định danh vi khuẩn đối kháng với vi khuẩn gây bệnh cháy bìa lá lúa phân lập tại an giang

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ VIỆN NGHIÊN CỨU VÀ PHÁT TRIỂN CÔNG NGHỆ SINH HỌC LUẬN VĂN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC NGÀNH CÔNG NGHỆ SINH HỌC ĐỊNH DANH VI KHUẨN ĐỐI KHÁNG VỚI VI KHUẨN GÂY BỆNH CHÁY BÌA LÁ LÚA PHÂN LẬP TẠI AN GIANG CÁN BỘ HƯỚNG DẪN SINH VIÊN THỰC HIỆN TS. NGUYỄN ĐẮC KHOA NGUYỄN VĂN VINH MSSV: 3102795 LỚP: CNSH K36 Cần Thơ, tháng 11/2013 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ VIỆN NGHIÊN CỨU VÀ PHÁT TRIỂN CÔNG NGHỆ SINH HỌC LUẬN VĂN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC NGÀNH CÔNG NGHỆ SINH HỌC ĐỊNH DANH VI KHUẨN ĐỐI KHÁNG VỚI VI KHUẨN GÂY BỆNH CHÁY BÌA LÁ LÚA PHÂN LẬP TẠI AN GIANG CÁN BỘ HƯỚNG DẪN SINH VIÊN THỰC HIỆN TS. NGUYỄN ĐẮC KHOA NGUYỄN VĂN VINH MSSV: 3102795 LỚP: CNSH K36 Cần Thơ, tháng 11/2013 PHẦN KÝ DUYỆT CÁN BỘ HƯỚNG DẪN SINH VIÊN THỰC HIỆN TS. Nguyễn Đắc Khoa Nguyễn Văn Vinh DUYỆT CỦA HỘI ĐỒNG BẢO VỆ LUẬN VĂN ……………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………… Cần Thơ, ngày .tháng năm 2013 CHỦ TỊCH HỘI ĐỒNG LỜI CẢM TẠ Trong thời gian thực luận văn tốt nghiệp trường Đại học Cần Thơ, nhận nhiều quan tâm động viên từ gia đình, hướng dẫn dạy tận tình quý thầy cô giúp đỡ nhiệt tình bạn bè để hoàn thành luận văn tốt nghiệp này. Đầu tiên xin chân thành cảm ơn Ban Lãnh đạo tất quý thầy cô Viện Nghiên cứu Phát triển Công nghệ Sinh học tận tình truyền đạt kiến thức tạo điều kiện cho em học tập, nghiên cứu. Xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến thầy Nguyễn Đắc Khoa, người tận tâm dìu dắt, dẫn truyền đạt kiến thức kinh nghiệm quý báu cho suốt thời gian học tập trình thực thí nghiệm viết luận văn. Xin chân thành biết ơn cô Trần Thị Xuân Mai, cô Nguyễn Thị Liên cô Nguyễn Thị Pha – Phòng Thí nghiệm Công nghệ Gen Thực vật thuộc Viện Nghiên cứu Phát triển Công nghệ Sinh học hỗ trợ tạo điều kiện tốt cho suốt trình học tập Viện thời gian thực luận văn tốt nghiệp Đại học. Thân gửi đến chị Võ Thị Phương Trang, anh Trần Quốc Tuấn, anh Trần Văn Bé Năm, anh Đỗ Tấn Khang, anh Trần Văn Điệp anh Trần Minh Đức lời cảm ơn chân thành hỗ trợ nhiều trình thực luận văn. Chân thành cảm ơn bạn Nguyễn Văn Cà, bạn Nguyễn Hoàng Khuyên em Phan Trần Khải nhiệt tình giúp đỡ, động viên cho lời khuyên bổ ích thời gian học tập lúc thực đề tài. Xin gửi lời cảm ơn chân thành đến cha mẹ ủng hộ phương diện, sức mạnh tinh thần giúp vươn lên sống. Cuối lời, xin chúc cha mẹ, quý thầy cô anh chị dồi sức khỏe thành công lĩnh vực. Cần Thơ, ngày 27 tháng 10 năm 2013 Nguyễn Văn Vinh Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 36-2013 Trường ĐHCT TÓM TẮT Bệnh cháy bìa (bạc lá) vi khuẩn Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) gây bệnh nghiêm trọng ruộng lúa. Mục tiêu đề tài định danh chủng vi khuẩn NMCM2 VTTS1 phân lập An Giang có khả đối kháng mạnh với vi khuẩn Xoo đĩa thạch giúp giảm bệnh cháy bìa điều kiện nhà lưới, tạo tiền đề cho việc sản xuất chế phẩm sinh học phòng trừ bệnh này. Quá trình định danh vi khuẩn thực cách kết hợp phương pháp truyền thống sử dụng Hệ thống phân loại Bergey phương pháp đại sử dụng kỹ thuật giải trình tự gen 16S rRNA vi khuẩn. Chủng vi khuẩn NMCM2 Bacillus stratophericus chủng VTTS1 Bacillus safensis. Kết sử dụng Hệ thống phân loại Bergey cho thấy chủng vi khuẩn NMCM2 VTTS1 có khuẩn lạc màu trắng, tròn, lài bìa gợn sóng môi trường thạch dinh dưỡng. Cả vi khuẩn Gram dương, hình que, sinh nội bào tử, sống riêng lẻ, có khả di động kích thước 0,7-0,9 x 1,2-2,7 µm 0,5-0,7 x 1,0-1,2 µm. Các chủng vi khuẩn không thuộc nhóm kỵ khí bắt buộc, cho phản ứng catalase dương tính có khả sử dụng nguồn carbon myo-inositol để sinh trưởng; đó, chủng NMCM2 mẫn cảm với kháng sinh ampicillin. Kết kỹ thuật giải trình tự gen 16S rRNA chủng vi khuẩn cho thấy sản phẩm PCR khuếch đại gen 16S rRNA cặp mồi tổng 27F 1492R băng rõ băng phụ, kích thước khoảng 1500 bp. Số nucleotide giải trình tự chủng vi khuẩn NMCM2 VTTS1 tương đối cao, 770 780. Độ tương đồng cao so sánh trình tự đoạn gen 16S rRNA chủng NMCM2 với sở liệu GenBank NCBI 92% chủng VTTS1 94%. Khi định danh vi khuẩn, cần kết hợp linh hoạt phương pháp truyền thống (sử dụng hệ thống phân loại Bergey) phương pháp đại (giải trình tự gen 16S rRNA để tiết kiệm chi phí, thời gian cho kết đáng tin cậy. Hai vi khuẩn B. stratophericus B. safensis không thuộc nhóm độc hại môi trường, người, động vật trồng nên có triển vọng dùng để sản xuất chế sinh học phòng trừ bệnh cháy bìa lúa sau thử nghiệm thành công điều kiện đồng. Từ khóa: định danh, Bacillus stratophericus, Bacillus safensis, cháy bìa lá, bạc lá, Xanthomonas oryzae