen CagA mẫu vi khuẩn H.pylori dương tính mẫu bệnh phẩm Nested PCR Phân tích 35 mẫu bệnh phẩm tỷ lệ dương tính với H pylori 85,7%, tỷ lệ dương tính với gen CagA 90% Thiết lập quy trình (sơ đồ) chẩn đoán H pylori kỹ thuật Nested PCR Đối với phương pháp Nested PCR xác định sớm vi khuẩn H pylori với lượng vi khuẩn nhỏ Kiến nghị Ứng dụng kỹ thuật chẩn đoán vi khuẩn H pylori kỹ thuật Nested PCR từ dịch dày TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng Việt Nguyễn Thị Việt Hà (2013), "Tìm hiểu mối liên quan số lượng vi khuẩn với biểu lâm sàng, nội soi mô bệnh học bệnh nhân viêm, loét dày tá tràng Helicobacter pylori.", Tạp chí y học thực hành 2, pp 89-92 Vũ Minh Hoàn, Nguyễn Trọng Thông Vũ Thị Ngọc Thanh (2012), "Nghiên cứu độc tính cấp ảnh hưởng cao Vị quản khang thể trạng hệ thống tạo máu động vật thực nghiệm", Tạp chí Y học thực hành 8(838), p 10 Nguyễn Gia Khánh Nguyễn Văn Bàng (2009), "Nhiễm Helicobacter pylori trẻ em, lâm sàng điều trị", Nhà xuất y học, pp 128-155 Nguyễn Văn Ngoan (2004), "Nghiên cứu đặc điểm lâm sàng, nội soi, mô bệnh học kết điều trị viêm dày mạn tính có nhiễm Helicobacter pylori trẻ em", Luận án tiến sỹ y học, Đại học Y Hà Nội, Hà Nội Nguyễn Hoài Chân, Nguyễn Gia Khánh, Phạm Thị Thu Hương (2012), "Nghiên cứu số đặc điểm nội soi tổn thương mô bệnh học trẻ em đau bụng tái diễn có hội chứng dày - tá tràng", Tạp chí Nhi khoa 5(3), pp 20-25 Tài liệu tiếng Anh Abe T et al (2011), "Impact of Helicobacter pylori CagA diversity on gastric mucosal damage: an immunohistochemical study of East-Asiantype CagA", J Gastroenterol Hepatol 26(4), pp 688-93 Backert S and Tegtmeyer N (2017), "Type IV Secretion and Signal Transduction of Helicobacter pylori CagA through Interactions with Host Cell Receptors", Toxins (Basel) 9(4) Bhatti T R et al (2011), "Lymphocytic gastritis in pediatric celiac disease", Pediatr Dev Pathol 14(4), pp 280-3 Carmack Sw et al (2009), "Lymphocytic disorders of the gastrointestinal tract: a review for the practicing pathologist", Adv Anat Pathol 16(5), pp 290-306 doi 10.1097/PAP.0b013e3181b5073a 10 Delgado J S, Landa E, and Ben-Dor D (2013), "Granulomatous gastritis and Helicobacter pylori infection", Isr Med Assoc J 15(6), pp 317-8 11 12 Digestives, Infections J Gut (2002), "Risk factors for atrophic chronic gastritis in a European population: results of the Eurohepygast study" 50, pp 779-785 Dolak Werner et al (2017), "A multicenter prospective study on the diagnostic performance of a new liquid rapid urease test for the diagnosis of Helicobacter pylori infection", Gut Pathogens 9, p 78 13 Drumm Brendan et al (2000), "Helicobacter pylori infection in children: a consensus statement", Journal of pediatric gastroenterology and nutrition 30(2), pp 207-213 14 Du Y et al (2006), "Helicobacter pylori and Schistosoma japonicum co- infection in a Chinese population: helminth infection alters humoral responses to H pylori and serum pepsinogen I/II ratio", Microbes Infect 15 16 17 18 8(1), pp 52-60 El Demellawy D, Otero C, and Radhi J (2009), "Primary gastric lymphoma with florid granulomatous reaction", J Gastrointestin Liver Dis 18(1), pp 99-101 Elitsur Yoram et al (2008), "Does Helicobacter pylori protect children from reflux disease?", Journal of clinical gastroenterology 42(2), pp 215-216 Fox J G et al (2007), "Accelerated progression of gastritis to dysplasia in the pyloric antrum of TFF2 -/- C57BL6 x Sv129 Helicobacter pyloriinfected mice", Am J Pathol 171(5), pp 1520-8 Fuentebella J et al (2009), "Abdominal pain, gastrointestinal bleeding, and weight loss in a 17-year-old male", Dig Dis Sci 54(4), pp 722-4 19 Gall A et al (2017), "TIFA Signaling in Gastric Epithelial Cells Initiates the cag Type Secretion System - Dependent