pv. oryzae, lúa, đối kháng, phòng trừ sinh học. Chuyên ngành Công nghệ Sinh học i Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 36-2013 Trường ĐHCT MỤC LỤC Trang PHẦN KÝ DUYỆT LỜI CẢM TẠ . TÓM TẮT i MỤC LỤC ii DANH SÁCH BẢNG .v DANH SÁCH HÌNH vi TỪ VIẾT TẮT viii CHƯƠNG 1. GIỚI THIỆU .1 1.1. Đặt vấn đề 1.2. Mục tiêu đề tài CHƯƠNG 2. LƯỢC KHẢO TÀI LIỆU 2.1. Bệnh cháy bìa lúa .3 2.1.1. Lịch sử .3 2.1.2. Triệu chứng 2.1.3. Tác nhân gây bệnh .6 2.1.4. Các yếu tố ảnh hưởng đến phát triển bệnh .7 2.2. Biện pháp phòng trừ bệnh .8 2.2.1. Biện pháp canh tác .8 2.2.2. Biện pháp sử dụng giống kháng .8 2.2.3. Biện pháp hóa học 2.2.4. Biện pháp sinh học .9 2.3. Phương pháp định danh vi khuẩn 11 2.3.1. Phương pháp truyền thống - Hệ thống phân loại Bergey 11 2.3.1.1. Khảo sát hình thái cấu tạo vi khuẩn 11 Chuyên ngành Công nghệ Sinh học ii Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 36-2013 Trường ĐHCT 2.3.1.2. Khảo sát đặc tính sinh hóa vi khuẩn 15 2.3.2. Phương pháp đại - Giải trình tự gen 16S rRNA vi khuẩn 19 2.3.2.1. Ly trích vật liệu di truyền vi khuẩn 19 2.3.2.2. Khuếch đại đoạn gen 16S rRNA vi khuẩn 20 2.3.2.3. Điện di sản phẩm PCR .21 2.3.2.4. Giải trình tự đoạn gen 16S rRNA .21 2.3.2.5. So sánh trình tự đoạn gen 16S rRNA với sở liệu .22 2.4. Một số nghiên cứu định danh vi khuẩn gần 22 CHƯƠNG 3. PHƯƠNG TIỆN VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 24 3.1. Phương tiện 24 3.1.1. Thời gian .24 3.1.2. Địa điểm 24 3.1.3. Vật liệu thí nghiệm 24 3.1.4. Dụng cụ thiết bị thí nghiệm .24 3.1.4.1. Dụng cụ thí nghiệm 24 3.1.4.2. Thiết bị thí nghiệm .24 3.1.5. Hóa chất .24 3.2 Phương pháp .25 3.2.1. Phương pháp truyền thống-Hệ thống phân loại Bergey 25 3.2.1.1. Khảo sát hình thái cấu tạo vi khuẩn 25 3.2.1.2. Khảo sát đặc tính sinh hóa vi khuẩn 27 3.2.2. Phương pháp đại - Giải trình tự gen 16S rRNA vi khuẩn 28 3.2.2.1. Kỹ thuật giải trình tự gen 16S rRNA 28 3.2.2.2. So sánh trình tự với sở liệu GenBank NCBI .32 CHƯƠNG 4. KẾT QUẢ THẢO LUẬN 34 4.1. Kết sử dụng hệ thống phân loại Bergey 34 Chuyên ngành Công nghệ Sinh học iii Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 36-2013 Trường ĐHCT 4.2. Kết giải trình tự gen 16S rRNA vi khuẩn. 39 4.3. Định danh vi khuẩn cách kết hợp khảo sát đặc tính sinh hóa với kết giải trình tự gen 16S rRNA .44 4.3.1. Chủng vi khuẩn NMCM2 .44 4.3.2. Chủng vi khuẩn VTTS1 .47 CHƯƠNG 5. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ .50 5.1 Kết luận .50 5.2 Đề nghị 51 TÀI LIỆU THAM KHẢO . 52 Tiếng Việt .52 Tiếng Anh .56 Website .61 PHỤ LỤC . Chuyên ngành Công nghệ Sinh học iv Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 36-2013 Trường ĐHCT DANH SÁCH BẢNG Trang Bảng 1. Diện tích nhiễm cháy bìa lúa vụ Thu Đông qua năm An Giang . Bảng 2. Thành phần phản ứng PCR 30 Bảng 3. Thành phần phản ứng gắn huỳnh quang 32 Bảng 4. Các đặc tính khác nhóm vi khuẩn sinh nội bào tử 37 nhóm 18 Hệ thống phân loại Bergey Bảng 5. 39 Giá trị OD, nồng độ DNA ban đầu nồng độ DNA sau pha loãng . Bảng 6. Các đặc tính dùng để phân biệt hai vi khuẩn Bacillus stratophericus 45 Bacillus aerophilus Chuyên ngành Công nghệ Sinh học v Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 36-2013 Trường ĐHCT DANH SÁCH HÌNH Trang Hình 1. Triệu chứng bệnh cháy bìa ruộng lúa Hình 2. Giọt dịch vi khuẩn Xanthomonas oryzae pv. oryzae . Hình 3. Phân nhóm vi khuẩn hình cầu hình que Gram âm 15 Hình 4. Phân nhóm vi khuẩn hình cầu hình que Gram dương 16 Hình 5. Các phân nhóm Hệ thống phân loại Bergey . 34 Hình 6. Khuẩn lạc chủng vi khuẩn NMCM2 (A) VTTS1 (B) môi trường thạch dinh dưỡng sau ngày nuôi cấy .35 Hình 7. Hình nhuộm Gram chủng vi khuẩn NMCM2 (A) VTTS1 (B) 35 kính hiển vi quang học với độ phóng đại 1000 lần . Hình 8. Hình nhuộm bào tử chủng vi khuẩn NMCM2 (A) VTTS1 (B) 36 kính hiển vi quang học với độ phóng đại 1000 lần Hình 9. Khảo sát khả di động chủng vi khuẩn NMCM2 (A) VTTS1 38 (B) Hình 10. Khảo sát hoạt tính catalase chủng vi khuẩn NMCM2 (A) VTTS1 38 (B) Hình 11. Sản phẩm khuếch đại gen 16S rRNA chủng vi khuẩn NMCM2 VTTS1. 40 Hình 12. Trình tự đoạn gen 16S rRNA chủng vi khuẩn NMCM2 41 41 Hình 13. Trình tự đoạn gen 16S rRNA chủng vi khuẩn VTTS1 Hình 14. Kết tìm kiếm trình tự tương đồng với trình tự 16S rRNA chủng NMCM2 công cụ Blastn NCBI . 42 Hình 15. Kết tìm kiếm trình tự tương đồng với trình tự 16S rRNA chủng 43 VTTS1 công cụ Blastn NCBI. Hình 16. Vòng vô khuẩn tạo chủng NMCM2 mẫn cảm với kháng sinh 46 ampicillin . Chuyên ngành Công nghệ Sinh học vi Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 36-2013 Trường ĐHCT đặc điểm hình thái sinh hóa cụ thể cho trường hợp để giúp chọn kết có độ tin cậy cao nhất. Việc lựa chọn khảo sát hình thái sinh hóa để thực cần xem xét cẩn thận, lấy Hệ thống phân loại Bergey làm để tiết kiệm chi phí, thời gian cho kết phù hợp. Chuyên ngành Công nghệ Sinh học 49 Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 36-2013 Trường ĐHCT CHƯƠNG 5. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 5.1 Kết luận Chủng vi khuẩn NMCM2 Bacillus stratophericus chủng VTTS1 Bacillus safensis. Kết phương pháp truyền thống sử dụng Hệ thống phân loại Bergey cho thấy chủng vi khuẩn NMCM2 VTTS1 có khuẩn lạc màu trắng, tròn, lài bìa gợn sóng môi trường thạch dinh dưỡng. Cả vi khuẩn Gram dương, hình que, sinh nội bào tử, sống riêng lẻ, có khả di động kích thước 0,7-0,9 x 1,2-2,7 µm 0,5-0,7 x 1,0-1,2 µm. Các chủng vi khuẩn không thuộc nhóm kỵ khí bắt buộc, cho phản ứng catalase dương tính có khả sử dụng nguồn carbon myo-inositol để sinh trưởng. Chủng NMCM2 mẫn cảm với kháng sinh ampicillin. Kết phương pháp đại sử dụng kỹ thuật giải trình tự gen 16S rRNA chủng vi khuẩn cho thấy sản phẩm PCR khuếch đại gen 16S rRNA cặp mồi tổng 27F 1492R băng rõ băng phụ, kích thước khoảng 1500 bp, phù hợp với kết luận Lane et al. (1985). Số nucleotide giải trình tự hai chủng vi khuẩn NMCM2 VTTS1 770 780, cao so với kết giải trình tự khác (thường giao động từ 400-500 nucleotide). Sau so sánh trình tự với sở liệu GenBank NCBI, trình tự sở liệu có độ tương đồng cao với trình tự đoạn gen 16S rRNA chủng NMCM2 92% chủng VTTS1 94%. Kết định danh cho thấy chủng NMCM2 Bacillus stratophericus với độ tương đồng 92%, chủng VTTS1 Bacillus safensis với độ tương đồng 93%. Quá trình định danh chủng vi khuẩn NMCM2 VTTS1 cho thấy cần có kết hợp linh hoạt phương pháp truyền thống (sử dụng hệ thống phân loại Bergey) phương pháp đại (giải trình tự gen 16S rRNA) để tiết kiệm chi phí, thời gian cho kết đáng tin cậy. Đến thời điểm này, chưa có báo cáo đề cập đến tác hại vi khuẩn môi trường, người, động vật trồng; có triển vọng dùng để sản xuất chế phẩm sinh học phòng trừ bệnh cháy bìa lúa sau thử nghiệm thành công điều kiện đồng. Chuyên ngành Công nghệ Sinh học 50 Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 36-2013 Trường ĐHCT 5.2 Đề nghị Khi định danh vi khuẩn, cần kết hợp linh hoạt hai phương pháp truyền thống (Hệ thống phân loại Bergey) đại (giải trình tự gen 16S RNA) để có kết tin cậy, đồng thời tiết kiệm thời gian chi phí. Tiếp tục khảo sát hiệu giúp giảm bệnh cháy bìa hai vi khuẩn điều kiện đồng. Khảo sát hiệu kinh tế - xã hội sử dụng vi khuẩn đối kháng làm chế phẩm sinh học phòng trừ bệnh cháy bìa lá. Tiếp tục phân lập thêm chủng vi khuẩn đối kháng nhiều địa phương khác để chọn lọc chủng vi khuẩn địa, tạo điều kiện thuận lợi cho việc ứng dụng vùng sinh thái khác khu vực Đồng Sông Cửu Long. Nghiên cứu tạo chế phẩm sinh học. Chuyên ngành Công nghệ Sinh học 51 Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 36-2013 Trường ĐHCT TÀI LIỆU THAM KHẢO Tiếng Việt Bằng Hồng Lam. 2011. Phân lập định danh số chủng vi khuẩn lactic chịu nhiệt từ thực phẩm lên men truyền thống. Luận văn tốt nghiệp Thạc sĩ, chuyên ngành Công nghệ Sinh học, Viện NC&PT Công nghệ Sinh học, Trường Đại học Cần Thơ, trang 15-39. Bộ Tài nguyên Môi trường. 2012. Kịch biến đổi khí hậu, nước biển dâng cho Việt Nam. Nxb. Tài nguyên - Môi trường Bản đồ Việt Nam, trang 57-58. Dương Xuân Đào. 2011. Phân lập nhận diện vi khuẩn hòa tan Lân - Kali từ vật liệu phong hóa vùng núi Ba Hòn (Hòn Đất, Hòn Me, Hòn Quéo) Huyện Hòn Đất, Kiên Giang. Luận văn tốt nghiệp Thạc sĩ, chuyên ngành Công nghệ Sinh học, Viện NC&PT Công nghệ Sinh học, Trường Đại học Cần Thơ, trang 19-56. Đái Duy Ban. 2006. Công nghệ gen. Nxb. Khoa học Kỹ thuật, Hà Nội, trang 153-161. Đào Quốc Luận. 2011. Diễn đàn đảm bảo an ninh lương thực Việt Nam 21/9/2011. Phòng Thương mại Công nghiệp Việt Nam Công ty DuPont phối hợp tổ chức. Thành phố Hồ Chí Minh, trang 1-2. Đỗ Thị Cẩm Hường. 2012. Phân lập, tuyển chọn định danh vi khuẩn cỏ bò để thủy phân bã mía điều kiện invitro. Luận văn tốt nghiệp Thạc sĩ, chuyên ngành Công nghệ Sinh học, Viện NC&PT Công nghệ Sinh học, Trường Đại học Cần Thơ, trang 15-63. Lê Bảo Trâm. 2011. Phân lập nhận diện số chủng vi khuẩn nội sinh khóm. Luận văn tốt nghiệp Đại học, chuyên ngành Công nghệ Sinh học Tiên tiến, Viện NC&PT Công nghệ Sinh học, Trường Đại học Cần Thơ, trang 19-34. Lê Gia Hy. 1994. Nghiên cứu xạ khuẩn thuộc chi Steptomyces sinh chất kháng sinh chống nấm gây bệnh đạo ôn thối cổ rễ phân lập Việt Nam. Luận án tiến sĩ, Hà Nội, trang 10-27. Lê Huy Chính, 2010. Vi sinh y học. Sách đào tạo bác sĩ đa khoa. Bộ y tế. Nhà xuất y học. Hà Nội, 229 trang. Lê Lương Tề. 2000. Trồng trọt (Tập II). Nhà xuất Giáo Dục, trang 100-147. Chuyên ngành Công nghệ Sinh học 52 Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 36-2013 Trường ĐHCT Lê Lương Tề Vũ Triệu Mân. 1999. Bệnh vi khuẩn virus hại trồng. Nxb. Giáo Dục, Hà Nội, trang 51-147. Lê Thị Đan Thanh. 