Innate Immune Response to Helicobacter pylori Infection", MBio 8(4) 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 Gilani Ali et al (2017), "VacA and CagA genotypes status and antimicrobial resistance properties of Helicobacter pylori strains isolated from meat products in Isfahan province, Iran" 18(2), p 97 Goodwin CS and Armstrong JA (1990), "Microbiological aspects of Helicobacter pylori (Campylobacter pylori)", European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases 9(1), pp 1-13 Han S H, Joo M, and Kim K M (2013), "High proportion of granzyme B+ intraepithelial lymphocytes contributes to epithelial apoptosis in Helicobacter pylori - associated lymphocytic gastritis", Helicobacter 18(4), pp 290-8 Haot J et al (1990), "Lymphocytic gastritis prospective study of its relationship with varioliform gastritis", Gut 31(3), pp 282-5 Hatakeyama Masanori (2017), "Structure and function of Helicobacter pylori CagA, the first-identified bacterial protein involved in human cancer", Proceedings of the Japan Academy Series B, Physical and Biological Sciences 93(4), pp 196-219 Hayashi T et al (2017), "Differential Mechanisms for SHP2 Binding and Activation Are Exploited by Geographically Distinct Helicobacter pylori CagA Oncoproteins", Cell Rep 20(12), pp 2876-2890 Hirai Itaru et al (2009), "A method for assessment of Helicobacter pylori genotype using stool specimens" 56(1), pp 63-66 Inagaki-Ohara K et al (1997), "Potential for involvement of Fas antigen/Fas ligand interaction in apoptosis of epithelial cells by intraepithelial lymphocytes in murine small intestine", Lab Invest 77(5), pp 421-9 Ismail Hawazen et al (2016), "A newly developed nested PCR assay for the detection of Helicobacter pylori in the oral cavity" 50(1), pp 17-22 Ji Rui et al (2010), "Confocal laser endomicroscopy for diagnosis of Helicobacter pylori infection: a prospective study", Journal of gastroenterology and hepatology 25(4), pp 700-705 30 Joo Mee (2017), "Rare Gastric Lesions Associated with Helicobacter pylori Infection: A Histopathological Review", Journal of pathology and translational medicine 51(4), pp 341-351 31 Kim Y S et al (2009), "A Case of H pylori - associated Granulomatous Gastritis with Hypertrophic Gastropathy", Gut Liver 3(2), pp 137-40 32 Konturek JW (2003), "Discovery by Jaworski of Helicobacter pylori and its pathogenetic role in peptic ulcer, gastritis and gastric cancer", Journal of physiology and pharmacology 54(S3), pp 23-41 33 Koyama S and Nagashima F (2003), "Idiopathic granulomatous gastritis with multiple aphthoid ulcers", Intern Med 42(8), pp 691-5 34 Link Alexander et al (2017), "Helicobacter pylori VacA genotype is a predominant determinant of immune response to Helicobacter pylori CagA", World Journal of Gastroenterology 23(26), pp 4712-4723 35 Marshall Barry J and Warren J Robin (1984), "Unidentified curved bacilli in the stomach of patients with gastritis and peptic ulceration", The Lancet 323(8390), pp 1311-1315 36 Mishra Shrutkirti et al (2008), "Detection of Helicobacter pylori in stool specimens: comparative evaluation of nested PCR and antigen detection" 2(03), pp 206-210 37 Nagase L et al (2015), "Dramatic increase in SHP2 binding activity of Helicobacter pylori Western CagA by EPIYA-C duplication: its implications in gastric carcinogenesis", Sci Rep 5, p 15749 38 Negash Markos et al (2018), "Evaluation of SD BIOLINE H pylori Ag rapid test against double ELISA with SD H pylori Ag ELISA and EZSTEP H pylori Ag ELISA tests", BMC Clinical Pathology 18, p 39 Nielsen J A et al (2014), "Lymphocytic gastritis is not associated with active Helicobacter pylori infection", Helicobacter 19(5), pp 349-55 40 Nishikawa H and Hatakeyama M (2017), "Sequence Polymorphism and Intrinsic Structural Disorder as Related to Pathobiological Performance of the Helicobacter pylori CagA Oncoprotein", Toxins (Basel) 9(4) 41 42 43 Nomura A M et al (2002), "Helicobacter pylori CagA seropositivity and gastric carcinoma risk in a Japanese American population", J Infect Dis 186(8), pp 1138-44 Oberhuber G et al (1998), "High proportion of granzyme B-positive (activated) intraepithelial and lamina propria lymphocytes in lymphocytic gastritis", Am J Surg Pathol 22(4), pp 450-8 Oberhuber G et al (1996), "Evidence that intestinal intraepithelial lymphocytes are activated cytotoxic T cells in celiac disease but not in giardiasis", Am J Pathol 148(5), pp 1351-7 44 Ohnishi N et al (2008), "Transgenic expression of Helicobacter pylori CagA induces gastrointestinal and hematopoietic neoplasms in mouse", Proc Natl Acad Sci U S A 105(3), pp 1003-8 45 Olbermann P et al (2010), "A global overview of the genetic and functional diversity in the Helicobacter pylori cag pathogenicity island", PLoS Genet 6(8), p e1001069 Pajares Javier P Gisbert and José María (2005), "Helicobacter pylori Rescue Therapy After Failure of Two Eradication Treatments", HELICOBACTER 5(10), pp 363-372 Palli D et al (2007), "CagA+ Helicobacter pylori infection and gastric cancer risk in the EPIC-EURGAST study", Int J Cancer 120(4), pp 859-67 Paniagua Gloria Luz et al (2009), "Frequency of vacA, cagA and babA2 virulence markers in Helicobacter pylori strains isolated from Mexican patients with chronic gastritis" 8(1), p 14 Pellicano R et al (2005), "How accurate is the culture of Helicobacter pylori in a clinical setting? An appraisal", Panminerva medica 47(3), pp 191-194 Shiota S, Suzuki R, and Yamaoka Y (2013), "The significance of virulence factors in Helicobacter pylori", J Dig Dis 14(7), pp 341-9 Stein S C et al (2017), "Helicobacter pylori modulates host cell responses by CagT4SS-dependent translocation of an intermediate 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 metabolite of LPS inner core heptose biosynthesis", PLoS Pathog 13(7), p e1006514 Varbanova M and Malfertheiner P (2011), "Bacterial load and degree of gastric mucosal inflammation in Helicobacter pylori infection", Dig Dis 29(6), pp 592-599 Viala J et al (2004), "Nod1 responds to peptidoglycan delivered by the Helicobacter pylori cag pathogenicity island", Nat Immunol 5(11), pp 1166-74 Vilaichone R K et al (2004), "Molecular epidemiology and outcome of Helicobacter pylori infection in Thailand: a cultural cross roads", Helicobacter 9(5), pp 453-9 Wongphutorn Phattharaphon et al (2018), "Detection and genotyping of Helicobacter pylori in saliva versus stool samples from asymptomatic individuals in Northeastern Thailand reveals intra-host tissue-specific H pylori subtypes" 18(1), p 10 Yamane T et al (2010), "Isolated granulomatous gastritis showing discoloration of lesions after Helicobacter pylori eradication", Dig Endosc 22(2), pp 140-3 Yee J K C (2017), "Are the view of Helicobacter pylori colonized in the oral cavity an illusion?", Experimental & Molecular Medicine 49(11), p e397 ... HỌC THÁI NGUYÊN TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TRẦN NGỌC ANH NGHIÊN CỨU XÂY DỰNG QUY TRÌNH CHẨN ĐOÁN HELICOBACTER PYLORI BẰNG NESTED PCR TỪ DỊCH DẠ DÀY Ngành: Công nghệ Sinh học Mã số: 84 20 201 LUẬN... đạt Mục tiêu nghiên cứu Xây dựng quy trình chẩn đốn H pylori từ dịch dày phương pháp Nested PCR Nội dung nghiên cứu gồm Nội dung 1: Thu thập mẫu bệnh phẩm bệnh nhân nội soi viêm loét dày tách chiết... nhiều so với dày Trong nghiên cứu hướng tới việc xây dựng quy trình chẩn đốn H pylori Nested PCR từ dịch dày nhằm giảm tính xâm lấn so với phương pháp phân tích từ mơ dày đồng thời phát chủng