2011. Phân lập nhận diện vi khuẩn hòa tan Lân Kali từ vật liệu phong hóa núi đá vôi - Hà Tiên, Kiên Giang. Luận văn tốt nghiệp Thạc sĩ, chuyên ngành Công nghệ Sinh học, Viện NC&PT Công nghệ Sinh học, Trường Đại học Cần Thơ, trang 19-52. Lê Văn Tám. 2006. Xây dựng sở liệu hai gen 16S 23S vi khuẩn. Ứng dụng sở liệu để phát vi khuẩn gây bệnh viêm màng não mủ (Bacterial Meningitidis). Luận văn tốt nghiệp đại học Cộng nghệ sinh học, Trường Đại học Nông Lâm TP.Hồ Chí Minh, trang 1-3. Nguyễn Đắc Khoa, Dương Minh Phạm Văn Kim. 2010. Sản xuất sản phẩm sinh học để quản lí bệnh hại lúa, ăn rau màu theo hướng bền vững không ô nhiễm môi trường. Tạp chí Khoa học Trường Đại học Cần Thơ năm 2010 (16b): 117-126. Nguyễn Đình Hải. 2012. Nghiên cứu chủng xạ khuẩn VN08A12 -Streptomyces toxytricini có tiềm ứng dụng xử lý bệnh bạc lúa thân thiện với môi trường. Luận văn ThS. ngành: Công nghệ Nano sinh học. Trường Đại học Quốc gia Hà Nội, trang 18-19. Nguyễn Hồng Anh. 2012. Sàng lọc xạ khuẩn diệt vi khuẩn gây bệnh bạc lúa Xanthomonas oryzae pv. oryzae kích thích xạ khuẩn sinh kháng sinh. Luận văn tốt nghiệp Đại học ngành Sinh học. Tường Địa học Khoa học Tự nhiên, Đại học Quốc gia Hà Nội, trang 1-2. Nguyễn Lân Dũng, Nguyễn Đình Quyến Phạm Văn Ty .2007. Vi sinh vật học. Nxb. Giáo Dục, trang 161-217. Nguyễn Ngọc Giàu. 2011. Phân lập nhận diện số chủng vi khuẩn hòa tan Lân Kali vật liệu phong hóa từ đá Granite núi Cấm - An Giang. Luận văn tốt nghiệp Thạc sĩ, chuyên ngành Công nghệ Sinh học, Viện NC&PT Công nghệ Sinh học, Trường Đại học Cần Thơ, trang 21-55. Chuyên ngành Công nghệ Sinh học 53 Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 36-2013 Trường ĐHCT Nguyễn Thanh Hà, 1991. Phương pháp kỹ thuật khoanh giấy kháng sinh khuếch tán. Kỹ thuật xét nghiệm vi sinh vật Y học. Nhà xuất Y học. Hà Nội, trang 329-338. Nguyễn Thị Lang Bùi Chí Bửu. 2008. Giáo trình tin sinh học, bioinformatics. Nxb. Nông nghiệp, trang 111-112. Nguyễn Trung Thành. 2011. “Điều tra bệnh cháy bìa lúa, biện pháp phòng trừ vôi thuốc hóa học”. Phòng Dự báo, Chi cục Bảo vệ Thực vật An Giang, trang 1-3. Nguyễn Văn Ngon. 2011. Nhận diện vi khuẩn phân hủy lignin mụn xơ dừa. Luận văn tốt nghiệp Thạc sĩ, chuyên ngành Công nghệ Sinh học, Viện NC&PT Công nghệ Sinh học, Trường Đại học Cần Thơ, trang 22-29. Nguyễn Vĩnh Phúc Nguyễn Thị Lang. 2005. Ứng dụng marker phân tử để đánh giá bệnh cháy bìa lúa Oryza sativa L. Tạp chí nông nghiệp Phát triển Nông thôn: 28-30. Phạm Văn Biên, Bùi Cách Tuyến Nguyễn Mạnh Chinh. 2003. Cẩm nang sâu bệnh hại trồng. Nxb. Nông nghiệp, Hà Nội, trang 92-97. Phạm Văn Kim. 2007. Vi sinh đại cương. Giáo trình giảng dạy trực tuyến, Khoa Nông nghiệp Sinh học Ứng dụng, Đại học Cần Thơ, trang 49-50. Phạm Văn Kim, Phạm Văn Dư, Hồ Văn Chiến, Lê Hữu Hải, Võ Văn Á, Đỗ Văn Vấn, Huỳnh Minh Châu T.W. Mew. 1999. Kết bước đầu nghiên cứu sử dụng vi khuẩn đối kháng để đối phó với bệnh đốm vằn hại lúa (Rhizoctonia solani) Đồng Sông Cửu Long. Tuyển tập công trình nghiên cứu khoa học Trường Đại học Cần Thơ năm 1999, trang 70-76. Phan Hữu Tôn. 2004. Chiến lược chọn tạo giống lúa chống bệnh cháy bìa miền Bắc Việt Nam. Tạp chí Nông nghiệp & PTNT. Nxb. Nông nghiệp, số 4/2004: 1191-1194. Trần Quốc Tuấn. Số liệu chưa công bố. Xác định đa dạng quần thể vi khuẩn Xanthomonas oryzae pv. oryzae gây bệnh cháy bìa thành phố Cần Thơ. Luận văn Thạc sĩ ngành Bảo vệ thực vật, Khoa Nông nghiệp Sinh học Ứng dụng, Đại học Cần Thơ, trang 1-20. Trần Nhân Dũng Nguyễn Vũ Linh. 2011. Giáo trình tin sinh học. Nxb. Đại học Cần Thơ, trang 3-50. Chuyên ngành Công nghệ Sinh học 54 Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 36-2013 Trường ĐHCT Trần Nhân Dũng. 2011. Sổ tây thực hành Sinh học Phân tử. NXb Đại học Cần Thơ, trang 10-56. Trần Thị Dung. 2011. Tuyển chọn nhận diện số chủng vi khuẩn khử Đạm phân lập từ nước thải nhà máy sữa trại chăn nuôi bò sữa. Luận văn tốt nghiệp Thạc sĩ, chuyên ngành Công nghệ Sinh học, Viện NC&PT Công nghệ Sinh học, Trường Đại học Cần Thơ, trang 22-57. Trần Thị Xuân Mai. 2010. Giáo trình thực tập sinh học phân tử. Viện nghiên cứu phát triển Công nghệ sinh học. Trường Đại học Cần Thơ, trang 19-20. Trịnh Đình Đạt. 2008. Công nghệ di truyền. Công nghệ sinh học, 4. Nxb. Giáo dục, trang 40-55. Võ Thanh Hoàng Nguyễn Thị Nghiêm. 1993. Bệnh chuyên khoa (Plant disease). Giáo trình trường Đại học Cần Thơ, trang 65-74. Võ Thị Phương Trang. 2013. Phân lập, định danh khảo sát khả phòng trừ bệnh cháy bìa lúa vi khuẩn đối kháng đất tỉnh An Giang. Luận văn Thạc Sĩ chuyên ngành Công nghệ Sinh học, trường Đại học Cần Thơ, trang 24. Võ Thị Thương Lan. 2007. Giáo trình sinh học phân tử tế bào ứng dụng, Nxb. Giáo dục, trang 169-172. Vũ Triệu Mân. 2003. Chuẩn đoán nhanh bệnh hại thực vật. Nxb. Nông nghiệp, trang 19-23. Vũ Triệu Mân, Lê Lương Tề, Nguyễn Kim Vân, Đỗ Tấn Dũng, Nguyễn Ngọc Châu, Ngô Thị Xuyên, Nguyễn Văn Viên, Vũ Hữu Yêm Ngô Bích Hảo. 2007. Bệnh đại cương. Đại học Nông nghiệp I, Hà Nội, trang 30-48. Vũ Triệu Mân, Ngô Bích Thảo, Lê Lương Tề, Nguyễn Kim Vân, Đỗ Tấn Dũng, Ngô Thị Xuyên, Nguyễn Ngọc Châu. 2007. Giáo trình bệnh chuyên khoa. Trường Đại học Nông Nghiệp I-Hà Nội, trang 135-138. Chuyên ngành Công nghệ Sinh học 55 Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 36-2013 Trường ĐHCT Tiếng Anh Agrios, G.N. 2005. Plant disease caused prokaryotes bacteria and mollicutes. In plant pathology 5th ed. Academic Press, pp.615-703. APHA (American Public Health Association). 1920. Standard methods of water analysis, 4th ed. American Public Health Association, Washington, D.C, pp.96-115. Benson, H.J. 1997. Microbiological Applications: A Laboratory Manual in General Microbiology, Complete Version: 7th Edition. McGraw-Hill Professional Publishing, pp.145-173. Beríc, T., M. Kojíc, S. Stankovíc, L. Topisirovíc, G. Degrassi, M. Myers, V. Venturi and D. Fira. 2012. Antimicrobial activity of Bacillus sp. Natural isolates and their potential use in the biocontrol of phytopathogenic bacteria. Food Technol. Biotechnol, 50 (1):25-31. Bokura, U. 1911. Bacterial leaf blight of rice in Japanese. Teikoku Nokaiho, 2:62-66. Cao, L.Y., J.Y. Zuhuang, S.J. Yuan, X.D. Zhan, K.L. Zheng and S.H. Cheng. 2003. Hybrid rice resistant to bacterial leaf blight developed by maker-assisted selection. Rice Sci. 11 (1-2):68-70. Crookshank, E. M. 1886. An introduction to practical bacteriology: Based upon the methods of Koch. J. H. Vail and Co, New York, pp.44-54. Curtis, L. 1885. The cultivation of bacteria and the cholera bacillus. Proc. Am. Soc. Microscopists, 7:142–150. Dorner, W. 1926. Un procédé simple pour la colouration des spores. Le Lait, 6:8-12. Exconde, O.R. 1973. Yield losses due to bacterial leaf blight of rice. Philippines agriculture 57:128-140. Ezuka, A and H. Kaku. 2000. A historical review of Bacterial Blight of Rice. Bulletin of National Institute of Agrobiological Resources, Japan, 15:53-54. Fang, C.T., H.C. Ren, T.Y. Chen, Y.K. Chu, H.C. Faan and S.C. Wu. 1957. A comparison of the rice bacterial leaf blight organism with the bacteril leaf streak organism of rice and Leersia hexandra Swartz. Ibid, 3:99-124. Chuyên ngành Công nghệ Sinh học 56 Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 36-2013 Trường ĐHCT FAO (Food and Agriculture Organization). 2009. Global agriculture towards 2050, High Level Expert Forum-How to Feed the World in 2050, Office of the Director, Agricultural Development Economics Division Economic and Social Development Department Viale delle Terme di Caracalla, 00153 Rome, Italy, pp.1-4. Gesheva, V. and E. Vasileva-Tonkova. 2012. Production of enzyme and antimicrobial compounds by halophilic Antarctic Nocardioides sp. Grown on different carnbon sources. World J. Microbiol. Biotechnol. 28 (5):2069-2076. Han, J., L. Su, X. Dong, Z. Cai, X. Sun, H. Yang, Y. Wang and W. Song. 2005. Characterization of a novel plant growth-promoting bacteria strian Delftia tsuruhatenis HR4 both as a diazotroph and a protential biocontrol agent against various plant pathogens. Sys. Appl. Microbiol. 28:66-76. Hiss, P.H. 1902. New and simple media for the differentiation of the colonies for typhoid, colon, and allied bacilli. J. Med. Res. 8:148–167. Ishiyama, S. 1922. Studies on the white leaf disease of rice plants. Report of the Agricultaral experiment station, Tokyo 45, pp.233-251. John, G.H., H.S. Peter and R.K Noel. 1994. Bergey's manual of determinative bacteriology ninth edition. Lippincott Williams and Wilkins. United States, pp.1-25. Jordan, E.O., M.E. Caldwell, and D. Reiter. 1934. Bacterial motility. J. Bacteriol. 27:165174. Karganilla, A., M. Paris-Natural and S.H. Ou. 1973. A comparative study of culture media for Xanthomonas oryzae. Philippine Agriculture, 57:141–152. Khoa, N.D. 2005. Effect of single resistance genes and their pyramid on the diversity of Xanthomonas oryzae pv. oryzae population under field conditions as revealed by insertion sequece-polymerase chain reaction (IS-PCR). MSc thesis. College of Arts and Sciences, University of Philippines Los Banos, Philippines, pp.1-105. Khush, G., S.E. Bacalangco and T. Ogawa. 1990. A new gen for resistance to bacterial blight from O. Longistaminata. Rice Gent. Newsl, 7:121-122. Kloepper, J.W. 1993. Meeting B(ed) soil microbial technologies. Marcel Dekker, New York, USA, pp.255-274. Chuyên ngành Công nghệ Sinh học 57 Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 36-2013 Trường ĐHCT Lane, D.J., B. Pace, G.J. Olsen, D.A. Stahl, M.L. Sogin and N.R. Pace. 1985. Rapid determination of 16S ribosomal RNA sequences for phylogenetic analyses. Proc Natl Acad Sci. USA, 82:6955-6959. Lee, K.S., S. Rasabandith, E.R. Angeles and G.S. Khush. 2002. Inheritance of resistance to bacterial blight in 21 cultivars of rice. Phytopathology, 93 (2):147-152. Leifson, E. 1951. Staining and arrangement of bacterial flagella. J. Bacteriol, 62:377-389. Lin, D., L.J. Qu, H. Gu and Z. Chen. 2001. A 3.1-kb genomic fragment of Bacillus subtilis encodes the protein in inhibiting growth of Xanthomonas oryzae pv. oryzae. J. Appl. Microbiol, 91 (6):1044-1050. Mageshwaran, V., S. Walia and K. Annapurna. 2012. Isolation and partial characterization of antibacterial lipopeptide produced by Paenibacillus polymyxa HKA-15 against phytopathogen Xanthomonas campestria pv. phaseoli M-5. World J. Microbiol. Biotechnol, 28 (3):909-917. Manchester, K. L. 1995. Value of A260/A280 ratios for measurement of purity of nucleic acids. Biotechniques, 19:208-210. Manchester, K. L., 1996. Use of UV methods for the measurement of protein and nucleic acids concentrations. Biotechniques, 20:968-970. McClelland, R. 2001. Gram's Stain: the Key to Microbiology. Med Lab Observer. April, pp.20-31. Mew, T.W., B. Cottyn, R. Pamplona, L. Xiangmin, L. Fan, N. Nilpant, P. Arunyanart, P.V. Kim and P.V. Du. 2004. Applying rice seed-asociated antagonistic bacteria to manage rice sheath blight in developing countries. Plant Dis. 88 (5):557-564. Mizukami, T. 1957. On the relationships between Xanthomonas oryzae and the roots of rice seedlings, Agriculture Bulletin, Saga University 6:87-93. Ndonde, M.J.M. and E. Semu. 2000. Preliminary characterization of some Stepromyces species from four Tanzanian soils and their antimicrobial potential against selected plant and animal pathogenic bacteria. World J. Microbiol. Biotechnol. 16 (7):595-599. Ou, S.H. 1972. Rice disease. Commonwealth Mycological Instiute. Kew, Surrey, England, pp.51-79. Chuyên ngành Công nghệ Sinh học 58 Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 36-2013 Trường ĐHCT Paul, D.V., R.B. David, M.G. George, W.C. Richard, J.B. Don, R.K. Noel and T.S.S. James. 2009. Bergey's manual of systematic bacteriology volume The Firmicutes. Originally published by Williams & Wilkins, pp.21-128. Raja, C. E. and K. Omine. 2012. Arsenic, boron and salt resistant Bacillus safensis MS11 isolated from Mongolia desert soil. African Journal of Biotechnology, 11 (9):22672275. Ray, P.R. and T.K. Sengupta. 1970. A study on the exlent of loss in yield in rice due to bacterial leaf blight. Indian Phytopathology, 23:713-714. Schaeffer, A.B., and M. Fulton. 1933. A simplified method of staining endospores. Science, 77:194-195. Sharma, P.D. 2006. Plant pathology. Alpha Science International Ltd, India, pp.70-84. Singh, G.P., M.K. Srivastara, R.V. Singh and R.M. Singh. 1997. Variation and qualitative losses caused by bacterial blight in different rice varieties. Indian Phytopath, 30:180-185. Satomi, M., M.T. La Duc and K.Venkateswaran. 2006. Bacillus safensis sp. nov., isolated from spacecraft and assembly facility surfaces. International journal of systematic and evolutionary microbiology, 56:1735-1740. Sharmin, F. and M. Rahman. 2007. Isolation and characterization of protease producing Bacillus strain FS-1. Agricultural Engineering International: the CIGR Ejournal, IX:2-5. Shivaji S., P. Chaturvedi, K. Suresh, G.S.N. Reddy, C.B.S. Dutt, M. Wainwright, J.V. Narlikar and P.M. Bhargava. 2006. Bacillus aerius sp. nov., Bacillus aerophilus sp. nov., Bacillus stratophericus sp. nov. and Bacillus altitudinis sp. nov., isolated from cryogenic tubes used for collecting air sample from high altitudes. International journal of systematic and evolutionary microbiology, 56:1465-1473. Tabei H. and H. Muko. 1960. Anotomical studies of rice plant leaves affected with bacterial leaf blight (Xanthomonas oryzae) in particular reference to the structure of water exudation system. Bull. Natl. Inst. Agric. Sci. Tokyo C11:37-43. Chuyên ngành Công nghệ Sinh học 59 Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 36-2013 Trường ĐHCT Tagami, Y. and T. Mizukami. 1962. Historia review of the researches on bacterial leaf blight of rice caused by Xanthomonas oryzae. Special report of the plant disease and insect pets forecasting service 10. Ministry of agriculture and Forestry, Japan, 10:1-112. Thind, B.S. and M. Ahmad. 1994. Biological control of Xanthomonas oryzae pv. oryzae. In: Plant Pathogenic Bacteria. Eds. Lematre M., Freigoun S., Rudolph K, and Swings J. G. INRA, ORSTOM, France, pp.867-873. Ulrich, R.L. and T.A. Hughes. 2000. A rapid procedure for isolating chromosomal DNA from Lactobacillus species and other Gram-positive bacteria. Department of Microbiology and Molecular Medicine, Clemson University, Clemson, SC, USA, 32 (1):52 -56. Ulrich, R. L. and T. A. Hughes, 2001. Cloning DNA expression analysis of the 28 KDA Protein from Lactobacillus delbreuckii subsp. lactis ATCC 4797 synthesized to influence Lactacin B production. JAM 91, 6:1067-1073. United Nations Population Fund. 2011. State of world population 2011, People and possibilities in a world of billion. Publisher: UNFPA, Guttmacher Institute, pp. 1-7. Verdier, V., C.C. Vera, and J. E. Leach. 2012. Controlling riace bacteria blight in Africa: Needs and prospecs. J. Biotechnol. 159 (4):320-328. Vijay K.E., M. Srijana, K. Chaitanya, Y.H.K. Reddy and G. Reddy, 2011. Indian Journal of Biotechnology. Department of Microbiology, Osmania University, Hyderabad 500 007. India, 10:502-507. Weiliang C., G. Hongfei, L. Fuchen, X. Jianping and L. Debao. 1997. The antagonistic activities of Bacilluss sbtilis A30 to rice pathogens. Journal of Zhejiang Agricultural University 23 (6):621-646. Chuyên ngành Công nghệ Sinh học 60 Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 36-2013 Trường ĐHCT Website Bộ Tài nguyên Môi trường. 2011. Khu công nghiệp: Thừa đất xin thêm. Tin tức Sự kiện Tài nguyên đất: http://www.monre.gov.vn/v35/default.aspx?cateid=4&code=z73t108250&id=108250&ta bid=428: (ngày 31/01/2013) Cục thống kê An Giang. 2009: http://sonongnghiep.angiang.gov.vn/wps/portal/!ut/p/c4/04_SB8K8xLLM9MSSzPy8xBz 9CP0os3j3oBBLczdTEwN3PycXA09HC29TcydTwzALU_2CbEdFAGE-CTg!/: (ngày 31/01/2013) Microbelibrary. 2007: http://www.microbelibrary.org/component/resource/laboratory-test/3112-endospore-stainprotoc ol): (ngày 31/10/2013) Shi, J. and B. Du. 2012. Bacillus stratosphericus strain SH150 16S ribosomal RNA gene, partial sequence. Submitted (13-NOV-2012) College of Life Sciences, Shandong Agricultural University, Daizong Road No. 61, Taian, Shandong 271018, China: http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/na/KC172051/?filetype=html: (ngày 16/11/2013) Sở NN&PTNT Vĩnh Long. 2012: http://vinhlong.mard.gov.vn/ContentDetail.aspx?Id=9314&CatId=15: (ngày 31/01/2013) Chuyên ngành Công nghệ Sinh học 61 Viện NC&PT Công nghệ Sinh học PHỤ LỤC Phụ lục 1: Biểu đồ quang phổ sắc ký đoạn gen 16S rRNA chủng NMCM2 VTTS1 Hình 19. Biểu đồ quang phổ sắc ký đoạn gen 16S rRNA chủng NMCM2 Hình 20. Biểu đồ quang phổ sắc ký đoạn gen 16S rRNA chủng VTTS1 Phụ lục 2: Danh sách 35 nhóm vi khuẩn hệ thống phân loại Bergey (John et al., 1994) Bảng 7. Danh sách 35 nhóm vi khuẩn hệ thống phân loại Bergey (John et al., 1994) Nhóm Tên nhóm / Đặc tính The Spirochetes Aerobic/Microaerophilic, Motile, Helical/Vibrioid Gram Negative Bacteria Nonmotile (Or Rarely Motile), Gram Negative Curved Bacteria Gram-Negative Aerobic/Microaerophilic Rods and Cocci Facultatively Anaerobic Gram Negative Rods Gram-Negative, Anaerobic, Straight, Curved, and Helical Bacteria Dissimilatory Sulfate Or Sulfur Reducing Bacteria Anaerobic Gram Negative Cocci The Rickettsias and Chlamydias 10 Anoxygenic Phototrophic Bacteria 11 Oxygenic Phototrophic Bacteria 12 Aerobic Chemolithotrophic Bacteria and Associated Organisms 13 Budding And/Or Appendaged Bacteria 14 Sheathed Bacteria 15 Nonphotosynthetic, Nonfruiting Gliding Bacteria 16 The Fruiting, Gliding Bacteria: The Myxobacteria 17 Gram-Positive Cocci 18 Endospore-Forming Gram Positive Rods and Cocci 19 Regular, Nonsporing Gram Positive Rods 20 Irregular, Nonsporing Gram Positive Rods 21 The Mycobacteria 22-29 The Actinomycetes: 22 Nocardioform Actinomycetes 23 Genera with Multilocular Sporangia 24 Actinoplanetes 25 Streptomycetes and Related Genera 26 Maduromycetes Nhóm Tên nhóm / Đặc tính 27 Thermomonospora and Related Genera 28 Thermoactinomycetes 29 Other Genera 30 The Mycoplasmas (or Mollicutes): Cell Wall-Less Bacteria 31 The Methanogens 32 Archaeal Sulfate Reducers 33 Extremely Halophilic, Aerobic Archaeobacteria (Halobacteria) 34 Cell Wall-Less Archaeobacteria 35 Extremely Thermophilic and Hyperthermophilic S – Metabolizers Phụ lục 3: Phân nhóm vi khuẩn Gram dương Bảng 8. Phân nhóm vi khuẩn Gram dương (Tổng hợp từ John et al., 1994) Nhóm Đặc điểm Vi khuẩn sinh nội bào tử Nhóm 18 Vi khuẩn không sinh nội bào tử 17, 19, 20 21. Xạ khuẩn Nhóm 22 đến 29 [...]... mục đích định danh 2 vi khuẩn trên, tạo tiền đề cho vi c sản xuất chế phẩm sinh học phòng trừ bệnh cháy bìa lá, là một bệnh rất quan trọng trên ruộng lúa tại An Giang cũng như ĐBSCL, Vi t Nam và trên thế giới 1.2 Mục tiêu đề tài Định danh được 2 chủng vi khuẩn phân lập tại An Giang có khả năng đối kháng mạnh với vi khuẩn Xanthomonas oryzae pv oryzae trên đĩa thạch và giúp giảm bệnh cháy bìa lá trong... người, không gây ô nhiễm môi trường và góp phần quan trọng trong vi c phát triển nền nông nghiệp bền vững và hiệu quả Qua khảo sát khả năng đối kháng của vi khuẩn được phân lập tại tỉnh An Giang với vi khuẩn gây bệnh cháy bìa lá lúa trên đĩa thạch và khả năng giúp giảm bệnh cháy bìa lá của các vi khuẩn này trong điều kiện nhà lưới, Võ Thị Phương Trang (2013) đã tìm ra được 2 chủng vi khuẩn có hiệu... cháy bìa lá Xoo trên lúa Bên cạnh vi khuẩn, xạ khuẩn Streptomyces cũng được thử nghiệm khả năng đối kháng với vi khuẩn Xoo nhưng không mang lại kết quả khả quan (Ndonde và Semu, 2000) Biện pháp phòng trừ bệnh cháy bìa lá bằng vi sinh vật đối kháng hiện đang bắt đầu được tập trung nghiên cứu trở lại Tại Vi t Nam, vi c nghiên cứu về vi khuẩn đối kháng có khả năng phòng trừ bệnh cháy bìa lá vẫn còn rất hạn... và Nguyễn Thị Lang, 2005) Theo Nguyễn Trung Thành (2011), bệnh cháy bìa lá lúa đã gây hại trong vụ Thu Đông của tỉnh An Giang trong 5 năm liên tiếp từ 2006 đến 2010 với diện tích gần 42.000 ha, chiếm 10% tổng diện tích canh tác (Bảng 1) Trong đó, diện tích lúa Thu Đông nhiễm bệnh cháy bìa lá tăng dần theo các năm Bảng 1 Diện tích nhiễm cháy bìa lá lúa vụ Thu Đông qua 5 năm tại An Giang (Nguyễn Trung... 1978, bệnh cháy bìa lá bùng phát thành dịch ở vùng ĐBSCL làm thiệt hại năng suất khoảng 40% (Nguyễn Vĩnh Phúc và Nguyễn Thị Lang, 2005) An Giang có 262.286 ha canh tác lúa (Cục Thống kê An Giang, 2009), là một trong những tỉnh sản xuất lúa gạo trọng điểm của cả nước Trong các loại dịch hại, bệnh cháy bìa lá xảy ra thường xuyên và trên diện tích lớn Theo Nguyễn Trung Thành (2011), An Giang đang đẩy mạnh... 3.1.1 Thời gian Từ tháng 08/2013 đến 12/2013 3.1.2 Địa điểm Bộ môn Công nghệ Sinh học Phân tử, Vi n Nghiên cứu và Phát triển Công nghệ Sinh học, Trường Đại học Cần Thơ 3.1.3 Vật liệu thí nghiệm Vật liệu thí nghiệm là 2 chủng vi khuẩn NMCM2 và VTTS1 do Võ Thị Phương Trang (2013) phân lập tại An Giang có khả năng đối kháng mạnh với vi khuẩn Xoo trên đĩa thạch và giúp giảm bệnh cháy bìa lá trong nhà lưới... xuất hiện vào giai đoạn lúa lớn Khi cây lúa bị nhiễm bệnh, các lá già vẫn xanh bình thường, các lá non bị vàng nhạt không đồng đều, trên phiến lá có sọc rộng màu vàng hoặc vàng xanh nhạt Trong các lá vàng này không tìm thấy vi khuẩn, nhưng ở các đốt và lóng ngay bên dưới lá bệnh sẽ có rất nhiều vi khuẩn Vi khuẩn ở đây sẽ nhân mật số và hạn chế vi c đưa dinh dưỡng lên lá làm cho lá bị vàng Triệu chứng... 7,2% đối với những giống mẫn cảm (Exconde, 1973) Theo Phạm Văn Biên et al (2003), bệnh đã gây hại ở Vi t Nam từ lâu trên các giống lúa mùa cũ; đặc biệt trong mùa mưa, bệnh cháy bìa lá là một trong những tác nhân gây ảnh hưởng đến sản lượng lúa của Vi t Nam Những năm 1970-1975, bệnh cháy bìa lá đã gây thành dịch hại rộng lớn ở các tỉnh Đồng bằng Sông Hồng trên giống lúa Trân Châu lùn và các giống lúa. .. thể làm cho vi khuẩn gây bệnh kháng thuốc, lưu tồn thuốc trên sản phẩm, bệnh bùng phát và gây hại trên diện rộng Tuyển chọn và lai tạo giống kháng tốn nhiều thời gian và kinh phí trong khi gen kháng dễ mất tác dụng sau một thời gian triển khai ngoài đồng Do vậy, phòng trừ sinh học sử dụng vi sinh vật đối kháng là biện pháp có triển vọng để hạn chế bệnh cháy bìa lá, biện pháp này an toàn với sức khỏe... tin về trình tự nucleotide cũng rất đơn giản nên vi c định danh vi khuẩn chủ yếu dựa vào kỹ thuật giải trình tự gen 16S rRNA Tuy nhiên, kết quả định danh vi khuẩn bằng kỹ thuật giải trình tự còn gây nhiều tranh cãi, nên ở đề tài này vi khuẩn được định danh bằng cách kết hợp kỹ thuật giải trình tự gen 16S rRNA và phương pháp truyền thống sử dụng hệ thống phân loại của Bergey (John et al., 1994) để tăng . CHƯƠNG 5. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 5. 1 Kết luận 5. 2 Đề nghị TÀI LIỆU THAM KHẢO Tiếng Việt Tiếng Anh Website PHỤ LỤC 39 44 44 47 50 50 51 52 52 56 61 . 1.687,0 462,0 5, 0 2. 154 ,0 43.826 4,91 Thu Đông 2007 7.097,0 208,0 40,0 7.3 45, 0 58 .849 12,48 Thu Đông 2008 5. 180,0 322,2 12,2 5. 514,4 94.421 5, 84 Thu Đông 2009. tròn, có một roi ở một đầu, kích thước tế bào là 0 ,55 -0, 75 x 1, 35- 2 ,17 µm với vi khuẩn lấy từ khuẩn lạc trên môi trường và 0, 45- 0,6 x 0, 65- 1,4 µm với vi khuẩn lấy từ mô cấy. Luận văn tốt nghiệp